BtaINT0091666 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000000329 | MEGF10
Description
Bos taurus multiple EGF-like-domains 10 (MEGF10), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046451]
Coordinates
chr7:27869315-27876188:-
Coord C1 exon
chr7:27876052-27876188
Coord A exon
chr7:27869528-27876051
Coord C2 exon
chr7:27869315-27869527
Length
6524 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TCCCATCTCCTGCATGACAGGTG
3' ss Score
9.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCACAGTGTGTGGTCAGCCTTGCCCCGAGGGTCGCTTTGGAAAGAACTGTTCGCAAGAATGTCAGTGCCATAATGGAGGGACCTGCGATGCTGCCACAGGCCAATGTCACTGCAGTCCCGGCTACACAGGGGAAAG
Seq A exon
GTAAGGGCAGCCGTGTGCCTCTCTGACTATTGCATGGAAGCGAAGCTGGGAGGGTCCAGGGAGCACATTTACGACCATTTGTCTGTGACTATTCTATAATCTTCCCAGAAGCATCTCTAAGGTATCAGTGTATTTGACAGATTCCTTCCCAACTCAGTGCATAGCAACTGGACCGCTGACAACAATGGTGAATTGAAGATGCAGAGAAAGCATTTTTTTTTTAAATGAGAAAATATCAGAAACCCATGATGGATCAGTTCTACACAGTTAAGTGATTAGGGCAGCCACTTCAAACCCCAACACTTCTAACATTTTAAAGATTTCTGGATAGATTTATTATCTTTAAAAAATATGTCAGGCATAAAGTTACCTTCCTATGACACTGTGTACTCTTAAGAATATGTGTCGTTTCACTGTGTGGTGGTGATAGGAGTAAGACCCAGTGGGACTTACAGGTCTCTCCTGATGCTTGTGTGGAGTGTGGTTTTATATCCACAGCTTGTCCGTTTTGTGTGTTAGGTGGTAAAGTGTTACCCAGAGTGCTTTGTTCAGCCTACAGCTTCTAATTTGCTCTTTAATCCATTGTATCCTGAAAGATTTGATAACCAAGCTTGTTAGCTGTGCCTGTAAAATTAGAGAAAGAGGCTTGAGAGGCAGAAAAGTATACAAACAAAGAATTTGAAACCTCTGTCCTTGGAAATATGCTCATCTATAATGTTCAAACAATAATTGTACTTTCTTCTAGGGTTGTTGTTAAGAATTAAATGAGTACATTAACGCTTTTAGAACAGTGCTAAATCTTCCAAATATTAGCTATTATTGTAGTTGAGTGATTCTATGAACTGTATAAATACTAGTGATTATTACCTTGAATGATATCTAGAAACTGTATAAATATTAGCTATCATTATTTTTTGATATCTGTGAATTAAAAATTCCTTTACCCTTCCTCTCTAATTTTTTTATTTCTAAAATTCTGGTCTATGACTTTTGATAAAATACTGTAGGGTGTTTTCCCCCTCCAATTTAGGCTTCACACTTTCTTAGGAAATTTATTTATAAGTATTTTATAGTTTTTGAAGAATCCCATTTAAGTTTTAATTGGATATTTCTGGATAAAGAAAGTCTTGCCTTTGAATATTTATTTTTTATTTAGTCACTCTACCAAACTTCTTATTTAATTCTCATGTTATTTTTAGCAAACCCTAAGGTTATTTTATTATCTACAGATAAAGATAAATTAGTCTCTTCTTTTCAGTGTTTGTAATGTGTCATTTACTTGAGTGATTGCATTAATTTAAACTTATAAATAGTACAGTGGAATAGTGAAAGTTGCTCAGTGGTGTCTGACTCTTTGCGACCACATGGACTATACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAATACCGGAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTCCAAGGGATCTTCCCAACCCAGGGATCTAACCCAGGTCCTTTGTATTGCAGGCAGATTCTTTACCAGCTGAGCCACAAGGGAAGCCCAAGAATACTGAAGTGGGTAGCCTATCCCTTCTCCAGCAGATCTTCCTGACCCAGAAATCAAACCAGGGTCTCCTGCATTGCAGGTGGATTCTTTACCAACTGAGCTATGAGGGAAGCCCAAACTTCTAAATGAATGTTGACAAATATAGATAAAAGTGGGAATTCCTATCTTCTTCCTAATTTTATTGAAAATGGCTCCAGTATAGTTTCCTGTTTGTTACTGGTTTCTAGTAGATGATCTTTTTCATCTTTGAGTAGTTTTTTAAAAATCCCTGTTTTTGTTAGAAACTTTTTAAGTAATATCTGTTTAGTTTCATTAATACAATTGTGTATTTTCCTTAATTTTTGATGTTATGAATTACTGGCACCTTTAGCACATGGTTTCTATAACATGTAATTGGGGTACTCAGAAAGTTTTTGTGCCCTGCTTCCTGGTTTATGATTGTATTTTGGAAAATGAGGTTGTTAGATGAATTCTGGATCCATGTTGTATTAAAGTCTTAATATAAAAAGATGAATCAGGGCAAGAGAGGCATGGGACCAAGCAGAACCCTAAGTAATAACTCTGTGTAATATTTTTGGACACTAAAAATTTAAATATAATAGTTTTCTTGCCCTGTCTGGATTTGTCTCAAATTCAAGGAACATAAAATCAGCAAACATACAGGCAGGCTTATACTCATTTAGAACACAGGGAAAGGGGATAACAGCTAATTTTCAGGTGAATTTTTGATTTAAGGCCAGGCAGGCAAAGAGCCAGAGTAAGAGAGGAAAGTGAAGAAGGAACTTGCTTCTTAACTTGTTTTTATAACAGTTGTGGTTTTTTTTTTGATGAACTGATGACATGACTCCTGTTTCCAATTCTTCTCTGATACACGGAAACACACATACTCACAACACAATGACATCAAGCACATTTGTCAGCGTGAAAGAAACAGTGGTTATGCAACCATTTGTGGCAGGAGGTGTGGGGAAAGCAGTCCGAGGGCCAAGGGTCCTTGCCCTTTCCCCTGTTTTGAGAAGTCAGCGAAACATGACCCCTGAGGTCAGGCCAGAGGGGAGCAGGTACCACCACAGGCAGCTGGCCCAGAGTGCGCCCCGGATGTGGGGATGGCTCTCCCAGCCAGAGAGGACGCAGAACAAACGAAACAGGCACCTCGTAGGCAGACAGAGCAGCTCGTGGGCTGCCCACATAATAGGCTGTAGGGTTTGTGGGATGGTTTCAGAGGACGGTGTGGTGAGGAAGGGTCATGTGGCACAGCCGAGTATGATGGCTCTCAGATCCTCACAGCACTCCTTCTGAAGGGGCTGAAAGAGTGTTCTTAATGCTGATGGGTTGTCGTGGCATCACTGCACTGGGGCTTTTGATGGCCTAGCGTGGGTCCATGTACATGATTGTTGCCTCTTACGTGTTAGCTGGGTGGAGAGGTCTGTGGATATATCATGCACTCTGTTAAAGGAAAGCCCCAGAATGTTACGCTATGCTGTGCTCTGAACCACCCTCACAGTGAAGAAGAATGTGGGCCAAGGGAGGGGAAGTCCAGAGTTATAGACAGGAATTGGGGGGATGCAGAACTGGTCTTCAACAGAGGCAGTCTTTTCTGCTTCCAGTATGGAGGAAAAGCTGACTCTTTCCCAGTGTTCTTTATATAAATATTTTCCCAAGAGCAGCGGTTTCAGGGGTTTGAAAGGCAGGCAGCCGATCTATTGATCCCAGTCTGATGAGGAATGTGATTCTTTCACAGTAAATCATGGTTTGGCCCAATTATTCTGGTCATTCTGGAAGGTCATACGTAAAAGGACAAAGGAGAAAATGGGACATGGCACCCCTTCCATGCTAACGCACTTTCTTTTCTATAAGTTCACAGTGAGATGCAATAAGATAATCAAAATGATAGTCAAACAAGTCTGTGACCCTCATTGGTTTGGGCATTAGTGTCATGTCTTACCAGATTATCACAGCTTAATGTGTGTCCGTTTTTCCAAACTCCAGGGTATTATTTTAAAAAATCTAAAAAAAAGTAAAATAAAATAGGAACATCATATTTTCATATTTCTACTGTGGCCAGTATTTATTGCTGTATTTTTATCTTCCTCTGGGAACACATGTATACCTGTGGCGGATTCATTTTGATATTTGGCAAAACTAATACAATTATGTAAAGTTTAAAAATAAAATAAAATTGGAAGAATTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAGAAAGTATTTCCTCTTTTAGTGACTTCTAAGATTACTTTTCTTATTCCACATGAGGCCACAAAAGCAACACTGAGGGCATAAAACTTGTTGGGAAATGATGCTTCTTTCAGAAAAATGAGCCCAAAAGGGAGGTAAGACTGCTTGACAAAGATTTTTAATTCAGCCAATGAGAAGGGTGTAATCTACTTCACCACTGTGTTTATTCTCAAGATGGAAAAGATCTACTTCTAGAAAGATATCCTACCACTTTGGTGTGGTAGGTGGCAACTAACAGGATTCCTCTTACAAGCGCAACACTGATGGAAAAGAAGCAGGATGGTGAACCAAGCTTTACCGACTACTTTCGTAAGAAAAATTAGAATGGCTTTTTGCCGTTTAAAACACAAACTTAGTAGTGTGTTTAATTATAGGTTTAGAAAGGTAAATCTGGGTCATGCCCAGCTATTATGGATTTTGTTTGCTCAGAGAGAAGGAAGTCTCTGCCAAGATAGGATAGAATAGTCACACGCTCCCCTGTCTTTGGTGGCAGACGTTTTCCCGTGCTTCCCATTACTCTCCTGTTCCCCATTTTTAGAGCTGTGCTTTTCTCCAAGTTAAAATCCTGGAGTCCAAAATGTAGCATTTGGGTTTCTTTTAGTAATATGATTTACCTTAAGCATAACTTTTTCTTTTTTTCTGGTATTGCCTTGCAAGGACAGACAGGTTGCCAAACCGTCTTGCCAACCTTTGGAGGAGCCATGAAGAGGCCCGATGATTGACCGACAGCATTTCTTCCTCCAAAGTTTACATTTTGGGGAGTAAACTAAGTGACTTGGCTTAGTAAAGCTGCTTAGAAGTTAAAAATAGAGTGCCTTTAAAAAACACTCTGGTCTAAAAATAGGTATACTCCTGTGTAACTTTGCAACACACATCTGATTTTATGCTAAATGAACTTAGTTCAATTACTCCAGAACTCTAGTGCATTGTTGAGTGAGTGATTTGAAGACTTTGCCTATTGAAAAAAAGTCTACAGTCTGTGAAACCAAATTTGCAAGAGTCCCTTTTCCCTAAATATGTCAGAGCCAGAGTTAACCAGAAAAATATCAGAGTTCTCAAGATTTATCCTCTGCTCTAAACTAGAATCCTATCCAGCCCTGGTATTGTTAGTCCCCACACCCTATCATTAAAAATATGCAAAGCCTTGTGGAAAATGTTTGCTTTTCAGCCCCTTTCCTGTTGCTTTGAAGTCTGCTTGGATTCATTATCGTGCACTTGCTGCTTGCCTTGTACCCATCTGAAAAAATGCAGTGCTGACCTACATTTTTGACTCTGGGTCTGGCATGACTTGAGAGCCACATGGGAAGTGGCTGCTGAGACTCACAAAGAGTACTCTGCTTGTGGCAGCACTCTGGCTAAGCAAGACTCCGGCTGCCTTTCCCTTGGCAGAAAGCACTCCTTCTGCTGCAGAAAATCCTATCAAGTCACCTTGCCTGGTCAGAAAGAAAAAGCTGGCCCAATAGCAGGGCATACGCTCCATGGAGCCATGAGGATTTTCTCTTCTTGAGTCCCTCCAGCAACTCGGCTTCCCACCCGATCTGACTTACCCACAGCATATCCTCATGCCACAATCTAAGGCCATTTTTTAAAAGAAAATAAGGTGGATTTTTGAGATATGATTTTTTTTCCCCTTGCTGTTTGGTAGCCCTTCTTCCCAAAAGGACAAAACCCCACTTAATAAAAATGTTGTGTTCAGGGAACTCACAGTCTCTCTACCGCCTCCTGGCAGGAGTTCCCCAGGTTGAAATTGAGGACACCTGATTTCAACAGCTCAGATTTTCCCGAAGTCCTCCCAAAGGAGGACTCCCAAAACTTTCTGAATAAGGAGCAGTTATTGCCATTCAGCTTTGAAAAGATAGACACGTTGCTGAGGTTAAAAATTAACATCAACATAAAAGCCAAGAGAATTAACATTTTGTTTCGAATTTGCTCCAAAGTTTTCACTTTGAAATGGGGAAAGCATGTATTTTATTTAAGAATAGTTAATTTACAATGTTGTGTTAGTTTCAAGTGAACAACAAAGTGATGCAGTTATACATACATATTCTTTTTCAGATTCTTTTCCATTTTAGGTTATTAAAAGATACTGAGTATAGTTCCCCATGCTGTATATAGTAGGTCCTGTTGTTTACATATATTGAATATAGTAGTGTGTATCTGTTAACACCAAACTCCTAATTTATCTCCCTCTACCCACGACCCACTTTGGTAACCATAAGTTTGTTTTTTGTGTGTATGAGTCAGTTCCTGTTTTGTAAATAAATTCATTTATGTCATTTGTTTAGATTCCATATGTAGGTGGTATTATATGATGTTTGTCTTTCTCTGACTTACTTTACTCAACATGATGATATCCAGGTCCATCCATGTTTGCTGCAAATGGCATTATTTCATTTTTTGAGAGAGAGCATATGTTTTAATCCTCTAATAATGGGCTGGGGCTCACACTTGGGCAATTCATTTTCTCTCTTTCCTGGTATCTACTAAAGGGCTATGTATACCTTTAGCAAGGACTAGGTATAAAACATGCTTCCCATCCCAAATTCATATTTTGTTTTTGATTTTACTATTTCTTTAAACAGGTTATATGACTGTTACCATTATAATTTTTCTTAATGCTTTTCATATCTGTGGTGGGACAATCACTAAGTAAATATGAAATCCAAAAAGGATCTAAGTGTGTTATACAACAAAACGTGTTTATTTTCACAAGGCACTGACTAATCTTACACTCCCATCTCCTGCATGACAG
Seq C2 exon
GTGCCAGGATGAGTGTCCCGTTGGCACCTACGGAGTTCACTGTGCGGAGACCTGCCAGTGTATCAATGGAGGAAAGTGTTACCATGTGAGTGGCTCCTGCCTCTGCGAAGCAGGTTTTTCTGGTGACCGCTGTGAAGCGCGCCTGTGTCCAGAAGGACTCTATGGCATCAGATGTGACAAGCGGTGTCCCTGCCATGTGGACAACACTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000000329:ENSBTAT00000000434:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079748=EGF_2=PU(93.5=63.0)
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=PD(3.2=1.4),PF126612=hEGF=WD(100=18.1),PF0005319=Laminin_EGF=PU(25.0=18.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]