BtaINT0148504 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006918 | TLK1
Description
tousled-like kinase 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:11841]
Coordinates
chr2:25446796-25465957:+
Coord C1 exon
chr2:25446796-25446984
Coord A exon
chr2:25446985-25465890
Coord C2 exon
chr2:25465891-25465957
Length
18906 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAAGT
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTACAATTTCATTTTGACAGGTT
3' ss Score
8.32
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGACTTTGGCAGAATATCATGAACAGGAAGAAATTTTCAAACTTAGACTAGGACATCTCAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000006918:ENSBTAT00000009090:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.656 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]