MmuINT0095646 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34597423-34619942:+
Coord C1 exon
chr2:34597423-34597560
Coord A exon
chr2:34597561-34619844
Coord C2 exon
chr2:34619845-34619942
Length
22284 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
GGACCCTCCCCTCTCTCCAGGTC
3' ss Score
10.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACGAATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAATCGATTGTGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCCGAGGAGAAGAGCCCCA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCACGCGGTGTTTAAGCTCACGTATCTAAGCAGCCATGACTACAAGCACCTGTACTTCGAGTCCGACGCAGCCACAGTCAGTGAGATCGTGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038696:ENSMUST00000147337:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(11.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types