DreINT0105899 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000018721 | npnt
Description
nephronectin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-201]
Coordinates
chr1:49482331-49488185:+
Coord C1 exon
chr1:49482331-49482381
Coord A exon
chr1:49482382-49488092
Coord C2 exon
chr1:49488093-49488185
Length
5711 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
GATGATCTTTTTGCCTACAGCGC
3' ss Score
8.58
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTCTACGTCTTAACCCGCAGAGTAATCGGGATAAGGTGTCAGCCCCAAG
Seq A exon
GTTAGCACCAAATCATCTTTCCTCTGCACTCATCCTGGCTGAGCGTCATGCTTCCGCTCCAGTATTTATAGTCCATCACTCGCGCTTCTCCTCGGAGAATATCCTGATACCCTGTGAACACTTCACACCTGCTCCCGCTCTGAATATCTGAATATCTGGACGCTCCAGGATATTTGGATATCGCTGTTTATTTTCATGTTTGTTTGTTCCGCTGTGTCGAACTCAGAGACATCAGAGCTGATTTCAGTCTACTCAACACTTTTATTTAGATAAAAGAGAAAGAGTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTATTTGTATTTCTATAATTATATTGATCCATCCATCCATCCATGGTTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTACCCATCCCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATGGATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTACCCATCCCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATGGTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTCTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTACCTATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTATCCATCTATCCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCCACCTATCTATCATCATATCTATTATAACTATACAGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCGTTATCTAGCTGTTGTTTTCCATTCCATCATTTGTCCTATTGTCCTATTTTTCATTCTATCTGTCTGTCTGCTGATCCAACAAATTTCTGACATATTAACAAACACAAGAGGGAATGCTTTTAATGAACAGGTCTGGCGCAAAACACACTTTTCACAGTTTTCTTTAAAATTCAATCTTAGCCTGTCAAAAGAGTGAGACATATTCTGAATCATTCTTTAAGTCCAGCACATGCAGTGACGTGCGCTCTGGCTGTGAGTCTGCATGTCTGGAGCGCATGGACTGAGCGGTATGTAATGTGGAGAATGAAGCTCTGCCAGCGGGAGCGTCTGATGTGTTTTTTTCAGAAGCGGACTCTTCCTTTGGCCGCTTTCAGCTGAGGTTTCTGCTAAGGTTCGTGTGCCAACTGGTCGGCATCTGTCTGAAGCGGACCCCGGCGGTTTCCCTTTAAAGTCTATCCTTAAGCTCTTCATTCGTCAGCACTTAAAAATATCACCATGGCCCTGTGATCACGCGGCGTCCCACCAGGATTAATCCATGATTTCATCACATTTGATAACTGCCTGGCCGCTGAGATAAGACAGACGCCCGGATCAAACTTCCAATGTCACAAAACTGGCTTCCCGCTTTTCCTGACAGGTTGGGGTTTTACTAACAAATTATAAATTAGAAACAATAATAATAATAATAGTAAAAATAATATCAATAAAAACTCAGGTGGAAACCCACGCGAACGCAGAGAGAACATGCAAACTACACACAGAAACGTCAACTGACCCAGCCAAGGCTCGAACCAGCAACCTTCTTGCTATGAAGCGACAGCACTACCTACTGTGCCACCACTTCACCAATTATAATAACTATAATAATAATTATATTAATTTGCATAGCATTTGAATCTAAATTACATTTTGTTTAATGTGATTATTATTGATTATTACACATTATTATTATTGTGATGGACATTGACATTGAATTGAATGGGCTAAATTGACGTAGTGTTTGTGTAAGAATGAGTGTGTGTGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTTCGACTGGAAGGGCATCTGCTGCATAAAATATTTGCTGCATAAGTTGGTGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCTCTGATTAATAAAGGGACTAAGTCGAAAAGAAAATAAATGAATGAATGTATTACTAATTTAATTAATATACATTGTAAGGAATGCTACTACTATGACTAATATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATACAATTAAGTAGTATTTAAGTCAAAATAAATGTAGCATGTTTTGTTACAATATTTATATTTAATTTTTATGATTTGTATTGTAAATAATTATTTGTAATCCATTTTCATTTTATTTAAGTTTATATATACATTTTTATATGGGACAACAAGGAACTATGATAATTTAAATAAATAAATGCTCTGATTCTTACAAAGTATTAAATTAATTAATAAAGAGTACATTCATTCACGCATTTAAGAATATTTAATTTTTTAAAAACTATATATTATTTTGTAATTTGTTGGTATAACCTAAGGAGACAATTAAAAATAAATAAATATCTATAATATAAATATCTATAATTAATAATGAATAAATGAATAAATTATAAAACCCGTGCTTGTGTTTTCTTCTCAGGGTTTAAAGTCTTAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGGGTAACACAGAGTAAAAGAAAGCTGCACATGTAGCTTTGATTAGCCTAGTCAATCTAATAAGAGACGAACTGATTCTTATCTCAGTGTTTTGCCATGGCAGGTAATGCTTTTCTGCCTTCCTGCAGTTTGAACAGGCTGGATGTAGATCTATACGTGCGTGTGTGTGTGTTTTATCTGAACACACCAGCAGGTCCCAGGCTTCATCTTACCATCTAGAATCCTGGGGTTTTGAGTGTCAGCATCTTTGATTTGGTTTCAAACATATAGTTGGCTATTGGATAAAATCCTGGACAATCTGACATATGAAAACCTAAAAGTGATGAAAAATGGCCGTATTTCTGTTTCATATAAATCTGTAATATTATTTTCAATATAAAATAATAACAATAAATAATAATAATGTTAATAAAATTCACAAATTTAGTTGTATTTACATAATATTTAGGAAACAGGCTTTAAATAATAATTCTAAAATGAAATAATCAATTCCCCCCCGGCTTGATCCCTTTATTAATCTGGGGTCACCACAGCGGAATGAACTGGCAACTTATCCAGCATATGTTGACCGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCTTCACTGGAAAACATCCATACAACCTTCAAACTCATTCACACACATACACTACTGACAATTTAGCCTACCTAATTCACCCATAGCACATGTCTTTGAACTGTGGGGGGAACCTGAGCACCCGAAGGAAACCCATGCCAACATGGGGAGAACATACAAACTCCACACTGAAGCACCAACTGACCCAGCCCCTTTTTCTAGATATGCATTTAATAAATAAAAATGTTACGTAAATTTATTCATTTAAATATATGAATAAATCTTGTTAATGCCCTTCTGGAGTTTTAAATTTAATATTTCATTATAAAAATTTATTACTTAATTAATATGAGTCAATTCTTTCTAATTTCCAAATTCTTCATTTTAAAAAGCATAAACAAGCAAAAAAATACATAAACAAACAAACAAGCAAATAAATAAATAAAACACCTCAATCTTGTATAGATCGGCTAATAAATATGATGTATCAGTTTATTAAATGTGTTTAAAATATTAAATAAAAATTTAATATTACAATAATAAATATTGCATTAAATTAAGATGTTGTTTAATAAAAAAATGCTTTAGTTTTTTTTTTCCAAATGTTTATTAGGGCACAACCTATAAGCAGCTACGCATTGAGAGACATAATTTTACCTCATTCGGGTCTCCTGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTCTTAGCTCCTCTCACTGTCAGAATGGCACCAGTGAGGGGAACGAACAGCTCTCATAGGCCTCTATAATTGGAGACTCAATGAAGCTTTGAATGAAAATTAGTCTCAGCCGACTGGAGACTTGAGGACGAACCTCCTGTAAGCCGGGTCTGATGTGTTTAGTCCAAACTAATGTCACTCAGGGACAAAGACACCACAGCTGGGGTTTGCACTGGACTGTGCAGATAAAGCACAACCTCTGTTGTGTCTTCTATGGAACATGCCTAAATAAAGATGCCTCCCTTTCCTTCTTCTCTCGCGTTTGCTAAATCCACTTGTCCTCTCATTTTGATCTACGACCACTACTACAATACAGTCTGCCCAATTGGGTTATTTCAAAACTGCCGTTTCTGCTCTTGACCGATGACAGCATTCTGTTAAGTCAAAACAAACTAATGAAGGACAATCTGTGTGCTTTTTATTTAATTATACGTGATGTCATTTTCAGACAATTTAAATATAAAGATGGATTCAAATCATACGCTGTCTGTTAACCAGCTGAGCGTGCATCTTTTAAACTTTAGATCTGTAGTGTCTGCTTTTTGCTGGCTGTATGTGGGCGGAGTAATACACAAAGGGTAAAGAGGCTGTACTGGTGCTGATATTACTTAAATATATCACGGCTATCAGCCAATCAGATTTGAGAACCAGACAGAACTGTTGCATAAACATATATATTTAGAAGAGTTATAAAATGTGTTTAGTGGCATATAAAAAAATCACTGCGAATACAACAATTGGCCCTTTTTGTCTTAGACTACTTTTTTTAATTTGATTTGCACCACCGTATACTAAACTAGTAAAACATAGATTAATTTCCCGTGCTGTTATATAGCAGCACCATGCCTACAAACACCGAATCCTCTTGTCGACATTGGGCGTGATGGGATTAAGCTTTTGTCTTTTGGAATTGCCTCTGTTTTGAAGATGTCTGAGTCGGAATTGACCTCATATCAACCCTCAGTTGCTTCTCCCAGACGAGGATCTTAAGGGGCCGCACGGCGCTGGGCTTCCTCCCAATCCAAATGTGAGATGTAATGAGTCATAAAGCAGAAGTGAGCCGGACCGTACTCTCTGCAGGTCCCAGGTTCATTAAAATGACCAAGGCAAACAATGAATTATTGATGTAGGGGGGCCGGCGTTCCAAAATAATGTTTTTGTGCACCTCTCACTACAGTATCCTCAAGGTCTAATTGCACTGACGATCATTTCCCACAGCAAGAGCAGTGGATTTTTTTCTTCTCAGGCTGTGTTTTGTTACATGTTTTCATGTGTGCTGTATAGACTCTGACATTTGGTGTAAAATGATACTGATGATCTTTTTGCCTACAG
Seq C2 exon
CGCTATGTCAGCACGGATGCAAGCACGGAGAATGCGTGGGACCCAACAAATGCAAGTGCCATCCAGGTTATACAGGAAAAACATGCAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000018721:ENSDART00000018469:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF126612=hEGF=WD(100=40.6),PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]