BtaINT0132575 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000031171 | SH3GLB1
Description
Bos taurus SH3-domain GRB2-like endophilin B1 (SH3GLB1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001077993]
Coordinates
chr3:57422246-57438080:-
Coord C1 exon
chr3:57437988-57438080
Coord A exon
chr3:57422336-57437987
Coord C2 exon
chr3:57422246-57422335
Length
15652 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
AAACTGTGTTACAATTTAAGTCT
3' ss Score
3.37
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAGAGGAAACTATTACAAAATAAGAGACTGGATTTGGATGCTGCAAAAACAAGACTAAAAAAAGCAAAAGCTGCGGAAACTAGAGCATCA
Seq A exon
GTAAGTACTGTTTTGTTTTTAAATAAAAAAACATTTTAGGTTAATAACTTTTAAGTCTTGTAGAAGATTTCACTTATATATTATGCAAGTTACAGTCTATCATTAAGACTAGAATAGGACTTTAGGATATTATTTTTGTATTTTTTAAACTTTTCAGGACTTTTCAGGACTTAATACATTAAATCAGTGACAATAATCATATTAAGAGATGTCAGTATTCTTACTTTAGCAATCCACTTATTGCTAAAAAAAAATAAAAATTATAAGAGCTTCTAAAAAGCTGTGTCATATTTTGCAGATAACCTCAATGGTAATGGAAAATAAGTCTTTTGGAGATAGATTTATTTGAAAGAGAAAAATAGATAGTAATTAAGATGAGAATGAGTCCAAGTTTGAGAATGCTTATGTGTACCTTAAAAATTAGATATGACTGCCTTTCCACATGTGATTCAAACTGACTAAAGGAATTGTCACCAAGAATAGTTCCAAAAACATTCAGACGGTGGCAGCATGGACTCCCAGGTGGCTGATTTGAAGGAGAGGAATCCCATTTAGATAAATAAGTTCCGGTATATTTTTTATAAAACCAACTTCTGAGTGGTCTTTTAGGATTGAATGGATATATGATAAATAAAGTAGTTCAGTGATTTTATATATATATGTGAAGATATATAAGTAGATATATATGTAAAACTTTCTTTAAAGATTTTATTTATAAAGCCTCTAATTTAATATAGCTTAAGTCTCTTCCAAAGTTCAGAGAGATTAATCAGACTTGAATTAGAGCACAGTATAAACAAGTTTGAATTTATTAGATGAAGCTAACAAGTTCATTCTTAACAAGCAAAGGGATATGTTTTGTTAAGAGACGTGACATTCCCACCGCCTTCTGTTCCCAACTCACTACCACTACTGTCATCAAGAGTCACTGCCTTAGGAGCATATTACCAAGGTGCTGGTGGAAGTCTGTTGTGGCTCTCTTATTTTGGAAAAGACTTGGTTTAGAGTGAAATTTAAAACTAGTGACTTGGTGTTGGAGAATGATGTCTTACAAGATTTACCCCAGCAGTTTGTATGAGCAGAATAAATTATTTTCTTCTAGACAGTTGCCCTTTACAGATTCTTGATTAGCTACTGCTGGAGAATTATCTTTGACAAGACATTGATTTCAAAATCACTGGCTAGTTCACCTCAGAATTACAGGACCTCATCATAAAGAATAGCCTAACTTCCCTGAACAAGCTTTTTGCAGATCAGAACTTTAAATACCAGAGATGGCAAGAGACTCTAAAATAGGATATTAATCTCTAAAGTTGCTAATAATAAACTTAGATAGTAAAATATGAATTGGTTTTTAAGATACTAATTTCATAATCAGAAAAACATTAAATAAGGATTTTTGGGAATTAAATGTTTGAACAGAATATCTTTTATTTGAAATGCCTTTATGTGCCTAGTGATGATGGAAAACTATTGTCAAATGTCAGCACAAAACTTTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCCTGGAAGGCTGCAGTCCATGGGGTAGCTGAGGGTCAGATACGCCTTAACAACTTCACTTTCACTTTTCACTCTCTTGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGCGTTCTTGCTTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATAGGGTCACACAGAGTTGGACACAACTGAAGTGACTTCAGTTCAGTTCAGTCGTTCAGTCATGTCCGACTCTTTGTGACTCCATGAATTGCAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCGCCATCTCCCGAAGTTCACTCAAACTCACGTCCATCGAGTTGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCGTCCCCTTTTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTTGATGTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAATACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGCACTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTCTTGCATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAAAATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTTTCTTCCAAGGAGTAAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTGGGAGCCCGAAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTTCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTCACTCTCCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTAGCTCTCTTCACTTTCTGCACAAGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGTATGATATTCTCCGGCATCTGATCCAGCTGTGCTCTCAGCCAGCGTTCTCATGATGTACTCTGCATAGAAGTAATAAGCAGGTGACATATACAGCTGACGTCTCTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTGCTTCCTGACTGCATATAGGTTCTCAAGAGGCAGGTCTGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATGGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCTATGATCCATCGGATGTTGGCAATTTGATCTCTGGTTCCTCTGCCTTTTCTAAAACCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCACGGTTCAAGTACTGCTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTACTAGCATGTGAGATGAGTGCAATTGTGCGGTAGTTTAAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTCTCCAAATTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTTTCACAGAATCATCTTCCAGGATTTGAAATAGCTCAACTGGACTTCCATCACCTCCACTAGCTTTGTTCGTAGTAATGCTTTCTAAGGCCCACTTGACTTCACATTCCAGAATGTCTGGCTGTAGGTGAGTGATCATACCATCGTGATTATCTTGGTCGTGAAGATCTTTTTTGTACAGTTCTTCTGTGTTTTCTTGCCACCTCTTCTTAATATCTTCTGCTTCTGTTAGGTCCATACCATTTCTGTCCTTTATCGAGCCCATCTTTGCATGAAATGTTCCCTCGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATCTCTAGTCTTTCCCATTCTGTTGTTTTCCTCTATTTCTTTGCATTGATTGCTGAGGAAGGCTTTCTTATCTCTTCTTGCTGTTCTTTGGAACTCTGCATTCAGATGCTTATATCTTTTCTTTTCTCCTTTGCTTTTCGCTTCTCTTTCACAGCTATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTCGGAGAATTTACATTTAAAAATAAGATTATACAAATGACTTTTTCAACAATTTCATTTGTACACAGCTTTTCTAGAATTTATATAATACATGAAACAAAATTTAACTGTAGCTAAATATTAAAAATATTAGTCTAGACAAAAATTCCTATTTCCTGATTTTAGTTGTATTCTTTCCCTCTAGATAACCAACTTGCTTTTCTTCAAACTTTATTAGCAGTAAGTCTGAAATACTTTGGAAAGGAAAAGTCCTCTTAGTTTGTTATCACATAAAGCCCTGAGGCATGCCTGTATTTTGTGATCTATTTTTTTCCTTTCACTGTATTTCTCTTCCCTTTACTTGAAGAATAGAGAAAAAAATGAAACCACTAGGAGTTTGTTTTGCCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTCCTTCTTTGACACATTTCATGCTTCCTAGTTGGTGGCTGGGGCAGTTACTCTAACCTCAGACTTTCTTTGATTTTACTTCCTTGTATAAATTTCCTCAGATTGTTTTGTGACCAGTTTCTTTGTAAGTAAGGTTTGAGACCTGTGAATATCAGCACTATTTAAAAAATTTGTTTCCCAGTTTCTTGTGACCTATTTTTAAATTCTAGATTTACTTAATGCTAATTTTGTGCAAGTTGCTTTGCTAAGAAGGAGTTAGTATATAAACGGTGCAAAATCTCTGCTGCCCTCAGTTTTACAATCTAGCATAGTAGATTGAATTTTTTGGTGATTTAGCCTTATCAGTAAAATATTTACACCTGTATTCAATATTGTGACCTTACTAACCTATTTTATTAGTTAATATGTTGAAGAATGGTAAAGCAATATCAAAGACATTTCTCAAAAATACACCAATGAGCAGAAAAGAGAAAACCTCCCTGAATATTTTACAGTGAAAACAAGTACAGCTTTGAAAATAGTATAAAGAGGAGCAAAAACAAATAACTTCTGCGTCTAAGTTATAAGGCACTGACATTACTAACCTAATCTTAGTCTGTATAAGCTTTTTAAAAAATCATTTTAGAGTATCGTTAATGGAAAGAAAAAAATCATCTGGTTTCAAAGCTCTCTGATATTGAGAGGTTTAGACGTCTGTCTGCTACTTTCGGGTATCCAAACATGATGGAAAATACATTATCACTAACATAATATAGCAAATATGTCCCTCTGTCCATCTAACCATTTCCACAGCAGTCTAGTTCCCTTCATTCGCTTAGTCGTGTCCAACTCTTTGCAACCCCATGGACCGCAG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Seq C2 exon
TCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATTTGATCGTCAGGCAGAGATTACCAGACTTCTGCTGGAGGGAATCAGCAGTACACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000031171:ENSBTAT00000044128:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.081 A=NA C2=0.183
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]