MmuINT0104333 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025716 | Myo3a
Description
myosin IIIA [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2183924]
Coordinates
chr2:22328937-22345008:+
Coord C1 exon
chr2:22328937-22329081
Coord A exon
chr2:22329082-22344854
Coord C2 exon
chr2:22344855-22345008
Length
15773 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
TCTGTTCGAACCTGTTACAGAAT
3' ss Score
7.01
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025716-Myo3a:NM_148413:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(7.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: