GgaINT0081593 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009925 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23784]
Coordinates
chr3:23344033-23350470:+
Coord C1 exon
chr3:23344033-23344132
Coord A exon
chr3:23344133-23350281
Coord C2 exon
chr3:23350282-23350470
Length
6149 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGT
5' ss Score
8.37
3' ss Seq
CACTCTCTCCTTCTTCCTAGTTT
3' ss Score
8.49
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCGGTTGGCACATTTGCTCGGGCATTGGACTGCAGTAGTTCTGTCAGGCAACCTAGTTTACACATGAGTGCAGCTGCTGCTTCCCGAGACATCACACTG
Seq A exon
GTAGGTGGTTTGTTAAAAACCCTACAGCTTTTCTACATCTGTGATTTCAGTAGTATGTTTCTTACTGCTCTAGTCTTTGTCCCCTGGATATTTCGATTCACCTGTGTGAACTGTCGAGGTTTTTTCCATGTATATGGTAGAAAATGCACAGCATTTGTAACCTGTTAGTGCTGCCATTGTAATCGTACCATAAATCACTTGGCTTCAACTGAGATCTGTTTAAACATCTTCCATGTGATAATTTGTGCAGGAAACAGGATAGTGCTTGTTGCGTAGAGCTCCACTAGAATTGATAAGTAGTGTAATTTAAAATACATTGTAATAGAGCTGATTGTACCTCTGTGTCTGTAAATTTTCTAGAGTATAAGCAATAGTATTTTGTAAACAACTTCTTGAAGAACATTTTACTTAGGATAACCTTAGGATGCTTACTTAGTTTGTTGAAGTAGTTGCTATGATATAAGCATCTACTTCTTTTAGAGGAAGTTTAAAAGTATATTAATTACAGACCTAAGTTTATCTTTGCATGTTCATAGCAGCTCAGATGACAAGATGTACTACAAGGATTAAAGCGTTCCAGGAAGGCAGTGCAAAAACAAAATCTTACTCTTTCATAGAAATAAGTTTGGTTTTAGCTTCCAAAGACAGCAGCAGGAGTTCATTATTTTAAATGTTTGTGCACAGAGAGATGATACAGTATAGCAGGCATGTCCAACTGGTGGACCATGTGTGGCCCAGCACAGCTCGCAATGCAGCCACCCCCTACTCCATGCTGAAAAGGCAGATTCTTCCCCACTGAGCAGCCTGGCCTGGTTCAGATGCACACCCGTCACTCAGCAGCAACCAAACGATCAGTGTGCTTTTAACACTGTCTGCGCTAAAACTGGGGTACAGAGAGAGCTCAGTGTGGTGCTAACTCAAGTTATGGCAAATAATTGTATGCATTTTGATACATTGGCTACACACAGTCCTGTGATCAGCAAAAAAAATGTAGCCCTGCTTTCCATTCTGATAAAGGAATTGGAGGATAGGTTTCAAGATTTCTGGAAAAAAAATCAATTTTTTATATTTATAATTCTACTTTCAGTTGCAATAAATGAATTACTTGTGAGTTTTCAAATTGAATCCATAGAGTTGCAATCAGATGTTCAACTCGAGACATATCAAATTTGTCTTATTTACCAAACCTTTATAAGACCTCTCTTACCACAGAAAAACATCCCTTGCTTCACAGTCATGCCTTATTCATGCCATCACTTTCTCGCAATATGTACATCTATGAACAGCTATTTAGAAGGATGAAGGATAGGAATAGTGAAATTTCATCGAAAATCTTTGACAAGCAGCTTGAGAACTCTCTAAGAACAGCAACAACTGCAATCAAACTAGGCTGGTGCATTAGGTTCACAAAAAAAAATAGGTCAAATATTCCACTAGTTTATGGTTTTGTTGCGTTTTTTTTATGCTTTAATCAAAATACAAACAGTTAAAGTAAGTTATGTTACTTATATATTTTACAAGGGCTGCTCTGAAAGTAATTTTATTGACCCACAAGTCAGAGGTTGATGTTGGTGGCATGACAATAGAGGTTGAACCTTCCCACCAGTATTCTATTACATTTATTGCTGTGTGACGGTTGTCAGCAGAGGAGCAGTTTGCCAAATATCTCCATGCAGAAAAAGTTGCACCCACTGACATTCATTGATGCTTGCTGAATGTTTCTGGAGACCAAACAGGGGATGTGAACATAGTGAGGTGGTGGGTGGTGCATTTCAGTAACAGTGGGTCACCTCCACTGGTGCAGGTTTTGACAAGCATGGCATGGCTCTTGTTCATCACTGGCAAAAATGCATAGCTCATGGTGGTGACTATATTGAAGAATAGTGTTCTGTAGGTGAGAATTTGCTCTATCAGAGTTACAATGCTCATTGCATTTACTGTAGTTTCCATGAAAATAAATAGGAGGCATTACTTTTGGTGTGACCTTTGTTTATGCGGCCCAGAACAATTCTTCTTTACCCAGAGTGGCCCAGGCAAGCCAAAATGTTGGACACCTATGCAGTACGGTATAGAGATGACAGTAAAAAGGGTCCATTACATATCAGATAATGGAATGTTTGAACTAGAGGACACTCAATGAAACTGTCGCTTAAAAATCTTGAATTGAGGTATTGCCTTATACAGTAGAGCACCTCTGCTATTCAGTGCCTCAAGATTTTGAAGGAAGAAGCAATAGTAGCAGGAAAAAAAAAGGGATTAGGAAACTTAAGAACAGTGGATTCACGAGTTGATAATAAGAGTCAGAGAGAAGCTGGCCTTCTAGCACTTGTAATTCCCAGGACTTACTCTCTAAGTGATGTTTTATAGTCCTGCTGACAAGGACAGAATACTTCAATACGTGGTTTACTGATCTGATTTGGCAGGGCATTTCTTATATTCTGGGTAAATTACATTCATTAGTATGATTAGAAAAATTTCTTACACTTTACCACGTACTCTCAAAGGCTATTAAATGGGAAACAGACTTAGTCTGGACTACTGCGGTGTAGTAAATGCGGTGTAGTAAAAGGTAGCTTTTTCAGTAATGCTCAAGAGAGTTTGTTCTCTATTCTGAAGCTGTTTTTTGTTTCATGCTTGTTGATATGGCCTTGCTGACATAATTCCATTCATATTAAATACTTCAGTTTTTTCATCATAACAGTTCTTCCATTTGACATTTTTTTTATTAAGATTGCTTTGGATTAAGAACTTGTAATAAATCTCTCACGATGTACATCCTTCTTAACTGTGTTCAATGGTTAAGAGAATAGATTGATTCTTATAGCAGGTTCTTTCTGTTTGCAAGTAAATGTGCAGCGCTGCTAATAAAGGGATACATTTAGCGTTTGAGTGCCATATAAATGTTTCTGTGTTGCAAATGATCCATTAAATTCCATTACACTTAATGAAAGGCATATCTTATAATGAGGCACTAGAAGAACCTCCCCAGGTTTAATTATTGTCTGTCTGTTCTCTCTCATTTTCCTACCCCCACAAGCTTTTTAAAACCGTCTTTTGCAGTGTACTTCCTTCTAAGTTAAAAAAAAGACATATTTGTCATTTTAGTAATTATTCTTTCATATTTTCCCATGTTAATTAGGAGTGTATTTTGAGCAGCAGTTAAAGTTAGTACAGACGTTTGCAGAACTTGTGGTGGATCTCATTTATGGTTTGGAAGGGATGTAGGTGCCTAATACTAAGACAATTAAACTGTCGGTGTTCTTAGTGCTGGATAACCCTTGCACCTGAAGTTTTATTAATGGAGATTCTGTACGCCATGTCTGTGGGCTTCCAGTATTTTTAATTAGCTGTTCCAGCTAGAGATGACTTTAAGCAATCTGATAGCATAGTTTATAAACATAAGTAAATTCAGGGTAGGTGTCTGCAGTAAGGAAAGGTCTTGTGAGCTTAACAGTGAGAGGCTACTTTCAGCCTTTTTATCTTGAAAATCTGAGGAAGGTAATGAGATAAGGCAGGAAATTACCAAGTTATTTAGAAAACCTTGATGAAAGACATGAAACCATGTGAGTTTAACTTCCTAGATGATAGTGTACTTTTGTTTTTTGTTTGTGTGTTACAGTGATACACTCTGGTGAGACAACTAAAGGTTGTGTTTCTGGTGCACCCAGACAGAGTGCATTTTATAATGAAATCAGTTTCTCGGAAGAAAGGTCTCCTGTTTCAAATTCCAAAATGCTGCAAGATGCGTACACTGATGATGAGTGCCCTTAAAGCAGAGGAGGTTGACAGATTCAGTGTGCGTGCTGGTTGTGGGGGACTTGTTCAGATGAGCCCATGCTACTTTACTATAAAGAGTTAGATCTATTCTTGGGTGTTTCTTGAAAGTTAAAAAGCATGAACAGATGTCTCTTTGCACCAGTTTTTATGACAAGACTTTTAAATTTTAGTGGACTTCTGTATACGTGGCACATACGATAATCGTGTCTAAAATTGTTGAATTAATAATATCCATATTCAGTTTTCAGTTTGAGTGCTATCCTGGAGGCAGTTCAGTCTAGTTTATTTAACTAATTACTGAAATAGCAGCTGTTTTGGGAACTGTTAGAGCTTGTTTACAATATGCCCTGCTACTCCTTTTTTTCCTGGCTCTGTCCCACCTTTCTGGGCTTAGTGGATATCTTCTTTCTTTGTCAGTTAAAGTTTGAGCTTGAAATTCCCTATGTCTGTGTGGACAATATCTTTCCTCTGGTGAGATCCCTCATTGGTGTTGGAGAGTGTGCTCTGGGCAAACTTGCTTAGGGTGGGTTGTTCACGTGTTCTTCTGATCCCTATCTGAGAGAGTCACTGACTGACAGCCCTTCCCAGCCTCATGTTCCTTGGGTATTGTGTTCCCATTAGTTGTATCTTGCAGTCCTTGCATCGTTGGTAAAAGATAAAAAAGAGAAACTCCAGGACTTTGTCTTGGACGATATCTTTTAGTTGTTCTTGCTTTTGGTGGTGCAGTTTAGTCATGGTAATGTGGGTATCTACTGGAAGTGGAGGCTGACAGACCTGCAGAAGGCAGATAGTGTTACTGTAGGAACTTGTCAGTAGTCTTCTGTTGCAGAACAGCTCAGTAAAGATGGTTCTTCCCACAGATTTCTCTGTCAATTTCAGCAATATCAGGAAAAAAAAAAAACCTACCTTTATAGAATCAGTTGTTCATTTTAAATGGAAAAAATGAATAAAGCAATTTTTAAGAACATTGATATAAATGATTAAGTTTGGATTTAGCAGCTGCTTGGAAAATTTGCAGGATATACTGCTTTTCCATGAGGGCTGCAATTTAAACTTCTTAACACATATACCGTAAGAGTTCAATCTTTAAGCGTGCTTTACTCATTGCCCACATGATAAGCCATAGATCAGTAATTTAATTCTCTAATCTGAACATTCTGGCTTTTAAACTTTAGGTTGCAGTGTTTCCATATTAGAATACTTCGTGTTAACAATGGTTTCTTCTTAAGGCTGGTGAATGTGGCATGAGCCATAAGTAAAGTGACTTATCATAGGATAACGGTGACGTTACCTCTTGCAGATTAAACAATTTGAGAATCTTGTACCTGATAGTTTTCAAAGTGGTATATGGAGAGCTGGAGAAAGACTTAGCACTTCATAGGAGATAGCAAAAGATAAGGAGAATCCATTACTTGTATTTTGTATGCAGAAGCTCAACTGGAATTGCAGTGTAAGCGCTATACTGACCATTCCTTCCTTGAAAAGTTTCAGTTGTCATAAGATGAATTTAGGGCTATGTGAGAGGTTGCATGCTACGCTTATTGGGCAGTTCACTGCCCAACATATGGCAAATCAATGACGTGCAGTCACACGCAGTCAGTACTTACTTCATACCTCTTATACCACCTTCAGCACAGTGATTTAAGATTGTAATGATGGGGGCTTTCAGGATGCTGAGTTGAAAAGGCTTCTTGCATGTTGCTCATTTTCCATGTAGGTGGATCTGTGAAGTAACAACTTACTTTTAATATTCACCATAATTTGTGAGTGTCCAGTGTTACCTGAAAAGTTAAGAATGCTATAACTTGTTTGTTTGCTTTTTCCGCTTAAAGGGAAAATGAAGTAAAACAAAAACTGAATTTACCCATCTCCAGTATTTAGCAAGGGGCAAAAATCTTACTTGTTTTTCCATATGATGATAATGAAAAAAATAAATTATTTCCTTTTTCAGAAGTGAAAATATTTAGCATTTGTATGTCTGAGAAGCTCTTCAGCTACTATTTAGAAGTTTTGCTAATTAAAATTGCTTCTCAGTCAATATCGGCCATTGTCTCTACTGGGTTACTTTAAACCAATTTCTACCAAGTAAAGATTCTCCAGAAATGTTTGCTGGTAATTTGCAGGAGCTAATTAACTAATGTTATTTTTAGCAAACATTTTCTTAAGTTGTTTCCTTTCCCAGATTAAGTAATAAACAGTTTATTTTCCTCATGTTTCACAGTGGAAATCCTATGATATCAAAATACTTACTAAATTTAGCATTAGTTGATGCTTGTTGCACAGCATATAGAAAATAGTACACTGAATTTGTGTTAATTGGACTACTATCTAATTAAACAAGCTCTTTTTTTCCACTCTCTCCTTCTTCCTAG
Seq C2 exon
TTTCATGCAATGGATACGTTGCATAAACATAACTATGATTTGAGCAGTGCCATCAGTGTCCTAGTGCCACTTGGAGGACCTGTCTTGTGTAGAGATGAAATGGAAGAATGGTCAGCATCAGAAGCTAGTTTGTTTGAAGAGGCATTGGAAAAATATGGAAAGGACTTCAATGATATTCGACAAGACTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009925:ENSGALT00000016137:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.382 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0144819=ELM2=PD(5.5=8.8)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]