HsaINT0151645 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000004864 | SLC25A13
Description
solute carrier family 25, member 13 (citrin) [Source:HGNC Symbol;Acc:10983]
Coordinates
chr7:95775868-95799437:-
Coord C1 exon
chr7:95799357-95799437
Coord A exon
chr7:95776009-95799356
Coord C2 exon
chr7:95775868-95776008
Length
23348 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTAAGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
ATCTTTTTTGTTCTTTTTAGGCT
3' ss Score
11.48
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGTACCTTTTGAAGCTCTCTTCATTGAAAAGACTTGTTTCACATATATATCACTACCATGGTCAACAGGTGTGGACTAAGGCTTCTGTTTAACCACAGATCCTGCACAAGGGCAGAGTCTACTAGGGCACCTCGGCTTTTCCTAGACAGGCGAACCATTCCAGAGGTGGAAGGGTAAATGTTTCTGACCTTACTGCCTGTTAAGTCATGCCTGTTAAATTCGTCATTGCTTATGGTTTGTTCTGCAATGGAAGTCATTTGTGGCAGAAGTGTTTGGCCTTTGAAAAATCTTTGCTAACCTTTTCTAAAGTTAATTTTTAGTACATTCTTTCCTCATGGCACCCTCTGCTGGGTCAGGCACTAAAACTTGTAGTCTGAAGTCAGCAACCGTAGCTCTCTGCTTGGCTTTGCCTTGCAAGTGGCAGAACTGTTCAAGCTTCCACTGCTTTTGGGAGAACAATGCTGGGAAATAACTGGCTGAGTGTGCGCTGCATTGTCAAAAATGCTTGGAATGATTGTTTCCTTATATGGATGAACAACTTGCATCTTGTTCTGAAGCTCAGCAAAACATTGTGTCTCGTTTTATCTCGTACTGGTTTGTTCATGCGAATGTAAATACTTTAAGTAAATTAAACTCTTATACAAAGACTAGTGTTATTTAAAGATAAGATTGGTTAAATAACAGGCTTTGATCACTCAGGCGATACAATATTGGTTTTTTTTATCCGAACCTATTTCTTATAAAAAAGATGAAGTCACTTTTTTAAATTGGCTTACTCTGGGCAGGAAGTAGTATTCCTAAAGTAATTTTTTTCTTGAAGATCCTTGAATGTAGACGTTGGGCAATGTTTGTGTGGAAAGGGCTTATTGTCCTATCTAATGGTGAATGATGGTTTCTTAAATGTAGCAGGACCTAAGAAGTCCTAGCTCCTGGTATTCTTTAGAGATGGATGGAATTTGGCTACTGCCTGACTCTCTGTTTGATCACTGACCTGTTGGAGATGGGCAGGCAGGATCCCCTTGTTCTGTAACTTTAGGAGCGTTCAGGATGGAAAAAAAGGAGCCTTTAATGTCCTAAATATAAAGGGCACACAATAATAATCAAAGAGAATTTTAGAAGTTGCTCTTCCCCATAACTACTCTCCATTTAAAACAACTCTGTAGTTTCCATTTGAGTAAGTAGGTTTTCTAATTTTTGAGTAGGTATATCCATAGGCTGTGCCTAGCCTAGTCCTTCAGGTTGTTGCAGGGCCCAGGATATAGCAGGGTTTTTTGGTAGGTCAGGTGGGGTTGTTGTTTTTTTAAGTTACATTTTAAACTTTCTGAAAAGATATGATTATAGATTTCTGTAAGAATTAAAATGTAAAATTAATTATGTGATACTACTCAAGATGTTGGCAATCATCATGGCATGGTGCCCAGAGGTTTATTTTCTTTTTAATGAAAGCATTTTGCCTGCACATACCTCTGGGTGCCAAGGAGATTGGTTGTGGCACGTATTTTCTAGGTGCCATCTGTAGGTGGTCTTGTTTTTGCATATGCGGCCGCCCATTTCAAACACAAAGCACATTGGCATCAGAAGTGGTGCCTAGTTATGTAAAGAGATGTAGCCCTTTTCAAACCTGATCTAAACACAGGCTTAAAATTGGAGCCACTTAGGCTTTACAGCTACTTAAAATATCTGTGAAATGAGGTTTGCCATCCTTCATCTCAAAGAGGTAGACAGTGGTCCTTAGCTTTTCAAGTCTTCTCCCTTGCCTTTTTCCCCCCCAATCATTACTTTAAGAAGTAAGAGTTTATTTTCAGTTAAGCAATCCTGTAGGTAGCAGACAACCCAGGTCCCTTTAGATCTCTGAGTAGATGAATGGATGGTTCCATTTTCTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGCACACGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGACAGAGTTTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACACCACCATGTCCAGCTAACTTTTTTGCATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGGGGCCACCCCGCCCAGCCATGCATTTTTTAAGTAATAGCAGCATCTTTCTTTGCAGGCTTTGGCAAAGTCTTCTCTATAATTGGAGTCAGTCACACACCTTAGAGGGTTGTTGTGAGTTCCACAGCCTCATCTGTCCTATTGGGAATACAAAGGGTTTTGTAAGGTTGTGTCACATGAGCGGTTCCTCATCTTAGTTCATCCAAGCATTGCTAGGTGTTGACTTTTAAGTCCCTGGGGAGCTCACCTTGCTTCATGATTACTGAGAATTAGTACACATGGCTGACTTTTGCACTTGTAACCAAAGCTGCTCATTTCTTTGAACAAGGCTTATTCTGTTTTATGATCTGTTTTCTGCAAAAATGAGGAAAGTATGTAGGGAGATCTTTGTCTCATAACTTCATAATGTTTAGCTAAACAGCCTGTTTTATTGTATATATTTTTTTAGAATGAAAGTGTTAGTAAATTTGGAGGGGAAAAAATGATTGTCACTAAAAAGGAATAAAGTTTATCCCATTTCTTATTTATTATTTTTGATATAATAAAGCCTGTAACTGAAGAGATGAAAAAATAATCTTCTGTTTCACTGACATATGTAAAAGGGCTAACTTTCACGTCTAACTTTATTTTTAAACTCATTTTTTGCATTTGAGATTAGTTTTAGTTTAGAGCACTGTTAAAAATTGACTTCAGTTTTCTGAGCATTTTTATAGATTCACACTTTAACAGTAGTGATATATTCAGCATGTTTTAAGACAAAACTCGATGCTGAGACTGGGGTTTACAAACTCTAAATCTGAAAGAATCCTTTGTGGTTTGTGTTTTCTCCCTAACTTGGGTTTCTGCATTCTAAATTAGGGTTGTAGTTGTGGGAGTTCTGATGGAGACTTGGACCTTCAGTCTTCCCTGCATGAGGTATATATATATATGTATACCTTCTGTTTTTTTCCATCTTTTCCCTTCTTGGATCAAAAACTTGGCACCTTTAGAGGGATGTGATTGAAAATCTGTGTTAGTGACCGTGTGTGTCAGAAGACAGAGGTTCTGTTACCACTAGCCACTTCCAGTTAGGTTCCCAATGATTCTGAAAATTGATGTATTACCTCTGAATATATTGTTTTTATTGCTTTTTTGCTGTTACTTTAAGAAAAAAATAAAAAATAATGTATGTAATGCAATATGATCTGTAGGCTGCAGTGCTTCATTCAACAAAGTAAGTGTATGACTTTTATATATCTAGTGTAATATGCATCTAGGTTGAAATCTTGAGGAGCCTGGGATCTTTAGCTTTTGATCCTTTGATCTTTAAAAAAAAGTCACCAGATAAGAAATACAAGTGGTGCAATGACTAGTTTCAAGGAAGAAATATAAATATGATGATTAATTTATTTGGCCTGAAAATAAATCTAATATTACTAAGAAAGAAAGTCATGAAAGTATGAACATCTGTCTTATAAAGCCATATTTAGTAAAAACTGTTTATATAACAAGAGAAAGTAATAGTATTGTGTAGTAATTTTTGGAAAGACAAATTAACATGTTTTTTAAACTATGGTCCTTTGATAATGGGTCCAGGGTATTTTTTCATTGTGATGCACACATGTGTGTGCGTGAGTGTGCATGTTGTAAATATAATTGGTGTTTATAGAAGTTTATATTCATTTTGACTGCATTTTGAGTTGGAAAAACAGTTTATATGCTTGTGTCACTGGTTCTAAAAGGGACTGGTGAGACTAACACTGTTGGGAAAACATGGAATGAAGAGTAATCTTAATTACACTCCCCTATAAATAAGTAGGACCCTAATGCAGTTTCCTGCCTGATTCCTACCATAATGGTGATTCCCATATGCATGATGTGTTTATGCCAGTTTGTCCAGCCACGTATCAAATACTGTTTTTAAGGCAAGGTTTTATTACTCATCTCATACATTACATTCAGTTGCAGTTAATTTATATTTTGAAAAATTTTGAAAAACACAACAATACAGACACAGGTGTGCCTACCACTTAGATTGGTGACAAACTTGACAGTGCAGTTGGAGGCCCTTAATGTACCTGTCCAAATTGCTTTTCATTCCCTTACCTCTGTCTCCCAAGAGAAAACTCTGTCCTGACAGTGGTGTTTTTCATTCTAAGCATGTCTCTCTACTTTTTATTACCTGTGAATATCCTAAGCAGTATAAATGTTTGTTTTTGAATGCCTCATCCTAACCCAGTGCTCTAGGAACACCTCATATGATTCCCAGATTGATGCCTTTGCATTTTTTCCCATTAGTGCAACTCATGTGCTTTGCTTATCAGAAAATAATAGTAAATGGGAGTATTACATTCAAAGTGTTGGAATGCGGCAGATACTGCGTATGTCTGTTACAGATGTGTGGGTTTCTAGATGGACTTATGGTTGGAACAGTGTATTCATTTAACCAAGTTTTTGGTTACTTGGGGTTTCTCCCTAGACAACAGTCATTTCTTCAGTCTTATGATTTAAACTTATACATGATACTTAGTTTAAAAATGTTAACCCTCCCCACTGCCAGCATACGCTCCCTATCTACCTATCAGCCTGCCTTCCCATCATCCCTCCCTTCTTCTTCTGCTGCCATGGTTCTTACCACCTTCAAACATTCTGTATAACTTACTTATTTTTCATGATTTTTGTTTATTTTCTGTCTCCTTCATGGTAGAGTACAAGTTCTGCAAAAGCAGGGATCTTCTTATTCATTGATGTATCCTGAGGACTGCAGGCATTGCATGGTAACCTGTAGACTCTTTGTAAATATTGGTTAAATG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Associated events
Other assemblies
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(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)