BtaINT0126094 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002725 | RNGTT
Description
Bos taurus RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase (RNGTT), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001046085]
Coordinates
chr9:62028743-62038112:+
Coord C1 exon
chr9:62028743-62028983
Coord A exon
chr9:62028984-62038002
Coord C2 exon
chr9:62038003-62038112
Length
9019 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAATG
5' ss Score
4.83
3' ss Seq
TCTTTTCCTTTTATTTTCAGGGT
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTGAAGCAGCAGTTGCTACTTTTGCTCAAGCCAGACCACCAGGAATTTATAAGGGTGATTACTTGAAAGAACTTTTTCGTCGCTATGGTGATATAGAGGAAGCACCACCCCCACCTCTATTGCCAGATTGGTGTTTTGAGGATGATGAAGATGAAGATGAGGACGAGGATGGAAAAAAGGAATCAGAACCTGGGTCAAGCGCCTCCTTTGGTAAAAGGAGAAAAGAACGTTTAAAATTG
Seq A exon
GTAATGTTTAAAGCTATTATTATAGTCTTTACCTTTTTCCTCTACAGGCTTATTGAGATTTATGCAAATAGAATGTTGACTATGTTTGTTTTGTTGGATTTGTAAGCTTTCTCTATACCTGTTATTTCCAAAGACTCTTTTTTTTGACTGCACCACGTGGCTTGTGGGGTCTTAGTTCCCCAACTGACCATTGAACCTAGACCCTTGGCAGTGAGAGTGTGGAGTCTTAACTACTGGACCACCAGGAAAGTCCCCCAAAGACTTTTTTTTTTAATTAATTTTTATTGGAGTATAGTTGCTTCATACTGTTGTATTCGTTTCCTCCTTCAGCAAAGGAGGTGAACTTTTCAGCAAAGGAAAGTGAACTTTCCTCACTTCAGCAAAGTGAATCAGTTATACATACACAGTTATCCCCTCTTTAGATTCCCTTCCCATTTAGGTCACCACAAAGCATTGAGGAGAGTTTCCTGTCCTCCCAAAGATTCTTGATAGCCATGGATCATGGCCTTTTCTACAAAAAATTTTCAGTTATATAAATTTATCCCATTTTTATTTCTTAGGTAAACCAAAGAACTGTTAGATGTTAGATTGAGAATTTATTGTTTCTTTGCAAAAGATGTGAGATTCCAACTAAATGTAAAGTGAATATTTTTACTAGTGCTTTACAAACTTGTCTCATATTTAAAATAACTGTATACATAAATTCTCCTTTCCATGGGTGGCACTTTCATATTTTTCTGTAAAGTTGAATTCAGAAGACTCTTATTTCTTCAGTAAGCAATTCCTATTAATCTTCTAGAAATACAAGGCCTAACAAAAAACATTAGGTGTTACCTTCTTTTCTTGGTGGGATAGTGGGATATATTGAGAAGAAAAATGCTGGTTGTGACTGTACATACAGAAGTATATGTTGTAGGCCAAAGGGGAAAGTTAGGAAAAGTGTGGTGGTAATTAATTGTTAATAAAGTTAATCATTCAGGTATGTGGGATACCATTGTTGAGTAGTAAGCAGTATACCTCACAACTCATTTCTTAGTAGGTGTTGATTCACAGGCAGGGAAGAAAATGCCTTAAATGTAAATCATAAAATATAATTATTTGGGACTTAAAGTTTCTTGTTTGGAAAACATTTTGTTAATATGTACATATTTCAAACTTCAGCATTCTACCACCACTAACAAGTGTATAAATTGCTTTGAAACATGAAACTAATTTCAAAAAGAACATTTTTTTTTACTCTAACTTATTTTCTGGATTTATATATATCTGAAATTACTGAATCACATACCTGGAAAAATAAGTATCATATTCTAAAGAAAGTCTACTAGCATAACGCATAGATGATTACCCTCTTATATCATTTTTATGAGGGAATTCAACTGAATTTTTTAAGAGTAACATTAATTAGAAGCATATACTTAATGTGTTCTTGAATTATGATCTAGTATTTAAAAGTGTAAAAGTTTAAACGGTTTACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCCAATCCCAAAGAAGGGCAATGCCAAAGAATGCTCAAACTACCGCACAATTGCACTCATCTCACACGCTAGTAAAGTAACGCTCAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAGCAATATGTGAACCATGAAGTTCCAGATGTTCAAGCTGGATTTAGAAAAAGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCCATTGGATCATTGAAAAAGCAAGAGAGTTCCAAAAGAACATCTGTTTCTGCTTTATTGACTATGCCAAAGCCTTTGACTGTGTGGATCACAATAAACTGTGGAAAATTCTTAAAGAGATGGGCATACCAGACCACCTGACCTGCCTCTTGAGAAACCTGTATGCAGGTCAGGAAGCAACAGTTAGAACTGGACATGGAACAACAGACTGGTTGCAAATAGGAAAAGGAGTACGTCAAGGCTGTATATTGTCACCCTGCTTCTTTAACTTCTGTGCAGAGTACATCATGAGAAACGCTGGGCTGGAGGAAGCACAAGCTAGAATCAAGATTGCCAGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACACCACCCTTACGGCAGAAAGTGAAGAAGAACTAAAGAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGAGGAGAGTGAAAAAGTGGGCTTAAAGCTCAACATTCAGAAAACGAAGATCATGGCATCTGGTCCCATCACTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGTCAGACTTTATTTTTTGGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGACGCTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACCTAGGCAGCATATTCAAAAGCAGAGACTTTACTTTGTCAACAAAGGTCTGTCTAGTCAAGGCTATGGTTTTTACAGTGGTCATGTATGGATGGGAGAGTTGGAGTATAAAGAAAGCTGACCACCGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATCTTAAAGGAGATCACTCCTGGGTGTTCACTGGAGGGACTGATGGTGAAACTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACTTGATGTGGAGAGCTGACTCCTTTGAAAAGACCCTGATGCTGGGAAAGATTGAGGGCAGGAGAAGGAGATGACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACTGACTCAAGGACATGAGTTTGAGTAAGCTCCGGAAGTTGGTGATGGACAGGGAAGCCTGGCATGCTGCAGTCCATGGGGTCGTGAAGAGTCCAACACGACTGAGCGATTGAACTGAACTGAACTGATTTTACAAAATGAGTTAAGTTTGCAGCATTTATTTTTCTTTGCCAGCAGAAATGTTTTAAAAATGACATTTATTTAAAAATATTAAGTACCATTAAATCCTTATTGTTACAAAAGAGCTCCAGTGGCATAAGAGGAAACTAGCAGAGAAGTGCATGTTTCTTTAGGGGAAAAAAAAATGATGTAAAATAAAAGCAAACCCAAACCTGGTTTCTCCTGTTTTGTTTTGTCAGTTACTCACAGGAGTATTTAAAAATTCCTCACTATGATTATGGATTTACCTGTTTCTCCTTATAGTACTGTTAGATTTTGCTTTATATATTTTGAGGTGACACATTTCACATTCGTGTGAAAATGCCTTTATTTTCCTCATCTTTTTGAAGAACAGTTGTTCTTCGAAACCCAGGTTCTTGACTTCTGTGTTGGCGTGTTGAAGATACTATTCTGTAATTCATTTCTTTTGAGAAGTTGCTTCTTTGAAGGCAATTTGTTTTTGGTTTTGATTTTCAGCAGTTTTACTATGATGTTTCTCCCTGTGGTTTTCTTTGCATTTTTCCAGCTTCCTACTTGCAGTGACCCTTGAATCTATGGTTGGATTTTTCTTTTATCAGTTTTAGATATTCTTGGCTATTATTTCTTCAAATATTATTTTAAATCAATTTTTTCATCTCTTTCCTTCTACCCAATAGACCTTTTATATTTTATTATTTCTTAAAATGTTGTCTATGTTCTTTTCAGTACTTTCTATCCTTTGGTTTCATTTTTTTCAGTCTGGATATTTTTTTCTGACCAAGTGTTTTAATTCTCTGTTTTAAGTTTGTGCTGCTGTTAAATTTATCCATTAAGTTCTTAATTTCAGTTATTTTACTTTCACTTCTGGAATTTCAGCTTGAGTATTAAAATAACTTTCAGTTCTCTACTGGGATTCTGCATCTTGTCATTTAGGTTTTTGAATTTATTAAGCCTATTTGAAAGCCCATGTGAAGTAACAAATGTACAGCTATCCTCTGGGTCTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTCTTGTGTCCTTTGATTTCTAGTCAATTGTAGTTTTTTGTTTGTTTTCTTCATACCTGGGTATTTCTGCTAGCTAGACATTATGTATGAAAAATTACGGAAATGATTTGTGGCTCTTTACCACGTTATCTTCCTTCAGAGAAGATTTACTTTTGCTCCTACACAATATAGGAGTAGAGAATCTTAACTCAGTTCGGAATTGACCTGTTAAAAGCTGGGCTTTAGTTTGAGAGCTGGTCTGATTTTGGTTCACCCCAATTCCTAGAGTGTGGTCCTCTGGGAATTCTAACTGAAAGCCTGGAAAATTAAGCAGGACCTCTCCTTGATGGCCTGGTACTCTAGTTTTTGTTTTCCCATTCTTGTGATAAATGCTGAAAGTTCTGTTCAGTTTCTTACCCTCTCAGCTACTGTTTTTGAAACAGTGCCTATAGAGGAAAATCCTAGAGGAGAAAAATTATGCCAGCTGTCTAGCACATCTCGCTGGAATTCCATTCTTTCTGAGTTCTTGGCTTCAGGTCCTTACCACCTTTATAATTCTCTGATGTCTTAAAACAGGTACTTTTAACTTGTTTTGTAGTGTTTTCTCATGGCTACACAATTGGTCTAAATAAGCTAGTCTGCCATTGCTGAAAGCAGCAAGCTTCCCTTCTCTGTTTTTGGAGGAAGCAATTAGGTTTGATCTCTGACTGACATTGAGGACATGGTGAATTTCAAGAATATTTGTATTTATACTTCCAAAGGTGGAGTCATGAAAAAAGAAAACTCTAAAGCCTTTTGTACTTTAGTAGGTTTTTCTTCTTTTCAGATCATAATTAGTAAATATTAAAATTGTTAAATATTTTTTATTTATAAAAATAATATCTTACATTAAAGAAAGTTTGGAAACAAATAATCTTTCAGTTTTCACCCTACCACTAGCATTTTTATCATCTTAAAAGAATTTCTTCCTTTTACTTACCTGTCTAGTTACTTATCTCTTTTAGAATGTCCACAAGTGACATAAAGTTCAGTTCTCTTTGTAAAATAAAAATGTGAAAATCTGGAAGTGTAAAGGGTTAAAAGTTATCTCTTTATTCCCACTTCTACTCTACTTTTTGATTATACTTCTAGATACTGACTTTTTCTATGCATTTATATACATTTATTCAGTTTT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Seq C2 exon
GGTGCTATTTTTTTGGAGGGTGTAACTGTTAAAGGTGTAACTCAAGTGACAACTCAGCCAAAGTTAGGAGAGGTACAGCAGAAGTGTCATCAATTCTGTGGCTGGGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002725:ENSBTAT00000003532:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.395 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078215=DSPc=PD(23.3=38.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]