DreINT0094995 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017229 | megf10
Description
multiple EGF-like-domains 10 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080506-1]
Coordinates
chr10:16151532-16160122:+
Coord C1 exon
chr10:16151532-16151668
Coord A exon
chr10:16151669-16159909
Coord C2 exon
chr10:16159910-16160122
Length
8241 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGT
5' ss Score
7.7
3' ss Seq
TGATTGACATATGTTGACAGGTG
3' ss Score
5.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATGGTGTGTGGACAACCCTGTCCGACGGGACGCTTTGGTAAGAACTGCTCACAGGAGTGTCAGTGTCATAATGGAGGAATCTGTTCGCCATCCACAGGACAGTGTGTGTGCAGTTCAGGATACACAGGAGAGAG
Seq A exon
GTCAGTACAAGATGTAGCCCTAATGCAACTGTTGAACAGAATGAAATAAGCTACAAAAATAAGCTGCTTTAATAGTTAAAAAAAGAAATACATTTATTTTTTATTTTTTGCTGAGCAGTATTGTGGCTCAGTGTCACCTCACAGCACAAAGGTTGCTGGTACGAGTCAAGGCTTGGCCAGGTGGCAGTTCCATGTGGAGTTTGCATGTTTTCCCTGTGTTTGTGTCGGTTTCCTCTGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTTCAAAGACATGCAGTATAGCCAGTGGTGGAAAAAGTACTGAAAAATCATACAAGGAAAAAAGTACCCTTACTTGTTCTAAAATGTAGTGCAAGTGGTGTAAAAGTATCTGTTTTAAATATTATTTAAAGTATGAGTATGAGTAGTCAGTACCATATTGTAAAAAGCTGATTCCTTTTGATGTGATTTGTGGATGATTGTATAAACACAACATTCTGTAGTGCATTTAGTTATTATTTAAGGCCATTTCAGCCATCATATAGTTAAACCACCAACCGGATTTCACCTAGTAGGACATAATCCTGGATTTACATCTACAGTATGTTGGTCCTGGAACAACATTACAATTAATCATTCATTCATTCATTCTTGCATTCAATTTCTACCGCTTTTCCGGGGCCGGGTCGCAGGAGCAGCAGTCTTATGAGAGAACGCCAGACTTCCCTTACCCCAGACGGTTCCTCCAGCTCCTTCGGGGGAATCCCGAGGTGTTCCAAGGCCAGCCAGAGTGACATAGTCCTTTCAACCTGTCCTGGGTCTTGCCCAATGGTTCCTCCCGGTGGGACATGCCTGGAATACCTCTTTAGGTAGGCGTCCAGAGATATCCGAAACAAATGCCCGAGCCACCTCAGCTGACTTCTCTCATTGTGGAAGAGCAGTGGCTCTTCTCCAAACTCCTCCTGGGTGACAGAGCTCCTCACCCTGTCCATAAGGATCCTGCCACCCTGCAAAGGAAACTCATTTCGGCCACTTGTATCCGAGATCTTGTCCCAAAGCTTATGACCATAGGTGAGAATAGGAATGTAGATTGACCGTTAAATCAAGAGCTTTGCCTTTCGGCTCAGCTTCTTCTTCACCACAACAGACTGGTACATTGACCCCATTACTGCTGCCGCTGCAACAAATCCGTCCGTCAATCTCACGTTCCGTCCTTCCCTCACTCATAAACAAAACTCCAAGATACTTGAACTTCTCCACCTGGGGTAAGGACATTTCTCCAACCTGGAGATGGCAAACCACCTTTTTCCGGTGGAGCATCATGGCCCCAGACTTGGAGGTGCTGATTCTCATCTCAACCATATCACACTCGGCAGCAAACTGCCCCAGTGCATGCTGAAGGTCCATGTTCGATGAAGCCAACAGAACAACATCATCTGCGAATAACAGAGATAAATTCCTGAGGTCTCCGAACCAGATTTCCTCCAGCCCAAGACTACGCCTTAAAATTCTGTCCATAAAGATTATGAACAGAATTGGTGACAAAGGGCAGCCCTGCTGGTGTCCAACATTCACAGAAAACAAGTCTGACTAATTGCCAGCAATGCAAACCAGACTCCTACTCTGTTCATACAGGGACGAGATGGCCTCTAACCCCGTACTCCCAAAGCACCCCCCACAGAATGCCATGAGGGACACAAAACACATGTAAACAGGTTGGGCATACTCCTATGATCCCTCGAGCACTCTGGTGAGGGTATAAAGCTGGTCCACTGTACCACAGCTTGGACAAAAACTGCGTTGTTCCTCCTGGATACTAGGTTCAACCACTGGCCGGATCCTCTTCTCCAGTAACCAGGCATAGACATTCCCTGGGAAGCTGAGGAGTGTGATCCCTCTATAGTCGGAGCACACCCTCCGGTCCCCCTTCTTAAAAATGGGAACCATCACCCCAGTTGCCCAGTCCAGAGCTACTGTCCCCAACCTCCATGCAATATTGCAGAGACGTGACAGCCAAGACAGCCCTACAACATTCAGAGACCTAAGATACACAGGTTGAATCTCATCCATCCAGAGCTTGCAAACTACCTCAGTGACCTCAGCTAAGGTGACGGGTGAGTCCACCCCTTTATCCCCAGTCTAATGGCCATAGGGAGCACCCGCTCTTCACTTACCGATCCCCCGAGAAAAGTCTGTGAAAAATATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTACCAGCTTCAACCCAGTACTGGGAAACACCCATAAACACACATTCACACAAACTTATACACTACGGCCAGTTTAGGTCATTCAATTCACCTATACTGCATGTCTTTGGACTTTGGAAACCAGAGCACCCGGAGAAAACCTACGCGAACACATGGAGAACCAGCAGGAACTCAAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCAATAATAAATAATTAATAAAGCATTAAAAAAATATATAGAAAAGATAAACATTATACAATCCTTGCAATCCTTGTTTTTTTACACTTAGACTCGTGCAGTGTAAACCAGTTCTGTATTGCTGTAATTTCTGCAGATGTTAAACCTGTGAACAACATTCTCTTCCGTAGTAAATTTGCTTAAGATATATATCTGTAGTATATACAAATATAGTATGTATATCTGTGACATTTCTTACTTGAATTCATCTACCTGAAAAATGTCAAACAGACATAAACAATAAGTCGACCTAAAGTTTTGTAGTCTTTTGTAGTTTATGATTGTAATACAGAATGTCTAAAGTTTCCACTGGATTAGGTTTGCTATGGTATTGAAATTGTGGGGTGGGAGAGTTTGTTTATGCTGTAAGATTACATTATAATGCCATTATTCATCAGACTATTTATCACAGTGAACAAACATCACACAGGATACCTTAAAAACATTAGAAATACAGCTGAGTGTGCTGATTCCCCTTATGCTCTATAGTCAGTGTCACTGACATTGTCAGAATGGCATTTAATCATATGCATGCAGATAAATCAATGCAGCAGTTGTTTCTCATCCAGCAGCAGCAGAATGTGTAATTACAGTATGAGTGAGCATGCAGCATGTATTTAAACTGCAGAAATAGAAACGCAAGTGCATTTTTATGACTTAATAAGTGCTTTGGTTTCACCAGACGTCACTGTTACCTCCGGTTTACCCTGATTTCACCACACCCTAGCGGCTGCAGAATGATCGCTTAACAGCCGCAGGGAGGAGCCCGCTTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTTTAAGTGGTTGAGATTCAAAGAGAGTGCCAGGCTCTGCATGCGAGAGGTTATTAGTGGGATACTGAACAGAAAATCAGTCTCTGATTAGCATCTCTCTCATGCACAGATTTGGATTCAGGATGTTTTCTGATTGTTGAACACATCAGCTACAAGTGTAGATAAGCATGACCTTGCGACATGTTGAAATTGTTCTATTACTAAACTCTGCTCCTCAGGGACTGATAGAAGCTTCATTATGAGCGCAGACAACACAACACAAAGCAGATGTTACATTCTTTAGATTCTTTTGCTGCTGCTTATGTAATGAATAACCCCTTTAATCACATTTTAAAAGAGAAACTCAAAAGCAATTGCAAGGGGGTAACACTTTAAAATAACTATCCGTTATAACTAGTTAATAGTCCATTAATAAACTGTTAATTAATGGGTTATAAATGACTTGTTAAACAAAAGTTAATAGGTTGTGTAAGGTCCAGACAGTTGGTCCAATGACGGTGTCCACTGGTGGATGAAGGTTCAATACCTGTTCGGTCTTTCCAGTGCACAATGTTGATTTACTTTAAACTTAACTCATTTCTGACTTCAATTTTAGTATGAGGTGGTTTAGAATATTAATATATTTATCCTCGTTTTATCTGACTCCAATTATAAAACATTGATAAGATTATTTTGTTTCCTTCAACATCATTTTAGATTATGATTGAATATTCTCTTCGGTTCATCATTTTATGTTATTCCCGTTCATTCGGATTCCTACAACATCCTGAATCTTCTACCGGCCGAGTATACAATTTCTTAAGCACAAGCGTGTCAATCTTGGTCACTAAACAGTGGCAATTGACCGCTATCCTAAAAAGGCAGAACCCTACTTACTCAGATTAGGATATTTTTTATGCGGTCCCCATAGAGCTGCTATCTCCTAAATCAAACAGAGCTATTTAGTCATATAATGATCATTACTATAGAATTAAGCAGACCAGTCGTACTTAAAATATTTGTAACTTTGAGTAATCACTATACTATCTAAGTAGTATTATAAGTTTAACAGATGAAGATCTATCCCCTTAGATAACCTTTTACAGTCTAAGTATCATGAATTAATGCAAATGTGTTAGTCGGATCGCTAAAGACATCGTATAGCGTGCCACGCTGCTCCGTTTACCGTGTTGTAGTCCGTTACTAACCTGTACAGGAGCTTGTGGTGTTATGGAATTACTGTAATCTACTACGGGTAATAACACAAACTCTGTTTGAATAATTCAAAACATAACAATTTATTTATCAGGTAAATGTGTATTGTGCCAATTCATTTAGTTAATTTATAAACGATTAATATAAGACATGAAATTCTCAAAGATAAATCCAAGATTAAAAGATGCATACCTGACTTAAACATCTACATAACATGGAGTGTAGGCTCCATGTTAAGGGCTGATCTGGGTAAGCAGAATCGCGCCGAACATTTTTCAAACCTCCCTTAAGTAATCAAAGAATCCCCCCAAGGAAAGGGGTGTGTAAATAACAAAGGGCATTTGCATTTAGTGGAAGAGTTTCTGCCTATAGAAAAGGCACACCCTTCACAGTGGTTCAAAAGATACCTGAAGTTATATATTCATTGTTTTGATTATGTCTATTTCTGAGGGAATGAGACCATTGTACCATTGGACCAAGACATTTCAAATGATATATAACATGATAAAGAAAGTCACTTGGGTTAATTTTGAACATTCAGACTTTAAAATGACCCTTCTGTGTGAGCTGG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Seq C2 exon
GTGCCAAGATCAGTGCCAGGTTGGCACATATGGTATCGGCTGCAGCCAGGCATGTCGCTGTGTAAATGGCGCTCAGTGCTATCATGTGAGTGGAGCATGTTTGTGCGAGCAGGGATACACCGGAGAAAGCTGTGAGGAGCGCATTTGTCCGGATGGTCAATATGGCCTTAAGTGTGACAGGAAGTGCCCATGTAACACCAACAACACACGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017229:ENSDART00000043936:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF079748=EGF_2=PU(93.5=63.0)
A:
NA
C2:
PF079748=EGF_2=PD(3.2=1.4),PF0005319=Laminin_EGF=PU(20.4=13.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]