HsaINT0099732 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000119487 | MAPKAP1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18752]
Coordinates
chr9:125444501-125468109:-
Coord C1 exon
chr9:125467972-125468109
Coord A exon
chr9:125444599-125467971
Coord C2 exon
chr9:125444501-125444598
Length
23373 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCAGTGAGT
5' ss Score
8.28
3' ss Seq
ACAGTTTTCTGTCTCTGCAGGTC
3' ss Score
11.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATCTCTGGAGACAAAGTAGAGATAGACCCTGTTACGAATCAGAAAGCCAGCACTAAGTTTTGGATTAAGCAGAAACCCATCTCAATCGATTCCGACCTGCTCTGTGCCTGTGACCTTGCTGAAGAGAAAAGCCCCA
Seq A exon
GTGAGTAGTCCCTTTTATTTATGTCTCCTTTCTCTCTTTCCCCTCTCTTCTCTTCTGTGTGCTGGGTGCCAGGAGAATATATTGCCACTGTGTCCTTTTTTCCTTGGGTCTGTTTTAATTCATTACCAGAAATTTCTTTTAATCAAACGGGATTGTATTATGGTGCCCAGAGCCTGACATGTGCCCCATCCTGTTCGGTCTTGATGGCTGCAGAGAACTTCGCAGCCCACCTCCTGACCTCAGCAGCCCAGCCCCGGGAGCTGGGGGCACAGGGCCAGATTTCTGCTGGGAATTTGCACTCACCAGAGCCCTCATTTCCCTTTGGGCTCCCTTCCCCTTCCCATTTGGGGGACTTGACCAGTCAGACCTGGACCTGCCTTCCTTCCCTGTGAGATGGAGGGAAGCTGGGGATTTCCCAAGGCGGCGAACGCCTAGATTTAGATATATCCATCATGCCGGAAGTGTCAGCACCCCCTAGATTATTGGCAGCTGCATGACCTACCAGCTCATGATTAAACTCTTGCCTGGTCCTACAGAAGAGATCTCTGCTGGGTTGGCATTCCTCCGCTTAAATTATCAAAGTAGATACAGTCCAGTTATGTATTTTGGCATATTATACTTTTGCAGTTAAGTAATTGGGTGTAGCATTTAGATTAATCACTTAATCATTTTTAGGACTCCAGTCCTATCAAGGGGCAAAAAGGGCACATAGATCACACTGAAATTCCTCTGTGAAAGAAAAAAATTTAAACTATATAAGAGTTTGTTAGTTGCCTAGAGACTGCTATAAGATAATGGTTCTCAAAGTCTGGTACAGACAAGCATTATCTGCAAAGCCTGTTAAATGCAGTTACCGAGGGCCCACCCTAGTAGATTGTGATTCAGTAACTTGGGAGTATAGACTGAGCATCTAATTTTTATTAATCCCGTGTCCAACATTCACTAAATTTGAGAACAGATGTTATAAGGAATTACTTACTCAAAAGGAACAATAAGAAATGTAAAGGCCAGCGAGTGTTTGTAATACGATTCAAGTTTTTGAGATAACGCTGACTAAACAGGGGCTGACGGGGGCTGATAGACTGGGCACATGCCACATTGCTTCATTTATGGGTGGGTGTTTAATTTTTTGTCAAACTCTGCTGGACTATGTGTTCAGCTCATTCGCCTACAGCTTGGCAAAAAGGGAGAACTTAGGGGGACCCAGGGGAAGGAGGAAGGCCACCCCACTCCCTTCCTGCCATTCCTGTCATCCCAGCGAGGCCTCCGACCCTGCAAAAGGCTGTGAGAAAAGTGCCTGCTGCTGGGGGGCCTTGCCTCAAGGTTGCTGGATTCCCTCTGCCTTTGGATAAACATCTTCCTAATCCCGCTCACTTCAGCTTGTCGGCCAATAAAGATGTCATTGTTCTAGCATCTTTCTCTCCAAGAACTTAGGATGCTTTGAACAGTAACATTTTATAAATTCTCCATGTCTCTGAGAAATGAAAGGCAATCACTTCTGTGTTGCATAAAGGGATAAGCTAGAGTGGAAAGGTTAGAGAAAGAAATAGATGCAGGATTCAGGTTTTTTCCTTAACAAAGAGGCTCACTGCACCAGTAAAACACTGCCTAAGTCCCTGTCCCCTATGGCAGTGCTTTTTAAACCGTGTTCCTCAGAACTCTAGCATCTCAGAGAGACCTCAGGGGTACGGGGTGGGTGGTGGGGGAAGGTTGGGCATAAGGCCTCCCCTTGAACCAAAGGAACTCTACTTAGTTGTAGACACAAAGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGTTCTTGAGTTCCTGGCCTCAGGCTATCCTCCTGCCTCAGTCCCCCAAAGTACTAGGATTACAGACGTGAGCCACCACTCTCAGCCAGAAGAAAAATTTGAAATAGGCTTACAGAATAAAATGCAGACCAGCATAGCCTTTGCAGACATTGGCAAGCAGCTGACACGCTAGCCTCATAGCCCATAGTTTCCCATCTCACATTTGGGCTGTGGTCACTGTAACTACTTGCACACGATGCATTCTGTGCTGTTCCCACTGCCTGGAATATGCCTTTCGAACCTGACCCCCTCTCTAACTTACAAACATTTCCACCTCCCCGTACTCAGCCTGCTCATTTTTCAAGACCCAGCTCCAGTGTCAGGCTCTCTCTGTTCACTTTGCCCCCCAGGAGTTTGCACATGCCTCTAGGAATACCCCTTTGTGCTGTATTTATCCATTGGAGGCCCACCCGTCTCTCCCACCTCCATCTCCATAGTGAACTAACTGACCCAAGAACTGGCTTCCGTGTCCTCACTCCCTAGCACGGAGCCTGCAGAGTTGTCCTCACTGAATGTTTGTTAACTGAAAACTGAACTTACTGAAGCCAGAATTTAGAATCCAAAAGTTATTCCACATAATTTATGTTGTAAAGTGCCCAAAGATGTATTAAATGAATCGGCTTGATGTTATGTGTTTTATGATTTCCAGTATCTTCATCAAATTAATTCAGTGACTCAATCTAGCAAGTTCATCCTCAGACCATAGAATTAATCTGTGGGGCGTCTTCTGTTTCTTTATTATTTAAAGGATTAATGGTAACCCTTTTTATCTTTTGTGTCTGTTGAACCTTAGAAAAAAGTTATTTTAACATCACTAAAGAAATGAAAGTCACTATATTTCATAAGTTTAGCCTGTGATTTTTATCAGCATAGTGATGTATGTTTGTAGCTGAGTTTACATCAAAAATTGTTCTTGGGGCCTTCTTGAATGAATTATGGCAAAGAGAGAGAGTCTAGAAGTAGATAAGGTTTTTGATTTCTGCAATATATTTCCTTTTTCATGTTTTTATCTCTGGTAGCACAAGTGTCTTGCCGAAGACCGGAACGTGTGACCAACTGGAATAATTTAGTTGTGAAAACAGAGCAGACATGTTATTAAACAGCTTTCTTTACAAAAAGACATTAAGTGTAGGGAGGATAATGAAGTTGTCCCCAGTCTTAGTTGAGACATGTTTGTCAGAATTTTGAACAGAAAAGAAATGGTTTTTAAACCTTCGACTGTGGCCAGTTTGCAGTGTTTATTGAGAAAGCCGCTGTCAAACCATTAATTTGGTCGTCATAAGGCATAGAACTCAAGTTTAATTGATGCCATATCCAAAAAGTGTGTGAATAGCTGACTTGGCAAAGAGACTGAGCATTTGAGCGGCTGCAGGGAAATACATAATTACACATACTGCGGGACCGGAGAGACCCAGGCTCAGAAGCCGTGCTTCGTAAACAACAGTTCTGTGGCTCTCTTTCCATTCCCCTCGACTTCTCCCTCTTAGGCTGGGGTCTCAGAGGGAAGATTTATTGCTCTGTCCCTGTGAGTGTTTAAGGACTTGAACTTAATGGCTAAATAGATACATGCCTAAAAAATTGTACATATAAATATGAATTCTTAAAAGAGTTATTTGAGAATCTGTGTATCACAAGCCTTGAGAAATTAAGAATTAAATCCTGTCTTTCTAGATTTAAGGAGAAAAAAAACATGCTGCCATTATTATTCAAATGAGTGATTCCCTCTGTCAGATTTTGCTATTTTGAAAGACGTCATAAGCCCCTAAAAGGTGAATTGATTTTAATTTATTATAACTGGTCAAGGATGTATTCAACACATACAAGAGGAGAATGTTTCCGTATCAGAAACTACCATGTTTAAATTTTCTTAGGGAAATAATTTTCCATCCTTATATACCTCTAGATACAGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATATATGAGACAGGGTCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGGCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAACCCACCAAATAGCTGGGACTACAGGCATGCGCCACCATGTCCAGTTCTAGACACAGGCTTTGAATGCTGTGGCTCTCTTTTTAAGTGCTGGCCTCACATTCCTACCCTGAAACAAAAGCAAGGGACCTTTCTGTGAAGCTGGTACCCATCAGAGACACTCAGGCTGTATTTCAGAACCAGACTCAGCCATGCCAGATCTGGTTTCATCATAAGAAGGTTGTGCAGGTTTAGAGTCTTTAAAGGAAGCAGCCTATCATTAAGAAATCAGATTTAAACCTTAATAAAGTAGCTGTCATCTTTATAGCTGAAAAGAGCGCTGTATCTCAATTAAGCATAGATCATATAAAATCTTAAGGAAGCAACATAATAGAGGTAACCTGATTACATTCTCTTGCAATAGTATAATTCAAAGGAAATCTGATTCTGTTCATGCTGGTTATGTTAGGGGATTTCTTGTTTTGTTTTGCTTTTTGTCCAGAACACCATTTGGATGCAAGATAGGAACTCTTTGGGGTTAAGAGTTAAGCACAACTGCAGGAGACTGGTAAACCCTAGTGACTAGAACTTGCTGGATATTTGAAATGAGATTCAGTTAAGGCTATGAGTTAAATGAGCTGGGCTTATTGGTGACCTACCACTTAAGTGAATCTTTCTTTTCATAAGTACTTGACAAGATCTGTAAAGTAGTGTATTTAATTTACTAATTAAATTAAAGCTACTGAATAATGATTTGTCCACATTGATTTAGCTTAAATAGAAAAGATCAGCATTGTTGTGATCTTCAGCAACCTTAATGGCCAAGCCAGTTAGACACAAAGGCCTCTTGTGTTTTATAGGTCAGAAGGACATAGGTAAGTCCAGGCTGTAATTGAATTGCCTGCACTGCACCCTGCAGTCGCAGATTTCCTTTGCCTTCCCGTTCCATTGTTGCACTGGGGCTTAAGAGAATGTTAACGCGGTAATAGGCACAGGGCCTTCCCCATTATACGTCTTGCTATCGAGCGGTTCTGCATGACTAGTTAAAGAAGATGGCAAGAAGATTAATGAAAGCAAGGCTAATACAGAAGGGGGTACTTTTGCAAGACTTCTACCGAGGAGATATTAGAGCTGAACCAGAGCTTGGCTTTTTCTTTATCCTGTGACCTTTGAACCTGCC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development