BtaINT0090372 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019592 | MBD5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20444]
Coordinates
chr2:47804934-47814227:-
Coord C1 exon
chr2:47814154-47814227
Coord A exon
chr2:47805010-47814153
Coord C2 exon
chr2:47804934-47805009
Length
9144 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
GTTGTTTTCGTTAATTCCAGAAG
3' ss Score
6.76
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGAGCCCGAGAAGTTGAAGACACTAACGGAAGGTTTAGAAGCCTACAGCCGAGCCCGGAAAAGGAACAGAAA
Seq A exon
GTAAGCACAACTTTTTTTCCGGTTTTGTTTTTTAAGGATATAATTTACTGGCTTTCCTTCAAAGGGACAATGAAATCTCACTGATTTAGTCCATCTTGAGCCCTGCCTAAGTACAATTTAATAGTTATCATCCAAGAGGACTATTATAGATGAATTAGCTCCTACAGAAAATATTTTCTGAAACAATGTATACTGTGTGTGGGACTTCCCTCTTCATCAGCTCTTCCGTTACTCCCCCCATCTCCATCCCTCTCACTTGAGAGGAAAGAAAATATGATTAATAGTCTCAACATGTAACAATGAAATAGTCTCTGAAAGTGTAGTGAAAGTGTATCCCTTTGTAATTTAAATACTTTGGGAGGGGGAATGACCCCCCTTGTTGTACCCATGTGAATAATTTTGGCAGATTACCTGTTGTTAGTCAAAGTGATGAAAAGTAATTATTTTCTTGGAGCAGGGGCAATAGACTTTCTTCAGAATTATAATAAGTTGAACTTTGGGACTTTATTCTTAATTATTCAAGTTTTTCCAGATCTTTATATTTTGAGTAAACATAGTATTGACAAGTAGATAATGTTTATTACATAACTTGTATGTAATACAATGTAGTCATATATCATAACTATTATTTCATTTTAAGATAGAGAACTATAAATGTGCTTCTGTATGTATACATGGAAAATTATTTTAATATATATCATCAATACACCTACTCAGCTACTATAATTTTCATATTATCAAATGTCTATAAATTATGAAATTGTAATGATTAGCAGCGTATCTTGTATAAAAGACTTACATAATGATAATGACATCTTTTAAAGGGCAGTCGTTCTCTTAGTGGTGTCCTCAGTAATTCTTGTCAGAGCTAAAATTTTAGAATACAACAAATCTTGGGGACTCTCTTCACCTCACTAGAATGTTTCATAAAAGAGACGTCAGCTGCAGTGGGTTAACACCTGTGTGTCTGTGTTCAACACTCCTTTGGAAGATGGCAGATTGGCAGTGGTTTCGGTGAGGGCCAAGTGAATTGCCAGATTCGCTATAGATCTGATAAAGTGAGTCAAGCGCCCTCTATTCTGACTGAAGTGAAACAATGAAGAGCTTAGTAGCAGGATAAAGCCTATAAAATTAATACAAGGTCTGGATGAAAGGAGGGAAATTGCAAGCTACCTACATCACGAATTTTCATTGGCCATTTGCTTTAGAATATTCAGTAGTACTTGTTTACTAGAAGTAAAATATCCCTGAAATCTTTCCTTCAGTGAGATATGCCAGTTAGCTGGATTATGTGCAACATATCCAAAACTGTTGATAACACAAGTATTTAGATATACTGCCTTGAAATGAGCTGTATTTTCCTCATAAATTTGCTATTAAGCAATTTCTGAAAGGTAATGAGTAATAAACAGCAATGTAAAAAATTTCCTTCAAAGCCAGCTTACTATTTGAGGTGAATTTATATGGGTCCTAAGTAGCATTATCTAAAGGAACCAAGGTAAAAGACAAAAATATGAAGCAAAACAGCTTTGTTTATCAGACCATTGTCTAAGTAGAAGGACTTGCCTTATAAATGCCTCATAGAACACTTTACATTTTGCATATATGATTTAAAATCCATTATTCTATTCTCCCAATCAGAAGATGGGCCAGAATTACTGAACCCATTTTTGATGAGGACACTCAGACCCAAATAGCTTAAATAATTAGGTAAAGGCCACATAAGTGATAAATGGTATGTTGAACCCAATCATTTATTTATTTCCCAAGTCAAGGAGATTGATTTAGCAAAAGAATCTATGCCAACCAGGCACAACACAGTAGTCCCAGGACTTCACTGTTTAGTGAAGGAGGCAGATTTAGAAACAAATAATTAAGATGTTAAATTTGCAGTGACAGGAATAAGTGTAGTGTATTTTGGGATCACGGAGAAGTGACATTAAACTCAGGTAACGGAAGATGTCCTAGAGGAGATGATACCTCAGCCAGGCCTTACACACTACATAGATGTTAGCCAGACACAGGAAACAAGGACAAGATGGGATGGGCTGGAACAGTGTTTAGATGAGGTCGGCAGTTAGATCTGGGGGAGAGGAAATTGTAAGAGATGGAACCAAACGTATAAGCAGGAGCCAGACCATAAAGGGCCTGGTAAGGCCTCAGAGGTCTTTACATTATTGGAAGTGCCTAAGGGGACAGATGGTTGAATTTTTCACTTTAGCTGTGGCTGTATGGAGGATATATTTTAGGGGAACAGTATTGGAGACAAGGACATCCATTTAGAAGGCCATGTCAGAGGACAAGAGAGGAAGAAGACTCAAACCAGGAGGGGACCCATGAGAACAGAGGAGAAAGAATGTGGTCAAAAAACATTTAGGAGATAAAATTGACGGAACATCATGGTGATTGGCTGGGATGTGAAGGAGAACAGGTAATCAAGGACAACTCTCGGGTGCTTTAGTGGGCAGTGGAAGCACTGAAATGGGCGTACAGGAGAAAACTGTCGAGTGCAACGTGAGGTTCCGGTGATTCCACAGACCCAAGTCTGAAACTGGGAAGAAATGGTATTTGACTATGAAAAATGACTTCAGTCACACAGAGGTACTTTGACCAATTTGAACAATGGACTAAAGAGCGAACTCTGGGGCATTTGAACATTTACTGGAGATAATGAAAGAGATGGAAATAATGGTCAGAAAGGTGGAAAACCAGAGGGTAGGGGAGTTGGGTGTTAAAAGCCAAAGACCACGAATTTCTGGGATAATGCAATGAAAAACAGAGGTCCAGTAAGAGAAGATCGGAAACATCTCCATTTGGACTGGGCAGTTGGGAGGCCATTGGTGACCTCAGTGAAAACAGTTTCTGGTAGAATGGCACATATAAAAATAAAATGGCCATGGATTGAAGATTAAATAAAAAGGAACAGAGAGAGTTGGTATCTATTATTTACTCTTCTTTCTACCCTTTATGTGAAAAGTTCCCAAAGAATAACTGGAAAGAAATTTGAGCTAACAAATATCTGGCTAGTTTTATAGACAAGGAGAAAGAAACTAAAAAAGGCAGGTGGCAAGAACAAGGTGGCTGAAAGTTTGGGTTGTGGCCTGAGTTCAGATGTTTCCATCATTACCTGGCTATGTGTACCCTTGAGTATGTTGTTTAACCTCTCTGAGTCTAAATACTTCATTTCTAAAGTGGGATATTAATACCAACCTCCTAGAATTGTTCTAAAGAGAGCCTTAGCACAGTTCTTAGCACATGGTATTTAGTAAACCATTATTTTTCTTATAAAGATATAGGTGAAACAAAATAATTACATATTTTTACCATTTGAAACATTCTGTCACCATATTAGATGTTTAGAGCATTATATAGTCATGTAACCCTCAATATGCTATAATCATACTATACTATAAATATCTTTAAAGTGATTTGCTTATTACTGCCTAATCACAAAGGAAATATTTACATATTTATTGAAGAATTACTTAGGGTCATTTTGTACTTAAAAGTGGAAATAGCTTCATTAAAGAAAAAAAATTTGTGTAACTTTTAGATATGTTACGATTTTTTTTAAAGTAAGGATCAAATCTTCTGTCTATATGTACATATATATGTACTCAGTAACCTTATTTTTGTGAATCTGGAAAGTGATAAAGTGATAACATAAACATAAAAGTAAACATAAAACGTAAACACTTTAAAACCAAGAAATGATACTTGTTGTATTAAATTTTCTTTATTTTTTAAAATTGAAATTAGTTTATTTATGGTATTATGTTATTTCAGGTGTACAACACAGTGATGCAAATATTTTTATAGATTAAACTCCATTTAAAGTTATTATAAAATACTGATTATACTTCCTGTGCTGTATACTATATCCTTGTATCTTATTTTATACCTAATACTATGTACTTCTTAATCCTGTTCCCCTATCTTGCCCCTCACCCCACCCCTTCCCTACTGGTAACCACTGTTTGTTCTGTGTATCTGTGAGTCTGTTTCTGGTTTGTTATGTTCATCTTTTGTTTTTTAGATTCTGCATGTAAGTGAAAACATAAAATATTTTTATTTCGCTGACTTACTTCACTAAGCGCAGTACCTCCCACATCCATCCATGTTGTTGCAAATGGCAAAGTTTCGTTCCTTTTTATGGCTGTGTAGCAGTCGCATTGTGTGTATATATATATATACACACACACCACTTTACCCTTTCATCTATTGGTAGACACACTTAGGTTGCTTCCATATCTTGGCTATTGTAAATAATGCTGCTGTGAACATGGAGGTACATGTATCTTTTGAATTAGTGTTCTCACTTGAGTTAGTTCTCCTCCCTCCAGTTGTGGGCAGGGATATGCACACTGGCAATGACTGCCTCTGCCCTAGTCAGAGGGTCTGTGCATCTCTGTTCCCTCTAAGTGTGTGCGCTCTCATTGGCAGTGGCAGCCTTTACTATAGTGGAGGGCAGTGCCAGAGCAAGAAGAGCTGGAGCAGGGCCCCAGTGCAGGCCAGGGAGTGTGCTGGCAAGCCAGCCAGAATACCAGGCTATTTCTAGTCTGCTGCCTCTCCACTGTGCTGGAGCAGGGAGGCAGGTGGGGGTGGGGGTGGGAGTAAGCAAGTCTGTGCACGTGCATGCACACTTCAAAAGCAGAGTCTTGGTTTTTAACAGCCCTCCGGTAAGCCCTGCTGCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTTAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCAGAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAATGGGTTGCCATTTCCCTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCGTGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTTGTCATAAGCCCTACCTGTTTTCAAACCAGCTAAGGGGCCCATCTTCCCAGAGT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Seq C2 exon
AAGTGGAAAGCTAAATAACCATTTAGAAGCTGCTATTCATGAGGCCATGAGTGAACTGGACAAAATGTCTGGGACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019592:ENSBTAT00000061479:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=PD(22.0=69.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]