HsaINT0105870 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000057935 | MTA3
Description
metastasis associated 1 family, member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:23784]
Coordinates
chr2:42886903-42909729:+
Coord C1 exon
chr2:42886903-42887002
Coord A exon
chr2:42887003-42909540
Coord C2 exon
chr2:42909541-42909729
Length
22538 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
TGTTCATTTTGTTTCTTTAGTTT
3' ss Score
8.88
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGTTGGGACATTCGCCAGAGCCCTGGATTGCAGCAGTTCTGTGAGGCAGCCTAGTTTGCATATGAGTGCTGCTGCAGCTTCCCGAGACATCACCTTG
Seq A exon
GTAAGACATGGTTTGAAATTTTGTGGGTATTTATCCTTCTGTTACTTGTTTAATTTTAAAGCCATTGTGGCAATACTGTAGACCGGGAGCTTTTGGGCTCTTAGCCTTCCTGACTGCTAGGTTGATTTGGCTTGGTTACTTGGTTGACTGGGTTATGATAACACTCGTCTGTGAGTTGAGAGTTTTTTGTGTCTGTTCATTAGAAAGAGGGGCTGTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTATATTTGGAGATGGAGTCTTGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGTTGGGATTACAGGCACGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGTTGGTCTCAAACTTCTGACCTTGTGATCCACCCGCCTCGGCCTTCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCGGCCAGAGGGGCTATTTTCTATATAATTTTATTACATTATAGTTGATATCTTTTAAATCTATTTACTTTTTTCTTTCGGTGATCAAATGAAGCTTCCTATATTCAGTTTAATTTTACCACTAATGGCTGCCGTGGTCAGGCATAGGACCTGGCACTTACTGCTTTCTCTGCACTCCAGAAAAGTGGACCTGTGAGTTTTTTGCTGATTGAAGTTACTTACTGTATTTGATTCCTGTTACCCCTTGTGATAGGCACGGTAGGATGCTCATTTTACACACGAGAAAACTGAGTTTGGTGAGGTTATTTGACCAGTATTCATTACATGTAACAAAAGTTTCAATATTGTTTTCTAATGAAATGGAATACAATATGGGTTTTTAACTTTCTTATCATAATGCCAATTTGACATGCTTTTCATAAAATATTTATTTTGATAATGTAAGAACTCATAGAGGAATACACATCAGATAATAAAAATAAAGACAGGGTCTTACTATGTGATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTCCTGGCTTTAAAGCAGTCCTCTTGCCTTGACTTCCCAAAGTGCTGGGATTACTGTTGTGAGCCACTGCTCCCAGCCTTGTTTCTTATGCATTTTGTGTACTTCTGTACAATTATAGATTGTGACTAAAGCTGTGGAACTCCTTGCCTTTTCCTTTCTCAAAGACTAGAATTGTTCATAGAAGAAAGTTTTGTTTTCTCCATTGGGACATTAATATTTTACCCCAAATTTTAGGATCTCCAAAATGGGTTTGTATTTCAGTTGTTTAGAGCTTCGAGAATATTTTATCAGAGAAGCAAGAGTACAGATGTCATGTTTGCAAGAACTTTAAAAATCAGATATTTCACTTTGGGGGGCTGAGGCCAGTGGATTGCTTGAGCTCAGGAGTTTGATACCAAGGTGGGCAACATAGTGAAACCCCTGTCTCTACAAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCATGCGCCTGTCTTCCCAGATACTTGGGAGGCTGAGATGGGGAGATTGCTTGAGCCTGGGAGGAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCTCATGCCACTTGCCCTCTAGCCTGGGTAACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGATATTTATGTGAACCAGAACTATGTGGAATCTAATAACTACCTGTATATATTTTTCCTGGTCAAAGTGATTTTTGCTCAATTTAAAAATTAATGTATATCTGTTATGAAAAATTAAAAAATAGTACAGCAGCAGCCAAAAAAAGCTTTGTTCTCATTACCCAGAGTAGAATGTTCTTACTGTTTTGTTTTCTTTAAGCCCTTTTTTATGCATTATACATAATAATAGCAAATTACAGAATAGTATAGAGGATAATGTAATAAAACTCCATATAAGGGCACCTAAAGCAAATGTTAATATTTTAGTTCTTCAGGTTAAAAAACTTTTTTTTCAACCATTATAGTTAATGTTGAAGTCTCTAATATTCCCTTCTGAGTCCTACTTCCCTTTACCTCTGCCTCCTTTCAAGAGCCAGCCACTGTAACAGATCTGCTATGTATGTAGTCTGTGTTTTTATAGTTGTATTATTTATTATTCCAAAACAACATAAATATTCTTTTGCATATGCTTAAATTTATTGTGTAACACTTGCCATTTGCCCATTATTGAGATCTAGCCGTGTTAATAAATATAAACACAGTTCATTCATTTTAACTGCTTTCTATTATTTCCAATATTCTTGTATATAATACTACACAACATTATTTATGTATTCTGTTACCAGGGAACATCTGGAGTGCTTTCAAAACGTTTTTCTTTTGCTGTGTTACTCATAATGCTATGTTGAAAATTTCACACATATCCCTTTGTGAGCATGTGTGTGAGTTTTTAGGCTATAACTAGAGTTATATTTATATATATAAATTTATATATTTCTTGTGTCTTGTTTTTTCTAATGGTTTTAAAGTTTTCTTCATATTTAGGACTGTAAATCTATATAGAGTTTAATTTTGTGAATAGAGTGAGGTAGGGATCTAATTTTTCTCATATATTAAATTAATTGTCCCAGTACCATTTATTGAATTTGTTTCTTCATGATTTGTAATGCCCCTTTATCATATTTTAGGTTCCTAGATATACTTAGGCCTGTTTATAGACTTTTAATCTATTCTCTTTTGTTTTGTAGATCTATTTTTCCCTGTGCAAGCACCACATTTTAGTACATTTTGATAACTAAGTCTTATGTGAACTTTCTTTTTAACTGTTTTAAATGACCTCCACCGCCCCTATGTTTTCCCTAACTATATTATATAAATACTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCCCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCTTCCCGGGTTCAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCGCACGTCACCACACCTAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTCACCGTGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACTTCGGCCTCCCAGAGTTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCGGATAAAAATACCTTTTTAAAAATCACTGCAAGAACTTAGTTTTACCCTAATGTTGCATGATCTTATATAGGTAAACTATTATTTATGTAACCAGTCCCTTGTAGTTTAACACTATTCTTATGAGATACTGCTTCTCAGATTATAACTGGGGATGTGGTCCCTGCTTGAGTGCAAGTGGAAAAGCTTGTTCCTGAGATGGTGGAGAGTTCTCGTGGCAGCTGGGCTGACTTGCCTGAGGTAGAGAGGGCCTGTGTGGGCTCTTGGTTCACAGCTGCAGCAGCTCACTGCTTCCCACTGCTGGTGAATGTGCAGGACAGCAGGTGAATTTCTTTTGGGAGAGGGCAGTTTTAGAGGTTTGGTATTTGTTGTCAGTGAAGGTGATATTTTAAAGAAGCATTTTAAAGAGGATTCTACCTATATACCTTAATTCCTTTAAACATCATTTTATGGCCAAGTACACTGGCTTATGCCTGTAGTCTCAAAACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGATGATCACTTGAGGCCAGGAGTCTGAGACAGGCCTAGGCAACATAACAAGACTCTGTCTCTACAAAACAAAACAAAACAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGAGTGCTTGTAGTTCCAACTATTCGTGAGGCTGAGGTGGAGGGATCCCTTGAGCCAAGAAGTTCGAGGCTGCAGTGAGCTATGATCATCCCAATGTAGGCAACAGAGTAAGACTCTGTTTCATAAATAATCATTTTCTGTGTAGTTTCTGTAATACTTGCCTCTTATGCTCCTTCTAGGAAGTTACCTTCACACCCTTCAGTGTTTTTTATCTCTCCTGTTTTGTTTCCATTCTGAAGCTTAGTAATTTTGAGGTCCGATTACTTTTGTATCACATATATTCTTTCTAGTTATTTATTACCGTAATTATTTTCTAAAGCAGAAGTAGGCTCAGAGGCTCAGGAAGTGGTGTTTTGTCATGTTTGTATAGCTGGTTTCAGAGATAGGGTTTGGATCTGCACTTGATTCCTCCTGAGTAGTTATCTCTCCTCTGTCAGATTACCTCTTCTATCTACCCTTCCACCTCATTTTTGTTAGAATGACTTGGATTTAAGCGTCATTATTGTCTTTCTTTGAGGCAGCACTGAAGAAGATGTGTTTTTTTGCTTGCAACATTTAAATACCATGGTTTCCTTCTCATACTGCTTTAGGTTCAGCTTTACTTAGACTCTTAGATCCTGAGGCATTTATAAAATTGAGTAGTATGGTTAAAAATTAATTATTAGTATGTTGATAATGAGCTTTGCAGATTGTTTCCCAAAAAGAACATATGAAAGGTTCATTGGTTGTTTTGTACCATTAAATGAAAATGGATTCATCATTCAGTTGAATTTGGGGAGTCACATTCTTTTCTTTGAGTATTTATGGTCCTACTACCCCCTCACCCCGCTTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCTGGGTTCAAGTGTTTCTCCTGCTTCAGTCTCCTGCCTCAGCCAGTAGCTGAGATTACAGGCGTCCGCCACCACTGCCGACTAATTACGGTCCTATTCTGATCGCTTTAGCACCTTTTTCTATTAGGTGATCAAACCTTGGATCTGAAGACCTCTTTGAGAGGCCTGCAGAGAGGGCAGGGTTGTGGAACTGCTGAAACCTGATAGCCCTTCCTAAGTGATTTTCTTTGTGACTTTTATTCTGAGGACTTCAATGGGCTGTCAGCATTCCTAATCTGACATCGATTTATCCGAGACAA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Seq C2 exon
TTTCACGCTATGGATACATTGTATAGACACAGCTATGATTTGAGCAGTGCCATTAGTGTCTTAGTACCACTCGGAGGACCTGTTTTATGCAGAGATGAAATGGAGGAATGGTCAGCCTCTGAAGCTAGCTTATTTGAAGAGGCACTGGAAAAATATGGCAAAGACTTCAATGACATACGGCAAGATTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000057935-MTA3:NM_020744:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.525 A=NA C2=0.057
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0144819=ELM2=PD(5.5=8.8)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)