HsaINT0141895 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000111880 | RNGTT
Description
RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase [Source:HGNC Symbol;Acc:10073]
Coordinates
chr6:89601525-89614674:-
Coord C1 exon
chr6:89614434-89614674
Coord A exon
chr6:89601635-89614433
Coord C2 exon
chr6:89601525-89601634
Length
12799 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATG
5' ss Score
5.67
3' ss Seq
TTCTTATTTTTTTTTTAAAGGGC
3' ss Score
9.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TATCGAAGCAGCAGTTGCTACTTTTGCCCAAGCCAGACCACCAGGAATCTACAAGGGTGATTATTTGAAGGAACTTTTTCGTCGGTATGGTGACATAGAGGAAGCACCACCCCCACCTCTATTGCCAGATTGGTGTTTTGAGGATGATGAAGACGAAGATGAGGATGAGGATGGAAAGAAGGAATCAGAACCCGGGTCAAGTGCTTCTTTTGGCAAAAGGAGAAAAGAACGGTTAAAACTG
Seq A exon
GTAATGTTTAAAAATATTATAATAGGTTTTTTTTTTCCTTTTTCTGCAAGCTTATTGAGATTTATAAAAATGGAATATTGGCCATGTTTCTTTAGCTAGGTTTGTCAGATGATTCATCCTAGCCCTTTCTAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTGGAGAGAAAGTTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGCCTTGACCTTCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTGTAGACATGTGCCAACACGACTGGCTAATTTTTAATTTTTACATTTTCTGTAGAGAAGGTTCTCACTTTGTTGACCAGTCTGGATTTGAACTCCTGAGCTCAAAGTGATCCTCCTACCTTGGCATCCCAAAGTGTTGGGATTACTGGCATTAGCCACTGTGCTTGGCCTTTAAAGGTTCTTAATAGCCACGAGTCTGTCTTTTCAAAGAGAAAAATTGCAGTTACGTAAATTTTTCCTGTTTTTGTTTCTTATGTCTTTAGATATTAGATAATATCTAAAAGAACTTTTAGATATTAGATTGAGAACTTACTATTTCTTTACAAAGTATTGTGAGATTTCAACTAAATACCTAGTGAATATTTTTACTAATGCTTTACAAAATTGTCACATAATTAAAATAACTTTACATATGAATTCTGCATCCCCCTCCCTGGGTGATGCTTTCATGGTTTCCATAAAATTAAATCAAGAAGACTCTCACTTCTCTAGCCAACCTTTAATAATCTTCTAGAAATAAAAGAGCTAACCATAAATATGAGGAGTTATCTTCTTTTACTGGAGGATAGGGGAACTGTTGAGAGGAAAAGTATTGGTTGTACTTGTACACACACAAGTATATGATATAGGCCAAAGGGAAAAGTTAGGGAAAGTATGGAGGTAATTGTGTTAATGAAATTATTAATTAAGGTTCCTAGTATATTATGGTTGAGTGGTATATACCACGACTCATTTATTAGTAGGCATGGTTCACAGGCAAGGAAGTAAATGCTTTGTTAGTTTATGTAAACCATGTAAGTTATTTTTGGCTTAAAAATTTTTTTTTGTTTGTAAAACAATGTTTTAATTGCATTTACACATTTTAAATTTTAAGACTATAAGGACACTGAAAAGTGTAAATTGCTTCGAAACATAGAAATTATTTCAAAAGTAATTTATTATTTTATTCTGATTTATTATTTCCTGGATTTAGATATCTGAAATTACTGAGTCACATACCTAGAAAAATAACAATCACATTCTAAGGAAACTTCAATAAGCAGCATAGCATAAAATATAGGTTTTGTTTGTTTGTTTTTGGAGACAGGGACTCAACTCTGTTGCTCAGGCAGGAGTGTGGTGGCATGATTATGGCTCACTAGTGGCAGCCCAGCCTTGACCTCCCTGGGTTCAGTGATCCTTCTACCTCAACCTCCTGAGTTGCTGGGACTACTACAGTGTATCTCTTACAAGCACCATGTTGCTGGGTTTTATTTATTCAGGCAACAGTTTTTGCCTTATCATTTAGTCCATGTACATTTCATGTAAAGATTAGATTCAAATTGTCTTACTCTTTTTTTGTGCCACTAGTGGTATGTTCCTTTCTTGCCTTCTTTATGGTTGCTTTTATTCTTCTATTACCCCAACCCATTGCTTGTTGACCATACATTCCTTTACTTTTCTTTTATTAGTTACTCAAGATTTCATGGCCAGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCCCTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCGTGAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCTAACATGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCCGAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCCCAGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCACTGTACCCAGCCTGGGTAACAGAGTGAGACTTTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTCACTATACATCTTTTTAAAGGCTGGTATATATTAGTACTTTTGTCACTTTTTAGACAATGCAAAAATCTTATTTGTTTATTTTTGAGACAGGGTCTTACTCTGTCAGTCAAGCTGGAGTGCAGTGGCTTGTTCATAGCTCATTGCAGCTTTAGATCCCTGGGGTCAAGGGATCCTCCCACCTAAGCCTCCCAAGTATCTGTGATTACAGGTCTGTGCCACCATACCCTGCTAATTTTATTATTTTTTTTGTAGAGACAATGTCTTGCTATTTTGGCAGGGATAGTCTTCAACTCCTGGCCTAAAGTAATCTTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTAGTAGGATTATAGGTGTGAGCTGAGCCACTGCGCTTGGCCAAGAATTTTACAATCTTTTATTCCATTTACTTATTCCTATCTTTTTTGGTATTGTGTTTTTTAATTCTATGTGTATCTTAAACCCCATGATGAGACCTTTTATTTTTATTTTTATTTTTTTTTAAAGAGATAGGATCTCACTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTGTAGCTCACTGTACTTTGAACTTCTGGGCTCAAGCTATCCTCTCATCGCAGCCTCCTGAGTAGCTGTGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCCGGCCATGGCATTTTTATACAGCTATTATTGGTTAGGTATACCCACATATTTACCCTTTCTGCTGCTCTTTCTTTCATGTATTTTTGTGGTTCCATTTTGGATAGTTTTCCTTCTAACTGAAGAGCTTCCTGTATTATTTCCTTCCATGTGGGTATGCTGTTGCACATTCTTTTAGTATTTGTGTGAAATTGTCTTTTTCGACATCATTTTGAAGAATGTTTTTTCTGAGTATAAAAATCAGGGTGGTTAGCTGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGAAATCCCAGCACTGAGGCGGGCGAATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGACAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCTCGGCCTAGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCGGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGTCGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATCAGGGTGCTTGACAGTTATTTTTTTTCTAGCACTTTGAGTGTTTCATTCCAGAATTTATTTCTGTTGAGAAGTTAGCTACCTTGTTGCTTCTTTGAAGGTAATTTCTTATTGTTTTTGATTTTCAGCAGTTTTACCATGATATTTCTACTTGTGGTTTTCTTTGTATTTATCCTGCGTGGTGTATGTAGGAATTCTTAAATATATAGTTGGAGTTTTTTTCCTAATTTGTTTTAGACAATTTTTGGCTGTTATCTTTTTAAGTATTGTTTCAGATCTATTTGTTCTTTCTTCTGGAGCTCAACCTAATACCAGTAGGCCTTTAAATTTTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTGGAGACAGTCTAGCTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGTTGCGATCTTGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTACAGGTGTGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGTTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCTGCCTACCAGAGAGCTAGCATTATAGGCGTGAGCCATCGTGCCTGGCCTAAAATTTTTTTTTTTTTTAAAAACTGTTTCCTGTGTTCTTTTTTATATTCTTTATCTTTTTGTTTATTTTTTTAGTTTGGATATTTTCTTGTTTTTTTTTTTTATTCTTTTTATTTATTTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTGGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTCAGCTCATTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAGACGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTATTGGCACCTGCCACTACGCCTGGCCAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTTGTGTGGATCTCCTGACCTCAGGTGACCCACCTGCCTCAACCTCCGAAAGTGCTGGGATTACAGGCATCAGCCTACTTTGGATATTTTCTTCTGACCTATCTTGGCATTTACTAATGTCCTCATTAAGCTTTGTCTAAGCTGCTGTTAAACTCATCCATTGACTACTTAATTTTAATTATTTTACTTTCACTCCTGGAATTTCCATTTGATTTTTTAAAAAATGATTTTCAGTTCTCTTCTGGAATTCTTCATCTTGTCATTTCAGTTTTTGAAAATATTAAAACCAGTTTTTAAAAAGTCAAATAAAAAGTAAAACTAATATGTCGGTCTCCTGTGGATCTTTTTTTAAGTTTTTTTTCTCGTGTCCTTTTGATATCTAGTCAATTATAGTTTTTTTTTTTTTGCATATTTGAGTATTTTTGATTGAATACTAGACATTGTTTATGAAAAATTATGTAAATAATTTGAGGCTCTGGTCATGTTATCTTTCTTTAGAGAGGATTTACTTTTGCTTCTACAGAGAATTAGGAGCAGAATATCTTAATTAAGGATTGAGCTGTTAGAAACTAGACTTTAGTTTTGGGGCAGTGGTCTATTTTTGCTCTGCTCTTATTCCTATAGCCTGTGAGGATCTTCATTGAAAGTGTGGGGAATTAAATTGGACTCCTTCCACTTGAAGACCTGTAACTCCAGCTTTTATTTCCCATTGCTGTGATATTACTGAAATTTCTGTTCAGCTTCTTAGTGTCTTAGCTACCATTTTTGAAACAGTGCCTCTAGAGGAGAGTACTAGAAAGGAAAAGCTGTAGAAGATGTCTAGCT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Seq C2 exon
GGCGCTATTTTCTTGGAAGGTGTTACTGTTAAAGGTGTAACTCAAGTAACAACACAACCAAAGTTAGGAGAGGTACAGCAGAAGTGTCATCAATTCTGTGGCTGGGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000111880-RNGTT:NM_003800:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.370 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078215=DSPc=PD(23.1=38.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)