HsaINT0146132 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000136193 | SCRN1
Description
secernin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:22192]
Coordinates
chr7:29994795-30008684:-
Coord C1 exon
chr7:30008525-30008684
Coord A exon
chr7:29994977-30008524
Coord C2 exon
chr7:29994795-29994976
Length
13548 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
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3' ss Score
11.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000136193-SCRN1:NM_001145514:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.026 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(15.7=64.2)
A:
NA
C2:
PF0357710=Peptidase_C69=PU(23.3=80.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)