HsaINT0146132 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000136193 | SCRN1
Description
secernin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:22192]
Coordinates
chr7:29955179-29969068:-
Coord C1 exon
chr7:29968909-29969068
Coord A exon
chr7:29955361-29968908
Coord C2 exon
chr7:29955179-29955360
Length
13548 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
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3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136193:ENST00000242059:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(15.7=64.2)
A:
NA
C2:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(23.3=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development