RnoINT0136822 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009957 | Slc25a13
Description
solute carrier family 25 member 13 [Source:RGD Symbol;Acc:1565889]
Coordinates
chr4:31608269-31631252:-
Coord C1 exon
chr4:31631172-31631252
Coord A exon
chr4:31608410-31631171
Coord C2 exon
chr4:31608269-31608409
Length
22762 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
AATTTCCCTTTTCTCTTTAGGCT
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]