HsaINT0107494 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000133026 | MYH10
Description
myosin, heavy chain 10, non-muscle [Source:HGNC Symbol;Acc:7568]
Coordinates
chr17:8457273-8473130:-
Coord C1 exon
chr17:8473038-8473130
Coord A exon
chr17:8457337-8473037
Coord C2 exon
chr17:8457273-8457336
Length
15701 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTTGTAAGT
5' ss Score
7.4
3' ss Seq
TCTTTTTAATTTATTTTCAGGGC
3' ss Score
10
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGGAACTTGAACGGCAGCTTTTGCAAGCAAATCCAATTCTGGAATCATTTGGAAATGCGAAGACTGTGAAAAATGATAACTCATCTCGTTTT
Seq A exon
GTAAGTTTCAAAGCACCAGAAGCTTTTAATTCCTTAGATTTCTAGTTAAATGTTTACTGTGATTAAGCAAATGAATTACTTTTCTTCCTAGATTTTAAGAAGCTAATAGATGTAGTTCTGTAGACATAATACAAGCTCACATGTAATTTTAAATTTTCTAGTAGTCACATTTGAAAAGAAAAAAGGTAATGTGTAAGTAACTTTCATCATTTTATCATACAGAAATGTATAACTCTGTCTTATTTTATGGATATGTAATTTAACCTCTCTGAGCTTATTTATCTTTGATTGGGCATGATAATAACACCTGTCAGTGGAATCGGAGTAGAGAATAAATGGTGTGCACGCTGAGCACTTAGCCCGGCACTATGCATAGTAAACATTCAACGCATTAGATGTGGTAAACTGACCTTTTCCTACCTTGCTATTTTCTGTGGGATTTGGACTTTGGAATAATTTGTCACTACTATGACTTCTCTTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGCCTGGAGTGCAGTGGCACAGTCATAGCTCACTGCAGCCACCAACTCCTGGTCTCAAGGCATCCTCCTTCCTCAGTCTCCCAAGGAGCCGGGACTACAGGCTCACGTTACTTCACCAGGCTAATTTAAAAGAGTAACTTTTTTTTTTTTAGAGACTAGGGTCTCACTATGTTGTCCAGTACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGATCGCTGGAAGCCTCAGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGAATGAGCCACCACACCCAGCCTAAAAATTCTCCTTAGCTATTCAACTTGAAAGCTTTACTTTCCTCCTCAGTTTGACTAGCTGTACCTGTTCACCTGAGAATGTTATCCTAAGTGATGGCCAGGTCTCTGTTACGTCAGAGACACTGCCCCTTTCCACCCCAGCTGCTCACCTTCAACACTGTCACAGCAAATCATCTCTAAACCCATATTCAACACAACGGACATTCCTCCAGTAAGTCTTTTGCCCTGGATTATGGTCATCAAGTTTCAGAAACCCCTTCCACTGTTAGATTGAAGAAGGACTTCATTGTTCAATTATTTCCACTTAAGTTGTTCAAATTAATTCTTCCCTTTTTTTTCTCCCTGCTCTGAAGTATTGGTAAAAGTCAAGAACGCCAGAGTAAGAGACCTCAGTTCTAGCAGTTCATTGATGGATAATTTGGGGGATCTAGTGTCGTCGTGACACGCTTTTTAAAATTGAGATAACATCATGGTCTGCACATTAATTTACCGATGGTGTGGTTGCTATGATTAGTGGAAGCGACCAGATTCAGGATCACAGAGGACCCAGCAAACACAAGGGCAACCATAAAGCCCTCTGGATTAGTTCACTAGGGCTGCGATATAAAAGTACCACAGACTGGGAGCAGCATAAACAATAGAAATGTACTTTTCCACAATTCTGGAGGCTAGATGTCTGAAGCAAGGTGTTGGCAGGATTGGTTTCTTCTGAGGCCTCTCATAACTGAACCCAAGTTCGGCTGCGTGCCACTTGAAAGCCACCCACGAGAGACGAGAGTTGGTGGGAGGAAAAGCAGGTTTATCTGGAGAGCCAGCAAACGAAGATGATGGTGGACTAGCGTCCCAGAGGACCCTCTGAAGTCAGAACACATTTTAGGCTGTTTTTATGTTAAGGCAGGGGGAAGGGGAGAGGGTTGGGATGAAGAGGTAACTGACGACCACAGACATCTGGGCGCCGGCAAGGGTCCAAGGAGGTTGGGAATATCCTTGTCCTTAGTCAAGTCACAGTGCTCTCATCAATCTTTAACGAAACATAGTTGTTCACACACTTCTCCTTTAATCTCAGAGTTAGTTTTAAAAACTACCTGATTGCTGTTTTTGCATATTATCTCAGTGCTCTAAAATTATCCTTGTCCATGTGCAGGAATGGGTAAAGGCCCCTTAAACAAAAATGGAGTTGGTTATGTTAGTTCTCTTGCTGATTCACTGTGCACTCTTTCTTTGGCTTATAGATGGTTGTATTCTCCCTATGTCTTCACGTGGCCTTCCCTCTGTGTGTGTCTGTGTCCTAATCTCTTCTTATGAGGACACCAATTATATTGAAGTAGGGTGCACCCTAATGACCCTTTTTTAATGTAATGACTTCTTTAAAGACCCTCTTCCTAATTACAGTTCCATCATGAGGTCCTGGGGGTTAGGACTTCAACACAGGAATTTGTGCAGGGACGCATTTCAGCCCATAGCACCTTCAGAGATAGTTTCAGTGCAAGACGCTTTCCAAGTTATGTAAGAAATAGGGATGTATTTTCTTGGAATATTGTTTATTCCCAGGAAGATAAAATTTGAAGATTCACTTAATCCAAGTTCATTTAGTAATTAATTTAGCTTTTTATGTGCAAAGTGGGTTAACAAATGTGCCTGTGTCAGTAGGAGGCATGCCTGTGACTTGACTCGTGGGTTTAGAAACGATCTGAGGAAACTGCATTCCTTCAGACTTTCCGTCACTCTCCTGGATCATCCCCATTGAGCCTGAGCCACAACTAAATCTGAAATTTTCCTACTGAAATGCCCTGTGTTTAGTGGCTATATCACAGGAAAGAAGGAACAGTGAGCTGCCAGCTTTGGTATGTGAATCTCCATCAAGATCTTCAAGGACTTCTTTGTGGAAAATTGTTTATCTTACCACAGAAATCAAGTTACTAATCTATTCTGTTTCCCCCACCCCCAGCCCTCAAACCATACCCTAAATTCAAGAGAGACAGTTTTGGTGCTCAGTGGCCCCGCTTTTTCCTGGAAAAGATAAATTGCTACTAAGCCGTCATTTGTGTCCTTGGGTAAAGAATGTAGTGGTTCTGTTACGAAGTGTAAGGATTTATCCCCCTGCCAGGGTGTGTTTCAACTCATTATTTTAGTGTTTGGACAGATATAATTCTATATTAGTTATCAGTTGCTACGTAACAAATGATCCTAAAACCTGGTGGCTTCAGGCATCGATTATCTCATGGTTTCTGTGTGTCAGAAAGTCAGTAGCAGCTTAGCTGGGTGACTCTGGCCCAGGGTCTCTTAGGAGGTCGTCACTGAGATGTTGGCTACAGCTGTAGTCATCTGAAGGCCTGACTGAGGTGGGAGGATCTCCTTCAAATCTTCCTCAGGTAGCTCTTGGTGGGAGGTCCCTATCCTACATGGCTCTTGGCTGGAGGCCTCAGTTCCTGGCTTTGGAGGCAGCCTCTCCATAGGGCTCCTTGAATGTTGCCATGACATGGCAGCCAGCTTCTCCCAGAGCAAGTGATCCAAGAGAAAGACAGAAGTTACACACTCTGCCTTGGAAATCACATGCCTTCTTCTATTGTCTTCTATTGGTTATACAAACCAACCCTGATACTGTGTGGGAGGGAACTGTGAATACCAGAGGTGGGGATCATTGAGGTGGTCTTGGCTATCATGGCTACTATGAATCCTTACAGTGATTTCCATCATTGATGTATGTAGGGTTTTAACCTGTAACTGGAGTGACTCTAGGTCAGTGGTTCTTAATTGGAGGTTCCCCAAGGGACGTTGGCGGTGTCTGGAGACATCTTTCTTTGTTTAACTGGGAGATTGGGTAGTGGTGTGCCACTGGCATCTAGTTGGTAGAGGCCAAGGATGCTGCTAAATACCATCCAATGCATGGCACAGTCCCCACCGCTTAGAATTATTGAGCCCAAAATACCAGTTATGCTAAGATCGAGAAACCCTGCTCTAGATCGTTCCTTCAAATTATAGTCTAAATTAAGGTAATTATTTTCTGAAATTTATTTGCAAAGTAATACATGAGTCTATTTAATGCTTGTTATGTATACATCCTATTCCAAAGGTTGACAATCAAGTCTGATAGAAACCTATTTTACATTCTGCTGGTAGGAAGAATTAGATTGTTTTCTAGCCACCTGGAAGCAGCACACAGGAAAGAAGCAGGAATTAGCCATTGAATCCAAATGTTCAACAAATGCTATTTCAGCTGAAGTGCCACCTTCCAAAGTGCCTGCACTACTATATAATAAGTGCATTCTAATATAGTAAAAGCTGATTTGTTTTTAGTAGAAAAAAGATTTTTTATTAGGGCATTGTTCTTAGACGTAGCTTTCAATTCGACCAAGAAACAGAGATATCTTTAAATTGTTTACTTTGGGCTTTAATTCTTAGAAAGTCAACTTTTATTGATACGTATTTTTTTTAGTAATAGTTTATTGCTATCTACTGTTATCATAAGGTGTTACCTACACAGTACTAAAACAAGTAGTTGATCTCAGTAGCTCCATTAAAAATAATTAGGTCCATTGATTAAATAATGTTCAGTTAAAATTCCCCTTTAATATTTATCTATTGGTGTTGGTTCTTGGGGTTTGAAAGAAACTGTTGTAGACTCATTTTTAAATTCAATTCTGTGTAATTTTGATGTTTGATTTGTTATTTAGTTCTTTTAATTATTAAGCACCTATTATTTGCCAGCCACTGTGCAGCTTAATTGATATCTCCAAATGGATGTCAATAGATTCTTGAAGTTTAACATATTCCAAATGAAAGTTTTTCCTTTCCTTTCAAAATTTGTTCCTTTATGTCTTACATCAATAGATGGTATTATGAAATCACCCAGTTGGTTAAACTTAAAATAAAAGCAATAGCAAAACCTAGAAAGACAAAATACCTAGGAATCAGCCTTTTTCTCATGGCCCACGTCCAGGCCAACAGTGAATCCTGTTGGTTAAACATCTAGAAGGTGTTTCAGATCTGTCCACATTTCTTCTCCTAACTAGCTAGTTAGTCTAAAACCATATCTGAGGATATTTCTTCTATTATTCTCTATCACAGTATCCTGTTTATTTCCCTCATGGCACCTATCACAAGCTGTAACTAATTACTTTGTGTATTTATTATCTTTCCTAGTAGAATGTCTAAGATCTTTGTCAGTAGGGACTTTGTATCTTTGGTTCCTAGCATAGTGCCCCACAG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Seq C2 exon
GGCAAATTTATTCGGATCAACTTTGATGTAACTGGCTATATCGTTGGGGCCAACATTGAAACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000133026-MYH10:NM_005964:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.089 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(4.4=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)