HsaINT0149361 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000097033 | SH3GLB1
Description
SH3 domain containing GRB2 like endophilin B1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10833]
Coordinates
chr1:86724313-86734691:+
Coord C1 exon
chr1:86724313-86724405
Coord A exon
chr1:86724406-86734601
Coord C2 exon
chr1:86734602-86734691
Length
10196 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
AAACTATATTCTTACTTAAGTCT
3' ss Score
0.78
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAAAGGAAACTATTGCAAAATAAGAGACTGGATTTGGATGCTGCAAAAACGAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAGAAACTAGAAATTCA
Seq A exon
GTAAGTAAATAGAAAAATATTTTTGATTAATAACTTTAAGATTTGTAAAATATTTTGCTAATAAACCATGAAAGATACAGACTATTAACTTTAGAGTCTTGTTTTTGTGCTTTCTAAACAAATTTATCAGAACTTAATACATCCAAATCACTGCAAAGTAGTCATATCAAAAAGGTGATATTCATGGCCAGGCACAGTGGCGCATGCCTGCTATCCCAGCACTTTAGGAGGCTGAGGCAGGCAGATGGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCACAGCCCCGTCTCTCTACAGAAAGTACAAAAATGAACGGGCATGGTGGCACCCACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGATGGGAGAATCTCTTGAGTGTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGTTTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCCAGACCCTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATAAAATATATAATATATATGTGTGTGTATATATATAAAATATATAATACATATGTGTATATATATAAAATATATATATGTGTGTATATACACACACACACGTGATATTTAGCTATATAGCTGCTGCTAAAAAACAAAAATTATGGTAGCTCCTAATGTGTCATTTTTTTTAAATATCGTCAGTGGTCGCAAATATTTTTGGAGATAGATTTATTATAATTGGAAATAGCAGAAAAGATAGTAATTAAGATGAGACTCAAGTTTGAGAATACTTGTGTGTGACTTAAAAATTAGATCAGTTCCCTTTCCACACACTGCTCAAACTAACTAAAAGAATGTTCACCAAGAATAGTTCCAAAACCATTCAAACCAACAGTGGCAGTATGGACTTTCAGGCAACGATGTTGAATGCGAGGAAACTCATTTGGATAAATAAATTCTAGTATATATTCCAGAAAACCTCAGAATATTGAGTAGGTATATATTAAATATAATTAAATTTTTCTTTAAAGATTTATTTATAAGCTTTTTAGTTAATCCAAGTTATACTGTCTATATTATTCCAGAATTTGAAAATATCAGATTTGAATTGGAATAACTTTAAAATAGTATAAAATAAACCAAGTATGAATTTGTTAGAAGAAGCTAACAAGTTAATACTTAATTTGAGCTATGGTATGATAGTACCCCTGCCTTCTGTTTCCAAGTCACTACCACTGCCAACATCAAGAATCATTGCGTTAATGAGCATATTACCACAGTGCTGGTACTGTCTTATAGTTCTCTTGTTTGGGAGATAAAAAGGTTGAAAATTGGTTTAGAGTGAAATTTAAAACTGATTAACTTGGTATTGGATAGTAATGTCTTACGAGACTACCCTAATACCTTGTATGAGCAGAATAAGTTATTTTTGTCTATGGTTTTTTTCTTTTTTGGAGATACTGTATTAGTTACTGCTAGAGAAGAGCTATCTTTGATAAGACATTAATTCCAAATTTACTGGCATTTTCACTTCACAGTTTATCATTACATCATTATCACAAACAACAAAACTTCCCTAAACAGACTATCTGCAGCATCAGAACTTTGAAAATGAACACTATAGATAGCAGGAGACCTTGAATTCTTTTATTAGTTTCTAGTTGCTAATAATTAATTTGAAAAGTAAATTATAAACTAGTTTTTAAAGATAGAAATTTCATACTCAGGAAAAAAGGATCATTTGGAAATAGATATTTTAACTGGGACAGAATGTCTTTATTCAAGATGCCTATATGTGCCCAGTGATAATTGTGGAATAAAAATACTGTTACCAAGTTTCAGTACAAAACTTTGTTTAAAAAGCACTATTACAGGAATGACCGTCTGCTTTTCTACCTGGAAAAGTTCCAGAAAGCACACACATATAGATTTAACAGTGTACAAAGTCCTTTAATATTTCTAAATTATTTTACCACTGCTATTAAAATATATAGAACCTAAATATAATAGTAGACCAATTTTGAGAGATGTTTCCTTTTTGAGATATCTAGAAAAGATCTTGGCAATTTTTCTCTGCTGCGTATTTTTGAGGATAAAGGTTTTTTTTCTATGGGAATTTATGTTTAAAGTAAAAGATGATACAAATGATTTTATTCAGTTCAGCAATTTTATTTATACACAGCTATTCTAGAACTTACGTATTACATACAGCAAAATTTAACTATAGCCAAATACTATTTTTTTAGTCTAGACAGGAAGTTCGATTTCCTGATTTTAATTGTATTTTTCCCCTAGATAACCAACACATTTTTCTTCAAACTTTATAGCAGTTAAGTCTGAAATACTTTGGGAAGAAAAAGTTCTCTTAGTTTATTATTACATAAAGCCTGGAGGTATTCCTGTATTTGGTGATCCTTTTTTTCCCCCCTGTATTTCTTTGCATTTACTTGAAGAATCACTAGGAGTTTGCTTTTTTTTTCCTTTCTTTGATACATTTCCTGGTTCCTAGTTGGCAACTGAAGTGGTTAATCTGACCTTAGAATTACTTTGACTTCACGTCTTTATAAATTTCCATGGATTGTTTTGCAACTAGTTACTCTGCTAGTAAGGTTTGGGATCTATCCATATTGACACTTTTTAAGTAATTTACTTACTAGTTTCTTGTGACTCTTTTTAAGTTCTGTGTTTACTAAATGCTAATTTTGTGCAAGGTACTGTACTGAGGAGTTCATAGATAAATGATGTAAAATCTCTGCCGCCCTCAGTTCACAATCTGGTACAACAGATCATACTTTTTGATGATTTAGCCCTATCAGTAAAGAATTTCTGCTTGTATCTAATATTGCTGTTTTATCAGTTAGCATATTGAAGAATGGTAAAGCAACATCAAAGGCATTTCTCAAAAATATACCAATTAAGCAGAAAGAAAGCCCACTTTAATGTTTCACAATGAACAAAAATACAGTTTTGAAAAATAGATTGTGTATATGATAAAATATACCAGAGAAGCAAGAACAAAAATAATTACAGGTTGAATATCCCAAATCCAAAAACCTGAAATCTGAAATGCTTTAAAATATGAAGTTCTTTGAGTGCCTTTATGACGCTCAAAAGAAATGCTTATTGGAGCTTTTCACTTTAGGGTTCCTTAGCCAGTAAGTATAATGCAAATATTCCAAAACCAGAAATCTGAAACACTTCTGGTCCCAGGCATTTTGCCTAAGGGATACAAAACTGTAATGCATTTCAATTATAAGGCACCTACATTTACGAATCCAATTTTAGTCTAAATCTAAACTTAAAAATTATTTTACAGTTTTAGTAATGTTAAAGATAAAAATCAGCTGATTTCAAAGCTCTGCAGTATTTAGTGGTTTAGACCTCTGTTAATTTTGGGACATCCAAATTTGATGGAAAATATTTCTTTAACATCATATAGCAAACTTAAGCATTTCCACAGCAGTGTAAATCTTTAATCTGTAAACTCAATAAATTTAGAGCACCATCAGTATAGCCTTTAAGAACACATGTTTGAATTTAAGGTTTACTAGAAATGTAAGGATTGACATGCCTTTAAGACTTCAGAGTATGCCAAGACCTGGCTGAGGCTGATTGAAAGAGAATGTGGTTGAAGGCATCATAAATTCATAAAATAGAAATGATCTTTGAATAGGAAAATTTGGGGTTAGGTAGGACTTTCTTAGTGAAAATTTAATAAAAATTGTAGGTAACTGGCAGTTTTAAAAATGATACATTTTCCCTAAATGATTCTCATTTAAAGTCAAGCATCAACATATTTTGTTTTGAAAATTTGAATTTTGGGGAAAAAAATGAATAGGCACCACTATATGCAGTTTCACAGAACAATAAATGTAGTGGGGGTTTTTTAATAGAAAAAAATATTTGATTGGCTCTTTTACTTGTTTAATGTGTTATTTATTGTGAAGAAGTAATTTGTTTCACTGTGTTCATTGGTATAATGTGTTCTTTGTCTCTTACTATGCACTTAAGCAACTAAACTCAGCTCGCCTTGAAGGAGATAACATTATGGTAAATTTCTCTTACATGCTCAACTTCCTGCATGTAAAATGGCTGAAGGTTTGTTGGCCTACTGTGTTTTCTACATCTTGAATAAAGTGCCTTCTCTTGCTATTAGCCGCTTGTAAAATTTTGAAATAATTGGAACCATGTATTCATTTATCTTTAACAACAAAAATATAAGGAAAAAATACTAGCTGAAGTAATACTGGAACTTTAAAAGAAATTGTATGTTCTGATTGCCAAATATAGTGTTTATGCCAAATACAGATTTTAGAATATGAATTTATACATAAATATATAGTGCCTTTTTGCACTGACTAAAAGGTGCTAATTTAAGCTGGCATTTATATTTTCACTTTTGGCAAAGAAAATTAACAAAATATACTTAAAGAAAGGTGTAAGGTAAACACATTGCCTTTGCTGCTCAGTAGCTTCAAGATTTACCTTATTTTCACCCAAACTCAACATAGAATTAATTTTTTCTGCCATTTCAGGCCAAGACAGACCCCATTAGGTTAGGTACTCCTGTAATGGCCAGGCTTATTTTCCACCCAGTGCTAACTCACTTAAGAAAGTTTTGGTGGAATGGTGATAGCCTTGGGAAAGAATAGAGAATGCAGATTGTTTTATGGTATCCAATGTATATGTTGAGCTTAGTTTGAGAAAATTTTTGAGCTATTAGAAGTTTTTTATTTTAGTAAAATAGAAAGTTGTAAAATCTGAACATAGCCAACAATTTGTGCACATTAACCAATAAAAAGTATATAGTGTGTTTTATTTTATTTCTAGATATATTACTTCATTAGAAGTGTCAAGGGATCTGCAGTACAGCTAATACATTGGCAATTAATTGGCTGCTTTCATTCACTAGCATTAAACCAAAAGCAGGAAAGTAATAGGAAAGATTATTGTACAGAATATATAAAATGCATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTAAATGGTAATTACTGAAGCCC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Seq C2 exon
TCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATTTGATCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTGCTAGAGGGAATCAGCAGTACACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000097033:ENST00000370558:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.194 A=NA C2=0.192
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
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