BtaINT0089938 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008755 | MARCH7
Description
Bos taurus membrane-associated ring finger (C3HC4) 7 (MARCH7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001100317]
Coordinates
chr2:36704830-36713636:-
Coord C1 exon
chr2:36713472-36713636
Coord A exon
chr2:36705020-36713471
Coord C2 exon
chr2:36704830-36705019
Length
8452 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACA
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
AATTTCATTTTAACTTACAGTCT
3' ss Score
7.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAACCTTAAGAATGGAGTCTAAACCTTCAAGGATTCCAAGAAGAATTTCTGTTCAACCTGCTAGCTCTTTAAGTGCTAGGTTGATGTCTGGAAGCAGAGGAAGTGGTTTAAATGATACCTATCACTCAAGGGACTCTTCCTTTCGACTGGATTCGGAATATCAG
Seq A exon
GTAACATCTTAATTTGAAATATGTGTACATACAGTCTCATTTTCAAAGTTCTTGGAGCCATATTATTTTCTGGATTTCAGAAAAGTAGTAGAGTGTGTTTTTAACACCTCAGCTGGATCTGAGGCATCCTGTAATCAAAACATTAATATATTTCTGCACACTGATGGACTGTACCACATTAAGTAGCAAAAACTTGATGTTTTTCAAATTTTTTGGACTTCAGAATTTTTTATAAAGAATTGTGATCATATGTAAATGTTCGTCCTTTCCAAAGACTTGCAAACCTATTAACCTAAAAACATTTAAGTATCAATTTAGGCTTTTCTTTGATGAAGATACATCACTAACATTCTTTCATATGAATTACGGGGTTTTTACGGTTAGAAATGAGTTGACTGATTCATAATTTACATAAAGTGGCATAAGTTCCTTTTATGTAGCTAATTTTCATTAAGACTAATAGCGTTTTTTTTTAAAAAGTAGCTTATTAGTGTTGTAACAATGGTTGTAGTCTAAAATGGTATAAATCTCGAGTCATGGATTGTAGGTTTAATTCAGTTTATCTTGCCTATCATATTTAAGTTTATTGCATTATTGACTGAAAACCTGATTGGGTCACATATGATTTGCAAAAGTCTTGGTAACAGACTCTAAAGAGAATCCTTTAGTGGAAATGTTTATTTATGTCTTAATATTTATATCTCGTGCAATATACTCTATTAACAGAAGTCACTTAGAAGCATTTCTGCATAGTACTAAGCATTTTATACAAATCAAATAAGGTAATTTCTCTGAAATGCCCATATCTACTGCCAGCTTGCTAATGTTGTATGTACTGTTTATTTATTTTAATGTTTTATTTTAAATGTTGTTTTGACAATGTACTTGTTTTACTCTGTAACTAGGCAAGAGTATTCTTGCCAGAATCACATATTTTTCATTCTGCTGGAAATGTAGGTTAAATGGTTGTGACTCTTTTTTTTAATATTTATTTATTTGGTTGTGTCAGGTCTTAGTTGTGACATGCAGGATGTTTGTTGAATCATTTGGGATCTTGTGGCGCACAGATTCTCTAGGTGTGGTAAAGGAGCTCAGTAGTTGTGGCTGGTGGGCTTAGTTGCTCCACGGCATGTGGGATCTTTGTTCCCTGACCAGGGATTGAACTCACATCCCCTGCATTGCAAGGTGGATTCTTAACCACTGGACCACCGGGGAAGTCCGTCATTGTGACTTATTAAGAGCACAGAATTTGTTTTTTTTTAAATATAGTCTTGAGGAAATTTTGTCTGCTGATCTGTGTCCGGTTTTTCATGATTAGTGAGGAACACAGACTGTAAAACAAGACTAACAGTCTTGAATACATTTAGAAAATTTATTGACATCCCTTTAAAATACTATTTCCAGAGTTTTCAGCTTGTTCCTAACTAATGTCATAGATTATTCCGAAAGTCTAAACTTTGACTGTGGAAGTTAAACAAATGCAAACATTTTTTTAAAAAGTAAATGTTTTATTGACTCAATAAGATTAATCAGTTTTGTAAATTTTGGAGTTTTCCTTTATGTTTTTCAGTTATTTAAGTGGCTTTTGGTCTTTTTTCCCCCAGTGGGTTACAGGAACGTTTCCAGATTGCTTTGCTGTTTTAGTTTTTATTTAGAAACTGAAATTCCTGTGTTCTGAGTAAAGTAGTTTTCTGTTTCCTCTTATGTGAAATGATAATAAGGGTGGTTTTCTCATACAGTTACTGTTTTAATTGGAAGAAGTACTAGGTGTAAAGCACTTAGAACAACAGTGCCTGGAACCTAGTAAGAGTTCAAATGTTAACTGGTTATAATGATTGTTATTGCTCCTGTTACCATTTCCTGACTTTGCCATTGGTTTAAATGGATGATAAATACCCTTAGGGGACAATATAATATCAGATTGTTATCACATGATTTTTCAACAAGATATGTGTTTAATGAATGAGAGACCTTTGACTATCAAAGGGAACATTTTTGGTTATTTGTTGGTATTTTCTGACTCAAAACTCTGCAACATAACACTCCCCTTCTTTACTGCACTTAGTGAACCTGAAGCTTCAGAAAGGAGGGTCAGGTGATGGCATACTAGATCATTTATGTTATGGATCGAATGATGTGAAAATACCTTATTTGTACAGTGTTTGACATTTTGCAGAACATTTTTCATTTTTAATCTTAAATACACAAGGACAGATGCTTGTGTCATTTCATAAATAAAGATCTGAAATCTGGATAAATATGTGGTTTCTACCAGCCACACAATTAGTATACAGTGTGCCTGAGCTGAAGAATCTAAGACTTGTGGGTGGCATTGTGTCTTTGGGAAATGTAGGTTCTAAGTTCCGAACAATTGATTTTCTAAATAATCTTTTGGTTCTTGTCCATTTTTAAGCTGGGCTGTCTCTGTTATTAACCTTACTGATATTTCTGCTACTCCATGTTTAAATTTTTGTTACAATTTGAATGGTGCAAAACTATGATCATCTTATGTCTTTGGTAACAGTAAGTAGAATTTTGTATGTTTTGGGTAAGAAAATTTAATTTATATGATGGTTAAAAGTGAAAATTCGGGAGTATTCTGTGAATATGTAATTACTTTTATTTTTTTCTGTAATTTAAGCAACCTCTAATCCCACTTTTTGCTTTGTGGAGAGATTGCTTTTTTAATATGAAATAATAAAAGAGGCTTTTTATGGAAGTTCTAGGTTAGTTTTTACATCGTTTTCTAATTTATATATTAACTGTTACAAAGCTTGGTACAATGGCATATTTTGCATAGTATATATTTTCAACAGTTAAAATAACCAATTGTCATTAACCTTTTTCTTTTTTTGTTTCTTTTGATTTGTTTATCTGGTACACAGTTTCCAAGGAAATACATACATACATAAGCACACACAATCAGATAAGAAAATGAAAAGTTTTAAATGCAATCAGGAAAATACAGATAAAATACTGAGAGTGGGTCAGAGTTAACTGGTAGATTTGTAAGCCCTTGCAGTATTCTAAAGTTAATCTACCCTTATGGCAGAAAGTGAAGAGGAACTAAAAAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGAGGAGAGTGAAAAAGTAGGAAAACGAAGATCATGGCATCTGGTCCCATCATTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGTCAGACTTTGTTTTTTGGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGACGCTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACCTAGATAGCATATTCAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACTAAGGTCCGTCTAGTCAAGGATATGGTTTTTCCAGTAGTCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTCTGAAGAAAGCTGAGGGCTGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGATATTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATCCTAAAGGAGATCAGTCCTGGGTGTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAAGAGAAGGGGACAACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACGTGAGTTTGAGTGAACTCCGAGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCAATTCATGACGTCGCAAAGAGTTGGACATGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAAAGTTAATCTTGGGCCCTTGTTTGGGTGTCAGGGAGATCACAAGGAAACACAATCAAATCTATAAAGTGTTTTGTTCATATGGAAAAGGAAGCAATGCTTGGCAGTTTAGTCTAAAAGGGGGAATGGTGAGTGATAGAGAAGACTGTATAAAGAAGAGGTCAGAGTTTTTAGTTGTTGCTTATGATATGGAAAATTTTCAAGGAAGGAACTGTTAGTCATCTCAGATAAGGTATTGATTCATGGAAATAAGGAACCAAGGGAGAGCATTTTATTCTGGACTTGTACTTTCATTACTGTGCATTACATTATTTCTCATGATTAAGCATTGTCTGGTAGATAACATTCATTAAATAATAGTTTTATTGAGATATAAATCAGATAGCATATGACTTGCCCATTTAAAGTGTACAACTCTGTGATTTTTAGTGTATTCACAGATATTTTCTCCCATTCTGTAAGTTGTCTTTTCATGCGCTTCATCCACTTTTTAATTTCATATGAATGTTCTTAGTCTCTTGAGATAATGATTGCAAAAAAGTTAATTGGACATAACAGATTAAAAACTTTAGTGAGTCAATAAATGCCATATTCCATGAAAAGATGGACTCAATAAAGGACAGAAATGGCATGGACCTAACAGAAGCAGAAGGTATTAAGAAGAGGTGGCAAGAATACACAGAGGAACTGTACAAAAAAGATCTTTGTGACCCAGATGATCACAATAGGGTGATCACTCACCTAGAGCCAGACATCCTGGAATGTAAAGTCAAGTGGGCCTTAGGAAGCACCACTACAAACAAAGCTAGTGAAGGTGATCGAATTCCAGTTGAGCTATTTCGATTCCTAAAAGATGATGCTGTGAAAGTGCTGCACTCAATATGCCAGCAAATTTGGAAAACTCAGCAATGGCCACAGGACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCCAATCCCAAAGAAAGGCAATGCCAGAGAATGCTCAAACTACCGCACAATTGCACTCATCTCACATGCTAGTAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAGCAATACATGAACCGTGAACTTCCAGGTGTTCAAGCTGGTTTTAGGAAAGGCAGGGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCTGCTGGATCATCAAAGAAACAAGAGAGTTCCAGAAAAACGTCTTTACTGACTATGTCAAAGCCTTTGACTGTGTAGATCACAATAAACTGGAAAA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Seq C2 exon
TCTGCATCAGCAGCTGCGTCACCATTTCAACCTACATGGTATAGTGAGTCTGAGATAACTCAGGGAGCACGCTCAAGATCACAAAACCAGCAACGGGATCATGATTCAAAAAGACCTAAACTTTCTTGTACAAACTGTACATCTACCTCAACTGGAAGAAGTGTTGGCCATGGTTTAAATGCAGTATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008755:ENSBTAT00000011533:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.961 A=NA C2=0.906
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]