BtaINT0089770 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000010271 | MAPKAP1
Description
Bos taurus mitogen-activated protein kinase associated protein 1 (MAPKAP1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001081603]
Coordinates
chr11:96283792-96307695:-
Coord C1 exon
chr11:96307558-96307695
Coord A exon
chr11:96283890-96307557
Coord C2 exon
chr11:96283792-96283889
Length
23668 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
CCTGTTCTCTCTCCCTGCAGGTC
3' ss Score
15.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTGGAGATAGACCCTGTCACGAGTCAGAAAGCCAGCACCAAGTTCTGGATTAAGCAGAAGCCCATCTCGATCGATTCTGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCAGAAGAAAAAAGCCCCA
Seq A exon
GTGAGTAGTGCCTTTTATTTATGTCCCCGTTCTCTCTCCCCCCCGCTTCCCCTCTGTGTGCTGGGTTCCAGGAGAATATATTGCCACCGTGTCCTTTTTTCCTTGGGTCTCTTTAATTCATTACCAGAAATTTCTTTTAATCAAATGGGATTGTGTTGTGGTACCCAGAGCCTGACACGGGCCCCTCTTCCGCTCAGTCTTGATGGCAGTAGAGAGGCTCACAGTGGCTCCTGACCTCAGTGCCCCCCCACCGCCACCCCCGATGGGGACTAGGGGCTGGGGGCAGCTTCCCGCCAGGAATCTGCACTCCCCAGAGCCCTCATTTCACTTTGTGTTCCCTTCCTCTGCCCGTTTGGGGGGCTGGATGAGTCAGACCCGGACCTGCCTGCCTTCCTGGCCAGATCAAGGGGAGCTGGAGAATTTCCCGTGGCAGCTGAAGACTAGATTTAGATATCCATCATGCCAGAGGTGTCAACACCCTCCAGATTATTGGCAGCTGCATGACCTACCAGCTCGTAATTAAACCCCCGCCTGGTGCTGTGGAAGAGATCACTGCTGGGCTGGCACGCCTCTGGTTAAATTACCAAAGTTGACACAGTCCAAGTGTATATTGTAGCATATATATTTTTGCAGTTCAGTAATTGAGGATAGCCTTTAGATTAATCATGTTTAGGACTTCAGTCCCATGAAAAGACAGAAAGGACACAGGTCATACTGATACTCCTCCATGGAAGAAAGGATTTGTTGTTTGGCCTGGAGAAGGCTATAAGACGCTGGTTCTCGCCTTCAGAGCCTGTTAGAATGGAGCCACCCAGCACGCACCCCAGTAGCGTAGCTTCCAACTCAGTAACTTGGAGCACCCGATTTGTGTTAGTCTCCTTTGTTCCGGTGTCTGCTAAACTGGGAACAAATACAAGGAACAGTAAGAAATCTAAAGGCCAGCAAGTGTCTGTAATGTGGCTCCGGTTTTTGAGATAAAACTAACTAAACAGGGACCTAAAGAACAAAACCTGGGCCTGTATACCACCTGGCCTCGTTTATGCGGGGGGTGTATAATTGTTTTGTTGAATCCAGCCGTACTACATGGTCTCCTACTGTCAGCTCCGTAGCCTACAGCTGAGCAAGAAGGGGGACCCTAGTGGTGCAGGGAAAGGAGGAAGGCCATGCTCACCCCTACCGTCCCACCACCCTGTCGTCCCAGTGAGGCCTCGGTGGCTGCAGAGACAGCATGGCTGCCAGAAGGAGTGGTGAAAAACCACCTGCTGCTCTGGGGCCCTTGCCCAAAGGCCGCCAGAGTCCCTCCTCCTTTAGATAAACATCTTTTTCCTAATCCCTCTCCCTCAAGCTAGTCAGCCAATAAAGATGTCATCATTCTAGCATCTTTCTTCCCAAGAACTCAAGATGCTTTGCAAAGTAACATTTTATAAATGCTCCATGTCTCTGAGAAATGAGAGCAGTCCACTTACATGTTACACAGGGGGTTACGCTGGAGTGGAAAGGTTAGGGAAAGAGCTAGAAACAGGATTCAGATTTCCCTTATATTCCTACCAAGACACTTTGCAAGCCAGGCTGGGCTTCAGGCATCAGAAGGTAAAGGATGTGACACACCCAACCTAATAGGGAATAAAGCAGAGATGTACAGCCACCCCTCCTGTTGCCTCTTGAGGCCACTCAGCCAAGAAGTACTTCTCACACATCTCTGAGGGTGAGGCCAAGTTCCAAAGTCTTAGGGATCCAGAGCAGACCTGGGCCCCACCATTTCAGTATTGACGGCCCAGCAGGAGAGTCTTTTGTCGTGTGCTCAGACCTACTTGATGGCTCTGTGTAAAACCTGCACGTGTAGGTCTTGTAGAGGTTCCCCCTCTCACTCTGGAACTGTGACCCTTTGTGAGCAGAGAGGCACGCTGCCTGCCCCAGTAAACACTTCCTGAATCCTTGTCTCCATCACAGCACTTTCAAACCATGTCCCTTAAAACTCTGGGTTCTCGGGAGACCGCCGGGTCCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTTTGTGTGTATATGTATGGGTGTGTATGTGTAGGACACAATTGGGCATGAGGCTTCCCCTTCACCCAAAGGATTCTGCATTTAACTCCAACCAGTTTGAGGATTCTGCACTTGAAAAAGTCAATTGATAAAAAGGATTTTGCTGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATTTGAAAGTTGCAGGCTCACAAAATGAAATTCAGACATTGACTGTTTCAGGCTGGTGGCCCATAATTTCCCATCGTGAATTTGGACTGTAGTCTCTGTGAACTACCAGCACACAATCACACGTGGAATTTTGTGCTTCTGCTCTCCCCTCTGCCTGGAATACACCTCCACTCTGACCCTTTCTCTCATTTATGGACACCTCCGTTTCCTCACACCCAGCCCCCTCATTTGTCAAGATCCAGCTCCCAGTGTCAAGACTCTTTCTGTAATTCTGCCCCCTGGAGTTTGCACACACCCCTGGTAAAGCAGTTTATACACACTGTGTGTGTGTATTTGAGCTCCCACCCCCATTTCCATGCTGAACTCACAGACTAGAGACTGGTTTCCGTAGCCTTGTCCCCTAGCTCAGCACCTTCAGGGTTGTTCTCGGTGAGTGTTCACTGTTGTGAAATAGAACTCAATGAGGCCACAGTTTAGAAATCAAAAGTTATTCAACGTCATTTATATTGTAAAGTGCCCAAAGACGTATTCAATGAATCAGCTTGATGCTGTTACTGTTTTATGATTTCCAGTATCTTCATCAAATTAATTCATTGACTTAATCTAAAAAGTTCATCTTCAAAACCATCATTAGACCACAGAATTAATCTATGGGGCTGCTGCTTCATTTTTTTAAAAGGATTAATGGTAACCCTTTTTTATCTTCTGTGTCTGTTGAACCTTAGAAAAAAGTTATTTTAACAGCACTAAAGAAATGAAAGTCAATATATTTCATAAGTTTAGCCTGTGATTTTTATCAGCATAGTGATGTATGTTTGTAGCTGAGTTTACATCAAAAATTATTCTTGGGGCCTTCTTGAATGAATTATGGCAAAGAGAGAGAGTCTAGAAGTAGATAAGGTTTTTTGATTTCTGCAATATATTTCCTTTTTCATGTTTTTATCTCTTACAACACAAGTGTCTTGCCGAAGACTGGAACGTGTGACCAACTGGAATAATTTAGTTGTGAAAACAGAGCAGACGTGCTATTAAACAGCCCTCTTTACAAAAAGGCAGTAAGTGTTGGGAGGATAATGAAGTTGTCCCCAGTCCTACTTGAGACATGTTTGTCAGAATTTTGAACAGAAAAGAAATGGTTTTTTAAAACCTTCGAGTATGGCCAGTTTGCAGTGTATATTGAGAAAGCTGCTGTCAAACCATTAATCTGGTCGTCATAAAGAACACAACTCAAGTTTAATTGATGCCGAATCCAAAATGTATGTGAACAGCTGACTTGGCAAAGGGACTGAGCGTTGAGAGCGCCTGCAGTGAAACACATCGTTACGTGCACTGTGGAGTCAGAAAGGCCCGGGCTCTGAAGCCATGCGCCGTAAATAGCCATTCTGTGACTCTCTCTGCTCCCCTCGCTTCTCCCTCTTTGGCCATGTTCTCCCAGGGATGATTTATTGCTCTGTCCCTGTGAGTGTTTAAGACTTGGAACTTAATCACTAAATAGATACATGCCTTTAAAAAAAATTGTACATGTAAATATGGACTCTTAACAAAAGTTAGTTGAGAGAAGCAGTGTGTCCACCACCCTGAGAAATTAAGAATAACTTCTGCCTTTCTGGATTTTAAAAAATGCTGTTTGCTGCTATTATTATTCAAATCAGTGATGTCTAAGTCAGATTTTGCCACTCCTTAGGGTATCTTTTGCTGTTTTGAAGGATGTCACTGACCTCTCAAAGATGAATTAATGTGAATTCATTTTAACTGAACAAAGATTTGTATACAGCGTATAGAAGAACGTTTCCAACAGAAAAAAATACAGTTGAATTGTCTCAGAAATATTTCTCTGTCCTTATAAGGTCTAGACATAGGCTTTAAATGTGGTGGGCACTCTTTTTAAGTCCTGGTTTCAAATTCCAATAGTCAAACAAAAGCAAGGACCCTTTCTGTGAAATTAGCACCCATCGGGGACTCTGAAGCTGTATTTAAATAAAGTACCAGACTCAAGGATGCCACGTCTGGTTTTATAAGAAGGTTGTGCAGGTTTAGTCTTTAAAGGAAGCAGCCTATCATTAAGAAATCAGATTTAAACTTTAATAAAGTAGCTGTCGTCTTTATAGCTGAAAAGAGCTCTGTATCTCAATTAAGTATAGATGATATAAAATCTTAAGGAAGCAACATAATAGAAGTAACCTGATTACATTCTCTTGCAATAGTATAATTTAAAGGAAATCAGATTGCATGGATGCTGGTTGTGTTGGGGGTGGATGGGGGGATTGTTTGTTTGGTTTTTTTCGGGGGGTGGGGGGCGGTGGTTCAAAACACTGGATCCAGGGCAGGAACTCTTTGAGATTGTGAGTTTACCAAACTGCAGGAGACTGTTAAGCCCTGGTGAATAGAACCTGCTGGATATTTGAGCTGAGATTCAGTTAAGGTTTTGAGTTAAATTTGCTGGGTTTATTGGTGACCTCCCACTTAAATGAATCTTTCTTTTCATAAGTACTTGACAAGATCTGTAAAGTAGTGTATTTAATTTACTAATTAAATTAAAGCTACTGAATAATGATTTGTCCACATTGATTTAGCTTAAATAGGAAAGATCAGCATTGTTGTGATCTTCAGCAACCTTAATGGCCGAGCCAGTTAAACACAAAGGCCTCTTGTGTTTTATAGGTCAGGAGTACATAGGTAAGCCCTGGCTATAATTGAATTGCCTGCACTGCACCCTGCCGTTGCAGATTTCCTCTGCCTCCCCGCTCCATTGTTGCACTGGGGCTTAAGAGAATGTTAACGCCGTAAT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Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development