MmuINT0101461 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055817 | Mta3
Description
metastasis associated 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151172]
Coordinates
chr17:83766507-83775770:+
Coord C1 exon
chr17:83766507-83766606
Coord A exon
chr17:83766607-83775581
Coord C2 exon
chr17:83775582-83775770
Length
8975 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGA
5' ss Score
8.85
3' ss Seq
GTCCCTTTTGTCTCCTCCAGTTT
3' ss Score
10.65
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCCGTGGGAACATTTGCCCGAGCCCTGGACTGCAGCAGCTCCGTGAGGCAACCCAGCCTTCACATGAGTGCAGCCGCAGCCTCCCGAGACATCACCTTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCATGCCATGGACACACTGTACAGGCACGGCTATGACCTCAGCAGCGCCATCAGTGTGCTGGTGCCGCTCGGAGGGCCAGTCCTCTGCAGGGACGAGATGGAGGAGTGGTCGGCCTCTGAAGCCTGCCTATTCGAAGAAGCACTGGAAAAATACGGCAAAGATTTCAACGACATTCGTCAGGACTTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055817:ENSMUST00000067826:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.201 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0144819=ELM2=PD(5.6=8.8)
A:
NA
C2:
PF0024926=Myb_DNA-binding=PU(61.7=46.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
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- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types