RnoINT0136927 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000020470 | Slc25a24
Description
solute carrier family 25 member 24 [Source:RGD Symbol;Acc:1311982]
Coordinates
chr2:211956763-211963253:+
Coord C1 exon
chr2:211956763-211956930
Coord A exon
chr2:211956931-211963102
Coord C2 exon
chr2:211963103-211963253
Length
6172 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CTTCTTTGTTTCTCCTGCAGCTT
3' ss Score
11.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGAAAACCCGGCTAGCTGTAGCCAAAACTGGACAATACTCTGGAATATATGGTTGTGCCAAGAAGATTTTGAAACATGAAGGCTTTAGAGCCTTTTACAAAGGCTATGTTCCCAATTTACTAGGTATCATTCCTTACGCAGGCATTGATCTCGCCGTGTACGAG
Seq A exon
GTGAGTGAGGGGACAGCCACGCTTCTGTGTGAGGGGTGGGTGGATGGCTGGTTGTCATGGAATCTGACTTCGTGTCAATGCTGGGAGAGTTGAGGAGAATGGTTGGGGACTGGGCTGTCTGTCCATCTGCAGGTGTGTTCTTTGATCTTTCCAGCACCCTGATTGAGAGATCATGAATGTACGGAGTGGTTTCTGTAGTAGATTTCCTTGCATACTTATTTTTGTTCACCAAGAATATGAACTCGAATTCAGCTTGGAAGATGGCATGAGGGAAGGGGAGGGGGTACTGCACAGAAAAAATGAGCAGAAATTTGTGAGAAACTAAAACTCACACTGATAAAGCCAAGTGAGTGATGTGGTGACACAGCTTCACCCCTCGTCATCTAACAGTCTCCAGGGCTAGGGGCGGGGCATGGGGAATGCAGTTCAGTCTGTAAAGTGCACACATGCATGGAGATTTGAGTTCAGACAACTCAGAACATGAACCTCGGATCGCTCCTGCCACTCAGGTCAAAAAGCTGTGGGTCACCTCTGCCACACAGGCCACGTATTAAACGTAGGAATCTGACAAACATTTACTGAACACACACTATATTCAAACCATTGCATGAGATGCTGGGGTGAGAGAAGGGCTCAGGGTCTTTAAGAACCCCTGGTTCTGGTGGGGAGATGGGCCAGACCACAGATGAAGCTCAACCTTGTTAGTCATGCTCTGACAGATGTGAGCCAGCACACAGGAGGGGCTGGGTTCCAGCTCCGGAGGGAGGTCGTGTAATGGAAACAACTCAGAAGGCTTATCTTATCATAGATTTATTACTAGACTTATCTTTACCTCTTCATAGGTTCCCCTCCTTCTCTACCCACCCAGCTTAACATCCTTCCTCATTTTTATAAAATAATTACTTCATTTTATTTTGAAAAGCTTTATTGAGATACAATCCCCCTGCCACAAGTTTCACCCACTTAAAACATACAATTTAAAGACCTTTGAACTATCATGTTGTTAACTTTTGAAATTATGAGAAAACAGTACTGAAAATTCCCCCTTTTAACCATAAAATTCAGTAACGTTAATTATATTTGCTCTAGAGTGCAGCCTTCACTACTGTAAATTCCCAGAACTTTTTTAAATCAGCCCAAACTGTCATGCAGTAACGGTCTACCTCACCTTCTCCTCAACTCCATCACCTCTAATTTACCCCCAGTCTCTATGACTTTATGTATCTTAGGCGTTTCATTAGTGGAGTTGGACATATTATGTGTGTCTGACTTACCTCACTTAACATAATGCCTTCAAGGTTCCTTCATGCCTCAGACTCTATTCTTCTGACTGGTTCAATAATAATCCGTCATATAAGGCCTGCAATCAGGTGCCACATAATAATGTTTGGGCAATGAGAGGCCACTTATGTGCAATGAGGTTGCTGCAGATTATAACAGAGCTGAAAAATATGTATTGCTTGGTGATGTTTTAGGCGTTTAAACAGCGGTAGCTCAAGGCATGGCCCATACGATTGGGAAGAGGCAGGTGTAAAAACACCGACTATGAAGCCTGTTGGAGAAGACTGACACAATCATGTGCATGATATTCCGCAACAGAGATAGATGGCTGCCGCTGATTCCTTATTCTCTGTACTGAAATTTTAATATAAAATTTATTTTCAAAAGTACAAACAGAGGTAGCATTCCCAAACACCTCCTACTAAGCCAGCATCCGTCCAGTATAAAAATCTTGATATTGCAACATTCTATCTCAAGTCAACTACAATTATATATAAAGCCCACTCTTCACACCTCTGGGTACCCCTGTCCTGTTTTGATGATGAGCAATCTGCCTTTTTACAGTGTGTCCCCTAACATGGATTTGCAATGAGTTCTCATCCTTTTAGTTTTGTAAACTAAACTAGATTTCAAAGCTATTTACATACCCGCATTACAAGATTGTAAGGCTGTCATTTTCTTTCTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTGTTTCTTTTTTCTTTTCTCCATCTTTATTAAATTGGTTATTTCTTATTTACATTTCAATTGTTATTCCCTTTCCCGGTTTCCAGGCAAACATCTCTCTAATCCCTCCCCCTCCCCTTCCTTATGTCTGTTCCCCTCCCCTTCCTCCCCCCATTGCCGCCCTCCCCCCAACAATCACGTCCACTGGGGGTTCTGTCTTGGCAGGACCCAGGGCTTCCCCTTCCACTGTTGCTCTTACTAGGATATTCATTGCTACCTATGAGGTCAGAGTCCAGGGTCAGTCCATGCATAGTCTTTGGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGCTTGGCATTGTTGTACATATGGGGTCTCGAGCCCCTTCAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGTCCTATTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTGGCATTCACCTCTGTATTTGCTGTATTCTGGCTGTGTCTCTCAGGAGTGATCTACATCCGGCTCCTGTCGGTCTGCACTTCTTTGCTTCATCCATCTTGTCTAATTGGGTGGCTGTATATGTATGGGCCACATGTGGGGCAGGTTCTGAATGGGTGTTCCTTCTGTCTCTGTTTTAATCTTTGCCTCTCTCTTCCCTGCCAAGGGTATTCTTGTTCCCCTTTTAAAGAAGGAGTGAAGCATTCACATTTTGATCATCCTTCTTGAGTTTCATTTGTTCTAGGTAATTCGAGCATTTGGGCTAACATCCACTTATCAATGAGTGCATACCATGTGTGTTTTTCTGTGATTGGGTTAGCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCATCCATTTGCCTATGGATTTCATAAAGTCATTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCTATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGGCATCTGGGTTCTTTCTAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCGATGAACATAGTGGAGCACGTGTCTTTGTTATATGTTGGAGCATCTTTTGGGTATATGCCCAAGAGAGGTATAGGTGGGTCCTCAGGTAGTGCAATGTCCAATTTTCTGAGGAACCTCCAGAATGATTTCCAGAATGGTTGTACCAGTCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCACTAGCATCTGCTGTCGCCAGAGTTTTTGATTTTAGCCATTTTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGAGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTTATGACTAAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGCTTCTCAGCCATATGGCATTCCTTAGCTGTGAATTCTTTGTTTATCTCTGAACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGTCTCCCTGCGGTCTAACTTTGTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATGAGCCCTCTATCAGTTGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTTGTCCTAACAACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGATCCCATTTGTTGATTCTTGATCTTAGAGCGTAAGCCATTGGTGTTTTGTTCAGGAAATTTTTTCCAGTGCCCATGTGTTCCAGATGCTTCCCTAGTTTTTCTTCTATTAGTTTGAGTGTATCTGGTTTGATATGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGCATGGATCGATCTGCATTCTTCTACATACTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGCTGAAAATGCTATCTTTTTTCTATTGGATGGTTTTGGCTCCTTTGTCAAAAATCAAGTGCCCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTTCATGTCTTCAATTCTATTCCACTGGTCTATCTGTCTGTCTCTGTACCAATACCATACAGTTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACTGCTTGAGTTCAGGGATAGTGATTCCCCCTGAAGTCCTTTTATTGTTGAGAATAGTTTTAGCTATCCTGGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGCAAATTGTTCTGTCTAACTCTTTGAAGAATTGGATTGGTATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATCACCTTTGGTAAATGGