GgaINT0093625 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009728 | SLC25A13
Description
calcium-binding mitochondrial carrier protein Aralar2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012967]
Coordinates
chr2:24273091-24285411:-
Coord C1 exon
chr2:24285331-24285411
Coord A exon
chr2:24273232-24285330
Coord C2 exon
chr2:24273091-24273231
Length
12099 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
CTTTCTACTTTTAATTTCAGGCT
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTAACGATTTTGTGAGAGATAAGTTTATGAGTAAAGACGGCTCTGTCCCACTGGCTGCAGAAATTCTTGCTGGTGGCTGT
Seq A exon
GTAAGTATCTTTAATTTCCTTAATTTGAGATACATGAAAGTACGGTGTGTAAGATTACCTGTGTGGACTAAGGCTTCTGTTTAACCACAGATGCGGTTCAAGAGCAGACTCTACTAGAGCATCTCAGTTCTTTCCTAGATAGGCCAGCCGCTCTTGATGAAAGGGTAAATGTGTCTGTGCATCGTGCCTGTAACTGCACCGTATAATTCTCACAGCTTAGTTTGTTTCCTTAATACAGAATCTGTCTTTGTGAGTGTTGGCTGTAGCTTATGGCCTAAAGAGGATTCATGCTAACCTTTCCAGAAATTAATAATTAGCTACTACTTTGTGGCACCCACTCTGCCACGTCACTTCTTTCCTGATGTGTGATTGCGCCCACTAATTTTCACTTTTTGCAGTGATCCTGGCTGTTTGAAATGGCAAAAACTACTCATGCTTCCTTGAGTTCACAGCAGACGTAGGCTGTCTAATGTTAACTCAGTGCATAATGTGTTCCTGAATGTAGGCTGTAGTTAAAACCCACTACGTTTTTAAGATTGTTTTCCTTGCACTGAGTAGTATCTTAATGAACAAGTGGTATATTCCTGGGTAAATGATAGTACTTCACATTTTGGTCCAGTTCTGTGTGTTCACATTACAGCTTACTTTACCTGGTGTATTGATTTTGTTCTAGCAACTGTAAATACGTTAAGTAAAATGAATAGTTATTCAAAGACCCGTGCACTTTACAGATAAAGAACACTGTTTATTTAAACTGGCTTTGATCACTGGGGCATAGCAATGTTGGTATATTTTCAATCTATCTTTGTTTCTGCTGTCATAAGACGGATGAGGTCACGTTTTCAAGCAGCTTCTACATGCGTTGAAAACTGCACTGAGCAGCAACTTAAAAACAAATTCTTGCATCTCGGCCTCAGTCGGTGCAGAGATCCATTCTGTGTGTGCTCACAGAGAACATACCATGGATTATCTCAGCCTGGGGTGCAGGGGCTCCGTGCCTCACAGGCTGAGAAGCTCCGGCTTTCTGTAGCTCTCAGGAGATGGGGCAGGATTTGGCTGCTGTCTCACTGCGCCCTGTTTGATCACTGACCTGTTGTAGACTGCCAGGTAGGATCCCCTTGTTCTGTAACTTTAGTAGCATTCAGGGGAGGAAAAAAAAAGAAAGGGGGGGAAGAAGAATGTGGGTCTCTGAAGTCCTAAATAAAAAGCATGCTGTAAATGGAGGGAAAATGCAATAAACGACTTGCAGAGTAAAAAGTATTTGCCCCTTCTGCTAATAAAACATCTTATGAACATAGCAGCCATAGAAACTCAGCAAAATTTTCATTTAAAATGTCATTTATTCTGGAGTTTTTATTTTTACAGACTGCTGTGAATTTTTTAATGCGGTAGAAAAAAAGACTCTTTACGGAGACCTGTCATTCACCAGCAAGCTTTTTGCCAGCGGTTCATCGTAAACCAGGGATCTGCTTTCAGAGATAGGTGGCTTGAGATGTATTTTAAACGTGCCGTAGCTGTTGGCTTGTTGCGTTTGGAATTTGAAATACACGTGAAGAATGGGATGCTGCATGAGCTTCTAGCAGCAGACGTGCGGTGGCAGAATGCCCCGAGTTTCCTTTTAACTGCGAAGTGCTCCTTTTAACTTAAGGGCATAGTCTGGTGCCAGGCAGATAGGTTGCAACTTGCCTCAGCTGCAGGTGGTCTTTGTGTTTTTGTAACTTTAAACCGAATTGGGCCCAGTAACACAGACTGTCATTACAAGTGGTGCCTAGCTTTGCGAGGAAAAGAGATGGGTTTTCCTTTCATGGGATAAACATATGCATAAAATGTGAAATGCCAAAGGCAGGCCTCTCCTGGAGCTACCAGTGTTGGACTGGCCCAGTTTCAGTTCGTTCAGTCTAAAAAGGGGCAGCCAGCTAAGAGGTGTTGTATAAAAAGAAACCTGCCCTACCGCCTTTCCACTCTCCGCATCCAGTTTTCAGCTGTGATTGTGTTACAAACACTGATATTACATTTTCCTTTCTCCGTGCTTGCATTTCCCTGGAGCCCATTCATTGCTTTATGCGAGGGTTTTGTGCTGGGATGCGTGGTAGATTTCAGTGCTTTAAATACCAGCCCCACGAGTACACGTTAAGGCATTAATACCTAAGAAAGGGAGGACCAAGCAGATACTTGGGTGTTTCTGGCTGTTCGGTAACACAAAAGGCTTTGAAGGGGTCAGTATCACCTGAGCAGCTCCACTCTGCTGTTCGCCCAACCATTGCCAGGCGTTGACTTTTAAGTCCCTAAGGAGCTCGCTTTGCATCATAATTACTGAGAATTAGTACACATGGCTGACTTTTGCACTTGTAACTAAAGCTGATTGTTTCATTGAACAAGTCTTTTTCTGTTTTGTAAACTGTTTTCTCTGCCGAAAAAAAAGAAAAAGAAGAAAAGGAGAAAATAGAAAGATCTTTTACTCCATGACCTCGTGGCACTTAGTTCGGTTAGCAGTGTTGTTTCATAGCTTATTATGTGAAGATGAAAGTGAGAGGTTGCCTGACATTTTTCTTCTTTGAGACCTCCAAGAATACAATTAAAAATACAACCCTGGTGTTTTGGTACAGAACCTTAAGGAGGATTTCTGTGTAAATAGCTGGCTCAACGTTTCCATCTCCTTTGTAGGAATTTGCCTTAGTGACTGCAGTGTTTGCTACCTGTGAAAATGCACGGAAGGATTTGCTCAATGCCTGACACCTACCACGAGCACTGGTCTCTGCTGTGTAGTTAGGACTCATCCAAATCCTATATAGCCCTCACCATTACTGGACTAGCAAAGAGCTCCATTTCTCAGATGTAGCGTAATGATATTGTAGAGCTATGAGCTGCTAAGCATCTAAACTACAAATCTGACTTACGCTCCTCAGAAGAAGAAGTGCAAAAATATGTTAGGTTTGATTTCAGCTGATGCTGGCTGTAAATTCCCTTCAGGGCAAAGCATGAGTTTGAGGAAGCAGTAAATTCAGCTTGAAGTCTCTTCATTTGCAGTGACGATAATCTTGTAGTTTATATAAATCTTTGTTTTCTATGATCTTTAATTTATATATTGAAGTAAAAAATAATCACCACTCCTACTGATTTTATATCACTTGCTTCTTTTAAACCTAATTCCCTGAAAAGCTTCATTAAAAATAGACTGATTTTTCTGATACAGTGCTGATTATTATTCCTATTTTGGGATTATGTAAACAGATTAAAAGCTCTGTAAAAGTGGTATAAAGATTATTTTGGGGTTTTTTAAGTGCTGCCACTTAGTTACCACTAAGCTTTCAGATGAGACAATAATTTTGCATATTTCCATAAATATGAAGCAGTTCCACATTTAATTGAAAAGTATGATTTGTCTCTGGAATTGTCAGTGGAAGAAATGTGAAGATTCAAAATAGAGTGCTTAGAAAATACACACAAAATATTAAGAAAAATGGAGGAAGTATTGTAGCACAGCTGAAAAGAAACAGCTTTTTAATATATGTGGACTTGTCTGCATATGGCGGTACAATTATAGAGGTAAATCAGAGGCCTGATGTTCTACAAGAAAAGGGAAAAACATTTTGCTTTGTAACCTTTCCTCCTACTCTCCCTCCTCTTTCCAAGTGCACAGTCTTTTTCTTCTCAGCTGCTCAGTGTGCACTCACTATTAGCCAGTTTAAGTCATGTAGCACAGTGCAATTACAGACCCCGTACAGATCTGCTTTTATTTAAGCTGTCAAGGCAATTATAGGCATATTTCTAGAGACTTTATAGCAATCACAATAAAGTTGAAACATAATGGACCTGCTTGGGCAACCTCAACTCTGCCACGGAACATAAAAATTAGATATGATTAAGATGGGGTTCATCTAGAAAGTGCAAAATCCTGTCCAGAACTAATTTTTATAAAGGAATACGATGTGAAATTCCAGATGAATTGTGTCACATAACCAGTCCAGTGCAAATAGTTTTATTAAGCTACTTACAGCATTTGTTTTATGTTTCAGAGAGTAACAAAGATAAGTCTACGTCTGAGTTGCATTTTCTCTGTTGAATTTTACTAGAGGCAGAGAGATGGACCATGATTCGTAGATCACTTACAGACATTCAGACATTTCTGAGTTGTGTCTGAAGGTATCAATCTTTTTTTTTTCATTATTCAGAAATCTAAATCTGACAAAATTCTCTTCTATTTGGCAAGGAGCTCTGAGCTATGGGTAAAAATGAAACTGAGCGTTAAGTAGGCGGGAGAGGGGGGGGTGGAATCCCTGTATGTGTATCTGAAAAAAAAGAATCACAAACTGCTATTGCACAGAACAGTTTTGGTATAGTTTATTGAGATGGTTAAGTAATAATGGTCTTCTTTATGATTGCTCATATTAGCTTTGAAAGCAAATGGCATATGTTTCTTGTATTCTTAGCAGATTTACTCTAAGAAGTCTATTCTCCCTGTAGCCACAGACCATAACTTCCATTTCACTTTAAAGGGCAGTTGTACATACACGTATAAAAGCCCAACAGTCACATTTCTTGTTTATGGAAAGGTTCAAAGGGCTCCTAAAACTATTCCTTTTCTTGATGAAAATTAAAGCTGTTTACTACATGGAATTTATTCTGTTAAATAAATGAATTAGATTTAGAGTATATTTAATTAATATAATGGAACAAAATATACTGAATATAGTGTAATTCATTCAGATACTGAATTTCATTTCAGATACTGAAACGTGTGGTTTTCTCCTCTGAGCTCCTAATTGCAGTTGTTATAGCATATTGGTTCTGACTGATGTTCAACTTCTGGTAAAAAAGAAAAAAAGGAAAAAAGAGCAGTTCAGTTTGGGCTTAAATATAACTTCACCTTTGCAAACCTATTCTGTTTCGACACTGCTGTGTTTTAAGTGTCTTCAGTTAAATTTCAGCTAATCTTTGTTTGAAAGCCTTACGGTGAAGCCGGGGAAGGCAGCATACGGTAACACGATAGCCCTTCCAAG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Seq C2 exon
GCTGGAGGTTCTCAAGTGATCTTTACCAACCCACTAGAAATTGTCAAGATTCGATTACAGGTGGCTGGAGAAATTACTACTGGCCCTCGTGTCAGTGCCCTCACTGTACTACGGGACTTAGGCTTCTTTGGTCTCTACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009728:ENSGALT00000015833:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=PD(12.2=44.4),PF0015322=Mito_carr=PU(14.1=48.1)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=FE(50.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]