DreINT0100772 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010186 | myo3a
Description
myosin IIIA [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041026-4]
Coordinates
chr24:6170288-6176014:-
Coord C1 exon
chr24:6175867-6176014
Coord A exon
chr24:6170442-6175866
Coord C2 exon
chr24:6170288-6170441
Length
5425 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
ATCCCTTGGTTTGTGTGCAGGAT
3' ss Score
8.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGGACGACAAGGGTCTGAACATCGGCATCCTGGACATCTTCGGCTTTGAAAACTTTAAGAGGAACTCTTTCGAACAGCTCTGCATCAACATCGCCAATGAGCAGATCCAGTTCTACTTCAACCAGCACATCTTCGCCTGGGAACAG
Seq A exon
GTACTGTACTGTACATCCAATCAAGTCATCCTGAATACTGCAGTTTGCTTTTGTATCCTCAGTATAACCTTATTTCCATCTAAATTGAGAGAAATAAGAGAGAGAGGGATGGGGGAAGGGAGTAGAATATTCAGTTTTTCTTTTACCCAGACAAGCGTGGCAATTCCCCAGACTGACTGGCCCGACTGTAGCCTTGAGGGGGAAAGTGATTTGTGCCTTTAAACGTTTGAGACTAACCCACATTAGTGCCTTCATAAATCATCTGAAACAAGGGTTACGTCAAGAGCTACTGACTTTGCTTGGGTTTCTGTAGGCAGAGAGAAAATGCATGCTATATAGGTAACTCTCTCTGTCTCTTTCACTCTCTTAAACACACATACTTTCATAAATGACTTAAGAGGACTCTCCGTCTGTGTATTGTTTTTTATACTATTAAAAATGCTTATTAGATGGCCTTACCCTATCCTGACCCTTAAACCCTACCATTTTTTAAATGTCAAAAGATTGTTAAGTATGATTTATTATTATTTTTAGTAACACTTTAGCTTAAGTAACAATTCAAAACAATTACTATCGGCTTATTACCAGCTTATTATTAAGATATAAACTGTTTATTAGCACTTATAAAGTGTGATCTTATTTGACATCCCTAATCCTACCCAACAGCTCAATTTACTACTAATTGAACTCAATAAACTACTAATTAGCTGCTTACTAACTATTATCAAGCAGCTAATTAGTAGTAAACCTACCAGTTTATTGATCTAAAAGTCTAATTAAATGGCGTGAATTGTACATTAAATAGTGTGACCATTAGGTCATACTCATGTCATTACAATAATTGTGTCCTCATAAACCACATAAACAAGTACACATACACAAGAACATGTGGATTTTAGGACTGTACCAACTGTACATTCTAAAACAAAACCTCTAAACATAACCCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTCCAAATGTAATTTTGTACACTTTAGAGCCTGTTCTCCTTATGGAGAGTAAAAATGTTCCCACAAGGTCTAAAGTTAATGTTATTTTTATACCTAAGGGACGTGGACGACATATAATTTGATTATTATTTAAATGTAATTTTTGTTGTTATTACAATCTTGGTAGAGCGTGCAGTGCTCAATTTGAAGGCATTTATTTTTCAATTCAATTCAATTCAATTTCTTTTTTTGTATAGCGCTTTTACAATGTAAATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAGAAGATCATAGTAAATTGAAACAGTGTCAGTCCAGTTTTCAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAACTCAGTTCAGTTTGGTTTAATAATCACTACTGAGAGTCCAAACACTGAGGAGCAAATCCATCGATGCACAGCTCTACAGATCCCGAACTATGCAAGCCAGTGGCGACAGCAGCGAGGAAAAATCTTCACTAATTGGCGAAAGTGAAGAATTAAAAACCTAGAGAGAAACCAGCCTCAGATGGGCACGACCATTTCTCCTATGGCCAAACGTCTTGTGCAGAGCTGCAGTCTAGGCGCTGAAGGCTGGAGAACGCTGGACGTCTGCGAAGACTCGACTGTCCCTGGAGCATCACAGGAATCAGTCACATACTCTCCACTCCTCTATGACCACCACAGTAGCTGCTCAGGATACGGCCTGGTCCAGGATTATGGAAACCTTGGGATCATCTCGTCGCTGCTCTTGGATCACATCAGTGGCGCTGCATAGTCTCTGGGGGCCTCGGGAGGAGTATCCCCAAGTGGAAATAGAGAATAAAGAGAATAATTAGCGTAGCTGCTGTTCATAGTGTATATAAACGTTTATACATTCATGCATCATACCGCTATGTGATGCATTGAGTGTATGCTTTACTAAAAAGATTGGTCTTTAATCTAGTTTTGAATTGCGAGAGTGTATCTGAGCCTCGGACATTATTAGAGTTTAGGAGCCATAAATGAGAACGCTCGACCTCCTTTATTTGACTTTGCTATTCTAGGTAGTACCTGAAGTCCTGAGTTTTGAGACCTTAAAGAGTGGGTTGGATTGCTGTGAGACAGAAGGTTGGTTAAACAGGAGCCATATTATTTAAAGCTGGCAAGAAGCAAGATTTTAAAATCAATACGAAACTTAACAGGCAACCAGTGTAAAGAGGATAAAATTGGGGTGATATGATCATATTTTCTACACCTGATAAGAACTCTGTAGCTTAATAATGTATCAAGTGGAATTCGTCACTTGTCAACCATTCTCCAGTTCTCCATTGGCCGCACCCATACATACGTCCTCTTTTTCTATGAATTCTCTGCACAACATTAAAAGCAAAAGACTTTAAATTATTTTGTGCTCACAGGATGTTTTGCTGCAGAGCTCAAGTTAATTTTAGACAATCAGCTTCATCTACTTCTGCAAATATTCATTAGTTTGCAAAACAAATCACGCTCAACAGTAGAAGTTCAGTTAATATATCACCTTTAAGCAATACAAATACAAATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTGGTCCCTTTATTACTCCGGGGTCGCTAAATCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACGTTTTTACGCAGCGAATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACTCTCATTCACACACATACACTACGGACAATTTAGCCTAGGGTTAGGGTTAGGGTTTGAGATGAGTATCCAGCTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGTGTCGCCACAAATACAAATATTTAACGAGAAGAAAAAGAGATAAAATACAAAAAAATAAGTTCCTTTTACAACAATACATAGAAAATCAACTACAACACTCTATAATTAAAATTATTTGTGTTTATGTTTGTGTTTTGCAGCCATATCCTCTTATATAATTGGGTTTGCGCTTGTTCTGACTTAATACAATGGGGCAAATATGCTTAACTGACAGTAGTTTTTAATAGCTAATTTGACAGAAATATGAGCAGATGTGCTTAACGGTCAGTAAAATAATGAAATGAAAAACAAATGTAATCCATTTATAACCAATATGCCGTTGTATTTTCTCCATATTTTTAATTTTACTTTGAGTAGTTAAGACTTTGTAGCCTAAAGATTACACTCTACAGCTTTCCTATTACATTTGTGCACCATGTTGCTTGGAATCGCTGTTGTTTTTGCATCCCTGTTGCTTGTATGTTAGCAGCAGTCTTACAGTCCCCAAAAACGCCATTGTTCCCTGGATGACTTTACCCACGGCTAAAAGCTCCAACCTACACCACAGATTCGATTTCTTGGACACGCTTCTGTATCTGTGTTGATGCGTTTCATCAGTGAATAATTTAGGCCCGTGTGTCTTGTAATTTACCAACATGTCAGTCTAGATACAAGAAAGACAAGACTTTCGCTCTACTGTATGTGCTGAGTGTCATCGTGTCGCAGCAGGATTTGTCTGTAGTGTGGCTCAGATTATAGGAGGTCGTGAAGCTCCAGGCGTAAGCCAGCAGAGTTCAGCAGGGTTGTCAGGAGCTTAGAAATATTTGCAGATACATAAACAAATGCTTTCCCCTTAAGATAAATTCAGGTGCAAAACAACCACAGCATCAAGCATAAAGGTCATAGAAAGCATTATATTCAGAGACATGGTGTAATCAAGCAAGACATTTCAAAATATGAAAGCATTGTCTGCAAATAAAGAGTTTTCAACTGACATTTTATGTGGAATTTGTATCGCATGACCAGGATTTTGACTGTCAGCATGAAGTCTTGTTCACTTTCTGGTTATTTTAGCCAAGAACTGACCAGTTAGACAGAAAGTGACCATTTGATTGAGATTTGTCAACCAAATACATTCTTATTATATTAAATCTGCATTTTTTTAAGTGAAAAGACATGGTAATCACTGATTTTAAGTTGCTTTTAAAATTGAATTATTATAATATTTTGCAATTCTAACAATAATCAGTGTTAACACTTTTAATTTGCTTGGATTGTGACATCAAATGTTTCCAACCCGAATTGTAAAAAAGACTATAGAATACACAAAGTGTTGTGAAATCATTCCCTTCATGTGTCCATGCATATTATGTTGGGCAATCTGAAAAAAAGTATTTTGTTTGCTTTTGAATATTTAGAAATAAGTTTTAAGTGACATATTGTGTCAGATTTCATTGATTTGGTGAATTAAATTGTGCCATTTAATTGTAAGTTTAGCTAAAATGTTTCGGATATTTTGATGTTCAAAAAGCTGCACTTGCGTGCTTGAGAGGCATTTCAATGATGGCCGCCTAATGAAATGACTTGCCTTAAAGAGACTTTGATTGTGAGTCCATCAAGTCACATTGGGTTTGTTGTTTGTGGAAGAAGTTGGTCAGCCAGTCAGATTGCTTTATGCAAATAAACTAGTGCAGACACTAGCCAATCACATTTGTGCAACACCTGAGAATAACAGTACTTAAAAATGGTGGAAAATCTTATTATCATGCTTGACTTGCGTTAGTGTTAGGGTCTATATATTCAACACTACTGTATATACATACTGGGACTCATAGTCCTGAGGGACTATGCCTTAAATGAGGCATCAGTTCAAGCTGGATGCGATTGGCTGACTTCACTCACCCTCCATCAGTTGTTAACGTCAATGCCCTGTGTAAATGGGGTGTAACCATACACTCTCGGAAATAAAGGTACAGGAGCTGTCACTGGGGCAGTACCTTTTTAAAGGATACATATTTGTACCCAAAGAGTCCACAGTGGTACCTAAAAAGTGCATATTAGTACCCAGATGTATCTAAAAAAGTACCTTTGAGGTACTTGATGTTCCCTTCAGGTACAAATAAGTACCTTTGGAAAAGGTACTGCCCAGAGACAGTCCCTGAACCTTTAGACTGTATAAAAAGAGGGCATTAACCTATTACAAATCTGTAGAAATCATTTCAATAGCTGTAAATGTAGTCTATATCTTAAA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Seq C2 exon
GATGAGTATCTGAATGAAGATGTAGACGCTCGAGTAATTGAGTATGAAGACAACCGGCCGCTGCTGGACCTGTTCCTTCAGAAGCCCATGGGCATGTTATCGCTGCTGGACGAGGAGAGTCGCTTTCCTCAGGCAACTGACCAGACCCTCGTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010186:ENSDART00000136041:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.019
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]