GgaINT0126528 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000977 | SIN1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr17:10365408-10374341:-
Coord C1 exon
chr17:10374204-10374341
Coord A exon
chr17:10365506-10374203
Coord C2 exon
chr17:10365408-10365505
Length
8698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
CTTTTTTCTTATCTTTGCAGGTC
3' ss Score
12.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTTCTGGAGACAAGGTAGAGATAGACCCTGTTACTAATCAGAAGGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATTTCAATCGATTCTGAACTCCTCTGTGCCTGTGACCTTGTGGAAGAAAAGAGCCCAA
Seq A exon
GTGAGTAGTCCTTTTTATTTATGTCCTCTCTCCTCTGCCTCTCTCTGTGTGCTGGATGCCCAGAGAATTATTGCTGCCATGTCCTTTCCTTTTATAGGTGTATTTTATTCAATATAGAATGTTTTTAATCTGACTCGATTCTGTTGTAGAGAACATAACGCAAACAGATGCACGTTTTATGAGTGTCCTTTTAATGCTGTTTGTGGCCAGTGGTGTTGTTAAGTTTCCTGCCTGCTGTCCGTAGCTGCCGGCAGCGCCACACCAAGGAATGGCTGGATAGGCTGCAGCTCAGGAGTCACATACCCATTTCCACACCTTTGTGATATTTTTGAACTTCTTAACGTCTGGAAAGCCTTTGAACAGTTCCTCAGACACATGAGGATCTCAGACATGCACTGAGTACCATCACAGTCTGAAATTGCTTCCCTTGTGGCTGCAGGGTCAGCTTAGATTCAGGAAGGCGGTGCGGGCAGCAGCCGGAGGGCTCCTGTATGGAGGGGTCACTGGGCAGAGGGCAGAGCTGGGGAGCTCAGTGCTGTCCTTATCGTGCCCGTGGAGTAATGAGAGTCTGTATTCCTAAAATTCATTGTAAAAGGCACAAGATAGGCCCTAGGAGAATGGGACAGTGTCTCCCAGTGGCGTCAAAACGTAACTATCCACTGTCAAAAAGTAACTGAGATTCAAAAACACAGCAGGATTTTATTATGCCTGGGCTTTCGCAGGGTAGAGATGCTAAATATTAAGTACTTATCTGCAAGGTGACAGAGAGAGAATTATGTGATACGTATTTACAGAGGTAATGATCTGTTGAATTCTTTTGGAAGAGTAAATTTATAGCTGCCACAGATTTTATCAGCAATTATTGAACTATATCCTTCTCCCCTTCATTACCCCTTCCTAATTCCATATTCTTGCTCCAGTCACCGTCTCCCTTTCCTGTCTCCCAGCAAGTTTTTATGGTCCTTGGGAAGGCGTGAGCCTGCGGAGAGATGTCCCTGGTGACCAGGCAGTCCGAGTGTGTAACAGTTGTCTTTGTGGAGCTCCAAGAGACAGCAGCCGACGTGTGTCTGTAACAGATAACTGACAGTCAGCAAAGGCCACGGCAGAGTCTGTGGTGCTTTAAGTACCCAACCATGTAGTGCTCAGCTGCACGTCAGACCAGTTTTTTTGCTAAAGGTGTAGTTTGCACTTGTGAATACATTAACACCCCTGGGTTTGTGGCCACATTTCATTTCAAATGCAGATATTCGTGGTGATAAAATCACACCTACAAAATAGGGCTGTATCTGAAAATCCAGCCCTGAAAGGCAAGGTTTCCAGCTCACACTCCCTTTAGCACCCTCAGCCGAGACCTTCAGACTGTCCCTGAGCATCTCCAGGACTGTGTCCTTGTGGGATGGGCTGGGTGGCCGTGCGGCAGTGCCGGTGCCTCTGCAAATGACACTTGTGCCCAAACAGAGCAAACTGCTGACCCAGGGGGAAACAAGGGGCAGAATTCCAACCCAAACGAAGTGCAGTGCCGGAATGGCAGCACTTTGAGTGGAGACCCCGAAATGAGGAACCGTGGTCAGTTTTGAGAGAATTCTGAGGTTGTGACGAAGGCAACCTTAAAGATACTGCGTTTTTATTTTTGCATTTTCATGTGGCCATCCATACAATTTTCATATGAAATAAATGTTCGACATGGTTTCAAAAGGAGAAAATAATTCCCCCTGAAATCCACTGACCTCCTCCAGATTCACCAAAGATGTTCCGAAAGCCATTATTTTAGGTCAGCAGAAGAGACTTTTAGTGTGACACGTCAGGATGATGCATTTGGGGGAACTCTTAACAGCAGATCAGTATCTCTTGAATTTTAAATGGAAAAAAGTTATTTTAGTAGCATAAAGGAATGAAACTCACTGTATTTCACAAGTTTTGTCTGTGATTTTTATCAGCAGAGTGATATATGTTTGTAGCAGAGTTTACATCAAAAAATTATTCCTGGATCTTCCTTGAATGAATTATTGCAAAGAAAGAGACTGAGTGAAGATAAGGTGCTTGAGTTCTGCAGTATATTTTGTTTCCATGTTTTTATCTCCTGTAACACAAACGCGCTCCATTTCGTCTTTCTGAAGTGCTGTGCACACATAGCAGGGCTGGCGCGGTTTCGGCGGGGAGAACGCAGCGTGTGTCTTCTGAAACTGCCTCTGTTCCCCAGAGTGAGCAGCCGGGGCCGCGGGGGTGCCGGGCCGTGCCGGGCCGTGCTGTGCTGCGCTGTGCTGTGCTGTGCTGCGCTGTGCTGCGCTGTGCTACACTGTGCTGTGCTGCACTGTGCTGCGCTGTGCTGTGCTGTGAGCTGCGCGGGGCTCTCGGCAGCCTCCTGGGGTGGCTGTGCTGCGGGCAGTGCTGCTCTCTGTGCTCAGTGCCACTGAGGGCTGCGCACCATTTGTTCTGCTGCGGTCAGTAATTAACGCAGCGTAGAACTCAGCTAGCTCTCACTTGTGGTGGACTCAAGGGCTGTCAGGGTTTCTGCTGGTACTTCTCTATGGAAATGTAAAAATAGAAGCTATATATAAACGTGGTGCGGATGGTTTGCTTACTTTCAGCTGAAGTTTTATCTGCGATGACAGGTTCATACAGTCGTGTTTTAGTGCCACTTGTGTGTTAAAGGCCCTGACAACCCAGATCCCATGCTGTGAATGTTTGCAGGCGGGCTGGGAGCCGTTCTGCTGGGAGCAGAGCTTCCCTTTCCTGTAAGTGAGCAGAACTCAGAGCTGCGCTCAGTGAAAACGGAAGATGACAACAGAAAGCTTTGGTATCTAATTTGCCATTAGTGTGGGTATCAGAGGCAGGGATGGCTGATGATTTTTGTTTGCCCTTGTAGTAGCCCAGGTTAGCATTTGAATTTTTATTTGTAAATTAAATCAGTCTCCCTGAATTTAGACAGAGAGAAGGGGTAATGGCCCTGCTGGCTCGATCAAATGCCATTAGAACCTGGAAACACTGTGTATAAACTGCTCGTTTAAATCAGGTTCAGTCTGATTATCACGAGAGATTCTCAATGTTTTGAATCTCGAAAGGAAGCATCCTATCATTGAGAAATAAGATTTAAACCTTAATAAAGTAGTTGTCATTTTTATAGCTGAAAAGAGCTTTGTATCTCAATTAAGTGTACATAATATAAAGTCTTAAGGAAGCAACATAATACGTTTAATACAATTATATCCTTTTGCAATAGTGTAATTTAAAGGAAATCTGATTCTGTTAATGTCTCTTACATTATTTGGACAAAGGATAAACTTCAGTGTCACCAACCACTGCTGCCTTTGCTACTCAGCACTCTGAGCACAGTGCTGTGACCACTGCATTGCTGGGCCTGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGAGGGCAGTGCTGGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGCAGTGCTGGGGGCAGTGCTGGGGCAGGCCGTCCGGTGGCACTGACTCCAACCACTTGGGCAGACTTAGCATTTTCAAAACAAATATTTTTTTCTCCATTATGTGTTTTATGACAGCTTTAGAAATGGGATTTATTCGATAATTTACTCAAAACACTGAACAAACGTTCTGTGTGACCATTTTTCTTCTGTTTTGTATGTTTTTCCTCTTCGGGAAGCAGATACGTCTCAAGTACTTGGTCAAAACAGCCTTAATATGAAGGTAGTCTAAACAAAGGTGTTCTGTAGGTCACAGAGTACATCGGTAACTTCGGTTTGTAATTTAATTGCCTTCTTTGCACCCTGCAGCTTAAGATTTCCTTTAAATTCTTATTCCATTGTTGCACTGGGGCTTAACAGAGTGTTAACCTGGTAATAGGCACAGGGCCTCCCCATTATATGTCTCGCTATCGAGCGGTTCTGCATGACTAGTTAAAAAAGATGGCAAGAAGATTAATGAAAGCCGCCCGGTACAGAGGGGGCAGGCAGCGTCGCAAGACTTCCAGCGAGGAGATATTGGAGCTGAACCAGAGCTTGGCTTTTTCTTTATCCCGTGACCTCTGAACCCACCTTACTGTCGAGAGCTGCCAGCAGAGCCGACGTTTTGATTGATGTTGCTACACGAGTCAGTCTTTCCCATTGAATTCCACATCTGCACGAAAATAGCTTTTCTAGCAGTATTCATACTGGCTGTAAGTGATAGCCAAAGTGATGGCTGAAATGCTTTTATGTAGTTTTCATTTAAAGCTGAAGGTATTTGATGTTTTAATTCAGTATCAAGTTCCTCCGGATTATGCATGTTGGGGAGTACTAATTTAATGAATTCATTATGGGGCGGTGAAAGGACTAAAAACGCGCAGAGCACGTTGGGGAGGAGCGGGGTCCTGCTGCTCGGGGAGCTGCAATAAAGATGTTGCACGGTTGTTCGAGGCCCTGCAATGGGGCCGGAGCAAAGAGGCAGCAATTACCCAGGCACTGTGCAAATGGTGCACAAAATACTGCGTGGTAGTTCCTGATATTAATGCTCCTGCTGTGAGTAATGCAGTCTCTGAAATAATAGAGGAGAAATCATACATGATGGAAGCCTAATCACAGATTCTGCTCAAAGGGTAAAAAATAGATTCAGCAGAGAAAATATTACCAATACCTCAGGCTCAGAGTGAAAGAAACCTCAAAGTGTGCATCAGAAAGAAGTGAGTCCAAATGCATGCAGACATGTGGTTTGCAGAGCAGCAAAATGCCTCAGAGGGAAGAGAGCAACGCGCATATGGCACTCGGTCTCATTGCGCTTCCACCTCTGTCACGGCTCTGGACTGCACACCGGTCATTGCGGCCAGCGTGGGGCTGGCAAGGGTTGGAGCTGTTGGAGCCCAGCAGCCCTTGGCCTGGAGAGACACAGCAGGGCAGGCAGGGCAGGGCAGGGCTCTCCTGGCCCCACACACGTGGCTGCAGCCCACTGAGTGCCCCGCTGCTGAGAAGCCTGCATCGAAGTCCTCTGGAGCACAATCAGGAGCATGCATTGCCTCATCCTTTTAACAAATATGTTCTGTAGCCCTATTAAAAGGGGTCTTCATCTATTCTGTCAAAGCTATTCTGCTGGGGTTTTTTAGTTTAATTACACTATCCAATTAAAACTCCTTGCTGCATTTTGATTCGCTTCTCCTTGGGCTTGAGTGGATATGACATTTACAAGGCTCGCCTTTCAAGCAGACAATAGCGTGATTGATGAGGTGCAGACGCAATGAAGGAGGCGATTGCCATGTGGAAACACTGCTTAGTGCATTTTGATTTATTTATCATCTTTTTTCCAAAACAAGGTTGCTGGTGAGAGGTTTGGGGCAACCCTGAGTTCCCCCCCTGATTTTCAGTGCATTCGTGCAAAAATTCAATGAGAAAAAAAAGGGTTTTGGAAAAAAAGATCCAGATGTGTGAATCGTTTCCGTAACTTGACATAGAGATGGGCTCTTTATGGACATCTGGAAACAAGGCATCCACTAATAGCAATGCTTTGTAGGAAGCCCATAGCAGAGCATAAAGACCTGAGCTGTGGGAAGAGTGTTCATGGGGGGCCGGCAGGGCTGCAGCGTCCTGCTCTGAGCGTTGGTATCGTTTGCTCCCACACGAGCAGTGTTCTGAAGGAGACCCATCAGGTGTTCTGTGTGCAGTCTGCGCTCAGCGTTGTTCCCACCGGTGGTGGTGGGGTCCGGGTTTCATCCGTAGTGGCTGCAGTCACTGTCTGTGGAGGAGACCCCCAGCCCGGCTGAGCGTGGCTCCCCCCAGGCCGGCCCAGCCCCAGGCCTGCCTCCACCACTGCCAGGGCTGCACCACGTCCCAGCAGCCCCGCGGTGCTGTGGGCAGCTGACATCCCTGCAAGGGAGCTGTGAGTTTTCTTGCTCAGCCTCTCCAAGACGGGTGTTTCAATGGCTGTGCAACCTGTGCATTTTTGTAGGACTTTCCGGGCTCACAGCATTGTTTTTAGGCAGCAGTGTGGATTTAAAACCGCAGAGATCCTCTGGAGTTCCTCCAGAGTTGCAGCATTTCATGTGGCGTTTTAACTGAACTTGGCTTTGTTCAGAAGCACTGCTTGCATGCATTTTGCTTTCATTATTCTTTGCCTATTTCTCTGTGCATTTTAAAGTCCTTGCAAACCCTTCTGAGTGCGGGATTTCGGGGCTCAGTCCTGTTGTGGTCGCCATTTCTGGGATGGTGAGAATGATCATCCTGTCGAACGTTGCACGTAAATGTTTTGCTCTTCACAGAGGTTTTTCTCTTCCTGTTTATTCCACTGATAACTCTTAATTGTTGACTTACGCCTTATGGCCCCGTAATGACAAAACAATCATCAAGGTATATTGAAAAATTAACATAAATTTGCATTCCCTCGTGTTTGTTTTCTGTTTTGTTCTATTCATGAATATTCTTTTCATCCTTCCTCTAATTAGTGATTTAATTCAGTGCACACTGGTTTCATAATTGGCACTAGAAGATGGGGGCTTTTGGTACCCTCTGAATTTGGGGGTGATGGAAGAGGTAGAATGCAAAGTATTCCTGAATGTTTGGAATACAAATTGCAGCAGAATTTCTCATTGGCCTTACAGTGACACAGCACTGCTGAATCTGGGGCAGTTGGGATGAGCAGCACTTCCCTGAGTGCCGTCAGGAGAGTCGGGGTGCAGCCGTGAGCCGTGGCGGTGCCCGTGGCAGAGCTGCTGCTGCCCGTCCCCAGCACGCTGCCTGCGGCGCTGCTGCCGTGTGCCCGGCGGCGGCCGGAAACCTGACTTTCTTTCCTTAAATGTTTTAGCAGATAAATATAGCTTAAAATAATCCGTATTTTCCATCGTGCCGCCCATAAAATCTGATCGCAAGGAATTAAAATCTCCCTGTTCGGTCCCCTCTTGCCTTCAGCCACCCGGCACGGGTCGCATGTAACCTGTCTGTGGTCCCAGTGACACACAGCTGCTGGAGCTGAACCGCCGTGTTCCAAACACAGACTGGGGCAGCTGCTTGCGCAGGAGTCATTGTGGTGACACTGTTGGTACAAGATCTGCATTTGTTTTAACTCTGCCGTCATGTACGGTAGAAACCACTTCAGCTGCTGCTGTTTGCTGCCAGATATTCTTGTATGGAAATATAAAACCACTGAAGTTCCTATTGATCTCTGAATTGTCAGAGGTGGTGCTCTATTGGAAAGTGGTACATCACATATTTAAGCACTCTTGGAAATGGAAATCAATCTCACAATTCATAAATTCCATCTGGCTGGAACAGTAGCAGAGCGAAGTGCCAGTTATGATTTCAGTGAACTAATATTTCATGCTGTAAATAGTGTGACATGGACATGGGAGCACATAAACATAATACTGTAATGGAGTTTCTAAAGAAAAGTCTTTTTAGCCCTCTTTCCACTACATCACCTGCCGGGTGCAGGGCTCGTCCTGCTCCATGCTGGGGCGCTGTGGGGCAGTCCGACTCAGAGGCTGGGGCTGAGCAGCTGCTGTCCTGGGCAGGGACACGGGGATGTGGGGACACAGGGATGCTGCCCTGGCATGGGTTGGCTCAGGCTCCAGGCTGCTGGAGGGACAGCAGCGGGGTGAGCTCTGCCTCCTGCCATGGGCTGCAGCAGAATTGGTATTGGCATCTGTAGCTCTAATTGTCTTCAAAACAGCTGACTCAATACAGTCCTAAAACAAGTGTTGGAAATGAACTTCTGTGTTCTGCCTCTGTCAGCTGCACAACTGCTTCTGCCAGAAAGGAGGAGTAAAGCACTGCTTTAAAGGAAAGATGGGGATCCTGGGAGGGTTCCTTCATCGGGCATGACGAAAGCTATGTTCTCCCTTAATTTTTGCATTAATCTCTCACTCCACGGCTCTGTGCCCCACCTCCCCCTGGTGATGTGTGGCTGAGAAGCAGGCGGTCAGCACGCCGCCCGTCGTTGCCCTCAGCATGCCTGAGCAGCACCACGCACCCACCCAGCCTGCTCGCAGCACCACACACCCGGCCCTGCAGCTGCTCTGGCACCACTGCCCATGGCAGCCCCGGCTCCGCCACGTTGGGGTCAGCGGTCGCTGCCACTGCTGGGGTCTGAGCAGCGGGGAAGCTTGTGAGCAAAGTGCTGCACAGATAAAAACTGCAGTTCTGCGTTAGTTTTTGATCGTTCTGCTTGCAGGAAGAGGTGCCTGGTTTCCTCGTACCATTGCTACATTCCTTTGTGTTTTACAGTGACATTTTCCTTTGCCTTAGCCAACAGAGTAGGTTTGGGTGTTATTTTGGGGAGGGGATTTTATGGTAATTCCGGGATTGGTTGGCCTTTTATCTTAAATATAACACCTCCCCGTGTGATGGTCCCTCTGTGAATCGCTAGGTGAGCTGCAGCGGTGCGAGCGCTCCGGCCGTGGGCTGGCTGTGAGCTCACTCACCGTCTGATAATCTTTGCATTTCCTGCAGCGGGGATGTGATGGGAGAATGAACTTTACTGAAAGAGTTCAGCTGCTCCTGCAAGCCACCACTTGCCTTAAATTGAAATGACATGAGAAGCCTGTCAGCGTTTCATTGCTCCCTTCTGTTGTGCTGATGGTATGCTAAGATCACCATCTGTGTTTTGCTTCTGTCAGGCACACAGCTCTGCAGAAGACTTTAGAGAAATATTCTGAACCTTTTTTCTTATCTTTGCAG
Seq C2 exon
GTCATGCAATATTTAAACTTACATATCTAAGCAATCACGACTACAAACACCTGTACTTCGAATCAGATGCTGCTACTGTCAATGAAATTGTACTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000977:ENSGALT00000001443:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(9.9=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(6.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]