HsaINT0121874 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000128655 | PDE11A
Description
phosphodiesterase 11A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8773]
Coordinates
chr2:177840251-177875923:-
Coord C1 exon
chr2:177875859-177875923
Coord A exon
chr2:177840384-177875858
Coord C2 exon
chr2:177840251-177840383
Length
35475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTACCTTGGTGCTCTGATAGTTT
3' ss Score
4.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGAAATTTACCAAATCCTTTGAATTGATGTCCCCAAAGTGCAGTGCTGATGCTGAGAACAG
Seq A exon
GTAGGGCTTGTGGGGTTCATGGGTCTTTTGATGTTCTTTTGTCCTTGGTGTTAGCAGCATTGCATAATTCTTAGAAGATAGTAGTAGTTCTTTATATTAGCAAGCACAACCAAATATCGTGACTCTTCTGTATTTCAGGGCTTAAATTAAAACTATATCTTAAAAATAAATGCATATACGGCCAGGCGCGGTGGCTCAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGAATCATGAGATCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAATGCCGTCTCTACTACAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGGGTGCCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGAGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGCCTCAAAAAAATAAAATAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATGCATATACATCTAGCTTGCAATCAGTTTTTAGGGCCAACTTTTAGTACTTGTAATAGGATTAAAATGTTGCCTTTAGCTTCCTCTTTTCCCTGAACCTTGTAAATTTTTGTTTGTTTGTTTGTCTTGTTTTTTAACGTGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGAAGCACTGCAATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCCAGGTTCAAACGATTCTCCTGCCTCAGCCACCTGAGTAGCTGGGATTACCAGGGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACTGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTTTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGCATTACAGGTGCGAACCACTGTGCCCGGCCACCTTGTAATGTTTTGAAATAAATCTTAAGATACTCTGCTGACTCCTGAACTTTGAATCCAAGTTATTTAGGTAAGTTAATATGGAATAGTACTGGAGCAAACCTGTTTTCATTAAGCCAACAGTTTCAGTTTCTTTTCACATCACATATTTGACTAAATCTTCCAATAAAAAAAGTAAAATTTTAGATGTATCTTAGCTGTACAGACAGCCTAATTTTTTACTTTATTTTTGCTCTTTGTTTCTCTTCCTCCCTCTTGTTTGTCCATAATTGGCCAATAACATCCGCTTGGAAAAAAGACTGAGAGAGTTTCCAGTAATTCACTTCTTGTTCTCATTGGCATCTTTGAGGCTATAACAGGGTAGAAGTGAAGATTGCAAGCAATCAGTGAATTTCTCTTAGCTTTTTACTGCCTTGAATAATAGCTGTGTTGCTACAAAAATTCTCTTTGGTTGCCTCTAGAGGAAGGGTTAAAAAATAGTGAAATTAACCAAAATGCAGACATGGAGAAAGAATCGTAAAGCACTCAGGGCAGTATGATGATGATGACAATGATGAAGATATTGATACTAAAATATGAGCAACCTCCATTATTTGACTGTTATGTGTTCCATGTAGTATGCTAAATGATTTATAAGCATTTAATCCCCCAAACAATCTTTTGAAGTAGGCATTCCCCCCATGTTATAAAGGAGAAAGCCAAGGTTCATCAAGTTTAAGTAACTTGTTTGAGGCCCTGCAACCAGCAAGTGGTAGCCACCAAGGACAAGGTCACTTAGATAAGACTCTCCCAACCTCTGAACTTTGATTCCATAACCACACGTCATTTAAAATCTGCTTGTTGATCTCATCTAGTGAATACCTGTCAGGTTAATGTTTCCCAAATCTAATGGGTCAATCAGAATCAGGCTTAGAAAGTTTAGTAGAAACTAAATTCTCAGAACATACACTGAGAGATTCTGATTCAGTACTGCAGAAGTGAAGTCCTAAAGGTCTATATGTTCTAAAGGCCCTCTGGGTAATTACCTATTTCAAGATGTAATACTCAAGAGTAATTTGATTTTTATATCCATTATTGCCTTTAAATTCAGGAAATAGAAACCAGTAAGTAAAAATAAAAAGTAAATTATTTTTTATCAAATGCATGAAGTTTAAAAGGGGCCTTTGCTACATACTATATAACTTCATTTACAGGACATTCTTAAAACATCAAAATTATAGGAAGAGAAAGTAAATCAGTTCATTTCCAGGGACAGGAGATGGAGAGAGGGGTTGACTTCAAAGGGGTAGAGGGTTGTGATGGAACCACGCTGTGTCTTGCTTGCAGTGGTGATTATACAACTGTATTTGTCAAAACTTGGAGAAATTTACCTAAAAAAGGGTGAATTTTACTGACTGTTAATAATACCTTAAAATGGAAATTGAAATGGGAAAAAGAGGTCTTTGGTAAGAGGTTTTATATTCATAAAAATGTATTTATATTCACATCTATATTTAATGCCAGCTAATCTATACCTAACCAAGATATTTAGCATAGAAAGTTACTAGTAGTATACTCAGCAATTTTCCTAAATAGAATGTTATAAAACAACATGAAATACGATAGAAAAATCTCTATTCATGCTGATATCTTTAGCTATTCATGACCTCATATAAGTTATATCTCTCATATATGAGAGGGGAAGCTTTATGTAGTTATTAAAACACAACTTTTGAAGTCCTAATGCTTCAATATTGTTATTTTTTATACTGCTGAACATGTTCTCATGGTCACTTCAGAGTTAAATACTTCTGTTTTTTTATTATTTTTAATCCTGAGAGAACTTCCATGTCAAAATGAAATGACCCAAGACCTAGACTGCTCTTGGCAAACTTTCTGATAATAAAAGACAGAAAGAAAGGTCAGGTTTTCTTTAAAGAGACATTTGAAAAGTGCCTTTGAACTTTGACATTATGAGATAGTCCTATTCATCATTCTATTTATGGCTTTTAAATTAATGTAGAATGTTCATTTATCTCAGAAGACCTTTCCATCATTGTCCAGTAATTCTCCTCGTGTAGATCTGAGTTCCTTCAGTCATTTATTGGAAGTTAAAGGAACCAAGACAAGTGACTCCAGAATTTACTTCACCAGTGACATGGAAGGGACATTGAAATGGGCTATGAGTCTAAAAATCACAGCTTGATCTCACAGTCTGATCTTTCCTTTAACCTTTCATCATTTAACATCATCACTATAGATGATGTCTATTAGATACTTTAGTCCTCTGAACATCAGTCAGAGTTATAATAGTGTAGTTTTTAGAAGACAATTTCTATGGCTCCTTGTAACAATGTTTCAGGGTATTATTTCAATTCTGATGAACTCTGGTTTGAGGCTTGCTGATTTTTATAGATAGTCCTTGAAGCCATTTTTAAATAATAACCAGTTTTGCTGACTCATCACTTCTGCTTAGTGTCTTTCACTGCTTTGTCATAGCTAGTCTCCTGTTGGTCTCCATGCAATGAGTACCAATCAATTCAAGAGCTGGAAATGATTCAATCCATCTCCCTCCATGAAGTGTGCTCCTCTTCCAGGGTATCACTGGCAACACCTCTAGTGACAGGATTCTCACTATGTCATGATAGACTTCTTGCATTTATAAGGGATTCTAGTAGTTAGAAAGGCATTTTATGTTGAATTATATTCCTATAACTTCTATCTGTTTATTCTAAATTTGTTGTTTGGAGGCAGTTATTCCTTCCTTCAACAGTCATATATTGAGTACCTACTCTGTGCTGAGTTCTCTGCTAGGTGATAGGGCTACAGAGATTTTTTAAAAATTAAAAGCAGTCTCTGTCCTCAAGGATCTCAAGGGCAATGAACAGTGGTGGGAGTGGGTTAAAAATATAATACAAACATAACCAGATTTCACCAGGCCTCCAGACTATGGCTTTAAATAAATAGAGTCACATTAATAGTTATAATTTATATATTTGGCTGCTTAAGCATTTCTCCTATGTAGTGTAACATAAGAACCCTAGTCCCTTGTAAAAGCCATCCTTGAAGTATTCCTGGAGTTTCTAAGATTTCTTTTTTTAGAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCAAGAGTGCAGTGGTGCAATCATAGTTCACTGTAATCCTTGAACTCCTGGGCTTAAGCAATCCTCCCATCTCAACCTCCCAATTAGCTAGGACTGCAAGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTAAAATTATTTTGTAGAGACAGGAGTCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGGCCTCAAGGGATCCTCCTGCTTTGGCCTCCCAAAAGTGCTGGCGTGAACCACCATGCCAAGCCTAAGATTTAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTTACTACTGACTCATCATTTCTTCCAAGTGACCACCCATAAATCCTCTCCCTCTGGCCATGACAGAGCAGCGTTCTATGATGTGGGCTTCCTTGCCCACTCCGGAATTCCCACGGGCATAACTGCACTCCTCACCAGTGCTGTGCCACAGCTCCCCAGCACTACCTTAGGTGCACTGGTGACCTTCACGAACCTGGGACAGGCTGGGTCATTTGTGCAGAAATGGGAAGAAGGCTCACTTTCTCCCCCAGGTGTCATAGTCTGTTGCCTAGCCCCTAAACAACCCCGAGTGTACCCCATTTTTTACAGACCTTTTAATTCCTAAACCTTTGTTAGATGTTAACCCACAGAGATCCAAGTGCATATAGGGAAAGGGATGCACAAAAGAAAAGGTGGAGGACAGAGTGTTAAGTAGCCTGAATGTTAAACCTTTTATGTGGACATTTTTCCTTTTTTAAACACCGTATTTTCTCCGAGTTCCCTGGTCATGAGTATTGATGGCTCCTGTCCTTTAGTGAACCAGTACACTCAAGGCAGGATGAGATAATCTGGTATATTTTAGAACAATAAGGAATTAGAACTAAAAGAGGTTCTATTTCCAGAATGAATACTTTTTCACTAACTGGGAGAATACAGGTATTTGCTTCATGAGCATATGGGAAGAAAAG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Seq C2 exon
TTTCAAAGAAAGCATGGAGAAATCATCATACTCCGACTGGCTAATAAATAACAGCATTGCTGAGCTGGTTGCTTCAACAGGCCTTCCAGTGAACATCAGTGATGCCTACCAGGATCCGCGCTTTGATGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000128655:ENST00000286063:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.013 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(13.4=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(28.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development