GgaINT0085885 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015787 | RNGTT
Description
NA
Coordinates
chr3:78583376-78589650:+
Coord C1 exon
chr3:78583376-78583625
Coord A exon
chr3:78583626-78589540
Coord C2 exon
chr3:78589541-78589650
Length
5915 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTATTG
5' ss Score
3.14
3' ss Seq
TTAATTTTATTTTTATTTAGGGT
3' ss Score
9.51
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTGAGGCAGCTGTGGCTACCTTTGCTCAGGCTAGACCACCAGGTATTTATAAAGGTGACTATTTGAAGGAATTATTCCGTCGTTACGGAGATGAAGATGATGCACCATCACCACCTGAGCTACCGGAATGGTGCTTTGAGGATGATGAAGAGGAAGATGATGACAATGGTAAAATGGGAGGCCAAGAATCAGAACCTGGATCATCAAGCTCTTCCTTTGGCAAGAGGAGAAAAGAACACCTAAAACTG
Seq A exon
GTATTGTTTCTTAAGAACTTAAGATTCTAATTGCTGAATGTACTTGTATAAGCTCATGGGTCCTCTGTTACTACACTGTAAGTGCTGCACAAGTGCTCTTGCAACTTGGGAACTAGTAGTATTGTCTCTAACCAGGGGAGACTTTTTTTTTAATGTTTCCTATATGAACACTGAACTTTGACATTCAAAACCTTAACTATTTCAGTGGTAACATTGACTTAAATTTTTCAAATACTACCTTTTTTAAGCTTGAGTTGAGATACAAAATTTATTCATAGTTATCTGATCTGTCATTAGGGGTGGAATGTCCTGGAGGTGGATGGGGGTGTAAAACAACTTCTATTTATTTTCTGTAGCCATGTGGATTAAAGTTCAGTCTTTTAAATTCTGTGCTCGTTTTGGTAAATATAATTAATTTTGAAAACCTGAGGGGATTGAGACTAGGATTAGCAAGAAGCAATGTGATGCTTAGAAACCCAAGGCAATTCTGAAATTAGGTTTTTTTTTTATTCAAAGCTTTTTTTAACTATAGAATGATGAGAACTTCTCTAGGTTGGAGCTGCCAAACTGATTATTTTGACTTGGGTTTTGATGCGTTAGCAACTGAGGTGTGATGGTGAGGTGGTGAGGCTGAAGACAGCCATTTTTCTACAGGTATAAAACTAAATGGATGCGTTTAACAGGAATCACCATACTATTTTCCTAGGCTTTTTCTTGTCTGCCAGCATAGATTTTTTTTTTGAAAGCTGGAAGCTAAATTATACGAATAAGCATATTAATAACTAAACTTAATTAAGAGTTAGAGAATTTGTGAAAGACAGAATCATCTAGTTAATATGCGTATTCGTATAATTCAGTTTTGCAGCTCTGGAGGAACAGTCTGGCATGAAGAGGAGGAGCGGGCAGAATTCTTTACCATGATACTTGGCTGTCAGATTGGACTGCATCTTAACTGAGTAGAGGTGGATACAGTCTATTTGTGATTCCTTGTAAATATGCAATCTACAGGGAGAGTTATTATCAGGTAAATAGCTCTTGTTTAGATTTTCTCTTACGGAATCATAGAATGTCCTGAGTTGGAAGAGACCCACAAGGATCATGAAGTCCAACTCCGTACTCCACAGCACCACCCAGAAATCAGACCGCATGACTGAGAGTGTTGTCCAGATGTATCTTGAACTCTGACAAGCTCAATGCCATGACCACCGCCCTGGGCAGCATGTTCCATGCCCACTGCCCTCTGATGCAGAACCTTTCCCTAATCCCCAGCTGGCCATCCCCTGACACAGCTCCATGCCGTTCCCTCAGGCGCTGTTACTGTCACAGAGAGCAGAGCTCAGTGCTGCCCTCTGCTCCCTGTGAGGAGCTATAGACTGCCACGAGGCCTCCTATCAGCCTCCGCTCTGGGCTGAACAGAGCAAGGGACCTCACCACTCATATGTCTTCTGCTCTACACCCTTTACCATCTTTGTAGTCCTCTTTTGGAATCTCTGATAGTTTTACATCTATACTGTGGCACACAAATCATGCACAGTACACAAAGTGAGCACAACACAGAGCAGAGTGGAACAACTCCTTCCTTTTCCCACTGGCAATGCTGTGCTTGATGCAATCCAGGGTATGGTTGGTCTTCCTGGGTGCACTGTTGACTCATTCAGTTTACCGTCAACCAGGACCCCCACATCTCTTTCGGCGGTGCTGTTCTCCACTCTGTATATATAGCCAGTTATTTTACTATCTAAAGGGCTGAATGTTCTTTGTTACTGTTGATTTCTCACAGCAGATGTTTTCAGATTTCTAATCTCTCTCCTCGAGAGACTGGAGGATGTGTAATATCAAACTAAACAGGACTGTTACGATACTGATGTTCTGAAATGTTTTCATTTGACCCAAATCTTTGAGGGAATAGAAGTTCTGGGGGTAGAGGAGATACCTTCCAAGCATCATTCTAGAACAGTGAATAGTCCAAAGCAACTGTCCAGATAGCTCATGGAGAGATGTAAGCATACTGCCCATTTCACACATTCTGTCTTGGATGGGAGGAACTTTACTATTGACGTCAAAAAGTCTTGACAGCCCCTTTTTTTCCCTTCTGTGGTATATAAGCTGTTGGAACAGTTAGAACATTAGTTTCCTTCATCAACATTGGAATGTAGTTGACAGGTAACAGTGGGGTCGATTAGCTGACACCTAACATCTCACTTTGGGGAAAAGACCTCCCAAGTATTTTGCAAATAGGACAGTGAGTTGCACTTCTGAGCCAAAACTTTCAAACTTTTCATGGGTCTAACAGATCTCTTAATGTTTATTAAGAAGTACCATCTGTTCTATTCCTATGTAAGTCGTGCATTTCACAGGAAGTACAGGGTGTGACATGCAGTGCTTCTAAAATGGGTGGTTATGCCTCAACCAGCCTGGAAGTGGTGGTTACTACTAGTGATTTCCTTTGTGATTTTTCAGGGGAGCTGTCTTGTGGTCATCTGTGAGACAGGGAAACCATTAACAGGTCATGGTTGATATAGTTAGCCACAGTAATATTTAAGTATATAAGTAAAGATTGTAAATATTAGTGATTTTCTTCTTCTAATCAACTTTTTTTATTTTTAGCCAACACTTGACCCCCTATACTATACCTGTAGACGTACTTTGGATACAGAAAAGTGTTTTCTCATTTTTGCAGCAGTGTTTTCTTGTGTACTTTACCCCTATAGTCTGTTTAATACATCTGACTATTCTTGACATTCTTTATAGTCTGTCACGTTCACCCACATCTTTCTGAGGCTTTGGTGCCTGTAGATGAACACAAGCCTCTACCTGAAGCCACCTCAGTGCTTAACAGGAAGGAATTAATTTTGTATGTCTTAAGGCTAATACTTCTGCTTATCTCAATATAATTGCCTTTTAAAAGATGGACTTAGGCTAATTCAGCACGTGGTCTATGTCTGCCTGCCTGTCTTTCTCTTATTTTCTACAAGCGTGTATGCGTATAATTTCTTATTCCTTATTAAATGTGGAAGGTATTTTCCCTCGTTTCTATGGATTGCTTGCTTCCTCTCAGAAGGTACACTCTTTTTCTGTTATGTTTCAGAATGTTTCTTCTCTGGAGAGCTTTCTTTGAGCATTTTGCACTTGATCAAGTCTCTGAGTAGTTAAAGATGGCCATCACCCAGGCCTGGTGATAGCTGTTGGGGTCAGGCAGGTGTAGGAGGGCACAGCTCCAACCCTACACCCTCCTCCAGCTGTTCTAAATCTGACCCAAGACATGATGATGCACTGCCACTTCTCCTTCAGCTGAAGCAATAGACATAGGGATGCAGTGGCAAGGGTAAAGAATTTCAGGAATATGGATGATATGAAGGATTGTGCAGAGTGTAGCTGCTAAAAGCACGTAGTTACCTGGGATCTTGAGGTACTGCTGCTGAGCTGACTCCTCTTGCATCTCTGCACCATGTTCAGCCCATTTCCATGAGATTGTTGTTAGCTCAACAATGGTGCAGAAAGTAGATGGGTCTGGCTCAGTTCTGGCACCTTATAGGAGGAACTATCCATGTGAAACCTGGAGCACGGAGTTTACCAAGTATCAGTATGCAGATGGATCACCTGTTTTTCCTACTGCTGTGGCTTAGAGTATATTTGAGGCCTGACTTTATTCTGTAAAAGCATTATCTTGCCTGTCTGCTGCTATGGCTCTATTTACACTGGCATCCTGGATGGAGTGTCTAGCTACCTGAGTTGATTATATTCTTAGGCTGCAGTAATTGAGTGAAATAGTAGGACAGATAACGCAGAGACTATTGTACAGCCTTGTCTTCATCCTACGATGTCAGCACTCTGCTCCTCACTCCCCCCGGTCCTCTTCTTGTTTCAAATTGACAGCATTACAGTGATGGGTTACAGCGTGCCTATTGGGGGAATGGAGAAGCCAGTGTGAAAAAGCAAAAGCTTGGCTTCTTTGTCCTATTGTAAGCTGTACTTGTTTCCTTAATTCTTTCATACTTGCACCTTTCCACCTTCAAATCATAACTGTGTTTGTGTATACATATACACATGTATGTAATCATGTAAATCAAGCATGTGCTGCTAATGCAAGAGAACCTATTGCCAGGTATTTACAACTAACAGCTCTTACAGTAAACAAACAGACCAAACAAAGTGACTGGAACTAAAGTAGGGTGCGTACTTCCTATGTTCTGGAAGGCTGATGCCTTTGTAGTTTTGATTAATATGCTTCAACTCCATGTGTTTCTTACCATACAGAGAATTTTTGAAACTGTGCAGAATTATAGTGATACAGTATCATACTTGTGATGTCAAGTGTGAAAGCAGTGTGCAGCTGATTTTAGTTCATGGAATAACTTGATTGCACTATGCACTCTGATGTTAGCAGCTTCAAAATCAGTTGTGTAAGTGCATAATTCTCTTAATCAGTCTGCAAGAGACAATTTCAAGTGGTAAGCATCAGTTTCATGTTTCCGACTTCATTTTTTGGAAAATATTTGCTTTTGCTTGCTTTTTGCTTTCATTTAGCAGTCCCTAATGCTGCTGCACTCTGTTCTTATTCAGAGAAGGAGGTCACAACGGAATCACAGTACTTTATTTCCTAGTGCTCTTAACCCCATATTGAGAACACAGACAGCCTGCTGGCCAGGCTTATGAAGCTCTGCCTCCCTTACTGAGTCACCTGTGTGCTGCTGCACCTGCTGGTGCAAGCAGAAATAACGTGGGATAAGCGATGCTCTCAAAGTCTGTGGAGCTTGAGGTAATTAAGGTTGTGAACTAGCTTATTGCTTCAGGATATACTGCTCTTAGTATATGATTCGGTGGCACAGCTGAGCCTGTCTTAACTAAAAACTTGGGTTCTGCTTTCCTTTCACTCTTTGTGTTCTACTTCCACTGTGCAGGCACCAACACTGACTCATCCAATGGTGAGCTAATTTAGGATACCAGTTTGGAAGAATATTACTAATTCATGTTGTTATTTTTGCCATCTTAGTTCCTCG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Seq C2 exon
GGTGCAGTTTTCTTGGAAGGTGTAACAGTTAAATATGTGACCCAGGTGACAACACAACCAAAGCTGGGAGGAATACAGCAGAAGTGTCAGCAGTTCTGTGGATGGGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015787:ENSGALT00000025457:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.497 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078215=DSPc=PD(23.1=36.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]