RnoINT0131853 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009636 | Scrn1
Description
secernin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1560999]
Coordinates
chr4:84706701-84722774:-
Coord C1 exon
chr4:84722615-84722774
Coord A exon
chr4:84706883-84722614
Coord C2 exon
chr4:84706701-84706882
Length
15732 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009636:ENSRNOT00000013088:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.038 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(7.5=28.3)
A:
NA
C2:
PF0357710=Peptidase_C69=FE(30.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]