RnoINT0134712 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000012957 | Sh3glb1
Description
SH3 domain -containing GRB2-like endophilin B1 [Source:RGD Symbol;Acc:1304859]
Coordinates
chr2:250722610-250730190:-
Coord C1 exon
chr2:250730098-250730190
Coord A exon
chr2:250722700-250730097
Coord C2 exon
chr2:250722610-250722699
Length
7398 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
ACAGTATGTTCAAATTTCAGTCT
3' ss Score
4.54
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAAAGGAAGCTATTACAGAATAAGAGACTGGATTTGGATGCTGCAAAAACAAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAGAAACTAAAAGTTCA
Seq A exon
GTAAGTAGTGTCCATTTATTTGTATCTAATAGACTTATTTCAGCTTAGTAACATCAAAGACTGTGAAGTATTTTACTAATGCACCATGTAAAATACAGATTACAGAGTCTGCAAGCAGGCCATATTTCTATTATAAAGCGGATTGGTCAGAACTAAATACATCCCAGCCAATTCAAAATAACCATTACCAAGAGGCCTTAATCACCAATGTGGAGGTGCCGCGTCCTTAGTCTTAGTGCGCACGGCCGATATGCTTTAAAAGGAGATAGATACAGTGGGACGGGAAAGGATTTTAATTAAGGTAAAATGAATCAAGTGTGAAAATATTTGCCTATGACTTAAAAAGTAAATGAGTCTTCTTTCCATGTCAAACTCAAAGGAATGGTCAAGAAGAATAGTTCCCAAAAGGGTCAGTAGTGTAAGCGTGGCCTCCCAGGAGGCTCCTCTGAAAAGGAAGAAACCCATATGGAGAAATAAGCTTGGGTATATTTTTCAGAAAACCAGCCTTTAAAATAGTTTTTTTTTAATAGTCTGCATATTAAATATGATAGTCCAGTGCTTTTAAGTATAACTTTTATTGATAAGCTGTCTATAATTTTATTACATACAGTATTTAAACCAGAATGTAACAATTTGAAAAATAGTATAATATAAACAAATATTTTAGTTTGAGCATAGGGATGGATGCGTGTTGTTAAGAGGCATGTTGTCAGGACTCGCCACCACAGCCAGTCAGTGCTTAGTAAGCCCACAGCCACGGTTCCAGGGATGTCCTGTGTAGTTTCCTTTGGAGAAAGGAAGGTTGTAATTTACTGTATCGTGAAATTTATACTTTGTATTAGTGAGTGCTAGGAAGGGCTAGCTCTGAGAAGACAGTAATTCACTTTCATTTTCACTTCTCAGTTTATCATAGTGTCATCACCACAGTGTAATTTCCATTAACAAACCAATTTTAACAAATTAAAATTTTATAAATGAATGCAGTAGATGCCAAGAGACCCTACATAAATTTATTAGTTTCTGGCTGTTATGTAAGTTAGTGTAGGTTGACTTTTAAGATTCTAACTTTATAATTAGGATAATCTTAACAAGGATCATTATTCCCTCAATAAGGGGAAAATAAATACCTGGAGTAGAAAAGAAAGTGTGACGATTGTGGGATAAGAGTAAATAGAGTTGCCAGGTTCCAACTGAAACATTTGTTAACCAAGCATGAGGATGGTCTGCTTGTAACCTAGGGAAGTGCCAGGCAGCCCAGACGTGGTGGTCAGATGCTAAGGTCCTGTAGCACTGCTCTTAGGAGAGGAACTAAGTGTAATCGACACCTTCTGAAAAATAAGACATAGTTCTGGAAAGTCGTTGGCAGTTATCACAGCCATGAAAATATATGTTCAAAATTAAAAGATGATACAGGTGGTAATAGCCCAGCAATTTGATTTAAGGTTTCTAGAATTACTGCATTACATAAACAAAATTTATCTGTAGCCAAATAATGAAAATATTAGTTCAAACAAAAATTCCGTTTTTATTTTTCTTCCGTACTTGACTCATTCTTCTTCAGACATTGCCATAAATTTGAATCCCATTAGGTAGGAAAAGTCCTCTTACTTGATTACTGCTTGTCGTCTTGAGGCATGCGGAATCTAGTAAGATGTGTTCTGTCCCCTGTCCTTCAAGTAAATGAAAACGAGGAACCACTGGGACTTTAGATTCCCCCCTCCCCCACCGCCCCGCACCTCTCTGCCCTGCTATATTTCTTGGTTTTTAGCTGGCAAGTAAAGAGGGTCTTTTTAGCTTAGATATTGTTTAATTTCACTGCTTTTTTGGATTTTGGTTTGTTTGGTTTTTTTTTAACATGGGTTACTTTGTGACTACCCACTGTTGGATGAGGGAGGTCGGGGAGGGAGGCTCAGCACTGCTTTCTAAAATATTTCATTTACTGTTCTCCTGTTCTTGTTCTTTAAATTCTGTTTGTATTGAATGCTAATTTTGTTAAATGTATTCTACTTTCATTAATACTGTAAAATTCCTGCAACATTCAATTCACAAATTAGTAGATTAGACTTAGCCATATCAGTAAAAAACAAAACAAAAAGCCAAATGAAATCCACCTGTCTCCAGCTTTCCAGCATGAGTAACTTCTCTCTACTAGTTTGTGGGTTGAAAAGTGGTAAAAGGGTATCAGAAGCATCTCTCAAAAAATGTGCCAGCACAGCAAGACTAAAAGCGTTTCACAGTGAATATGAAAAGTGTTGCTACAGTAAGACTTCCACTGAGACCGTGGCTCAGCCACAGATTCCGTTCCCATCACCACTAAATAAAGAAAAGCAGACATAGGTAGGCCTGTAATCCCAGCCCTTGAGAGCCCCTCAGCTGCCTTCTGATGTTGAGGCCAGTGTGGAGTGAGTGAGAAACTTTCAAAACAAAACAAAAACATCAGTAAACGTTCATGTCAGAGAATCGAGGAGAAAATTGAATTAGTGCATTTAAATTATAAGACACCCATATTTGGTGACTTAATCATAATATTAGCTTTTTAAAAAGTCTTTTGTTTAATTGGGAGAGAAATTGGTTTTAGTGTTTTTTAGCATGTAAAGGACTCTATGAGGAAGTGTCCCTTCAGATAATTCCATAGCATGGATTGTGTCTGTGACCTAAGTATTCCCTCAGCAGTCTTAACCTTTGCCCATAACCGCAGGAGGTCATGCCCGTCATAACCTTAACCTCACCTGCGCACGTTTGCAGTTACAGCGTCTAGAAATACAGGGATTGCTTATTATGTATAAATAAGCAAGGTCTGGCTGAGAACATGGTTGCAAATGCCAAAAGTTCACAGAATAGAAATGAGCTTTAAAAACGAAATGTGGTGGTATGAAATAGGCTTTCATAGATGAAAATGTAATGGTGTTAATTTGTAATTTTTAAAGAGTATATTTCCCATAAATGAGTGATTTGAAATCAATGGCTTTTGCCTTGAAAATTGTGTGTGTCTGGGTAGGCACTATTACATGACCTGTGCAGGAAACAGTATGGTTTGTTTCTTTTTAAGTAAAAGAGCTTTACTGCCTGTTCAGCCTGTGTTTTATTGTGCAGAAGTAACTCTTTCAGTGTGTTCCTGGGTATAATGTGTTCTTTGTCTCTCACCTATGCACTTAAGCAACTAAACTCGGCCCGCCCTGAAGGAGATAACATTATGGTAAATTTCTCTTACATGCTCAACTTCCTGCATGTAAAATGGCTGAAGGTTTGTTGGCCTACTGTGTTTTCTACATCTTACATAAAATGCCTTCTCTTGCTATTAGCTGCGTATCTAAGTAGCTGGTGTTAGCACTGATTATGTCCAAGCAAAAATGCCAGTTGGAAGAACAGCTAGCACATTACAACAGCCAGATGTGTGGGCCGTGCCAAACAGAGGCGTTACCATGGGTAATGCACCTTTTCATCTAGTAAAAGATGTTCATTTAGTGTTAGTTTAGGCTGAAATTTCATAGTTACTTTTAGTGATGAAAATTAGTAAGATTTACCTTACTTAGAAAAACGCGAAAATAGACAAATTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTCTTTTGGGTTTTCAGTTTTGCTTAGTAACTTCATTATTTACTGTATTACTGTTGAAATTCAACATAGAATTGTTATTTCTGCCATTCCTGGGTGACACAGATCCCAGTGGCCAGGCCTGTTCCATACCCAGTGCTAACTCACTTAAAATTTCAGCATGGGGATAGCCTGGAGTGAGATAATGAAATTGTTTACAATAGTTAATGTTCATACAAATTGAGCTCAAATTGAAGACACTTTTGAGATTTTGTTTGCTTTAATGAAGTAAAATTGTGAATATAGACACAGTTCATTCATGTTAGCTTATAGCAATTGATAGTCCTTGGGCTGGATACATGTCTCAGTCAGTTCAGTGCTGGCCTGCAAGCATGAGGAGCTGAGGTTGGATTCCCCAGCACCCACATAAAAGCCAGGTATTGCAGTACCCGTCAGTAACCCCAACCCTGAAGGCAGGGGTGGAGGTCCCTGGGGCTGATGCTCCAGCTTCAGTGACAGACCAGAGAATCAGGCAAAAAGCATCAAGGAAGGCACATGTAGTCAACCTCTACCTGCTACATCTCTGTACCAACACGCACGCACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGCACACACGCATGCACAAATGAGTGCATATAATACACACAAAAACATTTTTGAAATTATATTCTAAATAAATCACTTCCATTAAAAGTGGCAAGAAAGCAACAGTATACTTAATAATTAATGGATCGTTGTTGATTACTTTTATTCTTTTAGCATTGAGCTGAAAGCAGGGAAAAAACCTGATGTTTTGGTATTAACTATTGTTTGAACCTATTGATTTTTTTGGAGCCCTAACAAAATTGTACCTTTCCTTAGATAGCAAGAGAATGCACTTATTTATTCCCATTGTCTTGTCTGTAGGTAATTGAGAAGGCTGAGACTATTTCAGTCATTTTTAATTTATGAAAATCATAGTTTCCTTTTGTCCGTGGTAAAAAAACCTAAACAATTAGGAAGACTGTGCTTGATTTATTAAAAGCATTCGTTTTATAGCTGTTTATCATCTATCTACAATGATATTTAACAAACTGGAAATCTTAGATGATTATATTTCAAAGGGATTGTTTCTCCCAAAAAATATTTGTATCAGTAGCATTCAGGGTCCATATATCTTTGATGTATTTTTTATTTTCTAAAATTTTAGAATTTATACCTCAAAGAGAAGTCAGAAATCATATAGTTCAGACCTTTCATTTCACATGAGAGACTGGGTTCTCTATGATAGGGCGGACTCCTCAATCTGAGGAGGTGGCCATTCTCCTTTGTAGAGTTATATGATGTTTACACTGGTAGTGTTGATATACGTAAACGGCAGACTTTATAATATATCCGCTACACCGATTTAGATTACTACTGTGTTAAG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Seq C2 exon
TCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATTTGATCGTCAGGCAGAGATTACCCGTCTTCTGCTGGAAGGAATCAGCAGTACACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000012957:ENSRNOT00000017770:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.155 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100),PF146121=Ino80_Iec3=FE(21.4=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.4=100),PF146121=Ino80_Iec3=FE(20.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]