HsaINT0149361 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000097033 | SH3GLB1
Description
SH3-domain GRB2-like endophilin B1 [Source:HGNC Symbol;Acc:10833]
Coordinates
chr1:87189996-87200374:+
Coord C1 exon
chr1:87189996-87190088
Coord A exon
chr1:87190089-87200284
Coord C2 exon
chr1:87200285-87200374
Length
10196 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
AAACTATATTCTTACTTAAGTCT
3' ss Score
0.78
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAAAGGAAACTATTGCAAAATAAGAGACTGGATTTGGATGCTGCAAAAACGAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAGAAACTAGAAATTCA
Seq A exon
GTAAGTAAATAGAAAAATATTTTTGATTAATAACTTTAAGATTTGTAAAATATTTTGCTAATAAACCATGAAAGATACAGACTATTAACTTTAGAGTCTTGTTTTTGTGCTTTCTAAACAAATTTATCAGAACTTAATACATCCAAATCACTGCAAAGTAGTCATATCAAAAAGGTGATATTCATGGCCAGGCACAGTGGCGCATGCCTGCTATCCCAGCACTTTAGGAGGCTGAGGCAGGCAGATGGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCACAGCCCCGTCTCTCTACAGAAAGTACAAAAATGAACGGGCATGGTGGCACCCACCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGATGGGAGAATCTCTTGAGTGTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGTTTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCCAGACCCTGTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATAAAATATATAATATATATGTGTGTGTATATATATAAAATATATAATACATATGTGTATATATATAAAATATATATATGTGTGTATATACACACACACACGTGATATTTAGCTATATAGCTGCTGCTAAAAAACAAAAATTATGGTAGCTCCTAATGTGTCATTTTTTTTAAATATCGTCAGTGGTCGCAAATATTTTTGGAGATAGATTTATTATAATTGGAAATAGCAGAAAAGATAGTAATTAAGATGAGACTCAAGTTTGAGAATACTTGTGTGTGACTTAAAAATTAGATCAGTTCCCTTTCCACACACTGCTCAAACTAACTAAAAGAATGTTCACCAAGAATAGTTCCAAAACCATTCAAACCAACAGTGGCAGTATGGACTTTCAGGCAACGATGTTGAATGCGAGGAAACTCATTTGGATAAATAAATTCTAGTATATATTCCAGAAAACCTCAGAATATTGAGTAGGTATATATTAAATATAATTAAATTTTTCTTTAAAGATTTATTTATAAGCTTTTTAGTTAATCCAAGTTATACTGTCTATATTATTCCAGAATTTGAAAATATCAGATTTGAATTGGAATAACTTTAAAATAGTATAAAATAAACCAAGTATGAATTTGTTAGAAGAAGCTAACAAGTTAATACTTAATTTGAGCTATGGTATGATAGTACCCCTGCCTTCTGTTTCCAAGTCACTACCACTGCCAACATCAAGAATCATTGCGTTAATGAGCATATTACCACAGTGCTGGTACTGTCTTATAGTTCTCTTGTTTGGGAGATAAAAAGGTTGAAAATTGGTTTAGAGTGAAATTTAAAACTGATTAACTTGGTATTGGATAGTAATGTCTTACGAGACTACCCTAATACCTTGTATGAGCAGAATAAGTTATTTTTGTCTATGGTTTTTTTCTTTTTTGGAGATACTGTATTAGTTACTGCTAGAGAAGAGCTATCTTTGATAAGACATTAATTCCAAATTTACTGGCATTTTCACTTCACAGTTTATCATTACATCATTATCACAAACAACAAAACTTCCCTAAACAGACTATCTGCAGCATCAGAACTTTGAAAATGAACACTATAGATAGCAGGAGACCTTGAATTCTTTTATTAGTTTCTAGTTGCTAATAATTAATTTGAAAAGTAAATTATAAACTAGTTTTTAAAGATAGAAATTTCATACTCAGGAAAAAAGGATCATTTGGAAATAGATATTTTAACTGGGACAGAATGTCTTTATTCAAGATGCCTATATGTGCCCAGTGATAATTGTGGAATAAAAATACTGTTACCAAGTTTCAGTACAAAACTTTGTTTAAAAAGCACTATTACAGGAATGACCGTCTGCTTTTCTACCTGGAAAAGTTCCAGAAAGCACACACATATAGATTTAACAGTGTACAAAGTCCTTTAATATTTCTAAATTATTTTACCACTGCTATTAAAATATATAGAACCTAAATATAATAGTAGACCAATTTTGAGAGATGTTTCCTTTTTGAGATATCTAGAAAAGATCTTGGCAATTTTTCTCTGCTGCGTATTTTTGAGGATAAAGGTTTTTTTTCTATGGGAATTTATGTTTAAAGTAAAAGATGATACAAATGATTTTATTCAGTTCAGCAATTTTATTTATACACAGCTATTCTAGAACTTACGTATTACATACAGCAAAATTTAACTATAGCCAAATACTATTTTTTTAGTCTAGACAGGAAGTTCGATTTCCTGATTTTAATTGTATTTTTCCCCTAGATAACCAACACATTTTTCTTCAAACTTTATAGCAGTTAAGTCTGAAATACTTTGGGAAGAAAAAGTTCTCTTAGTTTATTATTACATAAAGCCTGGAGGTATTCCTGTATTTGGTGATCCTTTTTTTCCCCCCTGTATTTCTTTGCATTTACTTGAAGAATCACTAGGAGTTTGCTTTTTTTTTCCTTTCTTTGATACATTTCCTGGTTCCTAGTTGGCAACTGAAGTGGTTAATCTGACCTTAGAATTACTTTGACTTCACGTCTTTATAAATTTCCATGGATTGTTTTGCAACTAGTTACTCTGCTAGTAAGGTTTGGGATCTATCCATATTGACACTTTTTAAGTAATTTACTTACTAGTTTCTTGTGACTCTTTTTAAGTTCTGTGTTTACTAAATGCTAATTTTGTGCAAGGTACTGTACTGAGGAGTTCATAGATAAATGATGTAAAATCTCTGCCGCCCTCAGTTCACAATCTGGTACAACAGATCATACTTTTTGATGATTTAGCCCTATCAGTAAAGAATTTCTGCTTGTATCTAATATTGCTGTTTTATCAGTTAGCATATTGAAGAATGGTAAAGCAACATCAAAGGCATTTCTCAAAAATATACCAATTAAGCAGAAAGAAAGCCCACTTTAATGTTTCACAATGAACAAAAATACAGTTTTGAAAAATAGATTGTGTATATGATAAAATATACCAGAGAAGCAAGAACAAAAATAATTACAGGTTGAATATCCCAAATCCAAAAACCTGAAATCTGAAATGCTTTAAAATATGAAGTTCTTTGAGTGCCTTTATGACGCTCAAAAGAAATGCTTATTGGAGCTTTTCACTTTAGGGTTCCTTAGCCAGTAAGTATAATGCAAATATTCCAAAACCAGAAATCTGAAACACTTCTGGTCCCAGGCATTTTGCCTAAGGGATACAAAACTGTAATGCATTTCAATTATAAGGCACCTACATTTACGAATCCAATTTTAGTCTAAATCTAAACTTAAAAATTATTTTACAGTTTTAGTAATGTTAAAGATAAAAATCAGCTGATTTCAAAGCTCTGCAGTATTTAGTGGTTTAGACCTCTGTTAATTTTGGGACATCCAAATTTGATGGAAAATATTTCTTTAACATCATATAGCAAACTTAAGCATTTCCACAGCAGTGTAAATCTTTAATCTGTAAACTCAATAAATTTAGAGCACCATCAGTATAGCCTTTAAGAACACATGTTTGAATTTAAGGTTTACTAGAAATGTAAGGATTGACATGCCTTTAAGACTTCAGAGTATGCCAAGACCTGGCTGAGGCTGATTGAAAGAGAATGTGGTTGAAGGCATCATAAATTCATAAAATAGAAATGATCTTTGAATAGGAAAATTTGGGGTTAGGTAGGACTTTCTTAGTGAAAATTTAATAAAAATTGTAGGTAACTGGCAGTTTTAAAAATGATACATTTTCCCTAAATGATTCTCATTTAAAGTCAAGCATCAACATATTTTGTTTTGAAAATTTGAATTTTGGGGAAAAAAATGAATAGGCACCACTATATGCAGTTTCACAGAACAATAAATGTAGTGGGGGTTTTTTAATAGAAAAAAATATTTGATTGGCTCTTTTACTTGTTTAATGTGTTATTTATTGTGAAGAAGTAATTTGTTTCACTGTGTTCATTGGTATAATGTGTTCTTTGTCTCTTACTATGCACTTAAGCAACTAAACTCAGCTCGCCTTGAAGGAGATAACATTATGGTAAATTTCTCTTACATGCTCAACTTCCTGCATGTAAAATGGCTGAAGGTTTGTTGGCCTACTGTGTTTTCTACATCTTGAATAAAGTGCCTTCTCTTGCTATTAGCCGCTTGTAAAATTTTGAAATAATTGGAACCATGTATTCATTTATCTTTAACAACAAAAATATAAGGAAAAAATACTAGCTGAAGTAATACTGGAACTTTAAAAGAAATTGTATGTTCTGATTGCCAAATATAGTGTTTATGCCAAATACAGATTTTAGAATATGAATTTATACATAAATATATAGTGCCTTTTTGCACTGACTAAAAGGTGCTAATTTAAGCTGGCATTTATATTTTCACTTTTGGCAAAGAAAATTAACAAAATATACTTAAAGAAAGGTGTAAGGTAAACACATTGCCTTTGCTGCTCAGTAGCTTCAAGATTTACCTTATTTTCACCCAAACTCAACATAGAATTAATTTTTTCTGCCATTTCAGGCCAAGACAGACCCCATTAGGTTAGGTACTCCTGTAATGGCCAGGCTTATTTTCCACCCAGTGCTAACTCACTTAAGAAAGTTTTGGTGGAATGGTGATAGCCTTGGGAAAGAATAGAGAATGCAGATTGTTTTATGGTATCCAATGTATATGTTGAGCTTAGTTTGAGAAAATTTTTGAGCTATTAGAAGTTTTTTATTTTAGTAAAATAGAAAGTTGTAAAATCTGAACATAGCCAACAATTTGTGCACATTAACCAATAAAAAGTATATAGTGTGTTTTATTTTATTTCTAGATATATTACTTCATTAGAAGTGTCAAGGGATCTGCAGTACAGCTAATACATTGGCAATTAATTGGCTGCTTTCATTCACTAGCATTAAACCAAAAGCAGGAAAGTAATAGGAAAGATTATTGTACAGAATATATAAAATGCATTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTAAATGGTAATTACTGAAGCCC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Seq C2 exon
TCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCAAAGTGAATTTGATCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTGCTAGAGGGAATCAGCAGTACACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000097033-SH3GLB1:NM_016009:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.226 A=NA C2=0.156
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0311413=BAR=FE(12.2=100)
A:
NA
C2:
PF0311413=BAR=FE(11.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)