BtaINT0134543 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003773 | SLC25A13
Description
solute carrier family 25 (aspartate/glutamate carrier), member 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10983]
Coordinates
chr4:13382755-13413674:-
Coord C1 exon
chr4:13413594-13413674
Coord A exon
chr4:13382896-13413593
Coord C2 exon
chr4:13382755-13382895
Length
30698 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
TTCTTTTCCTCCTTTTTTAGGCA
3' ss Score
12.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAATGATTTTGTGAGGGATAAATTTATGCGCAGAGATGGCTCAGTCCCACTGGCAGCAGAAATTCTTGCCGGAGGCTGT
Seq A exon
GTAAGTACCTTTTGCGGATCTCAACACTGAAAAGACTTGTTTCATGTACATAGCCCTACCATGCTACCCAAGTGTGGACTAAGGCTTCTGTTCCCCACAGATCCTGCTCAAGGGCACTGTCTACTAGGGCACCCTGGCGTTCCCTAGACAGGCAACCGTTCCTGAGGTGGAAGCGGTAAACGTCTCTGGTCTTCCTGCCTGTTGAGTCATGCCTGTTAAATCCGCCATTGCTTGCAGCTGGTTCTGCAGTAGAAGTCGTCTGTGGCAGAAGTGTTTGGCCTTTGAGCACATCTTTGCTGACCTTTCCTGGAGTTTTATTTGTCGTGCAGTCTTTCCTCACGGCACCCTCTGCTGGGTCAGGCACTGGGATTTGTAGTTTGAAGCCAGCAGCCATAGCCCTCTGCTTTGCTTTTCTTCACACACGCCAGCAGGTCTTCAAGGCTCCCCGTGCTTCCGGGAGAAGGAGGTGGGGGTGATGGGCAGAGTGCGCTCTGCATTGTCAGAAACGCTTGGAATGAGTATTTCTTTATGTGGACGGACGACCTGCATCTTGTTCCTGAGCTCGGCAAAACATCGTGTCTTTTTTTAGTTCACGTACGGGTTTGTTCATGTGAATGTAAATACCTTAAGTAAGTTAAACTCTTCTACAAAGACGGGTGCTATTTAAAGATAAGGTTGGTTAAGTAAATGGTCTTTGATCGCTGGGGCAATAAATATGGGTATATTTTTCCATCTAAACCTGTGTTTCTTGTACAAAAGATGAGATCACTTTTTTTTTTTTTTAATTTGCTTGTTCTGTGCAGGAATTGGTGATCATAAAATGATCTTTTCCTGAAAAGTCATTGAGTTTAGAAGTTGGGAAAACACCCGAGAATATTAAACCTTTGTCTGGAGAGGGCTTATTGTCCTAATATTGAATGGGGTTCCCTGAGTGTAGTGGGAGCGATAGAGTCCTAGCCTCTGGTGATTCTTAAGAGGCGGACGGAATTTGGCTCCAGCCTGACTCTTTCTGTTTGATCACTGACCTGTCAGAGATGGCCAGGTAAGAGCCCCTTGTCCTGTAACTTTAGGAGCATTGAGGATGGAAAAAGGGAGCCTTTAATGTCCTAAGTGAAAAGGACACACAATAATAATCAAAAAGAATATGAGGAGTTGCAGACATGGCTTTTGCCAGTAAGTATTCCTTTAAAACAACTCTAGCTTTCAGTTGAATGACTAGGTTTTCTAATTTTCAATGGCATAACCATGGGCTATATTTAGTGTATCCTCAAGGCTGCTACCAGGGGCCTGAGAGAACGGGCCGTTTCAGTAGGTCAGGTAGGTTTGTTATTTTTTTTAAAGTCAGGTTTTAAACTTGCTGAAAAGACATGATTATATATCTCTGTAAGAATTTAAAGTGGAAAACTAACTATGTGATACTACTCAAGATTTTTGGCAATAATCTTGAGCTTTATTTTCTTTTTATGAAAGCATTTTGCCCACACACAGGCCTGGGTGCCAAGGAGATTGGTCGTGGCACGTATCGTCTGCCGTAGGTGGTCTTGTTTTTTCGTTTGTGGTCGCCCATTTCAAATACAAAGCACCGATTGGCATCAGACGTGGTGCCTAGTTATTGTAAAGTGGTGCAGCCCCTTTTCAAACCTGGTCTAAACACAGGCTTAAAATTGGAGCCACTGGGGCTTTACAGCTACTTAAAATATCTGCGAAATGAGGTTTGCCATCCTTCATCTCAAAGGTTGGGGAGACAGTGGTCCTCCATGTTTCAAGCCTCCTGTTTTGATTCGCCCTGCCCCTCCTTCCCCCATGCCACTGCTTTAAGAAGTAAGAGTTTATTTTTCAGGTAAGCAATCCTGTAGGTGGCAAACAATCCAGGGCCTTTAGATCCCTAAGTGGTGGGTGGCTGGTTCCATTCAGCGTGTGTTTTGGAAGTAAGCAGACACATCTTTCTCTGCAGGCTCTGGTGGCCTTGTCTCCATCCTCAGAGCCCGTCACATGCCCCCTTAGAGGGTCCTTGTGAGGGTGCTTCTGCCTTGCTGGCCAGCCTGGACAACAGAGAGTTTAAAAGATGGTGTCACATGGGCAGTTCCCCTTAGTTCACCCAGGCATCGCCCAGCCACGGGAGCTCACCTTGCTTTATTATTACAGAGGATTAGCATACATGGCTGGCTTTTGCACTTATAACCGCAAATTCTGGTTTCTTTGAAGATGGTTTTTTTGTGTGTGGTTGGTTTGTAATCTGTTTTCTACAAAAACAGGGGTGAGATGCAAGGAGGTCCTTGTCTCCTAACCTTAACTGTCTCCTAGCTAAACTAAGGCTTGTTTTATAAGATACGTATTAGGAAAACAACAAAAATGATAGTAAATTTGAAGGAAAGGGTTGGAGGAGAAAGAATAAAACTGGTCTCATTCGTTAATTTTTAAGATAATTAAATTTGTGACTGACAGATTAAAAAAAAAAAAACTTCTGTTTCATGGATATGCATAAAAGGATGAATCTAGCCCTAAACTCACTCATACGCTAGTTGGGCCGCACTCCGTCGTGTCCGACTCTTTGTGACTCTTTGGACTGTAACCCACCAGGCTCCTCTTTCCATAGGATCTCCCAGGCAAGAATACTGGAGTGGGTTTCTTCCTGACCCGGGGATCAAACTCCAGTCTCCTGCACTACAGGTGGATTCTCGAGTGCTGTGCACCTCTGCACTAGTTTAGAGCACTGTTAAAAGCTTGACTTCAGTTTTCCAAGTGTTTTTGTAGATTGACACTTGCCAGTAGTGATATAATCAGCACACTACATGCTGAGACTGGGGTTTACAAACTCTGGAGTCTGAAAGGGGCCTTTTGGTTTATGCTTGCTGTGTTTAAGCTGGTTTTCTGCTTTCTCAGTTAGACTAAGAGTTGTAGGAGTTTTAACAGATACCTGGAGCCTCGAGTGTCCCTACACAAGGTATATATTACTGTCTGTTTCTTCCGTCCTTTCTTTCCTTCCTGGGTTGGGAGCTCAGTCCAGGAGGGAGACCGCTCTGGGGTGGTCACGGTCAGCAATGGTGGAGGCTTTCAGGATATGGGGCAGAGGACCTGTTGCCACTACCCATCTCCAGCTAGGCTCCCAGTGACTTTAAACCTGACATGTCATCTCTGAGTATGTTGTTGTTATTGCACTGTTGCTGCTGCTTTAAGAAAAAATAACATATATGGTGCCATGTGGTCTGTAGGTTATAGTCCTCAATTCAAGTAAGTCTTCTGTGCCTGTTCTAGTAGAATAGAGGCTTGGAATCCTGAAGGCACTGGGATCTTTGGGTTTTGATCTTCTGATCTTAGGGTTGTCTGAAAAGGAGACACAAATGGTTCCATCGTGGCACCATTAGATTAGTGGTCTAATCTACTTGGCATGAAAATCCACATTGAAATGAAAAGAAATGAAATGATATTCACTGGGAAAAAATGTCAAAAAAGGATAAACCTTCATCCTATAAAGCTCATATTTAGTAAAAATTATCTGCATACCAATAAAAATTAATAGTATTCTGCAGTAATTTTTGGAAAGACAAGCAAATATGCTTGATAATGGGCTTCCCTGGTGCCTCAGTGGTAAGGAATCTGCCTGCCAATGCAGGAGATGCAGACAACACCAGTTTCATCCCTGAGTTGGGAAGATCCCCTGAAGGAAGAAATGGCAACATGTTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCTGTGGACAGAGGAGTCTGGCAGGCTACAGTCCATGGAGTCACGAAGAGTTAAATGCTACTGAGCATAATGGGTCCACAGTATTTTTCTTTCTTTTTTAAAAAATTTTATTTTATATTGAAGTACAGTTGATTAACAGTGTTATGTTAGTTTTAGGTGTACAGCAAAGTAATTCAGTTATATATATATATATATATATATATATATATTTACACATGTATGTATTCTTTTTAAAATTCTTTTCCTGTTTAGGTTATTACAGACCATTGAGCAAAGCTCCCTGTTCTATACAGAGGGTCCTGTTGGTTATCTGTTTTAAAAATAGCAGTGTGTTCATGCTGATCTCAAATTCATTCTCTGTCCGCCCCCACCCCCAGTTAACTGTAAGTTTGTTCTCTAAGTCCATGAGTCTGTTTCTGCTTTCTGTGTGCATGAGTGCTCAATCACTTAGTCGAGTCTGCTCTCCACAACCCCATGGACTGTGGCCTGCCAGGTTCCTCTGTCCATGGAATCCTCCAGGCAAGAACATTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTACTCCATTTTCTGTTTTGTAAATAAGCTTATTTGTATCAGTTTTTTTGAAAGATTCTGTATGTAAGCGGTATCATATGGCGTTTGTCTTTATGTGACTTGACTTCACTTAGAATGATAATCTCTGGGTCCATCTGTGTTGCTGCAAATGGCATCACCTCACTCTTCCTCATGGCTGAGTAGCATTCCATCGTGCATGTGTACCGCATCTTCTGTGGATGGACATTTAGGTTGCCTCCGTGTCTCGGCTGTTGTGGACAGTGCTTCAGTGCACATCGTGGAGCATGTATCCTTGTGAACCATGTGTTTCTCTGGATATATGCACAGAGTGGGATTGTTAGGTCATACCTTAGGTCTGTTTTTAGTTTTTTGAGGAACTTCCATACTGTTCTCCATAGTGGCTGTACCAATTTACAGTCCTACCAACAGTGTAGGAGGGTTCCCTTTTTTCCACATCCTTCTAGCATTTATTGTTTGTAGAATTTTTTTTTTGGTGATGGCCATTCTGACTGATATGAGGTGGTATCTCGTAGTTTTGATTTGCATTTCTCTAATAATTAGCAATGTTGAGCATCTTTTTATGTGCCTGTTGATCATCTGTATGTCTTCTTCAGAGAAATATCTATTTAGGTCTTTTGCCCATCTTTTGATTGGATTGTTTGGCCTTTTTTGATATTGAGACACATGAGCAGTTTGTAAATTTTGGAGATTAATCCCTCATTTGTCACATCATTTGCAGATATTTTC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Seq C2 exon
GCAGGGGGCTCTCAGGTGATTTTCACCAACCCTTTGGAAATTGTCAAGATCCGTTTGCAGGTGGCCGGAGAAATCACCACAGGGCCCCGAGTCAGCGCTCTGTCCGTCGTCAGGGACTTGGGCTTCTTCGGGATCTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003773:ENSBTAT00000004912:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=PD(12.2=44.4),PF0015322=Mito_carr=PU(14.1=48.1)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=FE(50.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]