BtaINT0134635 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003752 | SLC25A24
Description
Bos taurus solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 24 (SLC25A24), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001099066]
Coordinates
chr3:35190604-35206912:+
Coord C1 exon
chr3:35190604-35190771
Coord A exon
chr3:35190772-35206761
Coord C2 exon
chr3:35206762-35206912
Length
15990 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CTTTTCTGTTTCTCTGGCAGCTC
3' ss Score
11.32
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGAAAACCAGGCTGGCTGTAGGCAAAACTGGACAATACTCTGGAATGTTTGATTGTGCCAAGAAGATATTGAAATATGAAGGCATGGGAGCTTTTTACAAAGGTTATGTTCCCAATTTATTAGGCATCATACCTTATGCAGGTATAGATCTTGCTGTATATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCTAAAGTCTCATTGGCTAGATAATTTTGCCAAAGACTCTGTGAACCCTGGAGTCATGGTGTTGCTGGGTTGTGGTGCCTTATCTAGTACCTGTGGTCAGCTGGCCAGCTACCCCTTGGCTTTGGTGAGAACACGCATGCAGGCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003752:ENSBTAT00000004885:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=FE(59.1=100)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=PD(9.7=17.6),PF0015322=Mito_carr=PU(37.9=70.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]