BtaINT0103355 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006686 | NPNT
Description
nephronectin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27405]
Coordinates
chr6:20489860-20527681:-
Coord C1 exon
chr6:20527581-20527681
Coord A exon
chr6:20489953-20527580
Coord C2 exon
chr6:20489860-20489952
Length
37628 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGCGTGAGT
5' ss Score
8.2
3' ss Seq
GTGATACCCTCTTTCCACAGCTG
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGCCCAGGCAAATAGTGTCATCCATTGGCCTGTGTCGTTACGGTGGGAGGATTGACTGCTGCTGGGGCTGGGCCCGCCGGCCCTGGGGACAGTGTCAGC
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]