GgaINT0070369 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010566 | NPNT
Description
nephronectin [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27405]
Coordinates
chr4:38028136-38042209:-
Coord C1 exon
chr4:38042109-38042209
Coord A exon
chr4:38028229-38042108
Coord C2 exon
chr4:38028136-38028228
Length
13880 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTGAGT
5' ss Score
9.54
3' ss Seq
GAGCGTTCTTCTATTTGCAGCTA
3' ss Score
7.79
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTATATGCCAACCAGGATGCAAACACGGTGAATGCATTGGGCCAAACAAGTGCAAGTGCCACCCAGGATACACTGGAAAAACGTGCAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010566:ENSGALT00000017193:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.152
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]