HsaINT0121874 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000128655 | PDE11A
Description
phosphodiesterase 11A [Source:HGNC Symbol;Acc:8773]
Coordinates
chr2:178704978-178740650:-
Coord C1 exon
chr2:178740586-178740650
Coord A exon
chr2:178705111-178740585
Coord C2 exon
chr2:178704978-178705110
Length
35475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTACCTTGGTGCTCTGATAGTTT
3' ss Score
4.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTGAAATTTACCAAATCCTTTGAATTGATGTCCCCAAAGTGCAGTGCTGATGCTGAGAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCAAAGAAAGCATGGAGAAATCATCATACTCCGACTGGCTAATAAATAACAGCATTGCTGAGCTGGTTGCTTCAACAGGCCTTCCAGTGAACATCAGTGATGCCTACCAGGATCCGCGCTTTGATGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000128655-PDE11A:NM_001077196:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.034 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=FE(13.4=100)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(28.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)