BtaINT0108991 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016396 | PDE11A
Description
Bos taurus phosphodiesterase 11A (PDE11A), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001205422]
Coordinates
chr2:19021211-19045951:+
Coord C1 exon
chr2:19021211-19021275
Coord A exon
chr2:19021276-19045818
Coord C2 exon
chr2:19045819-19045951
Length
24543 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CTGCCTTGGTGTCCTGATAGTTT
3' ss Score
7.27
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGAAGTTTACCAAATCCTTTGAATTGATGTCCCCAAAGTGCAGTGCTGACGCTGAGAACAG
Seq A exon
GTAGGCTCATGAGTTTCAGTCTGGTCTTTAATCCTCACCTTTGATCCTTGGTGTTGACAGCACTGCATAATTTCTGAGGACAGGAGTTGTTCTTTCTTCAGATCAGCAGATGAAGCCAAATATCACCACTTTTCTGTATTTCAGTTTAAATAAAAACTACACATAAAAATCGGAGAAGGCAATGGCAACCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAAGAGCCTGGTAGGCTGCAATCCATGCTAAGAGTCAGACATGACTGAACGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTAGAGAATGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGCGATGGTGGAGCCTGGTGGGCTGCTGTCTGTGGGGTCACACAGAGTCGGATATGACTGAAGTGACTTAACAGCAGCAGCAGCACCACACATAAAAACAGATGGGGAAACAGTAGCTGATTTTGTTTTTCTGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGATTGCAGTCATGAAATTAAAAGACACTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACCTAGATAGCATATTGAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCATCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTCCTGTGGTCGTGATGGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAGGCTGAGCACTGAAGAATTGATGCTTTTGAAGTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTTCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGCCCTGGGTGTTCTTTGGAAGGAATGTTGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGAGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGAGTCTGATGCTGGGAGGGAGTGGGAGCAGGAGGAGGAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACATGAGTCTCAATGAACTCCAGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTAGCATGCTGCGATTCATGGGGTCACAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGAACTGAACTGAACTGATACATTTGTAAAACTGCTAATGAATAAAGTAGATTTTAGATATTCCCTAACTACAGAGATAACTTTTTTTTTTGCCTTATTTAGATCCTTTGTTTATCTTTCTCCCTTTTTTTTTGCTTGTGTTTGACCATTAACCCCCCGGGAAAAGAGTAAGAGCTTCCAGTAGTTCATGTTTTGTCCCTGTTGGTATCTTTGAGGCTCTAGCAGGGTAAAAGTAAGGGTTGGGTACAATCAGTGAGCTTTCTGTTAGCTTTGCATTACCCTCAATAATAGTTTAGCTGCTACAAAAAATATTGATTCTTTTTACTTTGGTCAGCTCTAGAAGAAGTGCTAAAAAGAAAAAAAAAGTGAAATTGACCAAAATGCAAAAATATGGAGAAAGACAAATAAAGCATGATAATGATGACAACACCAGTGATGATAATATCAGCTAGATAAGCTATTTCCATTCATTCAGGGCCGAGTGTGCCACGTACTATTCTAAATACTTTATAAATGTTGAATCCTGCCAAACAACTCGATTAAGCAGGCATCATTCTTCATGCATGACAGAGGAGAAAACCAAGGTTCAGTGCGTTTATATGACTTGTTCAAGGTCCTGCAGCCAGTGAATGGTATTTATACCTCAGAACAAGATCATCTAAGACCCTCTCAACCTCTGAATTTTGATCCCACTGCCACACATGGTCTATATAGAGTGAATGCCTGCTGGATTAATGTTGACCAAATCTGGCTGGATCAATCAGAATCAAACCTGGAGAACTGAATAAAGACTAAAATTTCAGGACCCACATGAACAATTTTGATTCCATATGCTGAAAGTGAATCCCTAAAGATCCATCTACATATTCAAAAGGTTCCCTAGGTAATACCTGTTTCAAGATGTAATTATTCTGGGTAATTTGATTTTATATATCTATTATTGCCTTTAATTCAGAAAATAGAAATCAGTACATTAAAATGGGCACTTCAGCTGCTTCACTTTTATCAAATGTATAAAATTTAATAAAAGAGTCCATTTATAATTCCATTTATATTCTTTTTTTCCTATTTTTGGCCACATCTCAAGGCATGCAGGATCTTAGTTTCCTGACCCACAAGGATTCAAACCCGTGCCCCATTGGTGGAAGTATGGTGTCTTAACTACTGGACTGCCAGAGAAATGCCTATAGAGCATTCTTGAAAAAGCAGAATTATAGGAGCAGAAAGCAGATCAGGACTTGCCAGGGTATGGAGGTGGAGAGAAGGGTTTACTACGAGGGGGTACAGGGAAATTTGGGATTGTGAAGGAACCATTCTATGTCTTACTTGCGGTGGCAGTTGTATAGTTGCATTTGTGAAAACTCGCAGTACTATGCACTTAAAAAGCATAAATTTTACTGTTTATAAATTATACCTTAAAATGGGAAGCAAAAGACCTTCTGGAAGAGGTTTTTGTTTTCAGGAGAATGTATGTTCACATCCATATTTAAGGTCAGCTAATCTATACCTAAAAAAGATTTAGACATAAGGTTACTAGTGGTGTATTCATTTCCCTAAAAATTTCATGCAAAGTAGCATGAAACATTGGGTTGGCCAAAATGTTTGGGTTTTTCTGTAACATTTTACAGAAATGTAAATGTTCTACTCATACTTACTCCTTTGGCTAAGTACCAATTCATACAGGTTCTCTCTCTCATATGTGAAGGGGAAAGATATCCTTTGAAATTCGAATACTTTAATATTGTTCTTTTAAAAAAATACTAAATATGCCCTCATGGTCACTACAGAGTTAAGTATTTCATTATTTTTACGGCTGAGAGTACTTCTGTGTCAAAATGAAATGACCCAAGGCCTAGACTGCCCTCGGCAAAATTCTGATAATAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGTCAGATTTTCTTTTAAAGAGACATTTGAAAAGTGCCTTTGAACTTTGGCATTATGAGATAGTATTCTCCATCATTCTATTTGTGGCCTTTATGTAGAATATCCATTTATCTCAGAAGACCTTTCCTGCATCGTCCAGTAATTGTCCTCTGGTGGATGTGGGATCCTTTGGTCATTTATTGAAAGTTAAAGGAATAAAGACAAGTGGCTCTAGCATTTACTTTGCCAGTGGCCATGGAAAAGCCATTGAAACAGGCTGTGAGCCCACAAATCACAGCTTGCTCTCAACGTGTTGTAAATCTTTTCTTTAACCTTTCATCACTTAACATCTTCACTATAGATGACGTTCATTAGATACCTTAGTCCTCTGGACATCGTTCAGAGTTATGATAGGATAGCTCTTGAAGGTAATCTCTAGGGCTTCATCCAACAATGTTTCAGGACCCTATTTTAATTCTGATAAATTAATTTAATTCTCCGATTTAAAGCTTGCTGATTTTTATAGACAGTCCTTGAAGACTTTTTAAAAAACCAGTTCTGTTGCTGACTCACCATTTCTGCCTACTGTCTTATGTGGGTAACTCTTTTGTTTTGACCAGTCTCCTCTTGGTCTCCGTGTAATTAATACCAAGCAGTTTGAGAGCTGGACATGATTGATCCATCTCTCTCCATGTGTTTCTCTTATGGGACATTCTTGATGACTCTTCTAGTGAAAAGATTCTCACTGTGTCATGATGGGCTTTTTCCACTGATAGGGAGTTCTAATTGTTAGAAAGCCCTTTTATGTTGAATCAGATTTCTGTGACTTTGACCTATTTGTCCTTTGGAGATAGTTATCCCTTCGTTAATTTTATCATTTCATTCAACAGCCATATGGTGAGTACCTATTCTCCAATAGGTAATGGGGCTACAGAGAATTTATTTTAAAATCAGCAGTCTCTGCCCTCAATGGATCTCAAAGCCAATAAAGGGGGTAGGAGTAGGTTAAGAATGTAATATAACCATAACCAGATTTCACCAGCCCTCCAGACCATGGCTATAAGTAAAGTCACAGTAACAGTGATAATTTATACTTGACTGCTTGGTCATTTCTCCCTTGTAACCTAAGAACCCAAGCCCTTTGCAAAAGCCACTCTTGAAGTAGCTCTGGGAATCCCCAAGGTTTTATAAAATTTTCATTGCTCACTCTTCATTTCTTCAAGTGTCCCTAAGTCCTTTTCTTCTAAACATGACAGAGTGGAACCTGTTGGCATGGACTTCCTGGCCCACTCCAGATTCCCACGGACCCCTTACCCGTGCTATACCACAGCTCCCCAGCATTGTCTCACATGCACTGGTGGCCTTTCCAGATCCAGACAAGGCTGGGTAATCAGTGCACGAGTGGGAAGAAGGGTCACTTTCCTTACCATGTGTTATAGTTTTCTGTCTGGCCCTCAATCAGTCCTGCGTGTACCATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTAAACCAATCTTTTAGTTCTTAAAGCTTTTATCTGCAGCCCTTCTTTCTCTATAGGACTTGGACCAAATCCATAGGATCAGGCTTAGGACCGAGTCCCCAAACTGAGGGCCAGCCACTAAGTTGTTCTTTTGATTTCTCCACCTTTCTTCCATCTCTGCCACCAGGCTCAGAGGCTCAAGACCTCCTTGTCCCAGGAAGGCCCTTTCCTTCCATGCACGTCAATTTGTACAGATAAATGCCCCCTCATGTAGAGATATGTCCCAGATTAAGCTCATATGTCCTGCTATCAAGTAAATCATGATGGCAAAGCAATTCAATATTTTCTGCAAAAATTATGTATATGTATAGCTGGGGCTTGCCTGGTAGCTCAGACAGTAAAGAATCTTCCTGCAATGCTGGAGACCTGGCTTCAGTCCCTGGGTTGGGAAGATCTCTTGGAGAAGGGAATGGCTACCCACTCCAGTATTCCTGCCTGAGAAATCCTATGAGTTCATGGGTGACAGATGAGTGTAGATGAGTGTCATCTGAGTGAGTGACA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Secondary ID
ENSBTAG00000016396:ENSBTAT00000021805:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(13.4=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(28.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]