MmuINT0110263 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040998 | Npnt
Description
nephronectin [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2148811]
Coordinates
chr3:132917461-132948147:-
Coord C1 exon
chr3:132948047-132948147
Coord A exon
chr3:132917554-132948046
Coord C2 exon
chr3:132917461-132917553
Length
30493 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTGAGT
5' ss Score
9.54
3' ss Seq
ACACTGTCCTCTTTCCACAGCTG
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTGTGTCAACCACAGTGCAAACACGGAGAGTGCGTCGGGCCAAACAAGTGCAAATGTCACCCTGGATTTGCTGGGAAAACCTGCAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040998:ENSMUST00000042744:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0764510=EGF_CA=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types