BtaINT0129398 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000038180 | SCN2A
Description
sodium channel, voltage gated, type II alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10588]
Coordinates
chr2:30981157-30986667:-
Coord C1 exon
chr2:30986397-30986667
Coord A exon
chr2:30984820-30986396
Coord C2 exon
chr2:30981157-30984819
Length
1577 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TGTATCTTGGCTTTCCATAGGTA
3' ss Score
9.95
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAAATTCCAAGGGATGGTCTTTGATTTCGTAACCAAACAAGTCTTTGATATCAGCATCATGATCCTTATCTGCCTCAACATGGTCACCATGATGGTGGAGACTGACGACCAGAGTCAAGAAATGACCAACATTCTGTACTGGATTAATCTGGTGTTTATCGTTCTGTTCACTGGAGAATGTGTGCTGAAACTGATCTCTCTTCGTTATTACTATTTCACCATCGGATGGAATATTTTTGATTTTGTGGTGGTTATTCTCTCCATTGTAG
Seq A exon
GTAAGAAGAGGTGCTTTCACGCAAGTGAAATTTTTAAGAGTAAAAATTTGTATTTTAAAACTTTAAAGTATTTTTCATTAATACTTTCTCATTCATCCCAAAATTTCAAATAAAGTCTAATGAAGAGTCCATTCTCAGCTTGTCATTTATCTAACTGTGTGCTGTGCATGAAATTATATGAAGAAAAAGAGAATTTATATTATTTATATTTATATTATACATGCAGCTTTCATGTATCATCTTGTCCCATGCCAGAAGAAAATAATTGCAACTTTGGCATAATAAACAGTCATATTCCTGTGGTGTAGACAAGTATTGCTCTGAATAAACAGTTCACACACATGTACACATATTAATCAATAGAAGTAGTCAAATAATTGTCCTTGATAATTGGAATAGCATGTTGTGTGCTTATATATATTCACACTCAAACAAGCCTCATGTCATCTTTGGGTTCAGATAATTTTCTACAGTGTGTAATATTCTTTTTCAAAAGTAGACATTTTGTTCAAAAAAATCAAAGCAGATTCATTTCATCAATACATATTGCTTGTGTGTAGGATGTTAAATCAGGTGCTGGAAGTAAAGTTCTGCCTGTTTGAGGAAAGAGAACATACACATAGAAAAGTGTTATTCCACTGTGTATATACTTTTGCTGGTTAAACAGAACTTTGAAATAAGGTGTCACTCCATTTGATCCCAGTGATAGTGCTATAGGGAAGGAATGTAGTGATTAAGGGAGGGGACTCCTGGGTTATACAGACCCGACCTGGTGCATCCATGTTTTCACTCTTTACCAGTTCTGTGACCTATGGCAAGAGGGATCTCACCTCTCTGATCCCCGGTTTCCCAAGAAATATTTTTGTAAAGTGGTGTTGTGAGGATTAAATGAGATTATGAAAATAAATGCACTTAGCACGTATCTATAGCACAAAGAAAAGACTTAGTAAACATTAAGCCTAACCACCACCAACAAAACTATTTAATAGCTATTATCACCATTTGGCAATGCATAAAATCATTGCCAGGATTCAGTCCCAAGTATGTCTGTCTGGAAAGCCTGGGTTGTCTCTTCTGCCACCTCCCACATAAAACTGATCAAACCATCTGAGAAGAATAAGTCTCATATTCCTAATCTAAAATCACACGCTTTATCCATTAGTCCTTATGCAAATACTAATATAAAACTATTATATCAGAAACATAAACCCATTTCTGTACTTCACTACCATATACATTGTGTCTTTTGGTATATGCTTGACTTGAACCAGGAAAAATGACCATTAATACCTTCAGTTAGTATAAAACTGTTCATGTTATAGCACTAAACATACCAGTTTCATTTTGCTAAATGAATATTGCAGATTATGTATATGTAAATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACCAAATTCTCATGTCCACATTTTATAAAACTAGTATGTGCATATGTGTATGTGTATACCTAATTCTCATGTCCACATTTTGTAAAAATAGTGCTTATCTTAGAAATGTACATTTTCATTTGCTGCCATTACATATAATATGATTTTTGTTGTATCTTGGCTTTCCATAG
Seq C2 exon
GTATGTTTCTGGCTGAGCTGATAGAGAAATATTTTGTGTCCCCTACCTTGTTCCGAGTGATCCGTCTTGCCAGGATTGGCCGAATCCTGCGTCTGATCAAAGGGGCTAAGGGGATCCGCACGCTGCTCTTTGCTTTGATGATGTCCCTTCCTGCGTTGTTTAACATCGGCCTCCTGCTCTTCCTGGTCATGTTCATCTATGCCATCTTTGGAATGTCCAACTTCGCCTATGTTAAGAGGGAGGTTGGAATTGATGACATGTTTAACTTTGAGACCTTTGGCAACAGCATGATCTGCCTGTTCCAGATTACCACCTCTGCTGGCTGGGACGGATTGCTAGCACCTATCCTCAACAGTGGACCTCCAGACTGTGACCCTGAAAAAGATCACCCTGGCAGCTCAGTTAAGGGAGACTGTGGAAACCCGTCTGTTGGGATTTTCTTCTTTGTCAGTTATATCATCATATCATTTCTGGTTGTGGTGAACATGTATATTGCTGTCATCCTGGAGAACTTCAGTGTTGCTACTGAAGAAAGCGCAGAGCCCCTGAGTGAGGATGACTTTGAGATGTTCTACGAGGTTTGGGAGAAGTTTGATCCCGATGCCACCCAGTTCATAGAGTTCTCCAAGCTCTCTGATTTTGCAGCTGCCCTGGATCCTCCTCTTCTCATAGCAAAACCGAACAAAGTCCAGCTCATTGCCATGGACCTGCCCATGGTCAGTGGGGACAGGATCCACTGCCTCGACATCTTATTTGCCTTTACAAAGCGTGTTTTGGGTGAGAGTGGAGAGATGGATGCCCTTCGAATCCAGATGGAAGAAAGATTCATGGCATCAAACCCCTCCAAAGTCTCCTATGAGCCCATTACAACCACTCTGAAACGCAAACAAGAGGAGGTGTCTGCTATTGTTATCCAGAGGGCTTATAGACGCTACCTCTTGAAGCAAAAAGTTAAAAAAGTTTCATGTATATACAAGAAAGACAAAGGCAAAGAAGGTGAGGGAACACCCATCAAAGAAGATATCCTCATTGATAAACTAAATGAGAATTCAACTCCAGAGAAAACCGACATGACCCCTTCCACCACGTCTCCACCTTCCTATGACAGTGTGACCAAACCCGAGAAAGAAAAATTTGAAAAAGACAAATCAGAAAAGGAAGACAAAGGGAAAGATATCAGGGAAAGCAAAAAGTAAAAGGAAACAATATTCCATTTTGTGATCAATTGTTTACAGCCCGTGATGGTGATGTGCTGGTGTCAACAGGACTCCCACAGGAGGTCTATGCCAAACTGACTGTTTTTACAAATGTATACTTAAGGTCAGTGCCTATAACAAGACAGGGGCCTCTGGTCAGCAAACTGGGACTCAACAAACCAGAGAAACAGCATTGACAGGAGGTTTCTGTGTTCACAACCAGCTGACACTGCTGAAGAGCAGAGAGTAATGGCTACTCAGACTCTAGGAACCAATTTAAAGGGGGGAGGGAAGTTCAATTTTTATGTAAATTCAACATGCGACACTTGATAACAGTAATTGTCACCACTGTTTATGTTCTAACTGCCACACCTGCCATATTTTTACAAAACGTATGCTGTGAATTGGTCACTTTTTTTTTTAATTCACAGGTTGTTTACTATTATATGTGACTATTTTTGTAAACGGGTTTGTGTTTGGGGAGAGGGAGTAAAGGTAAGAAATTCTATGTTTCTCTATTGTATAACTGGATATATTTTAAATGAAAGCATGCTGCACTTCTCATTCTCATGTAAAAAAAAAAATCATGTCACAAAAGGGAAGAGTTTACTTCTTGTGTCAGGATGTTTTCAGATTTTTGAGGTGCTTAAATAGCTATTCATGTTTTTAAGGTGTTTCATCCAGAAAAATTTTACTGTGCCTGTAAATGTTCCATAGAATCCACAAGCATTAAAATGTCATTTTATTTTTACATAATTCATTACATATACATGTATATATGTATATGTGCATGTATATACATATATATGTATACACACACACACACAGACATATACACACACCATTACATAGTCATTCTGAGTCCTGGCAGCATGACTATAACATTTTTGATAAGTGTCCTTTGGCGTAAAATTAAAATATCCTATCAGTCCTTTCTAAAAACCTGAATTGACCAAAAAGCATCCCCCACCACCACTTTATAAAGTTGATTCTGCTTTTTCCTACAGTATTGTTTAGCCATCTTCTGCTCTTGGTAAGGTTGACATAGAATATGTCAATTTAAAAAATAAAAAAGTCTGCTTTGTAAATAGTAATTTTACCCAGTGGTGCATGTTTGAGCAAACAAAAATGACGACTTAAGCACAGTATTTATTGCATCAAATATGTACCACAGAAGTAGAGTTTGCAAGCTTTCAACAGGTAATATGATGTAACTGGTTCCATTATAGTTTGACGCTGTCACTGCTGCATGTTTATCTTGCCTCTGCTGCTGCATCTTATTCCTTCCACTGTTCAGAAGTCTAATATGGGAAGCCATATGTCAGTGGTAAAGTGAAGCAAATTGTTCTACCAAGACCTCATTCTTCATGTCATTAAGCAATAGGTTGCAGCAAACAATGAAGAGCTTCTTGCATTTTATCCTTCCAATCTTAATTGAATACTCTATGGTAAAAAGCCCAATGTACAAACAGGTTGCAAGCTGCTTAATTCTGTTGAAAATATATGGTTAGAGTTTTCTAAGAAAATATAAATATTGTACAAAGTTCATTTTATTTTCCTTTTCCGCCTTTTTGTACATAAATGAGAAATTAAAAGTATCTTCAGGTTGATGTCACAGTCACTATTGTTAGTTTCTGTTCCTAGCACTTTTAAATTAAAGCACTTCATGAAATAAGAAACAAAGACTAAAATGCAGTGTAGATTCCTGCTTTTTATTAGTACTGTAAACTTTGCACACATTTCAATGTGAAACAAATCTCAGACTGAGTCCAGCATTTATTAGCTTTCATAGTGATGCCTTATCATCGAAAGAGGCTTAAGGAACGATGAGTTGATATTCTTGGCATTGCTTGAATCAGATGGTTCCACCTAGTCTTTTTATTCTGTAAATCATCAGTCTTTTCCAGTGTTTGTTTACACAGATAGATCGTATTCTTACTAACCCATATGACACTAGAACTTTATCAGATATGATATGAGATCCAAGCTTTATTCCACAAAAATCGTATAAATGAAATTATATTACCAGTCACAGCAAAACATTTTGTGTTTCTTTCACAAGCGACATTAAATGTAGATTCTTTATACTAAAGCTATTGACTTGTAGTGTGTTGGTGAAATGCATGCAGGAAAATGCTATTACCATAAAGAACGGTAAACCACATTACAATCAAGGCAAAGAATAAAGGTTTTGCTTTTGTTTTTGTATTTAATTGTTCTGTCTTTGTTTCTATCTTGGAAATGCCATTTAAAGGTACATTCTATCATGTAAAATGATCTATCAGAAAAAAATGTAAAAAATACACATGAAATATAATAATTCACCTTTAAATTTTTCATGGAATGGAAAGTAATTAAGAAGAGTGTACTGGATATCTAGTTTTAATATTGGCCAAAAACCTAGATATGGTATTGGATAGAGTAGTGGAAAATTACATAAATTAATAAAAAATTGACTAACATTTTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038180:ENSBTAT00000061380:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.201
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PU(20.4=47.3)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(79.1=41.9),PF0061222=IQ=WD(100=5.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGAGACTGACGACCAGAGTCA
R:
GCAGGAGGCCGATGTTAAACA
Band lengths:
350-1927
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]