RnoINT0128183 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007867 | Rngtt
Description
RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase [Source:RGD Symbol;Acc:1311410]
Coordinates
chr5:48584678-48590979:+
Coord C1 exon
chr5:48584678-48584918
Coord A exon
chr5:48584919-48590869
Coord C2 exon
chr5:48590870-48590979
Length
5951 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAATG
5' ss Score
5.67
3' ss Seq
TCTCTTTTCTTTCTTTAAAGGGA
3' ss Score
10.46
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTGAAGCAGCAGTTGCTACTTTTGCCCAAGCCAGACCACCAGGAATCTATAAGGGTGATTATTTGAAGGAACTTTTTCGTCGCTATGGAGATATAGAAGAAGCACCACCACCACCTGTATTGCCAGATTGGTGTTTTGAAGATGATGATGAAGAAGACGAGGATGAGGATGGAAAAAAGGACTCAGAACCAGGGTCCAGTGCTTCCTTTGGGAAAAGGAGAAAAGAGCGCTTAAAACTG
Seq A exon
GTAATGTTCACAAATACTGTAATACTCTTTTATTCTTTTAAATTACATTTATTTACTTATTTTGTGGGTGTGCATGTTTAAATACCTTGGTGTGGGAATGGCACAGCATGCTTGTGGAAGTCAGAGGACAACTTGTAGGAGTCAGTTCTCTTTTCTTACTATGTGTGTTTGGATCCTGAGGGTCAAAGTCAGGTTGTCAGGCAAACTATAAGTGCCCTTATCTGCTGAGCCACCATGGTGGCTCCCAAATACCATACTGCTCTGTATTTCTGTTTAAACTTATTGTAGGATATTGGCTCTGTATTAGGGTTTCAATTGCTGTGAAGAGACACTATGACCAAGGCAACTCTTATAAAGGACAACATTTACTTGGGGCTGGCCTACAGGTTCAGTGGTTCAGGCCATTATCATCATGGCAGGAAACACAGCAACCAACGTCCAGACAGGCATGGTACTGGAGAAGCAGATTTATACTTCTTCACCCAAAGGAAGCCTGGAGCAGACTGTCTTCCAGATGGCTAGGAGGAAGGTCCCAAAGCCCACCTCCACAGTGACGCACTTCCTTCAACAAAGCCACACCTAGTCCAACAAGGACACACCTCCTAATAGTGCCACTCCCTATGCCAAGCATATTCAAACTGCCACAGGCTATATTTCTGTCATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATAATATATATATATTATATATATATATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGAAGAACATAATAATGTCTTCTGATTTTATGAAATTTTGATTCTACCTTAAACCCACTAAGTAACAGCATAAGGCAGGTGTGGTGGGATCTCACTGTGAGACCCAGGCTGGTCTCAAATCTCCAGTCATCCTGTCAGGGCCTCTGATGCTGAGATAGGGATAGCCTGTCTCACTATGTCTCACTGTTAAACTTTAGCTAGAAATGGAACTTAAAATTTTGTCTTACAAAATTATTTATTCTTTGGGTGGAGGGGCTTTGCATATCATGGTGGGAGTGAAAGGACAACTTGTGTGACTCGTTCCTTCCAACCTCAAGTTGTCAGGCTTGGCAACACTTAACCACCTTGCAGCCCAGCAGTCTTAAAAGGGCTGGAGTTATGAAATTTCATTCTGGTTCTGTTTCTTATGTAAATCAAAGAACTCTTAGATGCTATATTGAGATTAGTTTATAAACTACTAAATATGTTTAGTGTTAATAATAAACTTGGGTATGTTACTTATTAACCAGTGAGAATGTTTTTACAAAATAGTCACAGTCAATGTAGCTATTCTCCACCAGAGGTGGTATTTCCTTTGTATTACATACAATTCAGAAGACTTTCACTTCTCTAGGCACCTTTTCTTAATCTTCTAGCAATAAAAGTAATGAAATATTAGGAGTTGGGTTGTGGCTACAACTAATTTGGTTTAATACTTGACAAATATGCATGGAAATTGGGATCATTCTCTAGCACTGTATAGGTGGTGCATAGTGAAGTGTGCTGATTCTACAATTTAGGAGTTCAAAGCCATCCTCTGCTACGTAGTTGCAGGTAAGGGTGAGATACTTAAGATCCTGTGTTTAATAAAAAGTGGTAGTGTTGAGTTGTCCTCATCTTTCCTGAAGTGGGAGAGATCTGTTGAGAGGACTTCTTATACATAGACCTTCTTGGAGTAGACCAAAGGGAAAGTGACAGAATTGTGGAGGAAATGAAGTTTTTTTAATGAAGTTAGTAATTAAGATGTATCGTGGTTGACCAGTAGGCACTACAACTCATATATTGGTTGACAGTAGTTCATAAACAAGGAGGGGAAAAATGCCTTGACTACTTTATATAAATAATGTAGCTGATATTTTAGTTATTTCCTCTAAATTCTTAGAAACTTAATTGTACTTATACTTTTTCATCTTGAAGACTATAAGACCAATTTACACTGGCTTGAAAAGAGAAATATTTTCAAAATTAACTCATTGTCAAGCTAGTGAGATAACTCATTCAGTTAGTACTTATACAGGATGTGAGGATTGAATTCTGCTCCCAGCACCATGTGAAAAGCCAAGCAGATAAGCACTGGAATATAAAATTTAAAAAGTGGTGTTAGAGAGATGGCTCAACAGTTAAGGGCACTTACTACTACGACAGAGGACCCAGGCTCAGTTCCAGCATCCACAGTTCACAACTGTTATGTAACTTCACTTCCAGGGACTCGGATGCATGTGCACATATATGTATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACATACACACATACACACGCATATGTTCATAAAGCCATTTATAGTAGTGCATGTCTATGGTTTCATGGATTTAGGAGACAGATTTCTGGGGTTTGCTGGCCAGCCATTCTTTCTGAATTGACAAACTCTTTGGTGACAGACTGACTCAAAAGATGATAGAGAGATTGGCTCAGCTGGTAAAAGTGTTAGCTCCTGGCACCCACACAAGACCTGAGTGTGCCAGTGCACATTTATAATCCCAGAGCTGAGGGGGCAGCGACAGGTGGATTTCTGGAGCTCATTTGCTGGCCAGCCTAATCTATGATGAGTTCAGATTCAGTGAGGTCCTAGAATATAAGTAGACAGCAGGTGATGAAGTGAGTCATAATTCATTTGTCCTCACATGTGGACAAACATACATACATATTTTATATATAGATATATGCATGTATAACTCATGACTTATGTGTACATATGCTATCCCCCTCCCCCCCCCAATGATTGAAGAAAGCTGGCTTCCACATGCATGCACACATATAAATACATGTTCCCACTCCCAAATATGTGTCTGTAGGTGCTTACCCCTTTTAAAGAAAACATTTACTTATCTAGTTGTGTGTACATGGGGGCCTACATATGTATATACTCACATATATAGCCGCCTTCAGACACATTTGTATGCATACAGACACACACACATACTCTTTCCTTACAAATATATACATAAATATATGTATAGGTATGTAGTTGCTTACATGTAGACATGCTTCTTAAAAACATTTATTTGTATGTGTGCATATGTGTGGACACACATGTGCACATCCATGACACATTTGTAGGAGGTCAGAGGACAACTTGGAGTCCTATCTATCCTTCCACACCATTCTGGGGCTCAAACTCGTGTCTTTAGACTTTGTTGAAAGGGCCTTTACACCCTGAGCCATCTCACATGCCCTGTTTACCCAGACTGGTCTGGATTTGGAAATCATCTTGTGTCTTCTTAGTGCTTTGATTATAGTCATGTTCCATGATGTCTGGCTTTTCAAATACACTTTTAAAAAGCAATATTAATTTGAGCATATATGATTAATAAAATTATGAAAAAATTTGATTTTTAAAAAAATAAGTTTCTGATTTACACAATGAGATGTGTAAATTGAAATTGAGATGTGATACAATTGAAAGGTTTATTTCTATATCTTTGCCAGTGGGAAGAATCTTAAAAGTTACACCAAGGGACTGGTAGAGTGCTTGATTGATTAGCATATGTAACAACCTTGGGTGTGTTTCTTTTCAAAGCAGATTTGGAGTTTAATTAAATATAAGAGACACATGACTTTTGATAAAGAAACCAGAAATATACAATGGAAAAAAAGAAAGTATCTTCAATAAATGGTGCTAGTCTATCTGGATGTAGGCATGTAGAAGAATGCAGATAGATCCATATCTATCACCCTGCACAAAACTCAACATAAGTGGATCAAAGACCTCAACATAAAACCAGATATACTAAATCTAATAGAAGAGAAAGTGGAGAATGCATTCTTTTGAATGTATTGCCACAGGAGACAACTTCCTGAACAGAACACCAATGGCTCTGGCTCTTAACATCAACAGTTGATAAATGGGACCTCATGAAACTGAAAACTTTCTGTAAGTCAGCAGGACAAAATAGCAGGCCAGAGAATGGGAAATGATTTTTATTAACTCCATATATGACAGAGCGCTAACATCTAAAGTATATAAAGAACTCAAGAAACTAGATATCAGCAAACCAAATACTCCAATTAAAAATGGGACACAGATCTGAACAGAATTCAACAGAGTAATCTCATATGGCTAAGAAACACTTAAGAAATGTCCAACATCCTTAGTCATCAGGGAAATGTAAATCAAAACTACTTTGAGGTTCCATCTTAACACTTGTCAGAATGGCCGAGATCAAAAACACAAGTGCTGCTCGTGCTGGTGAGGGTGTGGAACAAGGGGAACGCTCTCAGAGCGATAACTCGTTCTGCCACTTTGGAAATCAATATGGTAGTTTCTCAGAAAACTGGGAATGGATCTACCTTGAGACCCAGTCATACCACTCTTGGGCATATACCTAAAGGACCCTCCATCCTATATCCTTGCTCAACTATATCCATAGCAGCTTTATTCATAATTACCAGAAACTGGAAGCAACCTAGATGACCCTTAACCAAGAAATAGGTAAAGAAAATGTGTTCCATTTACACAATGGAGTATTATGCAGCTGTTAAAAGCAATGACATAAAATTTGCAGGTAAATAGGTAGAACTAGAAAAAGTCATCCTGAGTGAGGTGACCCAGACCCAGAAAGACATGGTGTGTACTCACTTATACGTGGACATTAGCTGTAAACTACAGGACAATTGTGCTACAGTCCACAGATCCAGAGAGGCTAAGTAACAAGGAGGGCCTAAGGAGGGGTGCATGGACCTCCTTGGGAAGGGCAAATGGAATAGATTTTGGGGGTGCACTGGGGGTTGGTGGGGATGAGAATGGGAGCGGATGGGGGATGGAAGGAGAAGAACAGAATCTGGGGGGTATTTAGGGGCGAGGAAGAAACAGTGCAATGGAAACTCCCTGGTATCTACGAGGGACTCTAGTGAAGATTCTGAGTAATGAGACTATGAAGTCTGAACTGACCATCTTCAGTAACCAGTCCAGGCTTTAGTGGAGGGACT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Seq C2 exon
GGAGCTATTTTCTTGGAAGGAATAACTGTTAAAGGAGTAACTCAAGTAACAACTCAACCGAAGTTAGGAGAGGTACAGCAGAAGTGCCATCAGTTCTGTGGCTGGGAAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007867:ENSRNOT00000010614:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.378 A=NA C2=0.081
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0078215=DSPc=PD(23.3=38.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]