MmuINT0103249 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000020900 | Myh10
Description
myosin, heavy polypeptide 10, non-muscle [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1930780]
Coordinates
chr11:68565444-68573311:+
Coord C1 exon
chr11:68565444-68565536
Coord A exon
chr11:68565537-68573247
Coord C2 exon
chr11:68573248-68573311
Length
7711 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
TTTTCTCTCTTTACTCTCAGGGC
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGAACTTGAACGGCAGCTTTTACAAGCAAATCCAATTCTGGAATCCTTTGGAAATGCGAAGACTGTGAAAAATGATAACTCATCTCGCTTT
Seq A exon
GTAAGTTGAAAAGCCCAAAAGCTTGGGCTTCTTCAGATTTCTCATGAAATGTCTCCTGACTTAAGCTAATGAGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTCCTTTTTAGATGTTAAGAAAGGCTAGTTAATAGATGTAATGATACTTCTGGTAGCCACATATGAAAGTGATTGTATCTCATTTTGTATGTTTTTATATGGAAACATAGTTGCATACGCTCTGTGTATTTCTTTATCTTTGCCAGTCATTCTATTATGAGACTGGCATAAGTAGTGGGGTGCTGGCTAGTTTTATATCAACTTGATAGAAGCTATAGTCATCTGAGAGGATGGAGCTAATTGAGAAAATGCCTCTGTTTACTTGTGCTGTTGACAAGCCTGGGGGGCATTTTCTTAATTAGTGATTGATGGGGGAAGGCACAGCCCTTTGAGGGTGGCCATCCCTGGGCTGCTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAAGCGGGTTGAGCAAACCATGGTGAGCAAGCCAGTAAGCAGCACCCCATGGCCTCTGCGTCAGCTCCTGCTTCCAGGTTCCTGCCCTGCTTGAGGCCCTGCTTTGGCTTCCCTCAATGAACTGTGACTTGCGATGTGTAAACCGAATACCCCTGTCCTCCCCAAATTGCCTTGGATCATGGTGCTTCATCACAGCAATGGTAACCCTAACTAAGACAAATGGTGTGTGTGCTGAAAATCAATGGGTGCAGGGCAACGGGCGTGGGGAAATGAAGGGAGTGGGAGAAAACCGGCGTCCCGCCAGAGTTCCGGTGCTCTGGGTGGGCAGACACAGGCGGACTGCCGCATGCTTTCCATGCGCCCCCCTACTCCCCGAGGGTGTCTGGCTGTGGGAAGCCACAGAACCCAGCCTGCCAGGCGGTGGACAAGGGGCAGTCGGAGGTCTCTGGGCCTCACTGAGGCCAGGTTCTCAGTCTCGGGCATCCCAGACACTACACTGCTGGACAACAGAAGAGCTGAGAACAAAATGGGGGCCCCCGGGGACAGTTAGGCCATTCCCAGGACCGAAGGGAGGAAAGGGCAGGGAGAGAGGGGGCACTGGGTGGTTCTCACACAGGCAAGAGTCCTTGGTTCAGTCCATGGCTGGAGCGCAGGAAGGTCTTCCGGCGGGAGGTTAGACGAGGCTCTTTAGGGGAAAGCCTATCCCATCGTTTTAAGCACGGCAGGCCTTGATGGGCAGAGACAGTCTATGGTTTTAGAGCTTTATTGTAGAAAGGCAGGAAGAAAGAGAGAAGATAGAAAGAGGGAGAGAGGCTGGCCATGGCCATGTGAAGAGAGGGAGGAAGAGAGGGAGAGAGGAGGGCTAGAGATAAGAGTAAGAAAGGTGAGATCTTAAAAAGAGAGAGGAGGGGCCAAGCAGCCCCTTTTATAGTGGGCTGGGCAACCTTGCTGTTGCCAGGTAACTGTGGGGCGGAACATACCTGGCTATAGTCAGGTAACCTTGGGAGTGGAGTCTAGTCAGAATGCCAGAAGCTTGGGACACTGCGTGACTTATAGTCACAGAATTATGGGTTTGGGGGCTCTGTGGTGTCAGGCATCTGTCTCTAGGAATGTGGCTCACTGTTCCGTCCCTTGTAGAGTTTCCTACTGGGTCTCTGGAGCAAGCCTCATTCAACCAAAACAGGCTGCCTTTCATGGCCCCACAAGGGTATGATAACGAAGCTGGGTTTGGTGTAATGAGTTGTCCTTTTTATAACTTGCTATTTCTATGGGATGTGGCAGAATGCTTCTCACTAGTATGACTTCTGTTTACAACGTATTTTCTTTGTTTTTTTTTGAGACAGGGTCCATTTCATCAAAATACTAAGTGCAGGTTGCACTCTAGGCCTGGGGAATGACGCTGCCTCGTTGGGCAAACTAGAGTCCTGCCCCATAGGATTCACCTTCATTTGGTTTAAACATTAGCATTCTCGGGACAGGCTGTGTCCTGCAGTTGCTCACTATGCATTGCATGCCCTAAGAGTGTGTGTGTTCCAGTTTTAGGAGTGTGGGTTGGAGTTATGTTGGGGGCATTTGGCTCCATGGACAGGACAGGCCTTGGATTAGCATTGGTGTCATGCTGAAAGTGATTTGATGCTAAAGATGAGCTGTGTGTACAGTGAGATTTCATGCAGTGACAGTGTACAGGCCACGGGTTTGCAGGGAAAACTTGAAACCATAGACTCTGAGCTTTAGAAGCCTTCGGTTCTATTTCTTTGATCTGATACAGCCGGCTAATTTCCTGAAGATATCTTTTCTTCTAAAGATGCTGGCATGTGCTTTGTGTTAAGGGATTCTTCGGAGAGCATTGCCCTTAGGAAAACAATCATCCACAGTTAGTCCAGGACTGTTTATGAGAGGCAAAATGCATCCCAGATGGAGGCAGTTTATGGACAATGGCTCTCTCACAATGCAGCTTTGAAACAGGACTCTAGTTTAACACGGTGGCTTGAAGCCGCAGACAGATCACTCGGAAATCTATTTGCCCGAGTGCTTATTTCTTTATTGATTGCATTCCACTGTTAAACCAACCTTAGCCAGTTTAACAGTTCAGCTCTGCTGTGGCCTCTGGTAGATAATTAGCTTCCAGTAGCTAAAGCAAGGTAAAGGTATCGGCGCCTCCCTCTGATTTGATTCCTAGATTATAATGGAATCAAGTCACAAGTTTACACCCTCATATGTGTTACAAACATTGAAACCCTAAGTCCTCTGACCACAGCTGTCGTGAAAGGTCAGCAGCATCTTGTGTGACAGTATCAGAGATGGGGTACAGTGTGCTCTAAAGCCAGCCTCCCAGATCAGCACTGCGTTCACATTTACCTTTGTAGAACCAAGCCTTCTGCAGCGCTCCTAGCCCCGAGGCCTTCTGGGTGCCCAGAGTCTTAACATCGTATTCAGACCTAGGTAGAGAGGGTTTGCATTTCTGGTCAGGTCTAGCCTTATCTCAACACTACTGTTATCCTGGTAATTTCTAATATCTATTACGTTAAGTAACAGGCCACTTAGTTCACATGCAAACTCATTTGAATAGCAGCAAAGCCTCTGGAGTGGTTTAGAGATTAGGATAATTGAAACATTTGTGGTGGCCACCCAGCCTTTGCATTAACCCCAGCCACTACTACTCACATGACCTTCCTTATTTAAGGAAAACGGCTGCCTCCAGAGCAGAGATTTAAAACGGAATACATATATATTACGGTCGTTGCTCAAGTATTTAAAGTAAAGCAGGGCTCAGACATCGTTGTGTTAGGTGCCAAACTAGGAAGGGGGAAATAACCGTAGAGTATAAAACAAACCTGCTTTTCCTGTGTAGTAGCCGCTAACCAGTAACTCATTCAGCTGAACTGCTGCAGACGCCTTGATAGCCCTTCCTTCCAGAAAACTTCCCTGAAAAGCTTGTCAATTCAGAACAAATATTAACTAAATAAGATAGTGAATTTTCACTATAGAATTGAAACAGGCAATATCCAGGTTGTCTTGTTAAAATGAAATTCCTAAGAGAATTGTATTTTAAGTCTGGGGTGTAGTTTCGGTGTTAGTGAGCAGGCATTTCCAACAGGTTATGTGAAGCCAGGGACAGCTGTGAATGTTGTCCAGGGTGCCCTGTAGCTATGACTACTGTAAAGTGTTTGGTCATATTTGTGGCCTTTTCCCTTGCTTTTTTATTGGTGAGATTCTAGTTGACTGCTCTGAGTCCCCATAATCTTAACTTCATGGAGATCAAATGTGGAGAGGGTATTATTTAGCATGAGTTTCTTCATATAATATTTAAATGAGATAGAGGACCGACTCTTTTTTTTTCTCAGTTTAGTCTGGATTTGTGTTTCACTAGAAACATTTATTTGGAATGAATGAATGAGTGTGTGTGTGTGTAGAATGCTTTCCAACTTACAGATTCTGTCCCCTCTTTACAGTGTTAAAGGTTTAACAGTGAAATTTAGTAAATTTAAGTTTTGGGTTTATTTGAGCATATTCAGTAAAACGTTTGAGTTTTGAAATTTCACTTAATCTTGTTATCAGAGTCTTTAGCGCCATCTTGTCAAATATCTGTGTATAAATGCCATTTGGCTTAGGAGTGGATAAAATTTCAACTTTATAAAATATTTTTGTTTTTGAGGTAGAACCAATTCTATACCTTTGCATGCTCTAATTTTAGAAATGCTCGTTTCTTTGAGGAGGATATAGGAAAAGCATCCCTCTCCCTTCCCTTCCTTAACTTCTGCATCCGGGCCTTGCTGGAGCCCGTCTCTGACCCTTGTTATTTACTCTAAGGATCTAGCCCCACTGTGATGGCCATAGTGACTGTGGGCCTGGTTATGCAAAGGCCTGAGCTAGGAACTGATGTGGGGTCTGGAGCACTCCATGCTGAGAACCCCAGTGTTGTCCAAGAAGGTAGCCACATAGCTAAATTATTTTAGAACATCCCCTCAGAGGTTAGCAATTATGAAAGCTGAAACCTGTGTTTTTTCCCATTTCTCTTTGGCCTCTGTTCTCTTTCCCCGGGCATGCATTTCCTCGTCTGGGTCAAGCTCTCTCACTTTTACCCTCCAGTTCCATCCACAGTTGTCCTGAAAATGGCACACAGCTTGTGTTATATGTGTCCATCTGTTGGCAGGCACCTAGGCTGACTCCAGACTTGACCTTGTGACTACTCCTGCTATAAAGGTGTTCCTCCTATGCCGACTTGATTTCCTTCGGGTACATACCCAGCCTGGTGTGGCTAATTCTTGTGGCAGTTCTACTTAAGCAGTGTGCGGTTGCATGCACACCCAGTGAAGAAGTTAGACATGTAGCTGAAGCTGTAAGGCAGTGTCACTGGGTATAATGAGATTTGTGAGGGGACTGTTTTAAGTTGGCATCAGGTGGCATCGATGGTTTTGATGAACCTTCCTGCGGTGTTGAGATAAGAGACTTGAGAGCTGTGTGCTTGGGCAGTTCTGCCAATGCGTGCTTTGTAGCCTCGGAATAAGAACACCGTCTTTTGACTAC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Seq C2 exon
GGCAAGTTTATCCGGATCAACTTTGATGTAACTGGCTATATTGTTGGGGCCAACATTGAAACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000020900-Myh10:NM_175260:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.113 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.2=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(2.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: