GgaINT0035640 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006284 | SH3GLB1
Description
Endophilin-B1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5ZIR1]
Coordinates
chr8:14876985-14883808:-
Coord C1 exon
chr8:14883716-14883808
Coord A exon
chr8:14877075-14883715
Coord C2 exon
chr8:14876985-14877074
Length
6641 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTAAGT
5' ss Score
9.07
3' ss Seq
ACATATATACTTGCTTCTAGTCT
3' ss Score
5.29
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAACGTAAACTATTACAAAATAAAAGACTGGATTTGGATGCTGCGAAAACCAGATTGAAGAAGGCAAAAGTTGCTGAAGCTCGAGCCGCA
Seq A exon
GTAAGTAGTGTTTTAAAATTGTCTGTAACTTTCAGACTTGTTATATATGTATGTATTTATAGGTCTGATCGCTTTATGTAGGGTTCCAGTCCTAGTTTCTTGCCATTGCTATTTTTTCTTGACTGGATACTTTAAAAGGAATATCAGTGGAACATGAGGAAATGGAAGTGAATTGCTGATCAGAGTGTTAGTCTTCTTGTATGTAGGTTTTCTATCCAGTTGAACTTAATTGATCCAAGTAAATGTTCTCCCGTTGTTGACTACTAGATGAGCCTGTAGTGCCCCAAATGACTTGCTACTGTTCAGCAGAACAGTTGTGACTACAAATCACATAAAAGTCTTGAGGAAACCTTAGAAACGCCTTTGTCAGGTAATAAAATGTAAAATAATAATAATAAAAAAAAAACCAAACAGAAACCCCACCACTTTAGCGGGTGGATTTTGAATCTTTGTCTCGAAGTATACTTACAGTTACTTTCAACTGATGTACCCACCTAGACTTAGTGTTACTGTATCAGTAGTTTGTAGTTTACTGCTTAGCATCACCAAACAGGACAGAGCTCTTAGACTCACACCTCTAAACCATTCTTATGCCCTTAATAAATCCTTGAACAAGGATGTAAACTAAAAAGCTGCTGTTGCTTTTTAAACCCTGAAGATAATTCTAAATGGAGTATTTTAAGTAACAAGAACTAGATAGTCAAACGTATGCAGTTTCAGCAGGGTGTTATTGTAAGATTTTTGCAGTCATCTGCACTCCTGAAAGTGCAACAGTTATTGAAATAAATGATGGGTAATAAAGTGATTGTTTCCCCTCTGCTACCCTGGGAGTTTCATGTTTAGTGTTGTAGAGGTTATGCACACAGATATTGAAGAAATACAGGCAGCTTCAGTACGTAGGGAGAATGTGCGTACTGTGCAAGATGAAGAGGCAGGAGCAGGATTCTCAAACTTCTGCTGCTGTTTCTGAATGGATCACTGTCTTCTGTGAGGCTGAGTTTGATAGATAAAGCACCTCATATTCTTGGGGTGGTGATCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAACAACAACAAAGAACAACATAAAAACTAAAACAAACAACCAGGGAAACAAAGAAACCGTTTACATCCCTGGCAGTTTTGCCTGTCTGTCAGTCTTCCCCCTCATGTCTGCTGTTCCTGTGTATTTAAACTGTTGATATATTTTTCAGGTCAATGCATGCATTTCTTCCTGTATCATGTTATTCTAATGCAAAAATAGTTACTTTTCTGCTTGTCACACTTTCTTAGTTTGTAACATTACCAGCAAAATGTGGAGCAGGTTGTTAATTTGTTGTGTTATGGCAGTAGGTATACACTATACTTCTAAAATATAAGCACCATGGAGAAACTTTTCTTGCAGGAATTGAGCTTAATATTAAAAGGTATTGAGTATTCTGTACTCAAGTTTGTTAGTTCATCTGTGGTATAATCATCCAGAGCTATGCTTGGATGAAGCTATTGACAGTTGCTACTGCTGCTACTACTTGACTGGTCTTAAATATCCCAATGGTGTGTAATTCAGTTCTACTTACAAGTTACTTTGTGGTGATAGAACATGAAACTCCAGGCTTCTTGCATCACTAGCTTGCCTACGCTTGAGCTTTAGTCATGTTTTAATAGCAGTAAGCATGTCTGAGAAGAATTGAATTCTAGGATTCCTAGAGGAGTGGACAAAAAATGCATCTCAATTTTTGTCCTACAGTATGGTAACAGAGACTAATATGGATGTAGTTGTTATGCAAATAGTTCACCTTCTGCTAACTCCCTCTGTTTATGAAGGAAGATGTCTGACAAACAGTGCTGAACTGATAATTCAGGAAAATGTATTGAATCAAATTTGTTTCACCACCTTATTTGACAGGATGGAGCAAGGTGATGAAATTAGGACCTACAGTTAAATGCTTTTTTTCCTGCTGTAACAGTATTTGAAATTATTTTCAACCAAACTAGCTTAGATCAGTATTTAAAAGACCTGGATAAAACTGTTTAGATTTCTATAATCAGTTCACAATCTTGCTTAGCTTAAACTTGTAGGATTTGTGCCAATAATCTGTTCACCTGCTGTATTCAATGTTGTAACTTGCTTTTGTCTTTTATCTATGCACTTAAGCAACTAAACACCTCTCAGCCTGAAGAGAATAACATTATGGTAAATGTCTCTTACGTGCTCAACTTGCTGCATGTAAAATGGCTGAAGGTTTGTTGGCCTCCTGTGTTCATTCATTTTCTATCAAATGGTTCCTCTTGCTGTCCTTTCAATTTGGCCTTGCTTCAGGTTTGATATTAAGAAACATTTCTTCTCCAAAGAGTATTGGAGCAGGCTGCACAGGGAAGTGGTGGTGTTGTCATCCCTGCAGGTGTTCAGAAAATGTGCAGATATGACACTGAGGGACATGTGTTAGCAGGCATGGTAGTGATGGCTTGATGGTTGAACTTGATGATCTCAGAGGTCTTTTCCAACCTTAATGATTTTATGTTTTCCATTCCAAAATGGATGTATATCTGACATTGCATATGAAAAGTGTACTTGTATGGGAACTGTTGAATCATGGCCTGAGCCACTGATCGATCACCTGAGGCAAGCACTGAGTCAGCCGTGGGAGCACAGGTGAAGGCAATTCACCTGTGTGACTGGAAGGGGTGGAGCCTGGCTCCTCCTCTCCTAGACCCCGTTGAAGGGCTGACTGCCACTGAGGAAGGATCTCTTTCTGGAGATCACTTCCTTTTGGAGTTTTTCTGCGAGCCTAGGACATGAGCAGGTGTTTTCATTTATTTTCAGTTATCCCTTTGTACCATTATAATCTTTCTAGCTATACAATCTGTAAAATACCAACCTAACCACACCACTCTGTATATTTGTTGATTGTACAGTACTCAATATAGTGACAGCAGTACAGCATCAGGTGGTGTTTTCCTCAGAATACTTCTGATTATCTGGAAGTATACAGTATTAAATTCATGCTCATGCAAATTCATTGTAAATTTAGCCTGCAAAGGGATTCAGTTTTTATTCCTTGTCAAAGTTTATCCATTGAAGGGAAAGGAATTATTGTTTTCCTATTGTTTTTATATGGATAGGAGTAAGTAATGTGAAACAGCTAGAAACATGTGGAAACTATTTGTTTTCTTCAAGATATGTTTTACAATAGCTGAAATGGAATAAAATGACAAATAAAGGGCTTAACTCAAAATATGGTTTATCCCAAACTTGTAGGGGCTCATCAGTACAGCTGTTCTAGCACCATTGTGCTAAATGGAATAGGCATAATTGGGCATATGCTCTGCTGGGTCAAACACGGGCTGGAGTGGTCGTCAATGGAGTTAAACCCAGTTGGCAGCCAGTCACGAGTGGTGTCCCCCAGGGCTCAGTACTGGGGCCACTCCTGTTCAGTATCTTTACCGATGATCTTGATGAAGGGATTGAGTACACCCTCAGTAAGTTTGCAGATGACACCAAGTTGGGAGGGAGTGTTGATCTGCCAGAGGGTAGAAAGGCACTGCAGAGGGACCTGCATAGATTGGATCAATGGGCCAAAGTAAACTGTTTGAGTGTCAGTAGGGCCAAATGTCAGATCCTGTGTTTTGGTCACAACAACCCCAGGTTGGGGAGGAGTGGCTGGAAGGCTGCCTTGCAGAAAGGAACTTTGGCATACGGATGGACAGTCGGCTGAATATGATCCAGCAGTGTGCCCAGGTGGCCAAAAAGACCAGTGGCATCCTGGCTTGGATCAGGAGTGGTGTGGTGCGCAGGACTAGGGAAGTCATCCTGCGCCTGTACTCGGCACTGGTGAGGCCTCACCTCAAGTACTGTGTTCAGTTTTGGGTAGCTCAATACAGAAAGAACACTGAGATCCAAAGAAGGGCAACAAGGCTTGTGAAGGCTTGGAGAATATGCCCTACAAGGAGTGACTGAAGGAACTAAGGCTGTTTAGTCTGGGGAAGAGGAGGCTGAGGGGAGACCTTATTACTCTCTTGAAATACCTGAAAAGCGGTTGCGGTGAGGGGCGGGGCTGGTCTCTTCTCACTGGTGACAGGTGACAGGACGAGGGCAAATGGCCTGAAGTTACATCAGGGGAGGTCTAGGTTGGTTATCAGGAAAACCTTCTTTACAGGAAGGGTTGTTAAGTACTGGAATAGGATTCCACGGGAGGTGGTTGAGTCACCATCCCTGAATGTTTAAAAACTGTTTGGATGTGGTGCTTGGGGAGATGAGTTAGCAGAGGGTTATTAGAGTTAGGGGTAGCGTTGTGAGGTGGCAGTTGGACTTGATCTTTAAGGTCTTTTCCAACCTGAGCAATTCTATGATTCTGTGACATAAACCATGCTGTTTGGGTTGTCATGATTTTGATATGGGTCTGCACAGCATAGTGGGTCTCATTGCATTAGGTATGTATGTTTCTCAGTTGTGGTCAGATAAAAGGGTGAAGAAGTTTGTTTCAGCCAGCTTCTGTGACCTTTATGCACTCTTCTTCCTACCAAAGTCCTGATTGTGTCATCTTCTTTCAAGTGTGGAAATATGAAGGTTAAAGGAGAATTGCATTGCAAGAGAAAACTGAGACAGCAAGCTGAAGTAATTAAGTTCTAGACTAAATTCCCTCTGGTTCTCTGACTTTGCTGTGCTATGTGCTGCTACTTGAATTCTCAATTTGAGAGTAATTTAATTTCAATGAAAATTCTTGTGAAATAAAAAAGTAATAATGGACATAGCAAGAGAAATCATGAATTTGTCTGTTTCAGTCTTTAATGTGTTGTTTAAAATGAGAATAGCTTTCCATAGCTTCCAGTGTTCTAACACATGAACATAACCTAACTTCATCCATTAAGTAACTTAGTTTGATTCATATCACTTCCTAATCTTAAATCTTAGATTGTAGTAATATCTTACAATAATCTATTTTAAGCAAGACAGTTGTACATATCATTCTTTCCCGTGTATGAACTTAAGAATTTATTTCAG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Seq C2 exon
TCTGAACAGGAAGTACGAATTACTCAAAGTGAATTTGACCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTCCTGGAAGGTATCAGCAGCACACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006284:ENSGALT00000007186:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.111
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]