HsaINT0151645 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000004864 | SLC25A13
Description
solute carrier family 25 member 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10983]
Coordinates
chr7:96146556-96170125:-
Coord C1 exon
chr7:96170045-96170125
Coord A exon
chr7:96146697-96170044
Coord C2 exon
chr7:96146556-96146696
Length
23348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTAAGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
ATCTTTTTTGTTCTTTTTAGGCT
3' ss Score
11.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGAACGATTTTGTGAGGGATAAATTTATGCACAAAGATGGTTCGGTCCCACTTGCAGCAGAAATTCTTGCTGGAGGCTGC
Seq A exon
GTAAGTACCTTTTGAAGCTCTCTTCATTGAAAAGACTTGTTTCACATATATATCACTACCATGGTCAACAGGTGTGGACTAAGGCTTCTGTTTAACCACAGATCCTGCACAAGGGCAGAGTCTACTAGGGCACCTCGGCTTTTCCTAGACAGGCGAACCATTCCAGAGGTGGAAGGGTAAATGTTTCTGACCTTACTGCCTGTTAAGTCATGCCTGTTAAATTCGTCATTGCTTATGGTTTGTTCTGCAATGGAAGTCATTTGTGGCAGAAGTGTTTGGCCTTTGAAAAATCTTTGCTAACCTTTTCTAAAGTTAATTTTTAGTACATTCTTTCCTCATGGCACCCTCTGCTGGGTCAGGCACTAAAACTTGTAGTCTGAAGTCAGCAACCGTAGCTCTCTGCTTGGCTTTGCCTTGCAAGTGGCAGAACTGTTCAAGCTTCCACTGCTTTTGGGAGAACAATGCTGGGAAATAACTGGCTGAGTGTGCGCTGCATTGTCAAAAATGCTTGGAATGATTGTTTCCTTATATGGATGAACAACTTGCATCTTGTTCTGAAGCTCAGCAAAACATTGTGTCTCGTTTTATCTCGTACTGGTTTGTTCATGCGAATGTAAATACTTTAAGTAAATTAAACTCTTATACAAAGACTAGTGTTATTTAAAGATAAGATTGGTTAAATAACAGGCTTTGATCACTCAGGCGATACAATATTGGTTTTTTTTATCCGAACCTATTTCTTATAAAAAAGATGAAGTCACTTTTTTAAATTGGCTTACTCTGGGCAGGAAGTAGTATTCCTAAAGTAATTTTTTTCTTGAAGATCCTTGAATGTAGACGTTGGGCAATGTTTGTGTGGAAAGGGCTTATTGTCCTATCTAATGGTGAATGATGGTTTCTTAAATGTAGCAGGACCTAAGAAGTCCTAGCTCCTGGTATTCTTTAGAGATGGATGGAATTTGGCTACTGCCTGACTCTCTGTTTGATCACTGACCTGTTGGAGATGGGCAGGCAGGATCCCCTTGTTCTGTAACTTTAGGAGCGTTCAGGATGGAAAAAAAGGAGCCTTTAATGTCCTAAATATAAAGGGCACACAATAATAATCAAAGAGAATTTTAGAAGTTGCTCTTCCCCATAACTACTCTCCATTTAAAACAACTCTGTAGTTTCCATTTGAGTAAGTAGGTTTTCTAATTTTTGAGTAGGTATATCCATAGGCTGTGCCTAGCCTAGTCCTTCAGGTTGTTGCAGGGCCCAGGATATAGCAGGGTTTTTTGGTAGGTCAGGTGGGGTTGTTGTTTTTTTAAGTTACATTTTAAACTTTCTGAAAAGATATGATTATAGATTTCTGTAAGAATTAAAATGTAAAATTAATTATGTGATACTACTCAAGATGTTGGCAATCATCATGGCATGGTGCCCAGAGGTTTATTTTCTTTTTAATGAAAGCATTTTGCCTGCACATACCTCTGGGTGCCAAGGAGATTGGTTGTGGCACGTATTTTCTAGGTGCCATCTGTAGGTGGTCTTGTTTTTGCATATGCGGCCGCCCATTTCAAACACAAAGCACATTGGCATCAGAAGTGGTGCCTAGTTATGTAAAGAGATGTAGCCCTTTTCAAACCTGATCTAAACACAGGCTTAAAATTGGAGCCACTTAGGCTTTACAGCTACTTAAAATATCTGTGAAATGAGGTTTGCCATCCTTCATCTCAAAGAGGTAGACAGTGGTCCTTAGCTTTTCAAGTCTTCTCCCTTGCCTTTTTCCCCCCCAATCATTACTTTAAGAAGTAAGAGTTTATTTTCAGTTAAGCAATCCTGTAGGTAGCAGACAACCCAGGTCCCTTTAGATCTCTGAGTAGATGAATGGATGGTTCCATTTTCTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGCACACGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGACAGAGTTTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACACCACCATGTCCAGCTAACTTTTTTGCATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGGGGCCACCCCGCCCAGCCATGCATTTTTTAAGTAATAGCAGCATCTTTCTTTGCAGGCTTTGGCAAAGTCTTCTCTATAATTGGAGTCAGTCACACACCTTAGAGGGTTGTTGTGAGTTCCACAGCCTCATCTGTCCTATTGGGAATACAAAGGGTTTTGTAAGGTTGTGTCACATGAGCGGTTCCTCATCTTAGTTCATCCAAGCATTGCTAGGTGTTGACTTTTAAGTCCCTGGGGAGCTCACCTTGCTTCATGATTACTGAGAATTAGTACACATGGCTGACTTTTGCACTTGTAACCAAAGCTGCTCATTTCTTTGAACAAGGCTTATTCTGTTTTATGATCTGTTTTCTGCAAAAATGAGGAAAGTATGTAGGGAGATCTTTGTCTCATAACTTCATAATGTTTAGCTAAACAGCCTGTTTTATTGTATATATTTTTTTAGAATGAAAGTGTTAGTAAATTTGGAGGGGAAAAAATGATTGTCACTAAAAAGGAATAAAGTTTATCCCATTTCTTATTTATTATTTTTGATATAATAAAGCCTGTAACTGAAGAGATGAAAAAATAATCTTCTGTTTCACTGACATATGTAAAAGGGCTAACTTTCACGTCTAACTTTATTTTTAAACTCATTTTTTGCATTTGAGATTAGTTTTAGTTTAGAGCACTGTTAAAAATTGACTTCAGTTTTCTGAGCATTTTTATAGATTCACACTTTAACAGTAGTGATATATTCAGCATGTTTTAAGACAAAACTCGATGCTGAGACTGGGGTTTACAAACTCTAAATCTGAAAGAATCCTTTGTGGTTTGTGTTTTCTCCCTAACTTGGGTTTCTGCATTCTAAATTAGGGTTGTAGTTGTGGGAGTTCTGATGGAGACTTGGACCTTCAGTCTTCCCTGCATGAGGTATATATATATATGTATACCTTCTGTTTTTTTCCATCTTTTCCCTTCTTGGATCAAAAACTTGGCACCTTTAGAGGGATGTGATTGAAAATCTGTGTTAGTGACCGTGTGTGTCAGAAGACAGAGGTTCTGTTACCACTAGCCACTTCCAGTTAGGTTCCCAATGATTCTGAAAATTGATGTATTACCTCTGAATATATTGTTTTTATTGCTTTTTTGCTGTTACTTTAAGAAAAAAATAAAAAATAATGTATGTAATGCAATATGATCTGTAGGCTGCAGTGCTTCATTCAACAAAGTAAGTGTATGACTTTTATATATCTAGTGTAATATGCATCTAGGTTGAAATCTTGAGGAGCCTGGGATCTTTAGCTTTTGATCCTTTGATCTTTAAAAAAAAGTCACCAGATAAGAAATACAAGTGGTGCAATGACTAGTTTCAAGGAAGAAATATAAATATGATGATTAATTTATTTGGCCTGAAAATAAATCTAATATTACTAAGAAAGAAAGTCATGAAAGTATGAACATCTGTCTTATAAAGCCATATTTAGTAAAAACTGTTTATATAACAAGAGAAAGTAATAGTATTGTGTAGTAATTTTTGGAAAGACAAATTAACATGTTTTTTAAACTATGGTCCTTTGATAATGGGTCCAGGGTATTTTTTCATTGTGATGCACACATGTGTGTGCGTGAGTGTGCATGTTGTAAATATAATTGGTGTTTATAGAAGTTTATATTCATTTTGACTGCATTTTGAGTTGGAAAAACAGTTTATATGCTTGTGTCACTGGTTCTAAAAGGGACTGGTGAGACTAACACTGTTGGGAAAACATGGAATGAAGAGTAATCTTAATTACACTCCCCTATAAATAAGTAGGACCCTAATGCAGTTTCCTGCCTGATTCCTACCATAATGGTGATTCCCATATGCATGATGTGTTTATGCCAGTTTGTCCAGCCACGTATCAAATACTGTTTTTAAGGCAAGGTTTTATTACTCATCTCATACATTACATTCAGTTGCAGTTAATTTATATTTTGAAAAATTTTGAAAAACACAACAATACAGACACAGGTGTGCCTACCACTTAGATTGGTGACAAACTTGACAGTGCAGTTGGAGGCCCTTAATGTACCTGTCCAAATTGCTTTTCATTCCCTTACCTCTGTCTCCCAAGAGAAAACTCTGTCCTGACAGTGGTGTTTTTCATTCTAAGCATGTCTCTCTACTTTTTATTACCTGTGAATATCCTAAGCAGTATAAATGTTTGTTTTTGAATGCCTCATCCTAACCCAGTGCTCTAGGAACACCTCATATGATTCCCAGATTGATGCCTTTGCATTTTTTCCCATTAGTGCAACTCATGTGCTTTGCTTATCAGAAAATAATAGTAAATGGGAGTATTACATTCAAAGTGTTGGAATGCGGCAGATACTGCGTATGTCTGTTACAGATGTGTGGGTTTCTAGATGGACTTATGGTTGGAACAGTGTATTCATTTAACCAAGTTTTTGGTTACTTGGGGTTTCTCCCTAGACAACAGTCATTTCTTCAGTCTTATGATTTAAACTTATACATGATACTTAGTTTAAAAATGTTAACCCTCCCCACTGCCAGCATACGCTCCCTATCTACCTATCAGCCTGCCTTCCCATCATCCCTCCCTTCTTCTTCTGCTGCCATGGTTCTTACCACCTTCAAACATTCTGTATAACTTACTTATTTTTCATGATTTTTGTTTATTTTCTGTCTCCTTCATGGTAGAGTACAAGTTCTGCAAAAGCAGGGATCTTCTTATTCATTGATGTATCCTGAGGACTGCAGGCATTGCATGGTAACCTGTAGACTCTTTGTAAATATTGGTTAAATG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Vast-tools module Information
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Associated events
Other assemblies
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(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains