BtaINT0129695 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016223 | SCRN1
Description
Bos taurus secernin 1 (SCRN1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001110803]
Coordinates
chr4:66807200-66825965:+
Coord C1 exon
chr4:66807200-66807359
Coord A exon
chr4:66807360-66825783
Coord C2 exon
chr4:66825784-66825965
Length
18424 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CTTCTGTCTTCATTTTTTAGTGC
3' ss Score
10.55
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGCTGTAGCTCCTCCAAGTTACTGCTTTGTGGCCTTCCCGCCACGTGCAAAGGATGGTCTGGTGGTATTTGGGAAAAATTCAGCTCGGCCCAGGGATGAAGTACAAGAGGTTGTGTATTTCTCAGCTGCTGATCATGAACCTGAGAGCAAGGTTGAG
Seq A exon
GTAAGTCACGTGTTACTGTCTCTCCGTTAACACGTATTCTCTTTCTCTGGCTTTGCCCAGCACCTTGACTTGTTAATGTGGAAACCCATTTACCCACAGAACTCTCTTGTGGGTTCTGTTGATAACTCTTTCCATTCTCGTTTGTTTGTAGCCTTAAAAACCCGGGTCCAAAGAGAATTCATTGCTATGGCACATGTTTTATAATTAAGTAAACTATTTACCCACTCCAAAGTCAAATCTATGAAATAAAATATATTCAGAGAAGTCTAGCTTCTACCTTTGTATCATTTCTCTATTTCCCTTTTCTTCTATAGGTAATAATGTTTTGGAAGTTTGGGGTTTATCCTTCCACTTAAAAATTTGCATGTATGTGTAGCAAACACACTCACATGTGTATATGCATATTTGTCACAGTTCCTTTCTTCCTTCATTAGATGAATGGTAGCATACTATATTGGAAAAGGCAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCACACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCATGCTATATATACTTTTTTCCACTTTGAATTTTTCAACTGAAACTGTTCTGCAAGTCATTCCATCTGGAGTAACCATCTTCATTCCTCATTTAGAGCTGTATAGTGTCTCATTCTATGAATGTAATCATAGTTTAATCAGTCTCATACTGATAGACACTTGGATTGTTTTCCAGTCTTTTGCTATTACAAATAGTGCTGGTGTGCATAATAGCCTTGTACACCTGTCACAGTGTCTGGTCTTGGTTTATATGGTTTTATCATGTTAAAAATTTATCCATCAATTCTTATTTTTAGTGCTTAAAAACCTGTTCATATTTTGGGGGATATCCCCAAAATATTTTGAGAGATAGGTGTCTAGAAGTTTCTGAGTCACAGGGTATATAAGTATGTGGTTTTCTTATGCCTGCTTGCTCAGTAGCTCAGTCATGTCCAGCACTTTGTGACCCCATGGTCTGTAGCCCTTGAGGCTTCTCTGTCCATGGGATTATCCCAGCAAGAATGCTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAGAGGATCTTTCCGACCCAGGGGTTGAACTCACGTCTGCTGAGTCTCCTGCATTGGCAGGAGGATTCTTTACCACTGAGTCACCTAGGAAGCCCATGTGGTTTTGTTATGTATTGTCAAATTTCTTTCTATAGGTGCTGTGCCATTTTACATTCCCACCAACAATGTGAGACAATGCCAATTTGTCCATATTCCCAGAGTGTGCTTCATCATGGCTATTTTTTTAATTAATTATTTTAATCAGAGGCTAATTACGATATTGTGGTGGCTTTTGCCCTACATTGACCTGAATCAGCCACGGGTGTACATGTGTCCCCCATTCTGAACCCCGCTCCCACCTCCCTCCCCATCTCATCCCTCTGGGTTGTCCCAGTGCACCAGCTTTGAGTGCCCTGTTTCATGCATTGAACTTGGACTGGTGATCTGTTTCACATATGGTAATGTACATGTTTCAATGCTATTCTCTCAAATCATCATGAAGGCTATTTTATGTTAATTTTACATTCTACTTTTTAAACTAAATTCTTTTATTTATTGTGTCAGCTTTTATTACTGATTCTTTTTGATTTTCCAGCTATGTTATTATAAAACCTGAAAATATGGATAATTTAATTGTTCTTACATCTCTTCTTTTCTCATCTGTTTGGCTTATGGCTTGGATTCAGTATTAATAACGATGGAGAAAGTGGGTATCTTTGCCTTGTTCCTGACCTAAGTGGGGCAGACTCTAGTGCTTCCATATTAAGTAAGATGCTGGCTTTGTAATGGAGATTCATATCATTTTGTCATGTTAAAAAGTGTACATCAGTTCATGCTTTGAATGCTTTTTAAAAACCCTGAGAAACAGGTGTTACATTTTGTTAAAGATCAGGAGATAATCAGGAGCTAATCCCTTGTTTTGTTTTGTTTACTTTCTATTTAATGATAAATTGAATCATCTTTGCATTCATGGAATAAACTTCTTGGTTATGGTATAGTTAGTTGTATGTGTTTAAATAGTAATTGTTAAAGGATGAAGAATTTAGAGGAAAAAAATTGGGGGCTGGTAAATTAACAAGCTCTTGCCACTGACATAATCTCTATCCTTTGGTGTTTTATATTGTATAAAATAAACCAATTTTTCTGTGTGATTGTGCATTTTAAATGGGTATTCATCCATGTGTATTTCATTTTCTTATCTGAATCTCTGTTTCAGCCTTTTAAAAGCATTAAGCATCACCAGAGAGCAATAGCACTCTACAAGGAGCTGGTTATGCTGGGTGAATTCAGCAGGAGCACTGAGATGAATGGGCAGAGTTGAGCAGGTCATGGCTCTAGTCTGTGGTTGGGGCAGTGGCAGACTGTCGCCCATAGGACTTTCACCAGAACCACTTGCCTCTGATGTTGCACCACTAACTTGGTTCAGGCTCCTAAACTTCAGTGGGACTACTGGGGTCCAGCCCCAGTGGATCCAGCGAATTTGAAGGGAAGATGGCTTCAGCAATCAGGATACGATAGAATTAAAGATATAAAGAGTGATTAAATAGGGATAGCTCAGCGAAGAAATTCAGTGAAGAAAAGAGGCTGAATAACTTGGTTTACGTGGAAAACCAATAAAATTCCAAGACAAGGAATTTGCGCCACCTACGTAGGCCGCAGGCATCCTCCCGTTCTCCTGAAGGAGAGGAGACACTAAGGCCTCCCCGGTCAGATCTTGGAAGCCCAGGCAAAATTAGTAGACTTGACGAGCCTCCACGCTCCAGATGGGAATTCAGCCAGAAGGTGAGAGAAAGAACGACATGGGGAGACCAAGCTTCGGTAAACAAGGCCTGCACTTTATTTTCCAAAGTAGTTTTTATACTTTAAGCTGTGCATAGAGGATAATGGGTGAAGGGGTAGAGTCATGCAAGGACAGCAGTCCTTGATCCCTATCGAAGCCATGCTTTCTTCCTGCAATCATATGCAAAAGTTTAGGTGATTTACATCATCTTCTGGCCAGGAGGCCTATTAACATTTTAAGACCCTTTCTTCAGAAAACTTATTTTTCTCTAAAGGTGATTATTCTAAAGTCAGGTGCCACCCTCTGAAAGCATTAGATAAAGTTGCATTCCTGTAGGGCAAAAGTGTGGTGGGCTATAACAAGAAAAGAATTAACTCAAGGGTCCAAGGTTACAAACATTAAAGCTATTATTTATATTCCTATACACCAATTATATTATTAATCAATACACTCCCAGGGACACAGTAGGTAAGGGATATGGAAACTTAGCAGCAAACATTGGCCCAACAAGTGAAAAACCCTTCATCAATACAATTTCTAATCAATCTTTTAACTGCTCAAAGGAATCTGTATTTAGACAGTTTAGAACATCTCATGCCTCTCACGGTTGGGAGGCTCTGAACAATCACATGTGGCCGGAAGAACCTGTTCAGGCAGGCTAGAGGACTTCCAAAGGAGTTTGTGAACTAAAACACTCTTGTCACGCCCAGGAACTTTATTAACAGGAGGTGTAAGTTAACTCTTTTTCAAAGAGAGAGATGGTGGTAGGGGACAGCCCCCCGTAAAGTCAGAGGTGTAGGTGAGAGCACAAAGCAGTAAAGTAGGCAGACTCTGGTTTTGGGGGTAGATGCTCAAGAATTTCCAGGGGGACTCCTGAGGCTCGATCCCGCCTTTGTGTATGCTGAGCCTCCTTCCTCATGACCTTTGCCACGGGCGGAGTTCCTCACGCTGGCTCCCTGCAGGGACTTTCCTTTCATATGGGCAGAGAAGAGTGCTAGGCTCTCTGATGCTCATGGTGGGTTTTCAATGGGTCTTCATTAATGTTTGAATGTCCATGTTGTTTAGATCTGAATGTTTCTGTTTCTGGGACAGAGGGGACTGGATATGGATAAAGTTGGCTTGGTTTGAGTTGTTACTGACCTTCCCTGGCTGCCTTCCCTACATGTTTCTTTTTCCCAGAGTCATGCACACTGAAAGACTTTGATTTTCATGTGGGCAGATTTCCTGAAGATGGCTCTAACAAATCCCATCCCACATGTCCTTCTCACAGTGTGCTGGACACACCTCCATGGAGTGGGGGGATTATGCCCCCCACCCCTGCCGTGAATCTTCATGAGGGCTTCTGGTGGCATCAGGCAGTGAAACCTGGTGGAGGTGATGCTGTGTGACCTCCAGGGCTGGATAATAAAAGGATCTGACTTCTGCTTGTCTCCCTCCTTTGGGACTCTAGCCCTAAGTTCCCAGGCACCGTGCTGGGAGGAACCCAGCAGATACCATGCGGTGGGGCCCCCATGGAGAGCCTGCAAACAGTGCCAACTGCCAGATGTGTGAGTGAATGCCCTTTCAGTGATTCCAGACCTCAGACTCCATGGAATAGACTCACACCATCCCTTCTGTGCCCTGTCCAAATTCCTTGATGCATCAAATTCATGAACATAATAAATGGTTGTTTTATATCAGTAAATTTGGGGGTCATTTTTTAGTAGCCATAGTAAGTACAGTATTGTGCAAAACCTTTTATAAGTATAACTGAAATAAATATTTTAGAAAAATTTCTTTTTTGGGGCATAGATTAAATGACTTTATATGTTTTGTTTTCATGGTTACAATCATTTTAGGAAATAGACTAGATTCCTTTCACTAGTTATGATACATTAATGCTCAAATACACCATGTATTTATGGTGTACACCTCAAACACACCATAAATTATGTCCCTTGCCTAATAACTAAGTGCAGTGTGATACATACCAGAGGTAATTGCTAGGCAGTCTTGACCTTTTTTCTGAGTTGCATATCTGGGTTCTGAGTTGCCTTGGCATGTTTTCACATCCATATGCTGCAAGTAAAATAACTTCACAGGTCAAAAACCAAATTCACTGTTCCCATTTCATTTGCTTTTCTTCCTCTGACAGCTCTGTTGTCTGCCACAGAGTTTACTCTAGAAGCCAGAAGCAAGCGTTGACCCATGTTTTCCGACTCATCTGTGGACGCACAGGGACAGTGGTCACTGAGTCTTGCTGCTTCCTCGCCTGTGTCCCCGTCCCCTCACCACTCCCAATTCACTCACACCCTCCCCGAGCTCCTTTCTGCTTTCATCTGCTTAGTCGTGCCCAGGTCTCTTTCCCCTGAATTCTATTCCCTGCAGGGTCACTGGACTTTTCTTTCCAGATCACAGCTTTGCCACTGCCTTGTTTAAAAATGTTGGGTTGTTGTTTATAAGATGAGAATCCAGGCTGATTTGTATGCCATTCAGAACTCTTCCTGCCTGGCATCCTGTTCACTTTTCTTTCTTTTCTTTTAAATTAATAGACATTTTTAAAGCAGATTTAGGTTTGTGGAAAAATGAGCATAAGTACAGAGTGTTCTCATATAATCCCTCACCACCCCTGCTGCCTGCCTCCCAGTTTCCCCTGTTATTAACATTTTGCCTTAATATCTTTTACAGTGGATGAGCCTGTACTGATACATTATTATTAACCCACTCAATAGTTTATTAAAGTTCACTCTTTGTGTTGTGTATTCTCTGGAGTTTGACAATGTCTAATACCATGTATCCATCTATCGTATAGGGTATTTTCAGTGCCCTAAAAATCTTCTATGTTCTAGCTAGTCATCTCTCCCTTCCCCTAACCCCTGGAAACCCCTTATCTTTTCACTGTCTTCATAGTTTTCCCTTTTCTAGAAGGTTATATAGTTTGAATCATATAGTATGTAGCCTTTTCGGATTGGCTTCTTTCACTTAGTGATAGACATTTAAGATTCACTGATGTCTCTTCCAAGCTTGATAGAATGTTTCTTTTTTGCTCTGAATAATAATCCATTGCCTGGATATACCACAATTTATTTTTGCATTCACCTATTGAGGACATCTTGGTTGAATCCAAGTTTGGGCAATTTTGAATAAAGTTGCTGTAAAATTTGTGTGCAGGTTTTTTGTGCACATAAATTTTTAAACCAATTTGGTTAAAGGTACTTTTTAATGTAATTTTATATTTTGAATAAGTGATAAAATGATGTGGTTCAAAGATTTAATAATATTTAAAAGGTTTACAGTAAACAGTCTTAATCTCCCCTTCCTCCTATTAAAATTTCGATCTTATGTAATCCTTTATTTTTCTTGCCCATCTTGTCATCTTTTATGCAAATGCAAATAAATATGTATATGCAGCCTTTTCTTTTTTCATGAATATAGCACATTATATATACTTTTATGACCCTTGATATTTTTTTAACATACAATTTCTAGCTTACAATTGGCTTTCTTTTGTTTAGTAACATTTTCTAAAGAGTTTTCTATAGGTAAAAGCTTTCTAAAGAGTTTTCTATAGCTAAAAGCTTTCTAAAGAGTTTTCTATAGCTAAAAGCTTTCTAAAGAGTTTTCTATAGCTAAAAGCTTTCTAAAGAGTTTTCTATAGCTGAACATAGAAATAGAGATTATTATTATTCTTTTACAGCTGACAGTAGTCTATTGTGGAGATATTCCATAATTTAGCCAGTTCTCTATTGGTGAATGCTTGGACTTTGGGCTCGTCTGGAAAGTACAGCCACGAAGAACATTGTACACAGGCTTTCTGTACATGGGCATGTATAGTCATTGAACACACTTCCACATGCAGGGTCACTAGGTCATAGGATACATTTTTTTTGGTAATAACTGACCTCTGTTAGGGTTGTACAGTTTCCTGCTTACTTTTTTAATCTTCGTTCTTAGTTTCCCTTTCCTAGCTTACACAGTAGGCGTCAGCTGCACTGAGCTGCTTCTTGAATGAACAGCACACTTCCGTTGCTGTGTTCTTTTGCTCTGTCCTTTGCCGAGTCTCTCCTTCCTCTCCCGTCTCGTCATCCACTTGGTAGACTCCTCTGCATTCTTCACGGTGCCGGCACCAGTATCCCCCTCCTCCTTTTAGCCTGCCACCCTTCTGTGAATGTGTAGCATGTTAAGGGTCTTTTTCTTTTATAAATTAATTGAAATTCATGGTGACCTGAAACTAGGGGATGAGTTCTGGCTCAGGAGGCAGGGGCCTGTTGTTCTAGTCCTGCCTTCTGAATTTACTGCATCTTAGACCTTTGAGCCTCTGAGACTCAGTTTCCTCATTTTCCAGACAGAGATCACAGCACCCCCCACCCGGCCTTCTTGTAAAGCACGTGTGAGCTAACATGTGAAAGCACTTTGTAAACTCCAAGCAGAACACTGCAGGGAGAGATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGGTTTTTTTGTTGTTGGTTTTAAAAAAATTAATTTATTTTTACTTGAAGGATAATTGCTTTACAGAATTGTGTTGGTTTCTGCCAAACATCAACGTGAGTCAGCCCTGTCCCCTGCATCTTGAGGCTCCCTCCCATCTCTCCCCCTCCCACCCCTCTAGGTTGTTGCAGAGTCCCTGTTTGAGTTCCCCGAGTCATACATCAGATTCCAATTTGTTGTTGTTGTTTAGTTGCTTCCTGCATGACCAACTCTTTTGTGATCCCACACACTGTAGCCCACCAGGCTTCTCTGTCCATGAGTGGGATTCTCCAGATAAGAATACTGGCGTGGGTTGCCATTTCCTCCTCCAAAATTTCCATTGACAATCTGCTTTACATATGGTAATGTAAGCTCCCATATTACTCTTTTCATACATCTCACCCTCTCCTTCCTGCCCCCCATGTCCATAAGTCTGTTCTCTATGTCTCTGTCTCCATTGCTGTCCTGCAAATAATTTTGTCAGTACTATCTTTCTAGATTCCCTATATATTACAATATTTATCTTTCTCTTTCTGACTTATTTCACTCTATATAATAGGCTCTAGGTTTATCCACCTCATTAGAACTAACTCAAATGCATTCCTTTTTATGGCTGAGTAATATTCCATTGCATATATGTACCACAGCTTCTTTATCTATCTTTTGATGGACATCTAGGTTGCTTCCATGTTCTAGCAATTGTAAATAGTGCTGCAGTGAACATTGGGGTACATATGTCTTTTTCAATTTTGGTTTCCTCAGGGTATATGCCTAGTAGTGGGATTTCTGGGTCATATGATGGTATGGTTCTTGTAAAGCACGTGTGAGGTAACATGAGAAAGCGCTTTGTAAACTCTAAGGAGAATACTGTGCAGAGAGAGATTTTTCTTTTTCTTTTTTTAAAAAAAGAATCAGGTAGTGTTGAGAGATTCTGTGACTCCAGGTCTCAGTTCCCAAACTCCTAACTTGTAGCATATGCTAAATCTGCTTTTCAAACTTACTCTGTGTCTTTAATTCCCATACAGTTACACCTGTCTCCATCCCCTGTTCTTGTCCCAAGTACAGAATGATGGATTCTTTTCTACCGGGCTTTTGAGCTACAAAAACTATCATGTAACTTTCACAATAGTCTTCGTCAGCATACAGAAAATTTTAATTATGAAGACTGAGAACTTCTCATAAAAACTCTTCTATTACTCAGTCTTTTTATGACATTTTAAACATTGTCTGCAGTTTCCCTAGAAATCTCTTGTGAGTGTTGTAGTCCATGAAGCCCGTTTCTGAGAATAATCCTGTGCAGAAAGTCACTCTGATTACTCATTGCCACCCACCCGCCCACTCTTCCAGCTGGGCCATGCTCCCAGGTGGGCTTGCCTTTAGTTCATGCCCTTACCCACCCTTCACTTCATCTTGCCCTCAGTCTGTCCCTCTGTCCGCCTATCCATCTCTCATCTACTCTTTGTCCAGTTCCCTCTACTTGAGATAGAGGAATAAAAAAATGGGGTCCTCCAGCACTGAGTTCCTCAGTTTCAAATATTACACTGGGCATTTTGTTCAGCTGCACAGTTGGCAGATCAGAGCATTTTATTTTGTGCTCTTTAGTCTTTCTTCTGCAGATGCTGGGTTTTAAATAACTCCCATTTTGGTTGCAGAGTAGGATGGGTAAGTTCAGTTCAGTCGCTCAGTCGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCACGGACTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACTCCCAAAGTTTACCCAAACTCATGTCCATTGAGTCAGTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTGCTCCTGCCCTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCAATTGAGTTAGCTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTCAACATTAGTTCTTCCAATGTACTCCCAGGACTGATCTCCTTTAGGATAGACTGGTTGGATCTCCTTACAGTCCAAGGAACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCTGCACTTAGCTTTCTTTTTAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACAGACCTTTGTTGACAAAGTAATGTCTCTGCTTTTTAATATGCTGTCTGGATTGGTCATAACTTTCCTTCTAATGAGTGAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCTCCAAAAAAAGTCTGACACTGTTTCCACCGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGATGGGATCAGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGATATTGAGCTTTAAGCGAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTTATTAAGAGCCTCTTTAGTTCTTATTCGCTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTAAGGATATTGATATTTCTCCTGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCTTCCAGCCCAGCGTTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGTATCCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATTTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATACAGCAGAAATAGATGTTTTTTTGGAACTCTCTTGGTTTTTCGATGATCCAGCTGATGTTGACAGTTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCATGGTTCACGTATTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAAGTTTGAGCATTACTTTACTAGTGTGTGAGATGAGTGCAATTGTGCAGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGGGATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGGCACTGCTGAGTTTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACAGCATCATCTTTCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGAATTCCATCACCTCTACTAGCTTTGTTCGTAGTGATGCTTCCTCAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTCAGTGATCACACCATCGTGATTATCTTGGTTGTGAAGATCTTTTTTGTACACTTCTTCTGTGTATTTTTGCCACCTCTTCTTAATATCTTCTGCTTCTGTTAGGTCTCTCCCATTTCTGTCCTTTATTGAGCCCATCTTTGCATGAATTGTTCCCTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCCCATTCTATTGTTTTCCTGTATTTCTTTACATTGATCGCTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTCTGCATTCAAATGGATATATCTTTCCTTTTCTCCTTTGCTTTTCACTTCTCTTCTTTTCACAGCTATTTGTAAGGCCTCCCCAGACAGCCATTTTGCTTTTTTGCATTTCTTTTCCACGAGGATGGTCTTGATCCCTGTCTCCTGTGTAATGTCATGAACCTCCATCCATAGTTCATTAGGCACTCTGTCTATCAGATCTAGTCCCTTAAATGTATTTCTCACTTCCACTGTATAATCATAAGGGATTTGATTTAGGTCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCCCACTTTCTTCAATTTAAGTCTGAATTTGGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCTACAGTCAGCTCCTAGTCTTGTTTTTGCTGACTGTATAGAGCTTCTCTATCTTTGGCTGCAAAGAATATAATCAATCTGATTTCGGTGTTGACCATCTGGTGATGTCCATGTGTAGAGTCTTCTCTTGAGTTGTTAGAAGAGGGTGTTTGCTATGACCAGTGCGTTCTCTTGGCAAAACTCTGTTAACCTTTGCCCTGCTTCATTCCGTATTCCAAGGCCAAATTTGCCTGTTACTCCAAGTGTTTCTTGACTTCCTACATTTGCATTGCAGTTCCCTATAATGAAAAGGACATTTTTTTGGGGTGTTAGTTCTAAAAGGTCTTGTAGGTCTTCATTGAACTGTTCAACTTTAGCTTTTTCAGCATTACTGGTCGAGGCAATGACTTGGATTACCATGATATTGAATGGTTTGCCTTGGAAATGAACAGAGGTCATTCTGTTGTTTTTGAGATTGCATCCAGGTACTGCATTTCAGAGTTGTTTGTTGACTATGAAGCCTAGTCCATTTCTTCTAAGAGATTCTTGCTCACAGTAGTAGATATGATGGTCATCTGAGTTAAATTCACCCATTCCAGTCCATCTTAGTTCACTGATTCCTAGAATGTTGATGTTCCCTCTTGCCATCTTGTGTTTGATCACTTCCAATTTGCCTTGATTCATGGACCTAACATTCCAGGTTACTATGCAGTATTGCTCTTCATAGCATGGGACCTGGTGGGTAAGTATGTATCTATTTGTGAAGGCCTCTGAGTCCTGAAGATGCTATGTACTGTGCATTGCAGAACTCATCTCCCTGTACCTTGGGCCCTGTGGGTAGGGGTGTTGAGGAAGCAGATGAATGATTTCCTGGATTATGATGTTCTGTTTGTGCAAGGGTGCATTTGTGTGTGGATGTGGAATGGGTTTAGGTCTATTTGTAAATGGTTAAGCCTTCTATTTAAGAAAGAGAGGATATAACATTACAATATTTTCCTGGAGAAAACAGTGGATTTCAACTAAAGTTTCCATTACCTATACTTGGTGCCCAAGAGAGCCATTATACTATAATTTATGGAGACAGAATTCTTGATAGCCAAGTCAGGTTTGATACATAATTGCTTTTTGAAAGATTCTCTTATTATTATATAATAAACCTCTCCTCCATTTTTGCCTCCTTTAGACTTCTTTGTTTCCTTTTTTAGAAAGTTAATATTTTTTTTCCACTACATGAAATTCTGTATGGGATTAGTATCCTCAATCAGGTTATACAGCTTTCACAATTTGGGGTAGATTTTTGGTAGATACTTTTCCTCCTTTCTTCCCAAAGAAAATATTTGCAAGAAGAACAGAAAATTACCAATTAATGGTAGCTGGTGGCGTTATTAGTAACATTGTCCTTGTCCATGTCCATAGTGGGGCAGGGAGTGGGTTCTGAATGTTAATTCTGAAGATTATCCCTTACCACAGGGGAGTACAAGTCATTCTGGAATCAAAAATCGGAGCAGAGCGGCATGGTCACTAAGTAGATTGTATGCTTTTCTTCCTGTCTGTTTTCCTGTTTTCATCTCTTAAGCTCCAGAGGCAGGGGTTCCCAGCCTCCTATGGAGTCAGAGCATCTCCTTTGCCCCGTGGGAGAGTGGCTTGGCCTGGGGACTTCCTTCAATTGCATCCCTTTTCCCAAGCCTGATTCTGAACCCCTTGCATTGTCCATCCTTAAAGATCTTGCAGCTTCAGGGAGATAAAAACAGCTCTTCTAAAGTATAGGCAGCATCTTCTCTTGTCTTTGTTTAGACTCATATAAGCCTTAATGGCACATTTCCCAGAACCAGTCTAGTTGCAGGCAAGAAGACACTGGGATAAAAACATTAAAAAACAACCTCAGTGATAATCTCAATACTGCTTTAGAGTCACAGGTTTTCTAAAACTAAACCTATTTTCCTAAAGCATCTCGTTTTTCCCTACCTTTCTTTCTCCTCCTAAGAAGTCTGGCTGACTCATCAACTCATTTCTCAGTGGTTTTCGCTGGCGGTGCCAGGGTTGTGTTCACCATCTGAGTACAGTAGGAAAGGCACAATGGTTGCATTGCACTAAGTGAAACGTCTATTGTGTGAGTGTCTCTATTCCCCTTTCATTGGGTGATATCCAGAAATAGTGTGTGCAGGAATGTGCAAGGGTTAGGCGACAGCACGACGCTGATTTTGCTTTTTCATTTTGGACACCGTCACACAAGATAATAAAGGGCTTACCCTGCAGAAGAATTGTCTTTTGTCTTTGTCTCCGGGGCCTTGTCAAGGTTGATCTTTCCATCCTCCAACCTGGTATGTGTCCCCAGGAGCCACCTGAGAGCGACAAGCTCAGTACAGGTAACGTCTTTCAAACCTCAGAGATTAGCATTAGGCAGTGCTGACAGTTCTTTCTTAAGTTTGCATTTAATTTTTGTGGCCGTGCCTTGCGGCCTGTGGGAACTTAGTTCCCTGACCGTGGATTGAACCTGTGCCCCCTGCGTTGAAATTGCTGAGTCATAACCACTGGACTGCCAGGGAAGTCTCAGAGCTGACATTTAGGAGTATGCCTCACCCCTCACCCCCCACCGTTCCTTGGGCTTGTTGTGTGGTCTTGGCACCCGGAAGTCACACTAGTTGACAGGTTTGTTTTACTAAAGACTCGGTGGGCCTGGCCATGGGGCAGCAAGACAAATTGCTCCTCTTTTTGTGCAAGCCCCTTGAACAGCTTGATTACCAGAGCTGAGGCCAGAACTATCCCCCTAAAGACTGATCTTCTGAGTGGTGAACATTTTCTCTTCCCTTTTTTCCTAACAGAAATCTGGCTGGAAATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGGAAATTTTCACTTTAGAACTAACTGTTTTTGTTTTTTGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTCATGAGGAAAGATTTCAGGTGCTTTTGGATTTTTCCCCTCAGAGAAACCTTCTCTGCTACTTCAAATCCCACTTCTTCTCTACCTCGTTAATAACATGGCAATTGTGTTGGTGAATCCATTTAAAAAAATGACTGCCTGCAGAGTTCAGGTTCTAGATGGCTGACTGAAGTTTAACTCATTACATTGGGTGTAAATGTTCCTTATTTGTGAGATTTGCTCCCAAACTGGGACTTTTAAGTAACTAATCTCTGTGAAACAAATGTTTCTGCCTCCCAGACCTGGGTGTGATTAGTCAGGTTTCAAACCCAGTGGACTGTGTGAATTGCAGCCACAGAGGGGCCCTTGTTAAGCCAGACTTCGGTGGTCCATGACAAAGATGCCCTGAGGGTGTGTGTTACAGGCTCGCTTGGGCTTCCCTGGTGGCACAGGGTTCCATCCCTGAGTCGGAAAAATCCCCTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGGCAGGCTACAGTCTATGGGGTCACAAAGAGTTGGACGTGACTGAGCAACTGAGCGCACACACGTAAGACTGGGGTGCTCACACACCAGCTCCCCCTCACCGGCTGCCCTGTGTCCTGTGCAGGGATCTGGGGATCAGCGTTCAGCCTGGTGCTTGAAAGGGGCTGATTTAGCTTATATGTCTAGTTGGGGATCTCCTTGCTTCCTCACGATTCCAATTTTGGTGTGAAAAGTGTCAAGTTGGCTGCATGTATTTTGAACTCCCACGAAGACCATATGGTCTTTTGGATTCAGCGTTCAGCACTTTTATCAGTCAGTACTTACTATGCTTTCGCAGTCCTGTGACTCGGTGCCATCACGGCTTCCCTAAGTGGCAGAGTGGAGGACCTCCCTGAACCGGAAACACATTTTTGACATCCCCACCTTTTTCTTCTCATTCTCTTTCCTCTGTCTGGAATACCTCGATGTCTGGTGCGGTTTGCAAGGTCAACTCAAATGTCACCCACTTGATAAAACCTCTGCCCTCTTGGATGTGTTTCCTTGCCTTTGAACCTCAATTATGCTCCCTCTGACCTTTGTTACTGATTCATTCATTCATTTATTGATGCCTGCTATGTACTAGATTTGGGATCGAGCCCTCTCTCATTTCTGTATCTCTCATGGAGCTTACATTCTAGCCTGGGAAAATATCATACATAAACTGCACATGCAGTACATAAGTCAATTATATAGTATTTTGGAAGGGTTACAATGGAGTGGAATGGGAAAAGGAAAAAGAACAGCAGGATTGGGTTGATCAGAAGTGCAAAGGCTTCCCTCATAGCTCAGTTGGTCAAGAATCCGCCTGCAATGCAGGAGACCCCAGTTCGATTTCTGGATCAGGAAGATCCCCTGGAGAAGGTATAGGCTTCCCACTTCAGTATTCTTGGGCTTCCCTTGTGGCTCAGCTGGTAAAGAATCTACCTGCAATGTGGGAGACCTGGGATCAATCCCTGGGTTAGGAATATCCCCTGAAGAAGGGAAAGGCTACCCACTCTGGTATTCTAGCCTGGAGAATTCCATGGACAGTATAGTCCAAGAGGTCACAAAGAATTGGGCACTACTGGGGACTTTCACTTTTCATAAGGTGGGAGGAGGGGGAGATGCAGTGCCTGTTAAGCAGACACGCCTTAAGTTGGCCGGTGGTCATGGTCATTTGTGTGTGTGCCTTCTCCTTTGCCAACTGAAGGGACAGAGACTGGGCCCCTCACTGACTTATCTGCCAGCAGCACTTTGCACAAGATGCCTTGTGTGTGGTTGCTGCTCTTGTGTGTGGTGTAGATAATTGATGAAATGGGAATGAAGGTGTAGACATGAATTTGAGGACAAATAAATAAGCTCATTTCCTATTTTTGCTTTTTTCCTGTCCTTAAAAAAATTATGATAAATCTGTGCTTAGGCAGTTGAGATTCCTTCCCTATTTACTCAGTCTTTTCAAGACAGAATTTGTCACTCGACCTCAGTGGGTACAGGGGTTTTGGAAAGTGTTGATCAATGTCTGGACTGCTTTTTGCATGAAATAATGCAATCCTAACACATATCCCGCAATTCCATGTAGAAGAGCGCAGAGGACCATAGTTTGTTTAGTGCTTTGGCCAGTTTTTTGTTGTCAAAGGATCATTTTTTTTTAAAAATAAATAACCATAGGGAACTGAATAGGGGAAAACATTTCAAGAGTATATTTTATTATCAGTTTGCCATGAAAAACTCAAGGGTCTCTTGACAACCTCTGAGTTTAATCAGCTTTCAGTTTACAAATAGTTACCAAGTGAAATAACATTATCCCAGGGCAGAGCAATACCTAATGTGGATTGTGAAGATACAGATGTCACATGACCAGTGAGTGTGCATTTCAACCCTTACCTGGGGTTTAGAGATTATGGAAAATCAATGCAGAATAGCTTTCTGGGCTGCATTCAGAAATATAACTGGGTGTTGAATCAAAAAAAGAGATCTAAGGCTGCAGTTGATCCAGTGCTTTCAGATGCCCAAATTAAAGTGTAAATGGATGCTGCGGCTGATAGAGTTCTCCCCTGACAGCTAAAAAGCCCTGTATAATTTAAAGCCCTGAGTTGCGCAGCCTTCTTGGGAAGAGGGTGTCATAGATACTAGAATATCAGTGTCAGGAGGCCCCGAGGCCAGCCTAGTTTAGTGCTTTTCCTGATGCTCCAGTGGAGTCTCCTAGGGGCCCAGTGTGGGGAGGGGAAGGCTCTGAGTGCTTTCCAGGCTGCTGTCTTTACTTGGAAAGGAATGAGCTAATCTAGACCAAGCTATTTCTTTCCAAGTATTTTTAGCCTCAGAATCCTTCCTCCATGCAAACTTTTACCCCAAAGCATAAAGACAGTAGAACTGGTCAAAGTGTATTGAGGTGAATGGAAGAACAGGCATGGGACCGGAGGAGGTAAGACACAGCTCTAAGTGGCTTGTACCACAGTTGTAAAAGGAGTTCAAAAAACGCCTTTCTAGGACTGTTTCCTCATGGGCTTAGTGTGGGGATCAAATGGGGCAGACTGGGAAGCATAGTGGATAAGAGAGTGTACGCTTAATGCATTAGTGATATGTAAAGTATCACCATGTTTTTCTCTTTTGTACCACCAGAGCAATCATGTAGGTTGTCAAACTATGTTCTAAGGAGATGGGGATCATTGCAGGAAGCTTAAGGGACCTCTGTTCTGCAGACAAAGCATCTTCCTTTTTATCTGCTTTCTATGTTAGGCATCTAAGTACAATTTCCTTTACAGATAGAGCTCTATAACTTTTACAGAGTTTGAAAACCACTAATCTAGAAGGAGTTTTGCAAATAAATAGGTATGCTTGTTTGAAATGCTGGTGGCCATCCATGCCTTTTGAAATGACCAGATACAGAATATTCAGGGCAGAGACCAGCTCAATATCTGGTACATGAAAATAGACCTCCACTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAACAGTGTCAGACTTTATTTTTCTGGGCTCCAAAATCACTACAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGCTTACTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAACCTAGATAGCATATTCAAAAGCAGAAACATTACTTTGCCAACAAAGGATCGTCTAGTCAAGGCCATGGTTTTTCCTGTGGTCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAGGCTGAGAGCCGAAGAATTGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGACATCAGCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGACTGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTGCTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGGCAGGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCGATGGACGTGAGTCTGAGTGAACTCCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGTGACTGATGTGATCTGATCTGATCTGATAGGTATCTTCATTATGCACAGATTGGCTTAAACTAAAGAGACTGGAAACTGAGTGAGTGGCAAGATTGAAACTCACTGTGGAAACCTTTGAGCTGCTTTGAGATGTGCGGTGTCTTTTGAGTCTAGATGTTCCCAAGGCCTTTTATTTCTCGGCTCTGTTTGTAATGGATGTGGTGGTTTAATGTAAATACCAAGGTGAAAACTAAGTAGTACCTGACAGATAATGGCCCTTTCTTTCTTCTGTCTTCATTTTTTAG
Seq C2 exon
TGCACTTACATTTCAATCAACCAAGTTCCCAGGACCCATGCCATTGTGATAAGCAGACCTGCATGGCTTTGGGGGGCAGAAATGGGAGCCAATGAACATGGAGTGTGCATAGCCAACGAAGCCATCAATGCCAGAGAACCAGCTGCTGAGACGGAAGCCTTACTGGGGATGGATCTGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016223:ENSBTAT00000021588:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.019 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(13.0=52.8)
A:
NA
C2:
PF0357710=Peptidase_C69=FE(27.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]