MmuINT0096253 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036792 | Mbd5
Description
methyl-CpG binding domain protein 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2138934]
Coordinates
chr2:49154176-49169245:+
Coord C1 exon
chr2:49154176-49154249
Coord A exon
chr2:49154250-49169169
Coord C2 exon
chr2:49169170-49169245
Length
14920 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGC
5' ss Score
7.31
3' ss Seq
GTTGTTTTCATTGCTTCCAGAAG
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGAGCCCGAGAAGTTGAAGACTCTCACAGAAGGTTTAGAAGCCTACAGCCGCGTCCGGAAAAGGAGCAGAAA
Seq A exon
GTAAGCGCTTTGGTTTTCCATTCTCTCTTTCCGTCAGAGACTATGAAGTCTCAACGATTTGTTTTGTGCAGTAAAATTTTTTTTGATATTTATCATCAGAAGACCATAACAAACAATGCTGTTACAGAAAGACGTTTTCCGTGTAATTCGTCTGTATGGCATGTGGGATGTGTCTTCTTCCATTCTTTCCTGTCTCCATCTTCACCTCTTTGTAGGATACTGGGCGGCGTGGGCTGGGTGGAGCATGCAGTTACACACATCTATCAACACTAGCAGATTACCTACCCATCAAGCAAGGCGATGCTAATGACATTGGCTGCTCTTTCACCACAGCTGTGGACTGGAATATAAGTACTCTTAGAACTCTAACATGAAGTTGAGCTTTGAATTATTATTATTCACGTCTTTCTGGATTGTTATTTGAGGAATAAAATATACCAATATGAACGTAATAATATTATAAAGCATTTTATGATGAGGTAGTTCATGAATTATTATTTCATGTTAAGGTAGAGAAACAAATGTAATTTTGCATGTATACACGGAAGGTAATTTTAAGCCATGTCATTGGTATAGCTGTTTAGTTCCCCCATTTTCAAACAACCAAATATTATATAGCAGGGCTAGCAAGATGGTCCTTGCTACTGAGCCTGATGACTAGAGCTGGAAACCCTGGACCCACATAGTGGAAGAAGAAAACCGGATCCTGAAGTTATACTCTGATCTCTAAGTGTGCACCATGGTGCTGCTGATGAACTGTGAACGTCAACACACACAACTAAATATTTTTTTCTAAAAAGAACTACACATTAATCTTTGTTCATTTGTAAGGCAATCCTTGCACACACCTTAAGGCATAGGCTTTGTCTTTGCTGGTCTTGTTTTGATACTTTATTGTATTTTTTATTTATTTTATTTTATGTGATGGGTGGGGTGGGGGAGAGAACACAAGAGTGTTACAAGTTCATGAGTGCTCTCCCACTTACCAGCCCCACTCACCATCCTCTTAAAAATACCAGCTTCACTTACATGGTTGGTAGTAGATCCTAAAAGTTCTAGGGCCCTCAGCACTGAAGTGGCACTTTCCCTGAAAAGGTTAGGTGTAGGACAGGACCAGTAAAATTAACACAGGCGCAAACAGAAAGGGATAGTGTGAGATACTGAAGTCACACATTTATAGTGAGTCAGTATTGGATCCTCAGTGGTGCTCCTGCTTTTGCTGTAAAAGACTCCAAATGTTCCTGGCACAGAAGCACGGTAGGTACTTGGGTTATTTGCAAGATGTATTTGGTAACACACAAGTGCTACTTACAAACACTCCTTTGAGATGAGCTGGATCTCTCCCCCTGCACCAAATTTTCAGTTAGGCTGTTTCTGAAACGTAATTCATAGCACAATTTTAAAATTGTTTCTTTAGTGCCAGTCTACTCTCTGTGGTGAGTTGGTGTGGGACTATGTTAAGCAGTGTACTTAATCATAAGAAATCACGGAGTTTAGCATACAGATTGGAGCAAAAGGAGAAAACACAAAGCAGAAATAATAACATGCAGCCTTATTTACTATGCTGCTGTCCAGCTACACTGGCCGGCCTCCTGGACACCAGAGCAGTGTTTTACATTTTACATGGCCATTGTTTTCTTTTGTGTCATTCTCCCAATCACAAAATAATCCGTAAATACCAAACCCATTTGCAGAGGAGGACACTTAGACCCAGATATCATGACTAATTAGTTGAAAGTTACATAACTGGTAAATGATGTTGAACCAAGTCTCTTATTTATTCACTCATTTTTATCCAATTTTATTTGTTCCTAATTTAGAAAAAAAAATGTGCCACCTGTGGTGTTACTGTCATTAGAGACAGATCCCAAAACACACAATTAAACTATGAGAATAACAAGGAAAGCAATATATGTATATGTGTGTGTGTGTATATATATATATAACACAGAGAAGTGACAGTAACCTCAGCAAAGATGGTTCTAGAGCTGGGCATCCTAGCATGCACTTTTAGTCCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTGAAGGTCAGGTTGGTCTGCATGGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTAGGTAGAGAGATCCTAACTCAGAAAAAGAACAAATGGTTCCTAGAGGTGACACCAAAACCAAAACCTTACACAGTACCAAAATGGGGTGGGGTAGGACAGTACTTAGATAAGATCAGTATTGAATCTGGGAAAACTCCAAGAGATAGAACCAAAAGTCTAAGCATATTCTCTTTATTTGAAGTGTCCAGAGCAGGAAGGTGGTCAGATTTTTCACCTTGATTTCAGTGTATAGAAGGAGGGATCTTAGGGAAACAGTCTCAGTGGTAGAAGATGATCCAGAAGCTCATGCCAGGAGGTGAGGAACGATAAGAACCCAAGCAGTAATGAGAACGGAAGAGAAGAAATGTGATCACGAAATATTTAAGAGACAAAATAAAGAAACCATGCTGGGGATCAGAATAGGAAAGAAAAGAATCACAGACCTGGGCTTACACAGTGAGGACAGGGTAGAAACACTGTCTGACAGATATATGTTGCATCTGTGGGGTGGCTGACAGACAAGTCTGAAACTGGAAGAATGGTATTCAATATGTAGAAATGTTACTCTCCCATAGAGGTACTCTGACCAATTTGGAGATTAGTCTACTAAGGATTGAATGCTAGGAAAGTAAGACAGTTAACAAAATGAAAAGATGGAGCAAAATACTAGGGAAAAGTAGATGAACCAGGGAGAGAGGGAAGATCATAGAAGACTAAAGATAGCCATGGGAGTTTAGGCATGTAATCCAGCACTCTCAGAAGTTGAGGCAGGAGGTTCACTACAAGTTCAAGACCAACTCAGGCCATAGAGTGAGAAGCTATCTCAAAAAGAGACAGAACACAAAGACTGAAACAATCAACAGAGATAGAATAAGACAAGAATGAGTCTTCTCCAAGCTTGGGCAGTTGGAGGGCATTGTGGCCAGGCCAAGGCTGGTTCCCAGTTTTTTGGTAGCATACAAAGTGCTCATGGATTATGGGATAAAATGAGGAAGTAGAGAAAGGAGACCACTTTCTATTCTTCTTGAGAAATTTTCTAGGAAAACCACAATAAAGGTGGGATCTTTTATTTTCAGGGGACTTGAGGGGGTCAGTTTTGGTTTTGGTTTGTTTATTGTTGGTTTAGGGGTGCACACATGCAGGCCTGCATTGTATGTACACCATGTGTATGCCTGGTTCCTTGTGCCTTGGAGGTATGAAGTGGGAATCAGATCCACTAGAACTAGAGTTACACAGAGCTGCAAGCGACAGGAAATTCAAACCAGGTCCTCTGTAAGAGCAGCAGCTGAGCCATCTCACCAAAGCTATTATAGATGTTGTAGTTACTTCTCGTACCTGTGAGGAAAAACAATAGCGGCAAAAGCAACTCAGGGGAAAAGGTTTGTCTTGGCTTACAGTTCCAGAGGGACAGTCCATCCCAATAGGGATGCAGGCTGGTAAGGCTTGAGGGCAAGAACCTGAAGCCAGCTGGCGACATTGTATCTGCACTCAGGAAACAGAATCAGCAAGAAGTGGAGCCAGGTTATAAAACCTCAAGAACTGTCCCTCAGTAGCCTGCTTACTACAGCAAGGCTCCACTTCCTAAAGGTTAGACAACCTTCCCAAACTGCAGTACCAGCTTGGGACCGAGCGTTCAAATACATGAAATATCTTACATTCACATAAAGCAACACCCCTTCTCCCCCCATCAAGAAAAATGACTGGGCGCCAATTGAGAAACACAGCTCATGTTTCTGAACAATTGCCTATAAAGTCTTGATTCCTTACTCTAGTTTAACTATGCATGTCTATATATAAAACCATTTGTGTTCTGATTAAAATATTTGACTAATTGAAAAAAAAAGAAATATCTTACATTTAAACCACAATAATGAGAAAGATTTAAGCCTTGCTGTAGAGTAAGAAGAGGAAAGGTCTGAGAAGGGAAAGTGTTCAGAGAGTTAAGGTGCTGATTTTTGACCTGGATACAAATCTTATTTTTTTGTGGCTTCACAGTTGTATACCTCTAGGTATGTTGCTTAGTCTCTCTGACTCTAAATCTACATTTCTAAAGTGTGCATATTAATCTCTTCTTTAGTACTATATTTAGACAATATAGAGAGCCTTACATACAGAACTTGACATACATAGGTGAAAGTAAAAGAAATAAATTTTTCCATATTTTTGCCAGTTGAAACATGTTATTATAGTGTTCAGAATTTTATGTAGTCATTTTAATCATTAATATCATAAATGAGTATCCTTAAATTGTCATATCTATTACATCCTAATCATAAGAACTAGTAACATTTTGATGCTTAATTCAGGTTAATCTTTTACTTAAAGAAGTGTCTCTACTAAAGAAAATTCTAAAGCTTTCAGATGCATTATTATTAATTATTATTATTATTATTTTCAACTACCATGCATACAAACTCTTTTGGTTACCTGATATAAAGCTGGAAAATGGTAGATGATCAAAATGAGCCAGATATATTTTCACTTTAAAACTGAGAAAGGTCACCACACTTGAGCCATGGAACTTGTGAAAATCAAGTTGGTGACAATTTGGAAGCTTCATCCCTACTGGAGAGCTTTCACAGTGCTACACAGAAGATGCTATGTAAGCTACTAGGACAAAAAAAGTAATCAACTCTCTTACCCATCTGTGAACACAGCAAGCTTTAAGATTGCTCACCCTGGTAGTACAAACCCACTAGCACAATAGTGGCATGGGTTTAGTTTATTATTAGATTTAAGGGTTGATCTATAAGACATAATTTGTCCCTGATACTACTAACTAGGTCAACAGCTAATGGCTGGCTAGGTCACAAGCCCTAACAGAGAAATTACTACTATTACTCTGCTAAATAGACATAGTAATAAACTGCCCCCAAGCTCTTTTTTTTTTTTTTTGAGTTACAGTGTTTTCTTTTTT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Seq C2 exon
AAGTGGGAAACTAAATAACCATTTAGAAGCTGCTATTCACGAGGCCATGAGCGAACTGGACAAAATGTCTGGGACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036792-Mbd5:NM_029924:15
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.851 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0085512=PWWP=FE(29.3=100)
A:
NA
C2:
PF0085512=PWWP=PD(22.0=69.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: