HsaINT0099732 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119487 | MAPKAP1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:18752]
Coordinates
chr9:128206780-128230388:-
Coord C1 exon
chr9:128230251-128230388
Coord A exon
chr9:128206878-128230250
Coord C2 exon
chr9:128206780-128206877
Length
23373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
ACAGTTTTCTGTCTCTGCAGGTC
3' ss Score
11.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACGAATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAATCGATTCCGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCTGAAGAGAAAAGCCCCA
Seq A exon
GTGAGTAGTCCCTTTTATTTATGTCTCCTTTCTCTCTTTCCCCTCTCTTCTCTTCTGTGTGCTGGGTGCCAGGAGAATATATTGCCACTGTGTCCTTTTTTCCTTGGGTCTGTTTTAATTCATTACCAGAAATTTCTTTTAATCAAACGGGATTGTATTATGGTGCCCAGAGCCTGACATGTGCCCCATCCTGTTCGGTCTTGATGGCTGCAGAGAACTTCGCAGCCCACCTCCTGACCTCAGCAGCCCAGCCCCGGGAGCTGGGGGCACAGGGCCAGATTTCTGCTGGGAATTTGCACTCACCAGAGCCCTCATTTCCCTTTGGGCTCCCTTCCCCTTCCCATTTGGGGGACTTGACCAGTCAGACCTGGACCTGCCTTCCTTCCCTGTGAGATGGAGGGAAGCTGGGGATTTCCCAAGGCGGCGAACGCCTAGATTTAGATATATCCATCATGCCGGAAGTGTCAGCACCCCCTAGATTATTGGCAGCTGCATGACCTACCAGCTCATGATTAAACTCTTGCCTGGTCCTACAGAAGAGATCTCTGCTGGGTTGGCATTCCTCCGCTTAAATTATCAAAGTAGATACAGTCCAGTTATGTATTTTGGCATATTATACTTTTGCAGTTAAGTAATTGGGTGTAGCATTTAGATTAATCACTTAATCATTTTTAGGACTCCAGTCCTATCAAGGGGCAAAAAGGGCACATAGATCACACTGAAATTCCTCTGTGAAAGAAAAAAATTTAAACTATATAAGAGTTTGTTAGTTGCCTAGAGACTGCTATAAGATAATGGTTCTCAAAGTCTGGTACAGACAAGCATTATCTGCAAAGCCTGTTAAATGCAGTTACCGAGGGCCCACCCTAGTAGATTGTGATTCAGTAACTTGGGAGTATAGACTGAGCATCTAATTTTTATTAATCCCGTGTCCAACATTCACTAAATTTGAGAACAGATGTTATAAGGAATTACTTACTCAAAAGGAACAATAAGAAATGTAAAGGCCAGCGAGTGTTTGTAATACGATTCAAGTTTTTGAGATAACGCTGACTAAACAGGGGCTGACGGGGGCTGATAGACTGGGCACATGCCACATTGCTTCATTTATGGGTGGGTGTTTAATTTTTTGTCAAACTCTGCTGGACTATGTGTTCAGCTCATTCGCCTACAGCTTGGCAAAAAGGGAGAACTTAGGGGGACCCAGGGGAAGGAGGAAGGCCACCCCACTCCCTTCCTGCCATTCCTGTCATCCCAGCGAGGCCTCCGACCCTGCAAAAGGCTGTGAGAAAAGTGCCTGCTGCTGGGGGGCCTTGCCTCAAGGTTGCTGGATTCCCTCTGCCTTTGGATAAACATCTTCCTAATCCCGCTCACTTCAGCTTGTCGGCCAATAAAGATGTCATTGTTCTAGCATCTTTCTCTCCAAGAACTTAGGATGCTTTGAACAGTAACATTTTATAAATTCTCCATGTCTCTGAGAAATGAAAGGCAATCACTTCTGTGTTGCATAAAGGGATAAGCTAGAGTGGAAAGGTTAGAGAAAGAAATAGATGCAGGATTCAGGTTTTTTCCTTAACAAAGAGGCTCACTGCACCAGTAAAACACTGCCTAAGTCCCTGTCCCCTATGGCAGTGCTTTTTAAACCGTGTTCCTCAGAACTCTAGCATCTCAGAGAGACCTCAGGGGTACGGGGTGGGTGGTGGGGGAAGGTTGGGCATAAGGCCTCCCCTTGAACCAAAGGAACTCTACTTAGTTGTAGACACAAAGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGTTCTTGAGTTCCTGGCCTCAGGCTATCCTCCTGCCTCAGTCCCCCAAAGTACTAGGATTACAGACGTGAGCCACCACTCTCAGCCAGAAGAAAAATTTGAAATAGGCTTACAGAATAAAATGCAGACCAGCATAGCCTTTGCAGACATTGGCAAGCAGCTGACACGCTAGCCTCATAGCCCATAGTTTCCCATCTCACATTTGGGCTGTGGTCACTGTAACTACTTGCACACGATGCATTCTGTGCTGTTCCCACTGCCTGGAATATGCCTTTCGAACCTGACCCCCTCTCTAACTTACAAACATTTCCACCTCCCCGTACTCAGCCTGCTCATTTTTCAAGACCCAGCTCCAGTGTCAGGCTCTCTCTGTTCACTTTGCCCCCCAGGAGTTTGCACATGCCTCTAGGAATACCCCTTTGTGCTGTATTTATCCATTGGAGGCCCACCCGTCTCTCCCACCTCCATCTCCATAGTGAACTAACTGACCCAAGAACTGGCTTCCGTGTCCTCACTCCCTAGCACGGAGCCTGCAGAGTTGTCCTCACTGAATGTTTGTTAACTGAAAACTGAACTTACTGAAGCCAGAATTTAGAATCCAAAAGTTATTCCACATAATTTATGTTGTAAAGTGCCCAAAGATGTATTAAATGAATCGGCTTGATGTTATGTGTTTTATGATTTCCAGTATCTTCATCAAATTAATTCAGTGACTCAATCTAGCAAGTTCATCCTCAGACCATAGAATTAATCTGTGGGGCGTCTTCTGTTTCTTTATTATTTAAAGGATTAATGGTAACCCTTTTTATCTTTTGTGTCTGTTGAACCTTAGAAAAAAGTTATTTTAACATCACTAAAGAAATGAAAGTCACTATATTTCATAAGTTTAGCCTGTGATTTTTATCAGCATAGTGATGTATGTTTGTAGCTGAGTTTACATCAAAAATTGTTCTTGGGGCCTTCTTGAATGAATTATGGCAAAGAGAGAGAGTCTAGAAGTAGATAAGGTTTTTGATTTCTGCAATATATTTCCTTTTTCATGTTTTTATCTCTGGTAGCACAAGTGTCTTGCCGAAGACCGGAACGTGTGACCAACTGGAATAATTTAGTTGTGAAAACAGAGCAGACATGTTATTAAACAGCTTTCTTTACAAAAAGACATTAAGTGTAGGGAGGATAATGAAGTTGTCCCCAGTCTTAGTTGAGACATGTTTGTCAGAATTTTGAACAGAAAAGAAATGGTTTTTAAACCTTCGACTGTGGCCAGTTTGCAGTGTTTATTGAGAAAGCCGCTGTCAAACCATTAATTTGGTCGTCATAAGGCATAGAACTCAAGTTTAATTGATGCCATATCCAAAAAGTGTGTGAATAGCTGACTTGGCAAAGAGACTGAGCATTTGAGCGGCTGCAGGGAAATACATAATTACACATACTGCGGGACCGGAGAGACCCAGGCTCAGAAGCCGTGCTTCGTAAACAACAGTTCTGTGGCTCTCTTTCCATTCCCCTCGACTTCTCCCTCTTAGGCTGGGGTCTCAGAGGGAAGATTTATTGCTCTGTCCCTGTGAGTGTTTAAGGACTTGAACTTAATGGCTAAATAGATACATGCCTAAAAAATTGTACATATAAATATGAATTCTTAAAAGAGTTATTTGAGAATCTGTGTATCACAAGCCTTGAGAAATTAAGAATTAAATCCTGTCTTTCTAGATTTAAGGAGAAAAAAAACATGCTGCCATTATTATTCAAATGAGTGATTCCCTCTGTCAGATTTTGCTATTTTGAAAGACGTCATAAGCCCCTAAAAGGTGAATTGATTTTAATTTATTATAACTGGTCAAGGATGTATTCAACACATACAAGAGGAGAATGTTTCCGTATCAGAAACTACCATGTTTAAATTTTCTTAGGGAAATAATTTTCCATCCTTATATACCTCTAGATACAGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATATATGAGACAGGGTCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGGCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAACCCACCAAATAGCTGGGACTACAGGCATGCGCCACCATGTCCAGTTCTAGACACAGGCTTTGAATGCTGTGGCTCTCTTTTTAAGTGCTGGCCTCACATTCCTACCCTGAAACAAAAGCAAGGGACCTTTCTGTGAAGCTGGTACCCATCAGAGACACTCAGGCTGTATTTCAGAACCAGACTCAGCCATGCCAGATCTGGTTTCATCATAAGAAGGTTGTGCAGGTTTAGAGTCTTTAAAGGAAGCAGCCTATCATTAAGAAATCAGATTTAAACCTTAATAAAGTAGCTGTCATCTTTATAGCTGAAAAGAGCGCTGTATCTCAATTAAGCATAGATCATATAAAATCTTAAGGAAGCAACATAATAGAGGTAACCTGATTACATTCTCTTGCAATAGTATAATTCAAAGGAAATCTGATTCTGTTCATGCTGGTTATGTTAGGGGATTTCTTGTTTTGTTTTGCTTTTTGTCCAGAACACCATTTGGATGCAAGATAGGAACTCTTTGGGGTTAAGAGTTAAGCACAACTGCAGGAGACTGGTAAACCCTAGTGACTAGAACTTGCTGGATATTTGAAATGAGATTCAGTTAAGGCTATGAGTTAAATGAGCTGGGCTTATTGGTGACCTACCACTTAAGTGAATCTTTCTTTTCATAAGTACTTGACAAGATCTGTAAAGTAGTGTATTTAATTTACTAATTAAATTAAAGCTACTGAATAATGATTTGTCCACATTGATTTAGCTTAAATAGAAAAGATCAGCATTGTTGTGATCTTCAGCAACCTTAATGGCCAAGCCAGTTAGACACAAAGGCCTCTTGTGTTTTATAGGTCAGAAGGACATAGGTAAGTCCAGGCTGTAATTGAATTGCCTGCACTGCACCCTGCAGTCGCAGATTTCCTTTGCCTTCCCGTTCCATTGTTGCACTGGGGCTTAAGAGAATGTTAACGCGGTAATAGGCACAGGGCCTTCCCCATTATACGTCTTGCTATCGAGCGGTTCTGCATGACTAGTTAAAGAAGATGGCAAGAAGATTAATGAAAGCAAGGCTAATACAGAAGGGGGTACTTTTGCAAGACTTCTACCGAGGAGATATTAGAGCTGAACCAGAGCTTGGCTTTTTCTTTATCCTGTGACCTTTGAACCTGCC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Other assemblies
Conservation
Fruitfly
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Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
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Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)