BtaINT0095737 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004073 | MTA3
Description
Bos taurus metastasis associated 1 family, member 3 (MTA3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101964]
Coordinates
chr11:25112891-25126842:+
Coord C1 exon
chr11:25112891-25112990
Coord A exon
chr11:25112991-25126653
Coord C2 exon
chr11:25126654-25126842
Length
13663 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CATTTTCTTTATTTTTGTAGTTT
3' ss Score
6.93
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGTTGGGACATTTGCTCGAGCCCTTGATTGTAGCAGTTCTGTAAGGCAACCTAGTTTGCATATGAGTGCAGCTGCAGCTTCTCGAGACATCACCCTG
Seq A exon
GTAAGATGCTGTTTGAAATTTGGGGCTTATTATTTCTTCTGCTGCTTGTTTAATTTAACAGCTGATACAGCAATGTTATAGACCAGAGAACTTCCCGGCTCTGAGCCCTGCCGTTAGGTTGGATTGGCTTGGCTGGTCAGTTAACTGGGCTGTCTCATTTTTAAGTCACCCCCTTGTGTTTGTGAACTGAGACAAGCAGGAATGACTGTTCACTGAGTGGGCACAAAATGATTTAAAACAAAACATTTTGGAGAAAACAGTTCAATATTCTGATCCACCTGTCTTGACTTTTGTGCTTTTTTGATGTACTATGTCTATGTACATAAATGTTTGTAGCTCACATGTAGTGCTTTACAATTTTTTTAAGTGAAAGTGACCATTTAGTATCAGTATTTAAAGTTTTTTTTTCTTTTGTCTGTTCATTAGCAAAAAGTTCTGTTTTCCCAAATTATTTCATTATATTATGGTTGCTATCTTTTAGGACTGTTTCCTTTCTTCCCTTGGTGATCAAATGAGGCTTTCCACATTCAGTTTAATTACACCACTGATGCCTGCTATGGCTAGAGCTTGGCACTTGCTTCTTGCTCTGCACCCTCCAGCAAAGGAGACCTGCATATTTTTGCCTTTTGAACTTCCTTACTGTATTGATTTCCACTCCCTCTGAGATAGGCATGGTATGATACTCATGTTATTAGTACAAATGGGAAAACTGAGGTTTGACAAGGTTAAGTTGTTTGATATTCGTTACAGATAATAAAAGTTAGCGTTTTGTTTTCTGATGGAGTACAATTACAGGTTTTATTACTTTCTCGTTATACTCCAGTTTCAAATGTTTTACACAAAATATTTATCATGATAATATAAAAACTTGTACTAGAATGTGTGACAAATTTGTTTCTTACAAAGCTTTCTTGTGTTTTTGTACAGTTAGAGGTGTAAACATTAATAGTCTATAGTCTTTAAGGAACCTTTTTCTTTATCCTTTCTCAGAGACTAGAATACTGTTTATAGAAAAGAGTTTTATTATCTTGTTTCTACATTATTTTTTATGAAAATTTAGGGGTTTCAAGATAGGTTTGTATTTTGGTTGCTTAGCATTTTTAGATGCAAAAGTATATGTGTGAGTTTATATGAATCAGAACTACATGGAATCTAATCACTATCTACATATAAAAATTTCCCCAATTCTGAAAAAATTCAAAAATAAAGTACAGCAGCAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTGTCCTCATTACCCAAAGTAGAATATTCTTATCATTTTGTTATGTTTCCTTTCAGCCACTTTCTATGCATTGTAAACAATATACTAGCAAATTATAGAATAGTACAGAGGATAAAATAATAATAAAATACCATGCAATGCCACATAAAGCAGATTTTAGTATTTTATTTAGTTCTTTGGAGTAAATGGTTTTTCCACCACTATCAGTCAGTTCAGTCGCTCAGTTGTGCTGAGTCTTTGCAACCCCAGAGCTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCTGGAGCTTGCTCAAACTTAAGTCCATTGAGTCGGTGATTCCATCCAACCATCTCATCCTTTGCCGTCCCCTGCTCCTCCTGTCTTCAGTCCTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAATGAGTCATTCTACCACTATATTATTGATGAAATCTCTAATATTCTCTCCCTAATCTTATTCCCCATCCTCTGTACTTCTGACCCTGATCATCACTGCCTCCTGAGAAGAGGCAGCTGCTGTATCAAGTGTACTGTGTATCTAGTCCTGTTTTTCTAGTTGTGCTATGTATTGATGTTTCCAAAAACAACATAAACATTCTTACATGTGTTTACATTTACTTTGTTACATTTTGCTATTTGTTTATTGATGAAATGGCGCCATGTTAATAAATATGTACCTCCTTCACTCACTTTTACTGGTTGGTAATACTTGTAGTATACTTTCACAGAATACTACTCCATATTATATATGTATTCTTTCACCAATCAGTGAACATCTGGAGTGCTTGAAAAGCATTTTCCCGTTGCTATTAACCATGATGCTGCATTGGGAATTCTAACCCATGTCCTTTCTGAGCATGTGTGCCAGCTTTCTAGGCTGTAATTAGAATTGGAATAATTATTCATAGTGATTCATAGGGTAGTGCTCATTTTCAGTTTGACCACATGCATCAAAATTACTCTATACGCCATACTAGAAATTTGTAATCCTTTAAGCAGTAAATGACTGTACTTCTTTCTACCTCCATTTCCTTACATTGTCTTCAACGCCTGGACACTTGGTATGTTCAGACTAAAATTTTTTACTAATCTCATGCTATTTTATTTTAATTTATATTTCCCTGAGTACTTAATGAGGCTTCGACTTCACTTTCAGTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCAACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGACCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTGACACGACTGAAGTGACTTGGCAGCAGCAGCATGTTTTCATAATGACTCTTCAGATTTTTTTCTTTTTTGTATTTTAGATTAATGTATCCTTTGTCCATTCTTCACTTATATTATTATTCTTTTTTTTCTAATAGTTTTGAAGTTTTTTTTGTATGTAATACAAATACATTTGGAGTTTATATTTTTAAGAATGAAGTGAGGTAGCAGTCTCATTTTTTTCTCCATATGGAAAATTAATTATTCCAGCATCTTTTATTGAATTTGTTGTTGCCTCAGAATTTTGTAATGCCTCTTCTGTCTTATTTCCTGATCCTAAAAATGCTTAGGATTCTTAATCTGGTCTCTTGTTTCATTGACCTATTTGTCCCTGTGAAAGCACCATACTATACTAAATTTTGATACCTGATAATAAGTTCCACATGACTTTGTTTTTAACATAGAGTTGAAGTCATTTAGAAAGAGCGTTTTATACTGTGCCTCCCCTCTCCCTCATGTTTTTCCTAACACTATAACATAACACTGTTTCATATAAAATCTGCAAATTTTTTTTCTAATGTTGCATGATTTTGCCTTGTGTAGAGAAACTGTTACTTATGTAGTCAGTCTCTTGTGATTTGACAATGTTCTTATAAGATAATGGTTCCCAGATTATTAAGGGGGAGAGGGTGCTATCCCTGTTGTAATCCAGCAAATTCCCTCTACACTGAGGAGTGAGAATACAAAGCCAGTTCCTGAGGTGGGACAGAGCTCTTGTGATAAGACAGCTGGGGCTGGGATTTGCCTTAAATTCAGTCTGTCAGGTGAAGAGCAGGTGTGTGGGCTCTTGGCTCACAGCTGCGGCGACTCTCTGCTTCCCACTGCTGGTAACTGGTGGGACAGCGTATGAATTTCTTGGGGAAGAGGGCAGTCTTCAGGATTCAGTATTTGTTTTTGTTCTGTTGAAGGCGGTTGTAAAAAGAAACATTTTAAAGGGGATGCAATCTTTATATCTTAGTTTAAACGCATGGTGTGTGTGTGGTTTCAGTAAACGCATGGTGTGTGTGTGGTTTCAGTACTCGCCTGTTACGTGCCTTCTGGTAGGTGCTTTCACACTCCGGTTGTTACCGTCTCTTCTGTTTGCATTTTGTTTAGTATTTAGCACTTTGGAGTCACTTTTTAATTACATTATTATCTTAAATTATGTGTTATATTATAATTTTTTTAAGCATCGGCATGCTCAGAGGCTTAGGAAATTGTGTTTGTATACAGCTTGTTTGTACAGCCAGTTTCAGAGACAGGATTTGGATCTTGACTCCTTCTGAGGAGTTCTCTCCGTCAGATTACCTCTTCTGGTTTGTTCTTGTTAAAGTAGCTTGAGTTTAAACATCATCGTTGTCTGTCTCAGATCAGGCAACACTGACGATTGGTTCTTTTTGTCTACAACATTTATGTGTCTTGGTTTCCTGCTCTACCTAGTCTAGCTTCAACTTCTCTTGGACTTTCTGTATGTTCTTGTGTTGCGATTGAATTACTTTCAGTTGCATAAAATTGACATCTTTTAGAAGTCTTGAAAGCAGGGAGAAGTTACTGCCTCTTATTATTTCACAGGTCATGCCTTCACCTTTAATCCTGTTTGCCCAGTGGTATCTGGGCCTACTACTTTGATGCTAAAATACAAGATCTTAAGGCATTTCTATGAAAATGAATGGCAGTGGTTTAAAGTTAATATTATGTTGATAATATGAGTTTTGAAGATTGTTTCCAAGAATAATGTGCGAAAGCTTGCTAAGTTGTTCTGTGCCATTAAATGACAATGGCTTCATCCAGTTGAATTTGAAGAGTTGGATTTTCATTTTGCTTTCATTGTTCACAGAGCCACAGGTTAGTACCTTTCTCTGTCAGGTGACCAGACTGTGGATCTGGAGAGCACGGAGAAGGGCAGGGCTGTGGAGCTGCTGCGCCCTAGGCACCCTGCTCAGGTGGTTTTCTCTGTGACTTGTCCTCTGAGGACTCCAGTTAGCTCTCAGCTGACACATCTGCTTATCCAAGACAGTCTATGCCAGTTTATCAAATCACCAGTAATATTTTGGGAGCAGGTAATTGTGCTGCCTGCAGGATTGTTGGATCTAACTTCCTCATTTTGAGACCTGTTACAAACATAGCTGGGTTGTGAATTTCAAACCCTACTAGTCTAAGCCATATAATAAGATTTATGTTTGTTAAAACATTGACATCACAGAGGCTTCATAGATTTCACCTTCGTTTCACTAAAATGTTAAATATACTTAGTATAATATGCAAAGAAAAAAAAAAAAAGTTTACAACAATCCCTACATTCATTCTCCTTTCCTCCTGCATTGTGGATGCAAAATTCCTTGAAACAAAGTAGACTGAGAGGTGGTTGGTTAAGTAATAGCTGGTGGACGTTCTAGACTGCTCCTTTATGCTTGTGGCCAGCAGGGCCAAGTGCCACGTGCATTATTAGGCAGCCATTACTGGA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Seq C2 exon
TTTCATGCTATGGATACATTGTATAGGCACGGCTATGATTTGAGCAGCGCAATTAGTGTCTTAGTACCACTTGGGGGACCTGTTTTATGCAGAGATGAAATGGAAGAATGGTCAGCCTCTGAAGCTAGTTTATTTGAAGAGGCATTGGAAAAATATGGCAAAGACTTCAATGACATACGTCAAGACTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004073:ENSBTAT00000033090:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.206 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0144819=ELM2=PD(5.5=8.8)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development