BtaINT0102028 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002795 | NKTR
Description
natural killer cell triggering receptor [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7833]
Coordinates
chr22:15400392-15415963:+
Coord C1 exon
chr22:15400392-15403274
Coord A exon
chr22:15403275-15415867
Coord C2 exon
chr22:15415868-15415963
Length
12593 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGT
5' ss Score
11.11
3' ss Seq
TTTTCCACTCTTAATTGTAGATC
3' ss Score
8.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAAGTGATCCCTCTTCAAGCCGATGGGATGAAAGGAGCTTGTCCCAGAGATCCCGATCGTGGTCCTATAATGGGTATTATTCAGATCTGAGTACAGCAAGACACTCTGATGGTCACCATAAAAAACGCAGAAAAGAGAAAAAGGTTAAGCATAAAAAGAAAGCTAAAAAGCAGAAACATTGCAGAAGGCACAAACAGACTAAGAAAAGAAGGATTGTTGTACCGTCTGACATAGAATCCTTAAAATCTTCAACCCGACGAGTGAAATCCTCATGTGATAGAGAAAGGAGATCTCATTCTTCCTCGTCTTCATCTCATCACTCGTCCAAGAGGGATTGGTCTAAATCTGATAAGGATGACCAGAGCTCTTCAACGCATTCCAGCAGAGACTCATACAGATCAAAATCTCACTCGCAGTCTTATTCTAGAGGAAGCTCAAGATCAAGGACTGCCTCAAAATCTTCATCACATTCTCGAAGTAGATCAAAGTCCAGATCTAGTTCTAAGTCGGGGCACCAAAGAACAGCATCAAAATCACCAAGAAGAACAGCCTCTCAGTTAAGTGAAAATAAACCTGTTAAAACAGAACCTTTAAGAGCAACAGTGACACAAAATGAAAATGTTGTAGTACAACCAGTGGTGGCAGAAAATATTCCTGTTATACCACTGAGTGACAGCCCCCCTCCTTCAAGGTGGAAGCCTGGGCAGAAGCCCTGGAAGCCCTCTTATGAACGAATCCAGGAAATGAAAGCTAAAACAACCCATTTGCTGCCCATCCAAAGCACTTATAGTTTAGCAAATATTAAAGAGACTGGTAGTTCATCATCCTACCATAAAAGAGAAAAAAATTCAGAAAGTGATCGTAGTGCTTATTCAAAATACAGTGATAGAAGTTCAGAAAGTTCACCAAGGTCAAGGAGCAGATCTTCTAGGAGTAGATCTTATTCCAGATCATACACAAGGTCTCGAAGTTTAGCTAGTTCACATTCACGGTCTAGGTCTCCCTCATCTAGATCTCATTCACGAAATAAATACAGTGACCATTCACGGTGTAGTAGATCATCTTCATACTCTTCTGTTAGCAGTGATGATGGGAGACGAGCCAAGAGAAAATTTAGATCCAGTGGGAAAAAAAGTTATACCTCAAATAGAAGGCATAGCAGCAGCTCTGAAAAAGCACTTCGTAACAGATATGTCAAAGGCAGAGCCAAGTCTTCATGTCATAGAAAGTACAGTGAAAGCAGATCATCTTTAGATTACTCTTCAGACACTGAACAGTCAAGTGTTCAGGTTACGCAGTCAGCCCAGGAGAAGCAAGTCCAAATGGAAGTGAATAACAAACAAGAGAGAAACAGAGATGAAGACAAATCTAGGCCTGAACGGGAATGCCCTCATTCAAAAAAAAGAACTTTGAAAGAAAATCTTTCTGATCACTTTCGAAATAGCAGTAAGCCCAAAAGGAAGAATTATGCTGGGAGTAAATGGGACTCTGAGTCAAATTCTGAACGAGATGTAACTAAAAACAATAAAAATAGTCCCCGGCCATCTTCTGATAAGGAGGAAGGTGAGGCCACTTCGGATTCTGAGTCAGAGTCTGGTGAAATTCACATCAAAGCCAAACCCACAACTAAGTCTTCAGCAAATACTTTACTGCCTGATGGTAACAGTGCCTGGAAATCAAGCAAACAGCACTCCTCAACCTCTGATTCTGAGGAATTCTATTCCAATTCAGAAAACACTAGAGGAAAGCCACACAAGCATAAACACAGCTCAAAGGAAAATATTAAAAGGGAACACACCAAAAAAGCAAAAGAGAAATTAAAAGGGAAAAAAGATAAAAAGCACAAGACTCCAAAACGAAAACAAGCATTTCACTGGCAGCCTCCACTTGAATTTGGTGAAGAGGAGGAGGAGGAGATTAATGAAAAGCAAGTTACTCAGGAGGCGAAAGAGAAAAAGCAAGTTTCTGAGAACAGTGAAACCATAAAAGAAAATATTCCCCAAACTAAGAAGCCCTGTGAAGACAGCAGCCTTTCAGGTAAACATAGCACAACAGTGTCATCAGATATTGATCAGTCTACTAAAGATGGTGTTAAACTCAGCACTTCTCCTGTAACCGTAAACACTGATGAAAATGTAGTCCGTTCTCCCCCAAACATTCAGCATATTGAAGAGAGCATCCCAAGCGGAGCAGAGGATATGCTACAAGCAGATGACAACATGGAGATTTGCACTCCTGATCGGAGCTCCCCAGGAAAGGCCGAGGGGACTTCCCCTCTAGGAAATTCAAGGCTTGATACCCCAGATATAAGCATTGTTCTAAAGCAGGATATGGCAGCAGAGTATCCTGAGGCAGAGTTGAGAAAACAGGAAAGCAGTATGTCAGAAATCAAAATGTTGGGTGAGATGGGCAAACAGGACAGCGGCTCTGCCAGCTTGACCAGTGCTGTAGAAAGTACTATAAAGAACGAGGTAGCTGAGAAAAGCCAGACGAGCCTCGTGGATAATAAATGGAAGCCCCTGCAAGGTGTGGGGAACCTTGCAGCACCATCTGCTACCACATCCAGTGCTACGGACGTTAAGGCACTGACTGCTATGCCTGAAATGAAACCACAGGGTTTGAGAATAGAAATTAAAAGCAAAAATAAAGTTCGGCCTGGGTCTCTCTTTGATGAAGTAAGAAAGACGGCACGCTTAAACCGGAGGCCAAGAAATCAAGAGAGTTCAAGTGATGAACAGACACCTAGTCGAGATGGTGATAGCCAGTCCAGGAGTCCAAGTAGATCTAGAAGTAAGTCTGAGACCAAATCAAGACACAGAACAAGGTCTGTCTCCTATAGTCACTCAAGAAGTCGATCGAGAAGTTCCACATCATCTTATCG
Seq A exon
GTGAGTGTTACTCTCTTTTTGTCTCCCAAGCAGAGTCCGTTACCATTTTGTTTGGAAGAACACCAGAGTTAGGGACAAGACCACTGTTTCCAAATACCTGGGAGGAAATAAGGAGAAGGCTTGTGCTATGTGACTCACAGAGCAGACTGAAGACACAGGGAGTAGAGATTTCAGGGGAAGAAGTTTGGGCTCAGGGTAAACAACTATTGCTGTTAGTTAAAGCTCCCTGGTATTTGCAATGCGTTGCCATGATAAGGGACAGAGTCTCCATCTTTAAAGGTGTAAGCCCACTCTCTGCTATCAGTCATACCTTAGAAGGGAATCTTGCATTTACTGCTGGGGACCAGCCTCAGCAGAGTCCAGGGATACCCTCAAGATGAACGGCATCGGCGAATGAATGACACGGGGAGGCCAAGCTTCAGTGAGCGAGGCCCATAACTTTATTTTCAAAAGGAGCTTTATACCCTGACTTGTACATAGAGGAAAATGAAAGATGCAAGGTCATGCAGAGTCAGCCCAAACACTCCAGCAGTTTTGCCCTTATCGAAACCAGGGTTTTTTTCTGTATGCCTTTCCATAAACAAGGGTCTTATGCTATGTACATTATCTTCTGGCCTGGAGGCCTGTTGACATTTTATGACCCTTTTTTGATAAAAGGTTGATCAACCAGAAAACTTGTTTTCCCTTGAAGTGTTTTTTCTTTATATTTCTAATCTGTGTCAGCCTCAGAAAGTACTAAACAGTTATATTTTCATGGAGCAAAGGTACAGTGGGTCACAACAAGGAAAGAACTTATTAGCTCAAAGGTCTGATGTGGTTAATACCAAGGCTACTACTTGTTTTTCTTACATTGCAACTACATTAACTAATGCACTCCCAGGTGCACAAGGGATAAGGGATATGGGAACTTGGCAGCAAGCATTGGCCCAATAATGAAGCCCTTTACCAGTACTATTCTAATAATTTTTCACCCCTTAAAGGGCTCTATGCCCATTAGGACTTTTAGAATGTTTAGGCTTCCCGTGCCTTTCATGGTTGGGAAGTTGTGAACAATCATGTGCGTTAGTTGTAAGAGTAAGGAAAAACCTGTGAAGCAAGCTAGAATGCCAACAGAGGGGTTAGAATAGAAGTATTCCTTTCATGCCCAGGAGACTTATTAACTTAGAGTCCTAAGTTGATTTTCTCGAGAGAAAGGTGGTCGGGGATAGCCCCCTGCTAATATCAGAAGAGTGGTTGAAAGGCATAATATAGTAAACAGTAGACAGACAGATTTTGGTTTCGGGGTAGATGCTCAAGCAGGTCCAGGGAATCCCTCGAGTCCTGATCTGCCTTTGCCTGTCAGGTCTTCTCTGTATGACCTTTGTCATGGGTGGGATCTCTCGTGGGGGCTCCTGGAACATTTATGGAATATGCAGGATTTAGAAATCAGTAATTTAACCCTCCATTTTATACGAGTGGAAGGTGAGGGCCAGAGAGACCAAGTTGGCTGCCCCAAGACATGCATCTAGTTGATCTTTATTCAGGGGGCAGGAAATGGTAAAAAAGTGATCATCTTTTGATTGATTGATTGATTTTTGGTTCAAGTTACATCTAACTTTTGTCATTGACATAGACTGGATAATGCAGAGAATGAGCATTTTTACAACTGAAAAAAGTGATGGTGGTATGAAGTTAATAACTAATTTGTATTCTTTTCTTGTAAACTTTTCATGGTTTTTACCTCACTGTCTCTTACTCATATCCTTTATTATTTTGTGCTTGATTTTCATCACTTTAACTTGAAATAGACTAAGAATCTTTAACTTTTTTCTTCCTAGTTTTTTTTTCACTTACCCAGATTTCTTTAAAAATAGGAAATAACATTTACCATCTATAATAACCATCTCCCACTTACTCTTAAATTGCTTGCAGTATGTAGTCTGTGCCTTCCTCCCCTCATCTCACTCAGCTGACTTAAGATTTTCAGGTATTTCTGCATGGCCAGTGCCAGGGCATGTTTTCAGTCCTTCTGGAAGCACTCTGCTGGCTCTCCTCATCCCTCAGACCATTCCTGCTTTGCCGGGGACCAGCCCCGGCTGATCGAAGGAGAGACGGCATAGGCGAAGATCAGGATACGATAGCTTCAATTAGATATTAATTAAAGATATAAAGAGTAATAGAATAAGGATAACTCAGTAGGAAAATTCAGTGGAGAAAAGAGGCTGAGTAGCTTGGTTTACGCGGGAGACCAATAAAACTTCAAGACAAGAAGTTTGCACCACTTACGTAGGCCGCAGGCGTCCTTCCGTTCTCCCGAAGGAGAGGAGACACTGAGGCCTCCCCGGTCGGATCTTAGAAGCCCAGGCATAATTAGTAAGCATGGTGGGTTCCGCGCTCCAGATGGAGACTCAGCCAGAGTGAGAGAGAGAGCGACATGGGGAGACCAGTATTTCGAGAAACTGATCCCAATTCTTTATTTTCCAGAGTCTGTTTTTATACACTGCGATGTTATACAAAAGTCACGTGGGGACAGCAGTCCTGACTTTTATCAAAGTCAGGTGCTTCATACAAATGTATACAGAGGTCTTAGGGGTGTTACATCATCTTCTGGCCAGGGGGGCCTGCTGACAATTTACGACCCTCTCCTTGTGACAGCAGTCAGTCAATCAGGACACTTATTTCTCCAGGGCTGATTATTCTCAAAACAGAGGCCACCCAAATAAAGTTACATTCCTACAGGGTGAGGGTGTAGTGGGTTTTAGTTAAGGAAAGAATTTACTTAGCCTAAGGTCTAACGTGATTAATATCAAAGGTTAATTCTATATATTCATTAATGTGTGTAAGGGCAGGGGATGTGGAGACTTAGCAACAAACATTGGCTCAACAAATGAAAAACCCTTCACCAACACAATTTCTAATCAGCCCATTATACTTATACTAATAGTTTTCTAACTTCTCTAAAGAACCTGTTTTTAGAGGGTTTAAAGCATCTCGTGCCTCTCAGGTTGGGAGGCTGTGAGCAATCACATGTGGCCGGACGAGCCTGTCAGGCAGGCCAGAGAACCTTCAGAGGAGTTTGTAGGTTAAAACACTCTTATCACGCCCAGGAATTATTATAAACTGGAGCTCTAAGTTAACTCCTTCTCCGAAAGAGGTGGTGGGGGACAGCCCCCCGTAAAGTCAGAGGTGTAGGTAAGAGCACAAAGTAGTAAAGTAGGCAGGCTCTGGTTATGGGGTAGACGCTCGAGGATTTCCAGGGGGACTCCTGAGGCTCGATCCCGCCTTTGCGTATGTCGAGCCTCCTTCCTCATGACCTTTGCCATGGGCGGAGTACCTCACTCTGGCCCCCAACATCTCCCCCTTTATTATTTCTTAAAACAACCAGATGCAGCTCAGTCGCGAGCTTCCGAATGCTCTGCCAGAGAATCCTGACAATACAAGGAAGAATGATTATGAGAAGTAGGATTAGAGACTAGGGATATTAGACAGAATATTTTTTCCAGAAATAAAGTTAGAGATGGTGTGAAAAAAGTCATTAGCTGCTCCAGCGGCGGTAAAATCCAGTTGAGAGTGTTCCAAGGTCTGTATTTGATTATGAAGTTTCCCTAAGTCCAGGCCAATATCAGAACTGTTACAAACACCTGAGATATGATTTTTAATCTTTTCCCATTCATAATCTGTCTCGTTTACCTTCAAAGATGTCACGCATATCCACCTGTAATCAGCGTGGCATGTCAAAGCCATCTTCACCTTTAAAGCCTGTAACTCAGTCCCAATATGCATAATTGCTTCTTCTAAGGCGTCTACTCTCATCTCTAATTTCCTATCTATAGCTTCCTGAGTTGCTAGACTTAAAGAGACATTTTTAGACATAGCATCAACATATTGGGCCGTATGCACTTGTTGAGTCAATGATACTGCTGCCGCAGTAACAGAAGTAATTGTTGCTATCAAAGCTGATATTCCTAGGATAAGCAAGACCACAAACTGTCGCGATCGCATTAAATCCTGCAGTTGTTGTAACACAGTAAGACCATAGCTATCATAGAGGCACCATAAGATAGGATGGGCATTGTAACACCACAAAGGAGCAAACATTACATTGAGGGCTTAAACAAGATGAAAGCATACATTGTTCACAAGTCACTACGTTAGGTCCACCTGAATAATTCATGCCTACATTAAGTTTGTTGGAGTCATTAGTAAAAAGGAAAACATTAGGCAAGGGTGGATAAGCTAAAACAGAATAAGTAGAATTATTTTCTGGTTGGAGTTCACGCTGCAGCTGCCCTGTCAGTCTCGCCGGGATCTCGATGTTTATCTTGTCTCCCCTGCTGGCCGGCGCCGCGCTGGTCTGGACGGCACTTTGTGGGTGCACTGTCTTCTCTGGCCCTCACTCGCTGCACAAACTTCTTTGCTCTAGGTCGCGGGGTGCAGCGAGGAGGGTGCGGGGCGAGGCTGGAGGCGCAGAGGCGAGAGCTGCCTAGTGGGCGGGGCAAGCGAGTGCGCGCCGCGAACCTGGCCTGTCTGGAACCCAAATTAGTGAATCTGCGTCCTGTGGAAAAATACAAGCACATCCTCGACTGCTAGTTAATAATGGGTCAGGACCCTTCCATTGTCCGGAGAGGAGGTCCTTCCATTTGACTAATGGCTTTGCATTCAATTGCTCTGGGCACCAATGGCAAAGCATTGCAGTAGTTCCGGCGGAATCGGCATTTAAAATATTTATTACAAAAAGAGCAAGTTGCAAGATTTGATGGGGAGAACTATACCTAAACTCCCCTTCTTTTAATTTTTGAATTTGAAGCTTTAATGTTTGATGTGCTCTTTCCACAATGGCTTGTCCCCGGGGATTATAAGGGATGCCTGTATTGTGTTTAATTTGAAACTGTAAACAAAATTCCTGAAAAGACTTAGAAATGTAAGCAGGAGCATTGTCAGTTTTCAGAGCTTTTAGCAGGCTCAAATATGAAAAACAAGTAAAGAGATGTTGTATTACATCTTTAATTGCTTCCCCTGTA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Seq C2 exon
ATCAAGAAGCTACTCTAGAAGTCGGAGCAGAGGGTGGTATAGCAGAGGCCGCACAAGGAGCCGGAGCAGTTCCTACCGCAGTTACAAAAGTCATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002795:ENSBTAT00000030863:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.991 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]