BtaINT0097114 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021151 | MYH10
Description
Bos taurus myosin, heavy chain 10, non-muscle (MYH10), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174834]
Coordinates
chr19:28735658-28749887:-
Coord C1 exon
chr19:28749795-28749887
Coord A exon
chr19:28735722-28749794
Coord C2 exon
chr19:28735658-28735721
Length
14073 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
TTTTTGTAATTTATTTTCAGGGC
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGAACTTGAACGGCAGCTTTTGCAAGCAAATCCAATCCTGGAATCATTTGGAAACGCAAAGACTGTGAAAAATGATAACTCATCTCGTTTT
Seq A exon
GTAAGTCTAAAAGTGCCAGAAACCTTTCGTTCCTCAGACTTCTAGTTAAATGTCTACTATGATTAAGCAAATAAAGTATCTTCCTCCCTAACAGATGTAGTATGGAACAGTGAACAGAAATACAGTGCAAGTCACATGTAATTAAAATTTTCCTAGTAGTCACATTTTGAAAAGCAAAAAAAAAAGGAAAAAACAAATGGGAAAGTAATTTAAATCGTATGTTTATTATATATAAATATATAGTTATGTATTCTATGGTTGTGTTGTTAATAACCTCTCTGAACTTATTTCTTCACTTTGGTTGGGGATGATATAAATAATTCCGGGCTTGTCATGGAGATTAAATGAGGTGCATGTCAAGTACTTAACACAGCACTGGGCACAATTAACCCTGAACAAAGTGAAGTTGGAATTTGATGTGGTAAATTGTTGTCTTTGTACCTTGCTGTTTCTATGGTATATGGATCTCAGAATAATTTATCACTACTGTTACTTCTCTTTATTTATTTTTGATATTTTGGTTTTATTGGGGTGTAGTTGATTTACAGAGTGGTGTTAGTTTCAGGTGTACAGCAGAGTGATTCAGTTATACAGGCCCGTGTATTCATTCATTTCTTAGGTTCTTTTCTCATATAGATTATCACAGAATATTGGGATGGTACTTCTCTAAAATTTTCTTCTCAGCCATTCCACTCTCTGAATTCAGTGAAAACTTTACTTTCTCCCTCAGCTCGCACAGCTCGTCTAGGGACATTTTCCTGAATGACAGCAAGATCAGTGTCACAGGACATGGCCTTCCCTTTTCCAGCTTCTCAGAGTCAATACTTGGATAGCAAGTTGTTCAGCTTCTGCTATTTCTGCTTCAATAGCTGGAGTTGTTTCTCTGTTTTTCCTCCCTCCTCTGGTATTAGACGTCTTGGTTAAAGTTAAGAAGGCCAGAATCAAAGCAACTTTAATTCTAACGATTCCTTAATGGGCGGTTTTTGGAAATCAGGATAACTGTGACTTTTTTTTTTAACCATGGGGGTGTAAAGTTGCGGTCCATGCAATAGTCTGATGACGTGGTTTCTGGAATTAGAAGCCACCAGACCATAGTTCAGTTCATTTCTGTCACTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGGACTGCAGCACCCCAGGCCTCCCTGTCCATCACAAACTCCTGGAGCTTGCTCACACTCATGTCCATCGAGTCGGTGATACCATCCAACCGTCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTGCCTTCAACCTTTCCTGGCATCAGGGTCTTTCCAGTGAGTCCGTTCTTCGAATCAGGTAGCCAGAGTATTGGAGCTTCATCGTCAGTCCTTCCAGTGAATAACAGGACTGATTTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCATGAATCTTCTCAAATACCACAATTCAGAAGCATCAATTTTTAGGTGCTCAGCCTTCTTTATAGTCCAAACTCTCACATCCATACATGACTCCTGAAAAAACCATAGCTTGGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAGGTAATGTCTCTGCTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTGTTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGTCCCCAAAAATAAAACCTGTCACTGTTTCTGTTGTTTCCCCATCTGTTTGCCATGAAGTGACAGGACCAGATGCCTTGATCTTAGTTTTTTGAATGTTGAATTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTTGCTTTCTACTGTAAGGGTGGTGTCATCTGTATATCTGAGGTTATTAATATTTCTCCCGGCAGTCTTGATTCCGGCTTGTGCTTCATCCAGCCTGGCATTTCATGTGATATACTCTTCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGATGTACTCCTTTCCCAATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTTCTTCTTGACCTGTGTATAGATTTCTCAGGAGGCAGGTAAGGTGGTCTGGAATTCCCATCTCTTTAAGAATTCTTTACAGTTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGTGTAATCAATAAAGCAGAAGTAGATATTTTTCTGTAACTCTCTTGCTTTTTCTGTGATCCAGTGGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTTGCCTTTTCTAAATCCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCTCCATTCACGTACTATTTTGAAGCCCAGCTTGGAGCATTCTGAGCATTACTTTGCTAGCGTGTAAGATGAGTGCAATTGTGCAGTAGTTTGAACATTCTTTGGCATTCCCTTTCTTAGGGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGGTGAGTTTTCTAAATTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTAACAGTATCTTTTAGGACTTGAAATAGCTCGACTAGAATTCTATCACTTCCACTAGCTTTGTTCATGGTGATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACTTCGCACTCCAGAATGTCTGACTCTAGGTGAGTGACCAGACCATATGGGACCTGGTATACAAAGGCAGCCGATAACCCTCTGTATTACTTGTGCCCAGGCTGCCGAAACAGCACTGCAGACTGTGTTTTTTCACAGTGCAGGATAAAGTCTGAGATCAGTGTGTGGCCAGGGTTGGTTTCTTCTGAGGTCTGTCTCCTTGGCTTGTGGACAGCCATCTCCTGGGAATTCATGTGGTCTTCCCTCTGCATGTTTGTTCTGTTCTTCTAAGACCCCAGTCACGTTGGATTCAGCCCACCATTATGACCTCATTTTAACTTAATTACATTTGTGCAGACCCTTTCTTTGAATATAGTCTTGTTCTGAGCTAGTAGACATTAGGATTTCAGCATATGAATTTGGGGGTGGTGGGGACAACTCCACCCTAACACCTAATACCCTCAGAGGTAGTTGAAGTGCAAGAGGCTTTCCAGGTTATGTGAAAAGCAGTAGGGACGTATTTGCTTGGAATACTGTTTATTCCTAGTAAGATAAAATCTGAAGATCTGCTTCGTCCAAGTTCATTTAGTAATTATTTTAGCTTTTTCTCTACAGAGTGGGATAACAAATATGCCTGTGTCAGTAAGAAGCATGGCTGTGACTTTCAGATCTGAGGAAACTGAGCTGCGTTTAGAGTTTCTGTCATTCCATGGATCATCAGAGTTGAGTCTGAGCCACAATTAAATTCTTTTTGCTGAAAGCCCTGTGTTTAGTGGCTATGTCATGGAGCCGGAGATAGCTACCAGCTTTGGTATGCTGTGCTATGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGCTGCTGTTTCCTTCTCCAATCCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTAGCGACCCCATGGATTGCAGCCTAACAGGCTCCTTTGTCCATGGGATTTTCTAAGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTCTCCAGCTTTAGTATGAGAGTGTTGTAAAGATTTTCAAGGACTTCGTAGTGGATAATGTCTTATTTTACCACATAAATCAAGGTGCCAGTCTCTCCTGATTTCTAAACACCCCCGTCCCCCAAACCACATTCCAAATCCAAGAGAAACAGTTTTGTGCCCATTTGTCTCACTTTTGCCTAGAAAAGGTAAACTGCTACTAACCAGACCTGTCCTTTGGTCTAGAATGTGGTGATCCCATTATTAAAAGGTAAGGACTCAGCGGATGGGGACCTTGTGTTTGGGGCAGAGAGACAGGTGTTAGAGGCTACTGCTTTGTAACCAGATGCCATAAGTCCTAGTGATGTAGAGCATTTGTTGTCTCAGTGTTGCTGGGTGCTGGTTCTGGTTCAGGGTCTGCTGGGAGGTCGTCATTACCGTGTGATTGGCTAGCGCTAAGCATCTGAAGGCTGCTGAGACTGGAGGAGCTTAGCTTCCCAGCTTGTTACTCGGGTAGCTTTTGGCAAGAGGCCTCAGTTCCACAGGCTTCCTAGGTGGCTCAGAGGTTAAAAAAAAAAAAAATCCGCCTGCCAGTGCTGGAGACACAAGTTTGATCCCTGGGTTGGAAAGATCCCCTAGAGAAGGGAATGATAACCCACTCTAGTATTCTTACCTGGGAAATCCCATGGATAGAGAGAGGAGCCTGGTGGGCAACAGTCCGTGGGGTCGCAAAAGAGTCAGACACAACTTAGCGTCTAAAATAACAAATCTGTAATTTGCATTACTGTAGATCAGTGGTTCTCAATTTGGGATCCCCTAGGTTTCCTACACTTGGCATCTCGTGGGTGGAGGCCAGGCATATTGCTGAACGTTCTGCAATGTACAGGAGGCCCCACACCAGAGTTATCCCCACACATCAGTTATATGGAGGTTAAGAAACTCCTCTGATGTTCTCCTTTAAATGGTAGTCTAAATTAGGAAATTCATTGTAAAGTAGTAACTGTACATAGTCCCCTTAATGCTTGTTATTGGCACAGCTTGTCCAAAAGTTGATAAAGATTATTCTGATGGGAACTTGTTATACATTCTACTGGTGGGAAGAATTTCTTAGATTGTTTCCAGGAAAATTGATTCTAGCAAGAATCATCCATCAGTGTAAATTCTCAACAAACCCTGATTCAGCTGAGGTTCTGCTTTCCCAAGTGCTTGTGCTACTGAATAATCATCACTAAGTATGCTCTAATATAGTAAAAGCTGATCTTTTTAGAAAAGGTTTTTTATTAAGGCAGTGTTGTTAGACATAGCTAATCATTCAACCAAGAAACAAAGATGCCTTTAAATTGTTGACTTTGAGTTTTAATGTTTAGAAAGTCAA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Seq C2 exon
GGCAAGTTTATTCGGATCAACTTTGATGTAACTGGCTATATCGTTGGGGCCAACATTGAAACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021151:ENSBTAT00000028188:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.065 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development