BtaINT0098098 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002123 | MYO3A
Description
myosin IIIA [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7601]
Coordinates
chr13:26870553-26882766:+
Coord C1 exon
chr13:26870553-26870700
Coord A exon
chr13:26870701-26882612
Coord C2 exon
chr13:26882613-26882766
Length
11912 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CCTGTCATGTCCCATTATAGAAT
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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AAACCAGTGCCTGTCAATGAAATATAAATTTGTTAAAGCCTTTATGGCTTTTAAACACTTTTCAAGGATAGGTACCATATAAAAAGAGTGACTAGATGAAACTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCACTCAGTTGTGTGCGACTCTTTAGGACCTCATGAATCGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCGGAGTTCACTCAAACTCACGTCCATTGAGTTGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCTTGCCCCCAATCCCTTCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTTAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAGGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACACTTCAAAAGCAGCAATTCTTCTGCGCTCAACTTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCACACATGACCACTGGAAAAACCATAGCATTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTCAATAGGTTATCTAGGTTGGTCATAACTTTACTTCCAAGGAGTAAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAATCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCCCCAAAATAAAGTCTGACTTTGTTTCCACTGTTTCCCTATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAAGCTTTTTAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCGTTTCTGATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAACATACAGCCTTGACATACTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACTTGCATACAGATTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAACTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACATAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCATAAATTTCAAAATATATTGTACAGCTCTTTTTTCAGAAAAAAAAAAAAAGGAGCCATTCTATGGAACATCATTTAAATCTCCTTTCTACAAAATTCATCATGTGTGTGTTAGTCTCTCAGTTGTGTCTGACTCTTTGCAACCCCATACACTGTAGCCTGGCTCCTCTGTCCATGGAATTTTCAAGGCAGGCATACTGGAGTGGCATGCCATTCCCTTCTCTAGGGGATCTTTTGACCCAGGGATCAAACCCTGGTCTCCTGCATTGCAGGCAGATTCTTTACTGTCTGACCTACCAGGGAAATATATGTAAAATATAATATATATATTTTATTAGGAATTATCCAAAATATTGCCTCATTAGGTTACTTGTCAAATTCTGAATTAAAGACTTATGTCATCTCAAATTAATGATGATCAATATTCCCTTTGGCTTGCTATAATCATTAATGTAAAAATGAGCAGGACCATTGATATCAGCTTTGAATAGAAAATACTGAAAGAAATATATTTCCAATCACAAATTTTATTTAGATTTTTACAGCATGCATATTTGCCACTTTGCTTTCTTTATTTTTAGTTTTTTAAAAAGTTATTTCAGTAAAATATTATAACTAAAAATAATATGTATATATAGAAAGAGAGCAAATGATAAAGCAAACGCAGTAAAAGGCTAGAAAAGGATACATAGAAGTTCTTTGTACCATTCTTGCCACTTTTCTGTTAGTTTGAAATTAGTTCAGCATAAAAAGTGGCAAAATTTCTTTTTTCACTTTAATAAATGTACTTAATTCACCTCGAGTACTGATAACATGCAAAATCACAGATTTTCAACGTATAAGGGTTTTCATTCTCTCTTAGAATGAATAACTTCTCAATGGTTTCTTTCCACATGGGCAACATTTTCATGAATATGTACACTTATATGAGCAGTTGGTGAGTAAGAATTCTTTTACTAAAAGACAGATGTCAGGGAATAAATGTATATGTGTGGCCTCTTTCCCCCTGCAAATGTTCTGTCAACAACACATTCATTTATCTATTAAGTTTTACAACACATTCAGGCAGTGTCAACATTTTGAAATGTTAAAACCAGAAGAAACCTAAGTAGATCATTTATACAGTTCATAGATACAAATGACTCCCTGCGACTTGACCAGTGTTACAGGCTGATTAAACAAAGCCAGGACTGAATCCAGATGTCTGATACCCACCCAAGCATCTTCTCATTAACAAATAAAGTTGAAAAGAACCAGGAACCGAACAAAGTATTCTCTCATACAGAAGAAAACATGCTCCATCTCATTGAAAGAAAGGAAGAAGGAAGAAGGGAGAGAGGAAGGAAGGGAGGAAAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGTATTTTCAGATGAAAGGCCAAGGAGAGTCAACCTACATCAGGAAGGAAGGACAGTGAAGAAGATGGTAGTACTGAGGCAGGTGGCAGCCGCAGCAACAGAGACTGTGACAGCGGGACATCGTAGAGACTCCCGAACAGGAAGGATACAGATCTCGTAGAAGCAACAACTGGAAAAGAGAATATAGAAAAAACAGAGGAGCCCGAGGGTGTAACTTAAAGGTTGAAATGGAAAGGCAGAGAGCATTCTTCCTGTACCCTAAGGGCCTGGATGTCTCAGTGGCAGAGAATCCTGCAGTGCAGGAGCCGCAGGAGATGTGGCTTCAATCCCTGGGTCAGGAAGACCCCCTGGAGGAGGACACGGCTACCCACCCCATGTCTCTATTCTTGCCTGAAGAATCCCATGGACAGAGAAGCCTGGCAGGCTACAGTCCATAGGGTTGCAAAGAGTTGGACACAACTGAAGCGACCTAGCACGCATGCAGAGGACAGGACTGCTACCTTTTTCATCTTTATTTCTACCTTCCCTGGTCCCACGTACCCCTAAATATACATGGCTCTATCTATTAACGGTAGCCACCCCTCTACGCTGCTGTGTGAGTCTGAGGACAGTGTAGGAATCTTGAGTCTCTCCTGGGGTGACATTTTGACCCAAAATATTTAAGCTTGCGGTGTAGGCCGTAGCTGTGGATGCATCTTCCATAGCCTTTCTACTCTGTCTGTCCACACCTCACACTCAAAATTCATTGCAAAACAAGGAAATCTTATCTCAGGCATGAAGTTTTCTAACACAACTTCTCACTTCCTTTCTCCTTGATATGTATTTAGAATGATCCCTTTTTCAAAAGGAATTTGGGGCACCTGAACAGAGTAGGGATTTTATATGCTGAACAGCTCAGCTTTACTGTAGTTAATAACTCCGCTGGGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGCTAAGACTCTGTCCTGTCTGTGCAGGGGACCTGGGTTCAATACCTAGTTGGGGAACTAGATCCCACATGCCACAATTAAGACCCAGCACAGCCAAATAAATAAATAAACATCAAAAAAAACCCCTCTAGTCATCCTCTTTGAAGGTATTTTTAATATACAGGGCATAACAGAGGACTTTCTGAGTAGTTATATGGGCTACATATTTCCACATATACTTAAAAACACCAATGTTTAGAGACCATAACAGCTATAAGAATACATAACATGTTGTTTTAGGCATAATCATTTTACTAAGAGCGCTTTGTAAATCCTAACAGCATTTTTTTCCTGCATCATGCTGGAGATACTAACCAGTGTCTTAAAAGTCTCAGTCCATTGTTTTCCAAGTTCCTCATCTCTGCTCTGTGTAACCTGCCACCAAAGCAGTCAGTGGATTTTGACACAAGCAAATAGAAGTGAAAAATGCATTGGTTTAGACCTTAACCTTGCAAGCTTTCGGCAGAAAACATACAAAGCCTCTTTGAACTTTGCAGTTGCCATTTAAGCTATAATCTGCTGTCAGCATAATGTGCCTGACAGTCAAGTAATTCTAGGTCTGTGTACATCTCTCAAGGTTACCTTCCAATGAAAAAGCTGTGAAACTTCATTTCACAGTTTCCATTTTTTGTAAGTTTCCATTTTTTCGTACTGGGAAAACTGGACGTCTTTCAGGTGATCTACCTCTCAGAGCAGTGGGTTCTGCCTCATTTTTATGTATTAAGGTTTTGTTGTATTTAACAATACATGTTTATTTTTTTCCTGGTGACACTCGAACTGTGATTTTAATTTTATAAGGCTCTAAAAGCAGTGGTTAGAAGATTTGCATATTAAATGCCCCACCTGCCATGGGCTAAATTCTTCCACCAAGATCCCAGATAAATTCTCTTTCTCAGAACCCCTTGTAGTACACTGTACATCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGTGACCCCATGAATCACAGCACTCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTAACTCCCAAAGTCTACCCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTTTGTTGTCTCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCGCATGAGGTGGCCAAAGTACTAGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAACACCCAGGACTGATCTCCTTCAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAGGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGCGCTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACGTGACCACAGGAAAAACCACAGCCTTAACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTT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Seq C2 exon
AATGAATACCTAAATGAAGATATTGATGCTAGAGTTATTGAATATGAAGATAACCGGCCTCTCCTAGACATGTTTCTGCAGAAGCCAATGGGTTTACTGTCCCTCCTTGATGAAGAAAGTAGATTTCCCAAGGCCACAGACCAAACTCTTATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002123:ENSBTAT00000002745:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development