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGGTCTTCTTCAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATTGTACAGATCTTTTACTTGCTTGGTTAAAGTCACACCGAGGTACTTTATATTATTTGGGTCTATTATGAAGGGTGTCGTTTCCCTAATTTCTTTCTCGGCTTGTTTCTCTTTTGTGTAGAGGAAGGCTACTGATTTATTTGAGTTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTTTAGTAGTTCTCTGGTGGAACTTTTGGGATCACTTAAATATACTATCATAACATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTCTTTTCCGATCTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTGATTGCTCTGGCTAGAACTTCAAGAACTATATTGAATAAGTAGTGAGAGAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTAATGTTAGCAACTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTATTCTTTCCAGGACTTTGCGTATTTTTGCGTCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGTGTCTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTTGGTAGCGCTCCATCTGTTTCAATTTTGTAGAATAGTTTGGATAGTATTGGTATGAGGTCTTCTATGAAGGTCTGATAGAATTCGGCACTGATCTGATCTGGACCTGGGCTCTTTTTGGTTGGGAGACTTTTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGGCTGTCATTTTCTACTTATTCACTTTCACCATGGACTTCCCATGTTTTCTGCTGCTGTCTGTTGCCATTTTGTTTCAGACTGAAGGATGCCTTTTGTCATCTCCCTCAGGTCTAGTGGTGGTGCATTCTCTCGCTTTTATTTGCCCATGGAGCTCTTAATTTCTTCCTTATATTCAAAAGACAGTTTGTCTAGATACTGTTCTTGGTTGCCAGTATCCTTTTGTCGTTCAAGCTTAGCACTTTGAACGTAACACCCTGACTCCTCCCAACCCACAGGTTTCCTTTGAGAAATACAGTACTATCCATAAGCAAACAAACAAAAATCAAAAAAACTGAAAATATTTTAGCTAAGATATTGGTTATGCATTTCCATTATTGTTGTGATAAGATGCTACAGCTGAGGCAGCTCATAAGAAAGTGTTCATTTGGGGCTTACAGTTTCAGAGTGTGAGTCTATGACCATGGCTGAAGCCAGGTATGGCGCTGAAGCAGTAGCTGAGAGCTCACATGCTAATCCACAAGGACGAGCCAGAGAGAGTGCTAACTGGGATGGGGCGGGGTTAAGCCTCAAAGCCCATGTCTAGTGACGTAACTTGCTCCTAGACAATTCCACTAACTGGGGCCAAGTGCTCAAACCTATGAGCCTGTGGGGGCCGTTCTCATTCAAACCACTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACACACACACGCACACACACACACACACGAGCCTGTGGGGGACATTTCAATCAAACCACTACACACACACACACACACACGCACACACACACACACACAAGCCTGTGGGGGACATTCTCAATCAAACCACTACATACACACACACACACACACACACGCGCGCACACACACACACACGCACACACACACACACGAGCCTGTGGGGGACATTCTCAATCAAACCACTGCGCACACACACACACACACACACACACGCACACGCACACGCACACGCACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGTTTTATATGGATAAATATGTATCTAGTTATTGATAGATATAGTTACTTTATGTATTAGCATATATTTTTATGCTGAAAATAGTTTACTTTGAAAGAGTTGACTGACTACACGAGACACCAGTGGCTGAAATGTCTCCCTTGTTGATTTCTTCTTTGTTTCTCCTGCAG
Seq C2 exon
CTTTTGAAGTCGTATTGGCTGGATAACTTTGCAAAAGACTCTGTCAACCCTGGTGTGGTGGTGCTGCTGGGCTGCGGAGCCCTGTCCAGCACCTGTGGGCAGCTGGCCAGCTATCCTCTGGCTCTGGTGAGGACTCGCATGCAGGCACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000020470:ENSRNOT00000027765:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0015322=Mito_carr=FE(59.1=100)
A:
NA
C2:
PF0015322=Mito_carr=PD(9.7=17.6),PF0015322=Mito_carr=PU(37.9=70.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]